講習会 in 東京農大

DDBJing 講習会資料のダウンロード

過去のDDBJing講習会

Search for

SAKURA	大量登録
登録データ更新

ARSA	getentry
TXSearch
FASTA	BLAST
SSEARCH	HMMPFAM
ClustalW
Web API
GIB	GIB-V
GTPS	GTOP

DDBJ リリースノート

公開中リリース

講習会	関連会議
ゲノム機能発現研究会

DDBJ の連絡先

「第13 回 DDBJing 講習会 in 東京農大」参加者の皆様へ (9/6)
９月１ー２日に開催されました「DDBJing 講習会 in 東京農大」に御参加いただき，どうもありがとうございました。２日間にわたって多くの方に熱心に受講いただき，講師・スタッフ一同感謝しております。
また、アンケートの御記入をありがとうございました。コメントに，もっと詳しい説明が聞きたかった，分野が違うのでよくわからなかった，等様々な御意見がありました。参加者の方の所属学部・学科も様々で、学部生から修士，博士，教員といろいろな方に参加していただきましたので、講議によっては、ご自分の研究分野とかけ離れたものもあったことと思います。今回いただきました御意見を参考に，今後講習会を開催する際には，募集する対象をどうするか，講議のレベルをどこに合わせるか，等を十分に検討したいと思っています。また，今後のDDBJの活動の参考にもさせていただきたいと思います。講習会での実習だけでなく，御自身の研究の中で実際にDDBJのサービス使ってみての感想やご意見・ご質問， DDBJ に対してのご要望やご質問などがありましたら，DDBJ のメールアドレス (ddbj@ddbj.nig.ac.jp) 宛にお送り下さい
また，DDBJのサービスに関する変更や更新についてのお知らせ，新規サービスの開始，今後の講習会の開催などの情報は，DDBJのHPやDDBJ メールマガジンでお知らせしております。既にメールマガジンをお送りしている方や配信のお申し込みをいただいた方もいらっしゃいますが，まだの方は，これを機会に是非DDBJ メールマガジンをお申し込み下さい。
DDBJのHPのメールマガジンのサイト　http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjnew/mag/より申し込むことができます。
DDBJでは、今後も様々内容で講習会を開催してゆく予定でおりますので、是非また御参加下さい。今後もDDBJをよろしくお願いいたします。なお，講習会で使用した資料がダウンロードページよりダウンロードできますので，どうぞご利用下さい。

講義中の様子

日時：2005年9月1日（木）～2日（金）
場所：東京農業大学世田谷キャンパス（東京都世田谷区桜丘）
　　 18号館3階コンピューター演習室3*
主催：国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
講習内容：DDBJ の Web サービスなどの利用についての講議と PC を用いた実習を行ないます。
募集：今回は一般募集はおこないません

*地図は下記を御参照下さい
東京農業大学世田谷キャンパス: http://www.nodai.ac.jp/campuslife/access/map_s.html
キャンパス内: http://www.nodai.ac.jp/campuslife/map/setagaya/index.html
コンピューター演習室３: http://www.nodai.ac.jp/center/gakugai/inst/inst.html

＜＜お詫びとお知らせ＞＞
DDBJ では，次回講習会開催の予定として，９月１ー２日に東京農業大学で「DDBJing 講習会 in 東京農大」を予告ご案内しておりましたが，都合により，「DDBJing 講習会 in 東京農大」は東京農大関係者のみを対象とし，一般募集は行なわないことになりました。参加を予定されていらっしゃった方には，大変申し訳なく，深くお詫び申し上げます。今後の講習会開催予定は未定ですが，決定いたしましたら DDBJ メールマガジンやホームページでご案内いたしますので，是非ご参加下さい。なお，「DDBJing 講習会 in 東京農大」での講議内容は，前回の「DDBJing 講習会 in 三島」とほぼ同内容の予定です。講習会のテキストは，「DDBJing 講習会資料のダウンロード」ページよりダウンロードできますので，どうぞご利用下さい。

講習の内容・日程 * 生命情報・DDBJ 研究センター

時間	講議内容・講師
第１日目　９月１日（木）１３：００～１７：００
13:00 - 13:15	DDBJの利用法
13:00 - 13:15	菅原秀明（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・教授）
13:15 -14:15	データベース検索実習１キーワード検索を中心に： getentry, SRS, ARSA の使い方
13:15 -14:15	阿部貴志　(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助手)
14:30 -15:50	データベース検索実習２相同性検索を中心に：BLAST/FASTA の簡単な説明 (アルゴリズム・パラメータ紹介)と使い方）
14:30 -15:50	阿部　貴志（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助手）
16:00 -17:00	遺伝子発現データベース遺伝発現データ活用・将来展望の観点から
16:00 -17:00	池尾　一穂（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助教授）
第２日目　９月２日（金）１０：００～１７：００
時間	講議内容・講師
10:00 - 11:00	分子進化解析入門・実習 ClustalW から系統樹作成へ
10:00 - 11:00	鈴木　善幸（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助手）
11:10 - 12:10	タンパク質データの利用法・講議および実習 UniProtの紹介， GTOPの利用法など
11:10 - 12:10	福地　佐斗志（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助手）
12:10 - 13:00	昼休み
13:00 - 13:40	SAKURAを用いた塩基配列登録の方法（講議）
13:00 - 13:40	林　意雀（DDBJ 構築局アノテータ）
13:50 - 14:50	SAKURAを用いた塩基配列登録の方法（実習） CDS，16S rRNA等の登録の実習
13:50 - 14:50	林　意雀（DDBJ 構築局アノテータ）
15:00 - 17:00	完全ゲノムのデータの利用ＧＩＢ、G-InforBIO
15:00 - 17:00	平畠　壮規・田中　尚人（国立遺伝学研究所データベース運用開発研究室）

PCについて

本講習会では，講議内容をよりよく理解していただくためにPCを用いた実習を行ないます。実習では学内LANを利用してネットワークに接続し，各々のサービスを利用します。講議ごとに下記のような PC の環境が必要ですので，講師の指示に従って環境設定や必要なアプリケーションのインストールをおこなってください。また，実際に御自分のPCで登録や検索・解析をおこなう場合も同様に，環境設定や必要なアプリケーションのインストールをおこなってください。

実習名条件 ・SAKURA Windows: Internet Explorer 6.0, 5.5 Netscape 7.X, 6.2 Macintosh^*: Netscape 7.X, 6.2, 4.7 Linux: Netscape 7.X, 6.2, 4.7 Mozilla 1.7.2 * Mac OSXでの SAFARI は不可 ・データベース検索実習 ・分子進化解析入門 = PC 環境= ・Windows: Internet Explorer 5.X 以上 Netscape 6.X 以上 ・Macintosh: Internet Explorer 5.X 以上 Netscape 6.X 以上 ・Linux: mozilla 1.X = ソフトウェア環境= ・系統樹作成用に TreeView ・GTOP = ソフトウェア環境= ・chime ・完全ゲノムの データの利用 = PC 環境= ・Win 2000, XP, Mac OS X ・CPU:1GHｚ以上，メモリ512Mバイト以上を推奨 ・画面サイズ800X600ピクセル、256色以上 = ソフトウェア環境= ・Java ^*と G-Infobio *Windows 版: http://java.com/ja/からダウンロード Mac 版: http://www.apple.com/jp/ftp-info/reference/java_1.4.1_update.html からダウンロードしたものを http://www.apple.com/jp/ftp-info/reference/javaupdate142.html でアップグレードする。

DDBJing とは？
国立遺伝学研究所の生命情報・DDBJ 研究センター (CIB-DDBJ; The Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan) には日本 DNA データバンク (DDBJ; DNA Data Bank of Japan) が設置されています。
DDBJ では，生物学研究者の皆様が決定された塩基配列の登録を受け付けて，それらを DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに格納し公開することや，塩基配列やアミノ酸配列などのデータベースを検索し解析するソフトを WWW などで広く提供することを行なっています。
DDBJing とは，DDBJ が提供するこれらのシステムを使っていただくことです。
これまで国立遺伝学研究所で４回，所外で７回開催していますが， DDBJ をより有効に活用していただくために，今後も全国各地で DDBJing 講習会を開催していく予定です。 DDBJ の利用に興味のあるみなさまの参加をお待ちしています。

過去のDDBJing

関係サイトへのリンク [DDBJ | CIB | NIG]

ddbjing@ddbj.nig.ac.jp

Last modified: Jun. 20, 2011