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All-in-one 合同講習会 2016
~バイオビッグデータ解析入門~

「All-in-one 合同講習会 2~バイオビッグデータ解析入門~」参加申込受付は終了しました。

生命科学の学習や研究の現場では、様々なデータベースの活用が欠かせません。こうしたデータベースの使い方を、広く一般の方々に知っていただくために、生命科学データベースの構築・管理・運営を担う組織が連携して、第二回目の合同講習会を開催いたします。バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)、日本蛋白質構造データバンク(PDBj)、日本 DNA データバンク(DDBJ)、および創薬等支援技術基盤プラットフォーム(PDIS) 情報拠点が、これらデータベースが蓄積している情報・知識とそのアクセス法・利用法を実習の形で紹介いたします。多くの市民や学生の方々に、ゲノム情報や蛋白質構造などの生命科学のビッグデータに親しんでいただきたいと思っております。奮ってご参加ください。

「All-in-one 合同講習会 2016 ~バイオビッグデータ解析入門~」について

 
 
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  • プログラム:
    時間 タイトル 講師
       9:30- 受付
     10:00-10:10 開催趣旨 中村 春木(大阪大学 蛋白質研究所)
     10:10-11:20 立体構造データの検索・可視化法 工藤 高裕(大阪大学 蛋白質研究所)
     11:20-12:20 DDBJデータベースを用いた配列の検索と解析 有田 正規(国立遺伝学研究所)
     12:20-13:20 昼食休憩
     13:20-14:30 ホモロジー・モデリングによるタンパク質の立体構造予測 川端 猛(大阪大学 蛋白質研究所)
     14:30-14:40 休憩
     14:40-15:40 文献情報を利用したサービスの活用法 山本 泰智(ライフサイエンス統合データベースセンター)
     15:40-15:50 休憩
     15:50-16:50 JST/NBDC が提供するサービス及びプロジェクト概観 大波 純一(バイオサイエンスデータベースセンター)
     16:50-17:00 質疑応答 全員
  • 講義要旨
    • 「立体構造データの検索・可視化法」 工藤 高裕
      立体構造データ計測法の概略(X線、NMR、電子顕微鏡)、データフォーマット、検索法、基本的な分子ビューアの使い方について説明します。
    • 「DDBJデータベースを用いた配列の検索と解析」 有田 正規
      血液中で酸素を運搬するヘモグロビンをテーマに、公共データベースを用いて遺伝子配列の検索や比較をおこなう方法を解説します。グロビン遺伝子を例に、分子時計という概念や分子系統樹の作り方も紹介します。
    • 「ホモロジー・モデリングによるタンパク質の立体構造予測」 川端 猛
      タンパク質のアミノ酸配列だけから、その立体構造を予測することを、タンパク質の立体構造予測と呼びます。予備知識なしに立体構造を予測することは大変困難です。しかし「立体構造はアミノ酸配列より進化的に保存しやすい」という経験則があるため、近縁のタンパク質の立体構造が入手できれば、それを鋳型にすることで、比較的簡単に立体構造のモデルを作成することができます。例えば、ミオグロビンの立体構造を鋳型にして、ヘモグロビンα鎖の立体構造を予測することができます。この予測法をホモロジー・モデリング法と呼びます。本演習では、まず、比較的小さなタンパク質のホモロジー・モデリングを実際に行ってみます。また、ホモロジー・モデリング法は、いくつかの分子が結合した複合体の予測にも適用することができます。HOMCOSサーバを用いた、複合体の検索とモデリングの紹介も行います。
    • 「文献情報を利用したサービスの活用法」 山本 泰智
      生命科学分野において文献情報はPubMed/MEDLINEを利用して取得することが多いと思います。また、近年はフルテキストをPMCから無償で取得できる論文も増加し、購読契約をしていない雑誌の論文でも読めることが多くなりました。DBCLSではこれらの文献関連データベースを利用し、日々の研究活動がより効率的になるよう様々なサービスを提供しています。講習会ではPubMedやDBCLSで提供中のこれらのサービスを紹介します。今回は略語に関する情報を効率よく得られるAllie、PubMed/MEDLINEに含まれる書誌情報で用いられている英語表現を素早く検索できるinMeXes、そして論文の本文中で他の論文を引用する記述(引用文脈)を、引用される論文を軸に閲覧できるサービスColilについて、それぞれサービス内容や活用事例などを説明します。
    • 「JST/NBDCが提供するサービス及びプロジェクト概観」 大波 純一
      生命科学の分野では、研究で得られたデータをただ単に公開するだけでなく、データベースシステムとして別の研究者が再利用しやすいように整備して、社会に還元することまでが一般的になりつつあります。しかもデータベースの情報解析を出発点として新しい知見を得るデータ駆動型研究や、データベース整備のためのツールや基準作りも盛んであり、日々一歩先の未来を見据えた研究開発や政策決定が必須です。
      科学技術振興機構(JST)バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)では、このような生命科学分野の新しい流れをサポートするため、研究プロジェクトのファンディング事業や、多数のデータベース・ツール・インフラ設備の提供、日進月歩の研究手法を学習するための講習会の開催など、幅広い事業を展開しています。
      NBDCが提供している研究や学習に役立つサービスと、プロジェクトの概観について紹介します。
  • 主 催:国立研究開発法人 科学技術振興機構(JST) バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
    大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構(ROIS) データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
    日本蛋白質構造データバンク(PDBj)
    大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 日本DNAデータバンク(DDBJ)
    国立研究開発法人 日本医療研究開発機構 創薬等支援技術基盤プラットフォーム(PDIS) 情報拠点(大阪大学蛋白質研究所 蛋白質情報科学研究室)
  • 協 賛:大阪大学サイバーメディアセンター


  

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