HOME > 利用の手引き > DDBJing 講習会
ここから本文です

DDBJing & KEGGing & PDBjing 講習会のお知らせ

下記の要領で，DDBJ，KEGG，PDBj 合同による講習会を開催いたします。興味のある方はふるってご参加下さい。

第20回 DDBJing 講習会は終了しました

日 時 ：
 		 2008年11月27日（木）13時から 17時まで     （※受付は，12時30分より）
2008年11月28日（金）9時から 17時00分まで
場 所 ： 京都大学　化学研究所　バイオインフォマティクスセンター
（京都大学宇治キャンパス：京都府宇治市）
主 催 ：
対 象 ： DDBJ，PDBj，ならびに KEGG を利用される方をどなたでも歓迎します（各 Part 定員30名）
参加費用 ： 無料
講習内容 ： DDBJ，PDBj，KEGG の Web サービスなどの利用についての講義と PC （会場に備え付けの MacOSX）を用いた実習を行ないます。皆様のご参加をお待ちしております。 参加申込みに際しては，講習会の詳細の項を必ずお読み下さい。
講習会の詳細 ： [講習会の日程] [参加申込み方法] [PC について] [参考資料]
[その他]

講習会の日程：

Part １： 11月27日（木）   13:00〜17:00
時間講義内容・講師
12:30-13:00 受付
13:00-13:30 ＤＤＢＪの紹介
舘野　義男 （DDBJ バンク長）
13:40-14:50 データ検索から系統樹作成まで
斎藤　成也（国立遺伝学研究所・ 教授）
15:00-16:20 SAKURA を用いた塩基配列登録の方法
大城戸　利久 （DDBJ 構築局アノテータ）
16:30-17:00 ライフサイエンス統合 DB のサービス紹介
川島　秀一 （東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター・助教）
 
Part ２： 11月28日（金） 9:00〜12:30
時間講義内容・講師
8:45-9:00 受付
9:00-10:00 KEGG GENES の利用法
守屋　勇樹（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター・研究員）
10:15-11:15 KEGG LIGAND の利用法
服部　正泰（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター・助教）
11:30-12:30 KEGG PATHWAY の利用法
五斗　進 （京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター・准教授）
 
12:30-13:20 昼食休憩
 
Part ３： 11月28日（金） 13:20〜17:00
時間 講義内容・講師
13:00-13:20 受付
13:20-13:45 PDBj の紹介
中村　春木（大阪大学蛋白質研究所・教授）
13:55-15:00 PDBj へのデータ登録方法
松浦　孝範 （大阪大学蛋白質研究所・客員准教授）
15:15-16:20 PDBj のデータ検索サービスと二次データベース
金城　玲（大阪大学蛋白質研究所・客員准教授）
16:30-17:00 ウェブサービスによる国内外データベースの統合的な活用
片山　俊明 （東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター・助教）
 

参加申込み方法：

Web または電子メールにて申し込みを受け付けます。

 

PC について：

会場の備え付けの PC (MacOSX) をご利用いただきます。 PC の持ち込みはできません。

京都大学化学研究所へのアクセス：

その他：

昼食は，生協または研究所周辺の食堂をご利用いただけます。また，建物内の一室を食事用に解放する予定です（演習室での食事はご遠慮ください）。

DDBJing 講習会とは？

国立遺伝学研究所の生命情報・DDBJ 研究センター (CIB-DDBJ; The Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan) には日本 DNA データバンク (DDBJ; DNA Data Bank of Japan) が設置されています。
DDBJ では，生物学研究者の皆様が決定された塩基配列の登録を受け付けて， それらを DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに格納し公開することや， 塩基配列やアミノ酸配列などのデータベースを検索し解析するソフトを WWW などで広く提供することを行なっています。
DDBJing とは，DDBJ が提供するこれらのシステムを使っていただくことです。
これまで国立遺伝学研究所で8回，所外で11回開催していますが， DDBJ をより有効に活用していただくために， 今後も全国各地で DDBJing 講習会を開催していく予定です。 DDBJ の利用に興味のあるみなさまの参加をお待ちしています。

KEGG とは？

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) は 1995年 6月，まだヒトゲノムの本格的なシーケンシングが始まる以前に，ゲ ノムと生命システムをつなぐリソースを世界に先駆けて開発することを目的として，京都大学化学研究所の金久研究室で誕生したデー タベースプロジェクトです。コンピュータ化が遅れている高次の知識をパスウェイやオントロジーとして集約し，ゲノムをはじめとした大量データのマッピングを可能としたことで，ゲノム解読の最先端のリソースとして国際的に広く利用されています。現在，KEGG の「生命システム情報統合データベース」は，遺伝子・タンパク質に関するゲノム情報（KEGG GENES），生体内外の化学物質と生体内反応に関するケミカル情報（KEGG LIGAND），分子間相互作用・反応ネットワークに関するパスウェイ情報（KEGG PATHWAY），および分子・細胞・個体に関する様々なオブジェクトの 階層と関係（KEGG BRITE）から構成されています。また，様々な解析ツールを開発し，ネットワ ーク再構築の方法論を提供しています。詳しくは http://www.genome.jp/kegg/ （日本語ページは http://www.kegg.jp/ja/）をご覧下さい。

PDBj とは？

現在，多くの遺伝子情報が解き明かされています。この遺伝情報を有効利用するためには，各遺伝子がコードする蛋白質分子を理解することが必要です。特に，各蛋白質の立体構造がその特異的な機能発現を与えているため，分子レベルにおいて遺伝子の進化と生物学的機能を把握するには，蛋白質の構造が不可欠です。PDBj では，独立行政法人科学技術振興機構の支援を受けて，これら蛋白質立体構造のデータベース (PDB) を大阪大学蛋白質研究所で運営しています。2003年に，米国の RCSB（構造バイオインフォマティクス研究共同体），欧州 EBI (ヨーロッパバイオインフォマティクス研 究所)の MSD（高分子構造データベース）グループと共に、国際蛋白質構造データバ ンク (wwPDB) を設立し，国際協力による PDB データベースの維持・管理を行なっていま す。また，蛋白質構造を利用した二次データベースやサービスも提供しています。詳細活動については，http://www.pdbj.org をご覧下さい。

 

過去の DDBJing 講習会

 

参考資料（講習会の予習ができます）

関係サイトへのリンク

DDBJ | CIB | NIG]
ddbjing@ddbj.nig.ac.jp
▲このページの先頭へ