| 日 時 | : | 2012年1月26日(木)10:00 ~ 17:00 (受付は 9:30より) td> |
| 場 所 | : | 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター 4F td> |
| 主 催 | : | 日本DNA データバンク(DDBJ) td> |
| 対 象 | : | DDBJ を利用される方をどなたでも歓迎します(定員20名) td> |
| 参加費 | : | 無料 td> |
| 内 容 | : | 今回の講習会では,「Next-Generation Sequencer(NGS) 由来のデータ解析(微生物を中心に)や データ登録について講義と実習を行ないます。講義内容をよりよく理解して頂くために,PC を使用した 実習を行ないます。 参加申込みに際しては,詳細の項を必ずお読み下さい。 td> |
| 詳 細 | : | [講習会の日程][PC について][アクセス][資料][お問い合わせ] td> |
講習会の日程
| 1月26日(木) 10:00~17:00 | |
| 時間 | 講義内容・講師 |
| 9:30-10:00 | 受付 |
| 10:00-10:05 | はじめに |
| 神沼 英里 (国立遺伝学研究所 助教) |
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| 10:05-10:30 | DDBJ のNGS 対応 |
| 中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授) |
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| 10:30-11:10 | NGS マルチプレックス法による黄色ブドウ球菌de novo アセンブリ |
| 佐々木 貴史 (慶應義塾大学医学部 特別研究講師) |
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| 11:20-12:00 | MiGAP~微生物ゲノム注釈ツール利用法 |
| 大山 彰 (インシリコバイオロジー株式会社 代表取締役) |
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| 12:00-13:00 | 昼食休憩 |
| 13:00-13:40 | DBCLS Galaxy: ツール群, 日本語統合環境, etc. |
| 山口 敦子(DBCLS 特任准教授) |
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| 13:40-14:10 | DDBJ Sequence Read Archive(DRA) の紹介 |
| 児玉 悠一 (DDBJ 構築チーム アノテータ) |
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| 14:10-15:00 | DDBJ pipeline 基礎(de novo assembly) |
| 望月 孝子 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室) |
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| 15:15-15:45 | DDBJ pipeline 高次部(galaxy : contig annotation workflow) |
| 長崎 英樹 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室) |
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| 15:45-16:15 | DDBJ pipeline 高次部(galaxy : 系統樹解析) |
| 猿橋 智 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室) |
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| 16:15-16:55 | NGS 由来アセンブル配列の登録~大量登録システム(MSS) |
| 大城戸 利久(DDBJ 構築チーム アノテータ) | |
PC について
本講習会の実習で使用するPC は,各自ご持参下さい。どうしてもPC をご用意できない方は,申込み受付時にご相談下さい。
【実習に必要なPC の条件は下記の通りです】
・ 無線LAN にてネットワーク接続が可能なこと
・ ウイルス駆除ソフトにて検疫済みのPC であること
・ ご利用のOS(MacX, WindowsXP, 7 など) とブラウザが最新の状態にアップデートされていること
アクセス
〒411-8540 静岡県三島市谷田1111 国立遺伝学研究所 (アクセス) 生命情報・DDBJ 研究センター 4F
・ JR三島駅から国立遺伝学研究所までタクシーで15分(約1500円)・バスで20分(240円)
JR三島駅バス発着時刻表
資料
・ 「第25回 DDBJing 講習会 in 三島」資料ダウンロード
(今回使用する資料は,準備ができ次第受講者へご連絡いたします)
・ DDBJing 講習会資料ダウンロード(過去のDDBJing 講習会資料)
お問い合わせ
講習会に関するご意見ご質問,またはご要望等がありましたら検討いたしますので,お問い合わせ の「講習会」までご連絡下さい。
参加申込み
参加申込みは締切りました
DDBJing 講習会とは?
国立遺伝学研究所の生命情報・DDBJ 研究センター (CIB-DDBJ; The Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan) には,日本DNA データバンク (DDBJ; DNA Data Bank of Japan) が設置されています。
DDBJ では,生物学研究者の皆様が決定された塩基配列の登録を受け付けて,それらを DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに格納し公開することや,塩基配列やアミノ酸配列などのデータベースを検索し解析するソフトを WWW などで広く提供することを行なっています。
DDBJing とは,DDBJ が提供するこれらのシステムを使って頂くことです。
これまで国立遺伝学研究所で9回,所外で15回開催していますが, DDBJ をより有効に活用して頂くために,今後も全国各地で DDBJing 講習会を開催していく予定です。 DDBJ の利用に興味のある皆様の参加をお待ちしています。
