^{第14 回} DDBJing 講習会（^第２回DDBJing & PDBjing 講習会）のおしらせ

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講習会 in 大阪

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「第14回 DDBJing & 第2回 PDBjing 講習会 in 大阪」参加者の皆様へ (2/7)
「第14回 DDBJing & 第2回 PDBjing 講習会 in 大阪」に御参加いただき，どうもありがとうございました。昨年に引き続き２回めの開催となりましたが，今回は２日間にわたる講習会にもかかわらず，２９名の方が参加してくださいました。寒い中を遠方から参加して下さった方もあり， DDBJ ならびに PDBj の活動に関心を持っていただいたことを感謝すると同時に，サービスを提供する側として，ユーザーにとってより使いやすいサービスを提供する責任を強く感じました。準備には万全を期したつもりでしたが，ネットワークの不備などで参加者の皆様に御迷惑をおかけいたしましたことをお詫び申し上げます。また，アンケートへを通して貴重なご意見の数々をありがとうございました。いただきました御意見は，今後の DDBJ ならびに PDBj の活動や講習会開催の際の参考にさせていただきたいと思います。講習会は終了いたしましたが，アンケートに書き忘れたことや，DDBJ ならびに PDBj のサービスを実際に使ってみての感想や感想やあらためて講習会での講議やテキストへのご感想やご意見，その他講習会に限らず DDBJ や PDBj に対してのご要望やご質問等，どんなことでも結構ですので，DDBJ のメールアドレス (ddbj@ddbj.nig.ac.jp)（PDBjに関するものは，pdbjing@protein.osaka-u.ac.jp）宛にお送り下さい。 DDBJ ならびにPDBjでは，今後も様々な内容で講習会を開催してゆく予定でおりますので，是非また御参加下さい。今後もDDBJ ならびにPDBjをどうぞよろしくお願いいたします。なお，講習会の資料は後日公開する予定です。過去の講習会の資料のダウンロードはこちらからできます。

日　時： 2006年2月2日（木）13時から17時まで
2006年2月3日（金）10時から17時まで

場　所：大阪大学中之島センター・
キャンパスイノベーションセンター７階　講義室2
（大阪市北区中之島4-3-53）

主　催：・国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
・大阪大学蛋白質研究所 (IPR)・附属プロテオミクス総合研究センター
日本蛋白質構造データバンク (PDBj)
・独立行政法人科学技術振興機構 (JST)

対　象： DDBJ ならびに PDBj を利用される方をどなたでも歓迎します（定員30名）

参加費用：無料

講習内容： DDBJ とPDBj の Web サービスなどの利用についての講議と PC を用いた実習を行ないます。無線 LAN を用いてネットワークに接続して実習を行ないますので，無線LANが使用可能な PC をご持参下さい。皆様のご参加をお待ちしております。

お願い：事前の PC の環境設定について
現在PDBjのサーバーにアクセスできず，マニュアルをダウンロードできません（大阪大学蛋白質研究所でネットワーク関連の工事を行なっているため）。御迷惑をおかけして申し訳ございませんが，復旧次第ご連絡差し上げますので，しばらくお待ち下さい。<==復旧しました。御迷惑をおかけいたしました(13:30)

PDBjの講義ならびに実習に際してPCの環境設定が必要です。予め下記のサイトよりマニュアルをダウンロードし，それに従って準備をしてきて下さい。

●Windows XP/2000用

1.jV3利用の為の環境設定
http://www.pdbj.org/PDBjing/jV3windows.pdf
2.SOAPクライアントの環境設定
http://www.pdbj.org/PDBjing/Soapwindows.pdf

ダウンロードして頂き、1,2の順に設定をお願い致します。 2.のマニュアルでjavaの環境変数を設定する部分がありますが，マニュアルからそのままコピー，貼り付けを行うと"\"が文字化けするなど，うまく設定できません。 (その場合，javaやjavacのコマンドを入力しても，コマンドが見つからないエラーになります) ご面倒ですが，1文字ずつ手入力されることをおすすめ致します。

●MAC OSX 10.3以降用

1.jV3利用の為の環境設定
http://www.pdbj.org/PDBjing/jV3mac.pdf
2.SOAPクライアントの環境設定
 http://www.pdbj.org/PDBjing/Soapmac.pdf

ダウンロードして頂き，1,2の順に設定をお願い致します。

会場までの交通案内（補足）
新幹線で新大阪まで来られる方は，下記の方法が便利です。

JR で新大阪から大阪まで出る。環状線内回りに乗り換えて，一駅となりの福島駅より徒歩約１２分

新大阪から地下鉄御堂筋線に乗り，淀屋橋より徒歩約１６分

講習会の日程：

時間	講議内容・講師
第１日目　２月２日（木）１３：００～１７：００
13:00-13:30	DDBJ の利用法
13:00-13:30	斎藤成也（国立遺伝学研究所集団遺伝研究部門・教授）
13:30-14:50	DDBJ のサービスの紹介と実習その１検索を中心に：ARSA の使い方
13:30-14:50	斎藤成也（国立遺伝学研究所集団遺伝研究部門・教授）
15:00-15:30	PDBj の紹介と HP の使い方
15:00-15:30	中村春木（大阪大学蛋白質研究所・教授）
16:00 -17:00	PDBj のサービスの紹介と実習その１ xPSSS による蛋白質立体構造データの検索法の実習
16:00 -17:00	伊藤暢聡（東京医科歯科大学大学院・教授）
第２日目　２月３日（金）１０：００～１７：００
時間	講議内容・講師
10:00 - 10:50	ゲノム進化学入門
10:00 - 10:50	斎藤成也（国立遺伝学研究所集団遺伝研究部門・教授）
11:00 - 12:30	PDBj のサービスの紹介と実習その2 Structure Navigator/ Sequence Navigator/ GASHの講義と実習^**
11:00 - 12:30	Daron M. Standley(JST-BIRD・研究員）
12:30 - 13:30	昼休み
13:30-15:00	DDBJ のサービスの紹介と実習その２ GTOP データベースの利用法についての講義と実習
13:30-15:00	金城玲（国立遺伝学研究所CIB-DDBJ*・助手）
15:10-16:00	タンパク質の構造予測とその周辺
15:10-16:00	金城玲（国立遺伝学研究所CIB-DDBJ*・助手）
16:10 - 17:00	タンパク質表面形状と物性データベース，eF-site
16:10 - 17:00	木下賢吾（東京大学医科学研究所・助教授）

* 生命情報・DDBJ 研究センター

** 講議は日本語でおこなわれます

参加申込み：

web または電子メールにて申し込みを受け付けます。 12月5日（予定）より申し込み受け付けを開始します。

web を利用する場合はここをクリックしてお申し込み下さい。電子メールを利用する場合は下記のフォーマットでお申し込み下さい。ご記入いただいたアドレス宛に DDBJing 講習会係よりメールを返信いたします。

PCについて：

本講習会では，講議内容をよりよく理解していただくために PC を用いた実習を行ないますので各自PCを御持参下さい。実習では無線 LAN を利用してネットワークに接続し，各々のサービスを利用します。各サービスを利用するために，予め御自分の PC の環境設定や必要なアプリケーションのインストールをおこなってきてください。

実習名

条件

実習全般

Win（2000以降）, Mac（OSX ver.10.3以降）, Linux
無線 LAN に接続可能なこと(LAN カードをご携帯ください)

ARSA

= PC 環境=

・Windows:	Internet Explorer 5.X 以上
	Netscape 6.X 以上
・Macintosh:	Internet Explorer 5.X 以上
	Netscape 6.X 以上

・Linux: mozilla 1.X

GTOP

= ソフトウェア環境=
・chime

PDBj

viewer*の利用のために，
・JRE 1.4.2 or later (recommend 1.4.2_05)
・JOGL
*詳細は PDBj の HP をご覧下さい

会場へのアクセス：

大阪大学中之島センターは大阪市の中心部にあり，交通の便の非常によいところです。多くの方の参加をお待ちしています。

大阪大学中之島センター・キャンパスイノベーションセンター（大阪市北区中之島4-3-53）

電車：	阪神本線福島駅より	徒歩約9分
	JR東西線新福島駅より	徒歩約9分
	JR環状線福島駅より	徒歩約12分
	地下鉄四つ橋線肥後橋駅より	徒歩約10分
	地下鉄御堂筋線淀屋橋駅より	徒歩約16分
バス：	大阪市バス（53系統・75系統）
	大阪駅前バスタミナル → 田蓑橋　下車　　徒歩1分
	大阪市バス（107系統）
	天満橋 → 淀屋橋 → 肥後橋 → 土佐堀一丁目　下車　　徒歩８分

その他：

昼食は中之島センター建物内のカフェテリアをご利用になれます。

宿泊が必要な方は御自分で御手配をお願いいたします。会場の中之島センターに近いホテルとしては，リーガロイヤルホテル，リーガグランドホテル，リーガ中之島イン等があります。

DDBJing とは？
国立遺伝学研究所の生命情報・DDBJ 研究センター (CIB-DDBJ; The Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan) には日本 DNA データバンク (DDBJ; DNA Data Bank of Japan) が設置されています。
DDBJ では，生物学研究者の皆様が決定された塩基配列の登録を受け付けて，それらを DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに格納し公開することや，塩基配列やアミノ酸配列などのデータベースを検索し解析するソフトを WWW などで広く提供することを行なっています。
DDBJing とは，DDBJ が提供するこれらのシステムを使っていただくことです。
これまで国立遺伝学研究所で５回，所外で８回開催していますが， DDBJ をより有効に活用していただくために，今後も全国各地で DDBJing 講習会を開催していく予定です。 DDBJ の利用に興味のあるみなさまの参加をお待ちしています。

PDBj とは？
現在，多くの遺伝子情報が解き明かされています。この遺伝情報を有効利用するためには，各遺伝子がコードする蛋白質分子を理解することが必要です。特に，各蛋白質の立体構造がその特異的な機能発現を与えているため，分子レベルにおいて遺伝子の進化と生物学的機能を把握するには，蛋白質の構造が不可欠です。PDBj では，独立行政法人科学技術振興機構の支援を受けて，これら蛋白質立体構造のデータベース (PDB) を大阪大学蛋白質研究所で運営しています。2003年に，米国の RCSB（構造バイオインフォマティクス研究共同体），欧州 EBI (ヨーロッパバイオインフォマティクス研究所)の MSD（高分子構造データベース）グループと共に、国際蛋白質構造データバンク (wwPDB) を設立し，国際協力による PDB データベースの維持・管理を行なっています。また，蛋白質構造を利用した二次データベースやサービスも提供しています。詳細活動については，http://www.pdbj.org をご覧下さい。

電子メールでのお申し込み用フォーマット

宛先：ddbjing@ddbj.nig.ac.jp
参加日：両日・2日のみ・3日のみ

持参PCの種類：

Win XP・Win Me・Win 2000・Mac OSX10.3・Unix
その他（具体的に御記入下さい）

氏名：
よみがな：
E-mail：(DDBJing 係との連絡に使用するアドレス)
所属：
所属先の郵便番号：
所属先の住所：
電話番号：

«職名»：

大学の教員・研究機関の研究員・ポストドク・
大学院博士課程（博士後期）・大学院修士課程（博士前期）・学部生・その他

«所属分野»：
（複数回答可）

基礎医学・臨床医学・理学・薬学・農学・工学・その他

«研究分野»：
（複数回答可）

コンピュータ・生物実験・DNA中心・タンパク質中心・
微生物・動物・植物・その他

講議の参考にするため、以下の質問にご回答下さい。

DDBJの利用について
１．	今までに DDBJ を利用したことはありますか？
	はい・いいえ
	はいと回答した方へ２．何を利用しましたか？（複数回答可）
	配列の登録・検索/解析サービス・DDBJ メールマガジン HP 閲覧・講習会に参加・その他

DDBJ のサービスについて

３． DDBJ のサービスの中で使用したことのあるものは何ですか？（複数回答可）

ARSA getentry SRS TXsearch ClustalW

FASTA BLAST SSEARCH PSI-BLAST SQmatch

GIB GTOP XML Central of DDBJ H-InvDB

PMD SSThread Libra PDB Retriever

４．今後使ってみたい DDBJ のサービス何ですか？（複数回答可）

ARSA getentry SRS TXsearch ClustalW

FASTA BLAST SSEARCH PSI-BLAST SQmatch

GIB GTOP XML Central of DDBJ H-InvDB

PMD SSThread Libra PDB Retriever

５． GTOP を利用したことがありますか？

はい・いいえ

はいと回答した方へ
６．どのような目的で利用しましたか？（複数回答可）

立体構造予測・機能予測・その他の解析

７． GTOP に期待することがあったらお書き下さい

PDBj について

８． PDB を御存知ですか？

はい・いいえ

９． PDB データを利用したことがありますか？

はい・いいえ

はいと回答した方へ
１０．どのような目的で利用したことがありますか？（複数回答可）

データ登録・検索/解析・その他

１１． PDBj のページにアクセスしたことがありますか？

はい・いいえ

はいと回答した方へ
１２．どのような目的で利用しましたか？（複数回答可）

データ登録・検索/解析・その他

１３． 今後、PDB データベースをどのような目的で利用する予定がありますか？（複数回答可)

データ登録・検索/解析・その他

１４． eF-site を利用されたことがありますか？

はい・いいえ

はいと回答した方へ
１５．どのような目的で利用されたことがありますか？（複数回答可）

類縁タンパク質との比較・機能部位の推定・その他の解析

１６． eF-site に期待することがあったらお書き下さい

その他

１7．DDBJ，PDBj，講習会等に関する御意見・御要望がございましたら，ご自由にお書きください。

過去のDDBJing

過去のPDBjing

第1回　2005年3月2日大阪大学　中之島センター・キャンパスイノベーションセンター

DDBJing 講習会資料のダウンロード

関係サイトへのリンク [DDBJ | CIB | NIG]

[IPR| PDBj]

ddbjing@ddbj.nig.ac.jp

Last modified: Jun. 20, 2011