DNA Data Bank of Japan
第15回 DDBJing 講習会のおしらせ
-- 日本DNAデータバンクをフルに活用しよう！ --

講習会 in 三島

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「第15回 DDBJing 講習会 in 三島」参加者の皆様へ (6/19)
6月14-15日の2日間にわたり開催いたしました「DDBJing 講習会 in 三島」に御参加いただき，どうもありがとうございました。今回は国立遺伝学研究所内外から28名の方にご参加いただき，中には遠方より参加していただいた方もあり，多くの方に DDBJ の活動に関心を持っていただきましたことを感謝しております。
準備には万全を期したつもりでしたが，いろいろ不手際もあり，参加者の皆様に御迷惑をおかけいたしましたことを反省し，次回以降の講習会ではさらなる配慮をいたしたいと考えております。特に第１日目のネットワークへの接続に関して少なからず混乱をきたしましたことにつきましては深くお詫び申し上げます。
また，アンケートへの様々な御意見の御記入をありがとうございました。いただきました御意見は，今後の DDBJ の活動や DDBJing 講習会開催の際の参考にさせていただきたいと思います。講習会は終了いたしましたが，アンケートに書き忘れたことや，テキストを読み返しての感想や御意見，ご質問，さらにはDDBJのサービスを実際に使ってみての感想や御意見等，その他講習会に限らずDDBJ に対してのご要望やご質問 など，どんなことでも結構ですので，是非DDBJ のメールアドレス (ddbj@ddbj.nig.ac.jp) にお送り下さい また，講習会で講師が言及しましたDDBJのサービスに関する変更についてのお知らせ，新規サービスの開始，今後の講習会の開催などの情報は，DDBJのHPやDDBJ メールマガジンでお知らせしておりますので，こちらもご参照下さい。
DDBJでは，今後も様々内容で講習会を開催してゆく予定でおりますので，是非また御参加下さい。 今後もDDBJをよろしくお願いいたします。

DDBJing-photo1 DDBJing-photo2

講義中の様子



日　時： 2006年6月14日（水）13時から 6月15日（木）17時まで
場　所： 国立遺伝学研究所・
生命情報・DDBJ研究センター ２階会議室（静岡県三島市）
主　催： 国立遺伝学研究所  DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
対　象： DDBJ を利用される方をどなたでも歓迎します（定員30名）
参加費用： 無料
講習内容： DDBJ の Web サービスなどの利用についての講議と PC を用いた実習を行ないます。 講議内容をよりよく理解していただくために，PC を無線 LAN を用いてネットワークに接続して実習を行ないますので，無線 LAN が使用可能な PC をご持参下さい。皆様のご参加をお待ちしております。
参加申込みに際しては，講習会の詳細の項を必ずお読み下さい。
講習会の詳細：
  [講習会の日程] [参加申込み方法] [PC について] [参考資料]
[国立遺伝学研究所へのアクセス] [その他]
＊定員になりましたので参加受付はしめきりました。ご了承ください。(5/16)
 
講習会の日程：
第1日目　6月14日（水）13:00〜17:00
時間講議内容・講師
13:00-13:50 INSDC の概略とDDBJ HP の利用法 （英語による講議）
Barrero Roberto（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助手）
14:00-14:50 SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・講議
野崎 亜沙美（DDBJ 構築局アノテータ）
15:00-15:50 SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習
野崎 亜沙美（DDBJ 構築局アノテータ）
16:00-17:00 H-Invitational Database の紹介
大城戸 利久（DDBJ 構築局アノテータ）
 
第2日目　6月15日（木）10:00〜17:00
時間講議内容・講師
10:00-10:50 データベース検索実習１(キーワード検索を中心に)
getentry, SRS, ARSA の使い方
小笠原 理（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助手）
11:00-12:00 データベース検索実習２(相同性検索を中心に)
FASTA, BLAST の使い方
池尾 一穂（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助教授）
12:00-13:00昼休み
13:00-13:50 ゲノム配列解析ツール (Genome Analysis Tools: GAT) と第三者アノテーション
阿部 貴志（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助手）
14:00-14:50 GTOP の利用法・講議および実習
福地 佐斗志（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・助手）
15:00-15:50 分子進化解析入門 (ClustalW)
隅山 健太（国立遺伝学研究所 集団遺伝研究部門・助手）
16:00-17:00 DDBJ の展望「生命科学データベースの現状と課題」
大久保 公策（国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・教授）
*生命情報・DDBJ 研究センター
 
 
英語による講議：
この講議は英語で行ないます。DDBJing 講習会での英語の講議は初の試みです。 講議は平易な英語で，スピードもゆっくりですので，どなたでも十分理解できるものと思われます。 また，講師のバレロ助手は日本語も十分に理解しますので，もし講議でわからない箇所があった場合には，遠慮なく日本語でご質問下さい。
 
 
参加申込み方法：定員になりましたので参加受付はしめきりました。ご了承ください。(5/16)
web または電子メールにて申し込みを受け付けます。 ４月21日より申し込み受け付けを開始します。
web を利用する場合はここをクリックしてお申し込み下さい。 電子メールを利用する場合はこちらのフォーマットでお申し込み下さい。 ご記入いただいたアドレス宛に DDBJing 講習会係よりメールを返信いたします。
 
PC について： 
本講習会の実習で使用しますので各自 PC をご持参下さい。 実習に必要な PC の条件は下記の表の通りです。
国立遺伝学研究所のネットワークに接続するために，IP アドレスの設定変更やドライバのインストール等の作業が必要になります。 作業にあたっては，DDBJ のスタッフがお手伝いいたしますが，PC の機種によって設定方法が異なるため，限られた時間内で参加者全員の設定変更作業に対応するのは困難と予想されます。
このため，あらかじめ以下の点をご確認下さい。
  • PC の設定変更方法（パスワードが必要な場合もあります）。
    昨年，他人の PC を借りてきたためにパスワードがわからず，ネットワークに接続できない，という例がありましたのでご注意下さい。
  • 講習会への参加申込みの際には，お持ちになる PC のOS とバージョン，無線または有線でのネットワークへの接続の実績を必ずご連絡下さい。
 
 実習名 条件
[実習全般]
利用可能な PC		 ウイルス駆除ソフトにて検疫済みの PC であること
Windows（2000 以降）：
無線 LAN に接続可能なこと（LAN カードは当方で用意いたします。LAN カードの持ち込みならびに内蔵型の無線 LAN カードは使用できません。 このため LAN カード挿入のための空きスロットが必要です）
Macintosh（OS9 以降）：
AirMac Extreme 内蔵の方は無線 LAN を，対応していない機種をお持ちの方は有線で LAN をご利用いただきます（LAN カードの持ち込みはできません）。
[実習全般]
推奨ブラウザ		 Windows:
  Internet Explorer 5.X 以上, Netscape 6.X 以上
  Firefox 1.0 以上*,   Mozzila 1.0 以上*
Macintosh:
  Internet Explorer 5.X 以上, Netscape 6.X 以上,
  SAFARI 2.0.3*,   Mozzila 1.x 以上*
* は，実習によっては使用できない場合があります。できれば，複数のブラウザをご用意下さい。
[GTOP] Windows: chime を参照
[分子進化
解析入門]		 系統樹作成用に TreeView をダウンロード
[ゲノム配
列解析]
PCおよびソ
フトウエア
環境		 PC 環境：
  Win 2000, XP, Mac OS X
  CPU:1GHｚ以上，メモリ512Mバイト以上を推奨
  画面サイズ800X600ピクセル、256色以上
ソフトウェア環境：Java と G-Infobio が必要です
  Java:
  Win ここからダウンロード
  Mac ここから ダウンロードしたものを アップグレード
  G-Infobio:
  ダウンロードサイト から各 PC に合った full set を取得しインストール
 
 
国立遺伝学研究所までのアクセス：
ＪＲ三島駅まで東京から１時間，名古屋から２時間（東海道新幹線こだまを利用の場合）
三島駅からバス・タクシーで約15分（バス250円・タクシーはおおよそ1500円）
周辺地図・バス時刻表など国立遺伝学研究所の案内（国立遺伝学研究所のサイトへ）
 
その他：
昼食は国立遺伝学研究所内の食堂をご利用いただけます。
宿泊の手配はご自身でお願いいたします（国立遺伝学研究所のサイトに 三島市内のホテルリストがありますのでご参照下さい)。
大学関係者の方は国立遺伝学研究所内の研究員宿泊施設の利用が可能です。 予約が必要ですので，希望者は参加申し込み時にお問い合わせ下さい。 利用できる人数に限りがありますので，ご希望に添えない場合もあることをご承知おき下さい。
 
DDBJing とは？
国立遺伝学研究所の生命情報・DDBJ 研究センター (CIB-DDBJ; The Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan) には日本 DNA データバンク (DDBJ; DNA Data Bank of Japan) が設置されています。
DDBJ では，生物学研究者の皆様が決定された塩基配列の登録を受け付けて， それらを DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに格納し公開することや， 塩基配列やアミノ酸配列などのデータベースを検索し解析するソフトを WWW などで広く提供することを行なっています。
DDBJing とは，DDBJ が提供するこれらのシステムを使っていただくことです。
これまで国立遺伝学研究所で5回，所外で9回開催していますが， DDBJ をより有効に活用していただくために， 今後も全国各地で DDBJing 講習会を開催していく予定です。 DDBJ の利用に興味のあるみなさまの参加をお待ちしています。
過去のDDBJing  


  参考資料（講習会の予習ができます）

関係サイトへのリンク [DDBJ | CIB | NIG]

ddbjing@ddbj.nig.ac.jp
Last modified: Jun. 20, 2011