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DDBJ の連絡先
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DDBJ All rights reserved.
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「第12回 DDBJing 講習会 in 三島」参加者の皆様へ (6/14)
６月８ー９日の２日間にわたり開催されました「DDBJing 講習会in三島」に
御参加いただき、どうもありがとうございました。今回は３１名の方が参加して
くださいましたが、遠方から参加していただいた方もあり、多くの方にDDBJ の
活動に関心を持っていただきましたことを感謝しています。
準備には万全を期したつもりでしたが、いろいろ不手際も多く、特にネットワークへの
接続のための設定作業に手間取り、参加者の皆様に御迷惑をおかけいたしましたことを
深くお詫び申し上げます。
また、アンケートへの様々な御意見の御記入をありがとうございました。
いただきました
御意見は、今後のDDBJの活動やDDBJing 講習会開催の際の参考にさせていただきたいと
思います。講習会は終了いたしましたが、アンケートに書き忘れたことや、テキストを
読み返しての感想や御意見、御質問、さらにはDDBJのサービスを実際に使ってみての
感想や御意見等、その他講習会に限らずDDBJ に対してのご要望やご質問 など、どんな
ことでも結構ですので、是非DDBJ のメールアドレス (ddbj@ddbj.nig.ac.jp) にお送り下さい
また、講習会で講師が言及しましたDDBJのサービスに関する変更についてのお知らせ、
新規サービスの開始、今後の講習会の開催などの情報は、DDBJのHPやDDBJ メール
マガジンでお知らせしておりますので、これを機会に是非DDBJ メールマガジンを
お申し込み下さい。
DDBJのHPのメールマガジンのサイト http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjnew/mag/より申し込むことができます。
DDBJでは、今後も様々内容で講習会を開催してゆく予定でおりますので、是非 また御参加下さい。
今後もDDBJをよろしくお願いいたします。
講義中の様子
|
- 日時：2005年6月8日（水）〜9日（木）
- 場所：国立遺伝学研究所
生命情報・DDBJ研究センター２階会議室（静岡県三島市）
- 主催：国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
- 対象：DDBJ を利用される方をどなたでも歓迎します（定員30名）
- 参加費用：無料
- 講習内容：DDBJ の Web サービスなどの利用についての講議と PC を用いた
実習を行ないます。
- 実習：無線 LAN を用いてネットワークに接続して実習を行ないますので
，無線LANが使用可能な PC をご持参下さい。また予め，各実習に必要な環境設定や
アプリケーションのインストールを行なってきて下さい
（詳細は「PCについて」の項をお読み下さい）。
皆様のご参加をお待ちしております。
- 日程：下記
- 注意：実習に必要なソフトウェアに追加が
ありましたので，「PCについて」の項を再度ご確認下さい。
|
※定員に達したため参加受付は締切りましたのでご了承下さい。
なお，次回講習会は，９月１ー２日に東京農業大学で「DDBJing 講習会 in 東京農大」の
開催が予定されています。内容は今回の講習会とほぼ同様のものです。
詳細は決定次第 DDBJ のHPで御案内いたします（７月上旬に募集開始予定）(5/24)
講習の内容・日程
* 生命情報・DDBJ 研究センター
|
第１日目 ６月８日（水）１３：３０〜１７：００ |
| 時間 | 講議内容・講師 |
|---|
| 12:45 - |
受付（講議開始までの時間で無線 LAN の設定を行なっていただきます) |
| 13:30 - 13:45 |
DDBJ/EMBL/GenBankデータベースの概要 |
| 舘野 義男（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・教授） |
| 13:50 - 14:20 |
webを使ったＤＤＢＪの利用 |
| 市川 恵子（DDBJ 情報局） |
| 14:30 - 15:20 |
データベース検索実習１(キーワード検索を中心に)
getentry, SRS, ARSA の使い方 |
阿部 貴志（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助手） |
| 15:20 - 16:10 |
データベース検索実習２(相同性検索を中心に)
BLAST/FASTA の簡単な説明と使い方 |
阿部 貴志（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助手） |
| 16:20 - 17:00 |
分子進化解析入門 |
| 鈴木 善幸（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助手） |
|
第２日目 ６月９日（木）１０：００〜１７：００ |
| 時間 | 講議内容・講師 |
|---|
| 10:00 - 10:50 |
完全ゲノムのデータを入手する |
| 平畠 壮規（国立遺伝学研究所 データベース運用開発研究室） |
| 11:00 - 11:50 |
ＧＴＯＰの利用法・講議および実習 |
| 福地 佐斗志（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助手） |
| 12:00 - 13:00 | 昼休み |
| 13:00 - 13:50 |
SAKURAを用いた塩基配列登録の方法（講議） |
| 林 意雀（DDBJ 構築局アノテータ） |
| 14:00 - 15:00 |
SAKURAを用いた塩基配列登録の方法（実習） |
| 林 意雀（DDBJ 構築局アノテータ） |
| 15:10 - 16:00 |
遺伝子発現データベース |
| 池尾 一穂（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助教授） |
| 16:10 - 17:00 |
遺伝研スーパーコンピュータの利用 |
| 金城 玲（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助手） |
参加申込み：定員に達したため参加受付は
締切りました。
web または電子メールにて申し込みを受け付けます。
4月14日より申し込みを受け付けを開始します。
web を利用する場合は，
ここをクリック
してお申し込み下さい。
電子メールを利用する場合は 下記のフォーマットで
お申し込み下さい。ご記入いただいたアドレス宛に DDBJing 係よりメールを
返信いたします。
PCについて
本講習会では，講議内容をよりよく理解していただくためにPCを用いた実習を
行ないますので
各自PCを御持参下さい。実習では無線LANを利用してネットワークに接続し，
各々のサービスを利用します。各サービスを利用するために，予め御自分のPCの
環境設定や必要なアプリケーションのインストールをおこなってきてください。
-
| 実習名 | 条件 |
|---|
| ・実習全般 | ・Win（2000 以降）,
Mac（OS9 以降）1), Linux
・無線LANに接続可能なこと
(LAN カードはこちらで用意いたします。LAN カードの持ち込み，
ならびに内蔵型の無線LAN カードについては使用できません。
また，ＰＣに空きスロットがあることが必要です)
・ウイルス駆除ソフトがインストールされていること
（入っていないものは持ち込みできません） |
| ・SAKURA |
| Windows: | Internet Explorer 6.0, 5.5 |
| | Netscape 7.X, 6.2 |
| Macintosh1): |
Netscape 7.X, 6.2, 4.7 |
| Linux: | Netscape 7.X, 6.2, 4.7 |
| | Mozilla 1.7.2 |
|
・データベース検索実習
・分子進化解析入門 |
= PC 環境=
|
・Windows: | Internet Explorer 5.X 以上 |
| | Netscape 6.X 以上 |
| ・Macintosh: | Internet Explorer 5.X 以上 |
| | Netscape 6.X 以上 |
・Linux: mozilla 1.X
= ソフトウェア環境=
・系統樹作成用に TreeView6)
|
| ・GTOP | chime3)
|
・完全ゲノムの
データ入手 |
= PC 環境=
・Win 2000, XP, Mac OS X
・CPU:1GHｚ以上，メモリ512Mバイト以上を推奨
・画面サイズ800X600ピクセル、256色以上
= ソフトウェア環境=
・Java
4)と G-Infobio
5)
|
国立遺伝学研究所までのアクセス：
ＪＲ三島駅まで東京から１時間，名古屋から２時間（東海道新幹線こだまを利用の
場合）
三島駅からバス・タクシーで約15分（バス250円・タクシーはおおよそ1500円）
周辺地図・バス時刻表など
国立遺伝学研究所の案内（国立遺伝学研究所のサイトへ）
その他：
昼食は国立遺伝学研究所内の食堂をご利用になれます。
三島市内のホテルリスト
（国立遺伝学研究所のサイトへ）
DDBJing とは？
国立遺伝学研究所の生命情報・DDBJ 研究センター (CIB-DDBJ; The Center
for Information Biology and DNA Data Bank of Japan) には日本 DNA データバンク
(DDBJ; DNA Data Bank of Japan) が設置されています。
DDBJ では，生物学研究者の皆様が決定された塩基配列の登録を受け付けて，
それらを DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに格納し公開することや，
塩基配列やアミノ酸配列などのデータベースを検索し解析するソフトを WWW
などで広く提供することを行なっています。
DDBJing とは，DDBJ が提供するこれらのシステムを使っていただくことです。
これまで国立遺伝学研究所で４回，所外で７回開催していますが，
DDBJ をより有効に活用していただくために，
今後も全国各地で DDBJing 講習会を開催していく予定です。
DDBJ の利用に興味のあるみなさまの参加をお待ちしています。
- 電子メールでのお申し込み用フォーマット
| 宛先：ddbjing@ddbj.nig.ac.jp |
| 参加日：両日・8日のみ・9日のみ |
| 持参PCの種類： |
Win XP・Win Me・Win 2000・
Mac OSX10.3・Mac OSX(〜10.2)・Mac OS9・
その他（具体的に御記入下さい） |
| 氏名： |
| よみがな： |
| E-mail：(DDBJing 係との連絡に使用するアドレス) |
| 所属： |
| 所属先の郵便番号： |
| 所属先の住所： |
| 電話番号： |
| «職名»： |
大学の教員・研究機関の研究員・ポストドク・
大学院博士課程（博士後期）・大学院修士課程（博士前期）・学部生・その他 |
«所属分野»：
（複数回答可） |
基礎医学・ 臨床医学・ 理学・ 薬学・ 農学・ 工学・ その他 |
«研究分野»：
（複数回答可） |
コンピュータ・ 生物実験・ DNA中心・ タンパク質中心・
微生物・ 動物・ 植物 その他 |
- 講議の参考にするため、以下の質問にご回答下さい。
|
DDBJの利用について |
| １． | 今までに DDBJを利用されたことはありますか？
| | | はい・いいえ |
| | はい と回答した方へ
２．何を利用されましたか？（複数回答可） |
| |
配列の登録 |
検索・解析サービス |
DDBJメールマガジン |
| |
HP閲覧 |
講習会に参加 |
その他 |
| 登録について |
| ３． |
過去２年以内に DDBJ に配列を登録したことはありますか？ |
| | はい・いいえ |
| | はい と回答した方へ
４．登録に用いた方法は何ですか？（複数回答可） |
| |
SAKURA・大量登録システム・その他 |
| ５． |
今後１年以内に DDBJ に塩基配列を登録する予定はありますか？ |
| | はい・いいえ |
| | はい と回答した方へ
６．登録を予定している配列は何件程度でしょうか？ |
| | 10件以下・11〜50件・ 50件以上 |
| |
| 検索・解析サービスについて
|
| ７． | DDBJ
のサービスの中で使用したことのあるものは何ですか？（複数回答可） |
| |
getentry | ARSA | SRS | TXsearch |
ClustalW |
| | BLAST |
FASTA | SSEARCH | SQmatch | CIBEX |
| | GIB | GTOP |
XML Central of DDBJ |
H-InvDB |
| ８． | 今後使ってみたい DDBJ
のサービス何ですか？（複数回答可） |
| |
getentry | ARSA | SRS | TXsearch |
ClustalW |
| | BLAST |
FASTA | SSEARCH | SQmatch | CIBEX |
| | GIB | GTOP |
XML Central of DDBJ |
H-InvDB |
| | |
-
| GTOPについて |
| ９． | GTOPを利用したことはありますか？ |
| | はい・いいえ |
| | はい と回答した方へ
１０．どのような目的で利用しましたか（複数回答可） |
| | 立体構造予測・機能予測・その他の解析 |
| １１． | GTOPに期待することがあったらお書き下さい： |
| | |
| 遺伝研のスーパーコンピュータの利用について
|
| １２． |
遺伝研のスパコンシステム(minerva,supernig)を利用したことはありますか？ |
| | はい・いいえ |
| １３． | UNIX系のOS(Linux, *BSD等)を利用したことがありますか？ |
| | はい・いいえ |
| １４． | プログラミング（C, Fortran, Perl, shellなど）をした経験はありますか？ |
| | はい・いいえ |
| | |
| その他
|
| １５． |
DDBJ に対する御意見・ご要望などがございましたらご自由にお書き下さい。 |
| | |
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CIB |
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