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「DDBJing 講習会(23) ＆ PDBj 講習会 in 長浜」 のお知らせ

＊本講習会は終了しました
日　　時 ：
 		 2011年1月17日（月）10:30 〜 16:30     （受付は，10：00より）
2011年1月18日（火）10:30 〜 16:00    
場　　所 ： 長浜バイオ大学 命江館３階 語学実習室（アクセス，キャンパス案内）
主　　催 ： 国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ 研究センター　日本 DNA データバンク（DDBJ）
大阪大学蛋白質研究所　日本蛋白質構造データバンク（PDBj）
長浜バイオ大学
対　　象 ： DDBJ，PDBj を利用される方どなたでも歓迎です。（定員40名）
参 加 費 ： 無料
内　　容 ： DDBJ，PDBj の Web サービスなどの利用について講義と PC を用いた実習を行ないます。
講義内容をよりよく理解して頂くために，PC を使用した実習を行ないます。 参加申込みに際しては，詳細の項を必ずお読み下さい。
詳　　細 ： [講習会の日程] [参加申込み方法] [PC について] [アクセス] [参考資料]

講習会の日程

第1日目  1月17日（月）  10:30〜16:30
時間講義内容・講師
10:00-10:30 受付
10:30-11:10 PDBj と wwPDB
中村　春木 （大阪大学蛋白質研究所・教授）
11:20-12:00 構造からの機能予測法入門
木下　賢吾 （東北大学大学院情報科学研究科・教授）
12:00-13:00 昼食休憩
13:00-14:30 （実習 1）PDBj Mine の使い方
金城　玲 （大阪大学蛋白質研究所・准教授）
15:00-16:30 （実習 2）複雑な構造（電子顕微鏡構造・複合体構造）の見方
鈴木　博文 （大阪大学蛋白質研究所・特任研究員）
 
第2日目  1月18日（火）  10:30〜16:00
時間講義内容・講師
10:00-10:30 受付
10:30-11:10 DDBJ の紹介と大量配列のためのクラウド型計算機資源利用法
中村　保一 （国立遺伝学研究所　教授）
11:20-12:00 次世代シークエンサ(NGS)概論とクラウド型解析ツール DDBJ Pipeline
神沼　英里 （国立遺伝学研究所　助教）
12:00-13:00 昼食休憩
13:00-13:40 NGS 登録データベース DDBJ Sequence Read Archive
猿橋　智 （DDBJ 構築チーム　アノテータ）
13:50-14:50 NGS クラウド型解析ツール DDBJ Pipeline 実習
望月　孝子 （国立遺伝学研究所　エンジニア）
15:00-16:00 SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習 *
真島　淳 （DDBJ 構築チーム　アノテータ）

   * SAKURA の実習については，申込み時に参加希望のアンケートを行います。
   　実習を希望される方には，講義の後に実習時間を設けます。終了時間が30分程延長されます。
   　（実習の希望者が少ない場合は，講義のみになる可能性があります。ご了承下さい。）

 

参加申込み方法

＊本講習会は終了しました
 

PC について

本講習会の実習では，備付けの PC (Windows Vista) がご利用頂けます。
本講習会では，個人の PC 持ち込みは不可です。

アクセス

長浜バイオ大学 （〒526-0829　滋賀県長浜市田村町1266） アクセス
命江館３階 語学実習室 キャンパス案内
 

参考資料

「DDBJing 講習会(23) ＆ PDBj 講習会 in 長浜」資料ダウンロード
DDBJing 講習会資料のダウンロード（過去のDDBJing 講習会の資料）

DDBJing 講習会とは？

国立遺伝学研究所の生命情報・DDBJ 研究センター (CIB-DDBJ; The Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan) には日本 DNA データバンク (DDBJ; DNA Data Bank of Japan) が設置されています。
DDBJ では，生物学研究者の皆様が決定された塩基配列の登録を受け付けて， それらを DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに格納し公開することや， 塩基配列やアミノ酸配列などのデータベースを検索し解析するソフトを WWW などで広く提供することを行なっています。
DDBJing とは，DDBJ が提供するこれらのシステムを使って頂くことです。
これまで国立遺伝学研究所で9回，所外で13回開催していますが， DDBJ をより有効に活用して頂くために， 今後も全国各地で DDBJing 講習会を開催していく予定です。 DDBJ の利用に興味のある皆様の参加をお待ちしています。

PDBj とは？

現在，多くの遺伝子情報が解き明かされています。この遺伝情報を有効利用するためには， 各遺伝子がコードする蛋白質分子を理解することが必要です。特に，各蛋白質の立体構造がその特異的な機能発現を与えているため， 分子レベルにおいて遺伝子の進化と生物学的機能を把握するには，蛋白質の構造が不可欠です。 PDBj では，独立行政法人科学技術振興機構の支援を受けて，これら蛋白質立体構造のデータベース (PDB) を大阪大学蛋白質研究所で運営しています。 2003年に，米国の RCSB（構造バイオインフォマティクス研究共同体）， 欧州 EBI (ヨーロッパバイオインフォマティクス研究所)の MSD（高分子構造データベース）グループと共に， 国際蛋白質構造データバ ンク (wwPDB) を設立し，2006年より生体分子NMRデータベース，BMRB (BioMagResBank)が加わり， 国際協力による PDB データベースの維持・管理を行なっています。また，蛋白質構造を利用した二次データベースやサービスも提供しています。 詳細活動については，http://www.pdbj.org をご覧下さい。
 

過去の DDBJing 講習会

ddbjing@ddbj.nig.ac.jp
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