DNA Data Bank of Japan
第10回 DDBJing 講習会のおしらせ
-- 日本DNAデータバンクをフルに活用しよう！ --

講習会 in 三島
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DDBJing 講習会参加者の皆様へ (7/30)
第10回 DDBJing 講習会 in 三島に御参加いただき、どうもありがとうございました。今回は２３名の方が参加してくださいましたが、暑い中を遠方から参加していただいた方もあり、多くの方に DDBJ の活動に関心を持っていただいたことを感謝しています。
>準備には万全を期したつもりでしたが、テキストやネットワーク接続の不備などで参加者の皆様に御迷惑をおかけいたしましたことをお詫び申し上げます。
また、アンケートへの様々な御意見の御記入をありがとうございました。 いただいた御意見は、今後の DDBJ の活動や DDBJing 講習会開催の際の参考にさせていただきたいと思います。講習会は終了いたしましたが、アンケートに書き忘れたことや、テキストを読み返しての感想や御意見、御質問、さらには DDBJ のサービスを実際に使ってみての感想や御意見等、その他講習会に限らず DDBJ に対してのご要望やご質問 がありましたら、DDBJ のメールアドレス (ddbj@ddbj.nig.ac.jp) にお送り下さい。
DDBJ では、今後も様々内容で講習会を開催してゆく予定でいますので、 是非また御参加下さい。今後も DDBJ をよろしくお願いいたします。
今回から配布資料がダウンロードできるようになりました。 当日の写真はこちらからご覧下さい！
=== 講師より講議についての補足連絡事項 ===
１）データベース検索入門編：相同性検索の仕組みと使い方を中心に（講師：阿部貴志）での参加者よりの質問への回答
Q： FASTA, BLASTで検索配列データをコピー＆ペーストする場合、何文字まで可能か？
A： ブラウザの種類によっては，COPY & PASTE できる文字数に制限があり，データを 完全に送ることができない場合があります。その際には，File Upload 機能をご利用下さい。
 
なお，File Upload はエントリー数ではなく，文字数（サイズでは3MB）で制限しております。制限を越えた場合はエラーメッセージが表示されます。
また，相同性検索を行う際のquery配列の最大長は，FASTA は 20,000，BLAST は制限無しのようです。
BLASTは制限無しのようですが，特別な理由でもない限りは，FASTAの制限くらいで分割した方がいいと思います。
配列が長すぎると，以下のような事が起こる可能性があります。
   ・検索に非常に時間がかかるようになってしまう。
   ・メールソフトやブラウザの制限に引っかかってしまうかもしれない。
 
２）XML 技術の広がり（講師：菅原秀明）訂正と補足
DDBJingご参加の皆様
７月８日の「XML技術の広がり」の資料について訂正をお願いいたします。 ６−９ページの項目３以後は削除をお願いします。これは、ActivePerlにDDBJのWeb servicesで使用しているSOAPサーバーを呼ぶためのモジュールが組み込み済であることが判明したためです。事前の調査が不十分で申し訳ございませんでした。
また、ActviePerｌの解凍方法、Perlプログラムの実行時にに必要なファイルの階層などに関する情報などについても、不十分な点がありましたので、お詫び申し上げます。
Web servicesのメソッドとその組み合わせについては今後さらに充実させて いく所存でございますので、障害に関するお問い合わせとともに、新しい機能についてご要望をお寄せいただければ幸いと存じます。


  • 日時：2004年7月7日（水）14時*2〜17時，7月8日（木）10時〜17時 --終了しました。
  • 場所：国立遺伝学研究所　ゲストハウス２階セミナー室（静岡県三島市）
  • 主催：国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ 研究センター　日本 DNA データバンク
  • 対象：DDBJ を利用される方をどなたでも歓迎します（定員30名，参加費無料）

  • 内容：DDBJ の Web サービスなどの利用についての講議と PC を用いた実習を行ないます。両日とも国立遺伝学研究所内の LAN を利用してネットワークに接続して実習を行ないますので，ネットワークの接続口（LAN カード等）がある PC をご持参下さい。*1
    入門編と応用編を設けていますので，DDBJ のサービスを使いはじめたばかり方も，どうぞご参加下さい。データ登録システムの基本的な使い方を理解されていらっしゃる方は，２日目のみの参加でも結構です。
    皆様のご参加をお待ちしております。
おしらせ
*2 開催時間を13時〜と記載してありましたが，14時〜に修正しました。 以下の時間割り通り14時より開始致しますのでそれまでにおいで下さい。(7/5)
*1 実習にあたり無線 LAN の使用を予定しておりましたが，都合により今回は無線 LAN を使用しないことになりました。 従いまして，ケーブルによるネットワークへの接続が可能な状態で PC を御持参下さい（ケーブルはこちらで用意いたします）。（6/23）
DDBJingコースの内容：
7月7日（水）
時間 講義内容・講師
14:00-14:05 挨拶
舘野　義男（国立遺伝学研究所　CIB-DDBJ*・教授）
14:05-14:50 新しいHPを使ったDDBJing
斎藤　成也（国立遺伝学研究所　集団遺伝研究部門・教授）
15:00-15:50 データ登録入門編：SAKURA による塩基配列データ登録の概論
真島　淳（DDBJ 構築局・アノテータ）
16:00-16:50 データ登録実習編：SAKURA による模擬登録実習
真島　淳（DDBJ 構築局・アノテータ）
7月8日（木）
時間 講義内容・講師
10:00-10:50 データベース検索入門編：相同性検索の仕組みと使い方を中心に
阿部　貴志（国立遺伝学研究所　DDBJ-CIB*・助手）
11:00-12:00 データベース検索実習編：相同性検索の仕組みと使い方を中心に
阿部　貴志（国立遺伝学研究所　DDBJ-CIB*・助手）
13:00-13:50 データ登録応用編：大量塩基配列データ登録の概論
真島　淳（DDBJ 構築局・アノテータ）
14:00-14:50 ゲノム時代のタンパク質データベース "GTOP" について
西川　建（国立遺伝学研究所　DDBJ-CIB*・教授）
15:00-15:50 XML 技術の広がり
菅原　秀明（国立遺伝学研究所　DDBJ-CIB*・教授）
16:00-16:50 発現データとデータベース
伊藤　孝一（国立遺伝学研究所　DDBJ-CIB*・助手）
* 生命情報・DDBJ 研究センター
 
参加申込み：
web または電子メールにて申し込みを受け付けます。 6月8日より申し込みを受け付けを開始します。
web を利用する場合は， ここをクリック してお申し込み下さい。 電子メールを利用する場合は下記のフォーマットでお申し込み下さい。 ご記入いただいたアドレス宛に DDBJing 係よりメールを返信いたします。
 
国立遺伝学研究所までのアクセス：
ＪＲ三島駅まで東京から１時間，名古屋から２時間（東海道新幹線こだまを利用の場合）
三島駅からバス・タクシーで約15分（バス250円・タクシーはおおよそ1500円）
地図・時刻表など国立遺伝学研究所の案内 （国立遺伝学研究所のサイトへ）
 
そのほか：
国立遺伝学研究所は三島市街からやや離れた丘の上にあります。 所内には飲食施設がなく，軽食の自動販売機がある程度です。 徒歩数分の場所にはお店がありますが，あらかじめ昼食等を用意なさることをお勧めします。
周辺地図
三島市内のホテルリスト（国立遺伝学研究所のサイトへ）
DDBJing とは？
国立遺伝学研究所の生命情報・DDBJ 研究センター (CIB-DDBJ; The Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan) には日本 DNA データバンク (DDBJ; DNA Data Bank of Japan) が設置されています。
DDBJ では，生物学研究者の皆様が決定された塩基配列の登録を受け付けて， それらを DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに格納し公開することや， 塩基配列やアミノ酸配列などのデータベースを検索し解析するソフトを WWW などで広く提供することを行なっています。
DDBJing とは，DDBJ が提供するこれらのシステムを使っていただくことです。
これまで国立遺伝学研究所で３回，所外で ６回開催していますが， DDBJ をより有効に活用していただくために， 今後も全国各地で DDBJing 講習会を開催していく予定です。 DDBJ の利用に興味のあるみなさまの参加をお待ちしています。
電子メールでのお申し込み用フォーマット
 
宛先：ddbjing@ddbj.nig.ac.jp
参加日：両日・７日のみ・８日のみ
持参PCは：LANケーブル使用
*実習にあたって，無線LANの使用を予定しておりましたが，都合により
今回は無線LANを使用せず，全員ケーブルでネットワークへ接続してい
ただきます （ケーブルはこちらで用意いたします）。(6/23)
氏名：
よみがな：
E-mail：(DDBJing 係との連絡に使用するアドレス)
所属：
住所：〒
 
講議の参考にするため、以下の質問にご回答下さい。
登録について
１． 過去２年以内に DDBJ に配列を登録したことはありますか？
 はい・いいえ
 はい と回答した方へ
２．登録に用いた方法は何ですか？（複数回答可）
  SAKURA・大量登録システム・その他
３． 今後１年以内に DDBJ に塩基配列を登録する予定はありますか？
 はい・いいえ
 はい と回答した方へ
４．登録を予定している配列は何件程度でしょうか？
 10件以下・11〜50件・ 50件以上
 
検索・解析サービスについて
５．DDBJ のサービスの中で使用したことのあるものは何ですか？（複数回答可）
  getentrySRSTXsearch ClustalWBLAST
  FASTASSEARCHSQmatch GIBGTOP
  XML Central of DDBJ Human Genomics StudioH-InvDB
６．今後使ってみたい DDBJ のサービス何ですか？（複数回答可）
  getentrySRSTXsearch ClustalWBLAST
  FASTASSEARCHSQmatch GIBGTOP
  XML Central of DDBJ Human Genomics StudioH-InvDB
 
７．DDBJ に対する御意見・ご要望などがございましたらご自由にお書き下さい。
過去のDDBJing

関係サイトへのリンク [DDBJ | CIB | NIG]

ddbjing@ddbj.nig.ac.jp

Last modified: Jun. 20, 2011