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過去のDDBJing 講習会 一覧


2012年1月26日 「第25回 DDBJing 講習会 in 三島」

講議タイトル・講師
DDBJ のNGS 対応
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)
NGS マルチプレックス法による黄色ブドウ球菌de novo アセンブリ
佐々木 貴史 (慶應義塾大学医学部 特別研究講師)
MiGAP~微生物ゲノム注釈ツール利用法
大山 彰 (インシリコバイオロジー株式会社 代表取締役)
DBCLS Galaxy: ツール群, 日本語統合環境, etc.
山口 敦子(DBCLS 特任准教授)
DDBJ Sequence Read Archive(DRA) の紹介
児玉 悠一 (DDBJ 構築チーム アノテータ)
DDBJ pipeline 基礎(de novo assembly)
望月 孝子 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室)
DDBJ pipeline 高次部(galaxy : contig annotation workflow)
長崎 英樹 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室)
DDBJ pipeline 高次部(galaxy : 系統樹解析)
猿橋 智 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室)
NGS 由来アセンブル配列の登録~大量登録システム(MSS)
大城戸 利久(DDBJ 構築チーム アノテータ)

2011年6月30日 「第24回 DDBJing 講習会 in 東京」

講議タイトル・講師
資料の一括ダウンロード
DDBJ の紹介・データ受付など [24-1]
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)
NGS のベースコール精度とアセンブリ精度について [24-2]
新井 理 (ビッツ株式会社 三島研究所 所長)
MiGAP~微生物ゲノム注釈ツール利用法 [24-3]
大山 彰 (インシリコバイオロジー株式会社 代表取締役)
DDBJ Sequence Read Archive (DRA) へのデータ登録 [24-4]
児玉 悠一 (DDBJ 構築チーム アノテータ)
Pipeline 基礎(アセンブリ・マッピング) [24-5]
望月 孝子 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室)
Pipeline 高次(galaxyとゲノム・SNP 解析例) [24-6]
長崎 英樹 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室)
NGS 由来アセンブル配列の登録~大量登録システム(MSS) [24-7]
大城戸 利久 (DDBJ 構築チーム アノテータ)

2011年1月17日-18日 「DDBJing 講習会(23) & PDBj 講習会 in 長浜」

講議タイトル・講師
第1日目:資料の一括ダウンロード
PDBj と wwPDB [23-1-1]
中村 春木(大阪大学蛋白質研究所・教授)
構造からの機能予測法入門 [23-1-2]
木下 賢吾(東北大学大学院情報科学研究科・教授)
(実習 1)PDBj Mine の使い方 [23-1-3]
金城 玲 (大阪大学蛋白質研究所・准教授)
(実習 2)複雑な構造(電子顕微鏡構造・複合体構造)の見方 [23-1-4]
鈴木 博文 (大阪大学蛋白質研究所・特任研究員)
第2日目:資料の一括ダウンロード
DDBJ の紹介と大量配列のためのクラウド型計算機資源利用法 [23-2-1]
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)
次世代シークエンサ(NGS)概論とクラウド型解析ツール DDBJ Pipeline [23-2-2]
神沼 英里 (国立遺伝学研究所 助教)
NGS 登録データベース DDBJ Sequence Read Archive [23-2-3]
猿橋 智 (DDBJ 構築チーム アノテータ)
NGS クラウド型解析ツール DDBJ Pipeline 実習 [23-2-4]
望月 孝子 (国立遺伝学研究所 エンジニア)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習 [23-2-5]
真島 淳 (DDBJ 構築チーム アノテータ)

2010年6月23日-24日 「AJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京」

講議タイトル・講師
資料の一括ダウンロード(DBCLS は除く)
統合データベースプロジェクトの紹介
高祖 歩美(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任研究員)
カタログサービス・横断検索の利用法
川本 祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授)
文献関連サービスの活用法
山本 泰智(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任研究員)
遺伝子発現情報を使い倒す
坊農 秀雅(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授)
BodyParte3D/Anatomography の利用法
三橋 信孝(ライフサイエ>ンス統合データベースセンター 特任研究員)
DBCLS Galaxy の利用法
山口 敦子(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授)
DDBJ の紹介と配列データの検索 [22-2-1]
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)
次世代シーケンサ配列の登録・データ解析:次世代シーケンサのクラウド型パイプライン [22-2-2]
神沼 英里 (国立遺伝学研究所 助教)
次世代シーケンサ配列の登録・データ解析:次世代シーケンサアーカイブDB [22-2-3]
児玉 悠一 (DDBJ 構築チーム アノテータ)
次世代シーケンサ配列の登録・データ解析:クラウド型解析パイプライン・実習assembly/mapping [22-2-4]
望月 孝子 (国立遺伝学研究所 エンジニア)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習 [22-2-5]
小菅 武英(DDBJ 構築チーム アノテータ)
相同性検索と系統解析:BLAST と ClistalW [22-2-6]
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)

2009年6月17日-18日 「第21回 DDBJing講習会 in 三島」

講議タイトル・講師
資料の一括ダウンロード
DDBJ ホームページの使い方 [21-1]
真島 淳 (DDBJ 構築局アノテータ)
データベース検索実習1:キーワード検索を中心に [21-2]
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習 [21-3]
小菅 武英 (DDBJ 構築局アノテータ)
データベース検索実習2:BLAST ,PSI-BLAST の使い方 [21-4]
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)
short read archive(SRA)登録紹介とshort reads データ解析例の紹介 [21-5-1]
神沼 英里 (国立遺伝学研究所 助教)
short reads データ解析例の紹介 [21-5-2]
児玉 悠一 (DDBJ 構築局アノテータ)
大量登録の紹介 [21-6]
野崎 亜沙美 (DDBJ 構築局アノテータ)
分子進化解析入門(ClustalW) [21-7]
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)

2008年11月27日-28日「DDBJing & KEGGing & PDBjing 講習会」

講議タイトル・講師
資料一括ダウンロード(PDBj は除く)
DDBJ の紹介 [20-1-1]
舘野 義男 (DDBJ バンク長)
データ検索から系統樹作成まで [20-1-2]
斎藤 成也(国立遺伝学研究所・ 教授)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法 [20-1-3]
大城戸 利久 (DDBJ 構築局アノテータ)
ライフサイエンス統合 DB のサービス紹介
川島 秀一 (東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター・助教)
KEGG GENES の利用法 [20-2-1]
守屋 勇樹(京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター・研究員)
KEGG LIGAND の利用法 [20-2-2]
服部 正泰(京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター・助教)
KEGG PATHWAY の利用法 [20-2-3]
五斗 進 (京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター・准教授)
PDBj の紹介(→PDBj)
中村 春木(大阪大学蛋白質研究所・教授)
PDBj へのデータ登録方法(→PDBj)
松浦 孝範 (大阪大学蛋白質研究所・客員准教授)
PDBj のデータ検索サービスと二次データベース(→PDBj)
金城 玲(大阪大学蛋白質研究所・客員准教授)
ウェブサービスによる国内外データベースの統合的な活用 [20-4-2]
片山 俊明 (東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター・助教)


過去のDDBJing 講習会 一覧

第24回 2011年6月30日 ライフサイエンス統合データベースセンター
第23回 2011年1月17日-18日 長浜バイオ大学
第22回 2010年6月23日-24日 ライフサイエンス統合データベースセンター
第21回 2009年6月17日-18日 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター
第20回 2008年11月27日-28日 京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
第19回 2008年6月18日-19日 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター
第18回 2007年11月29日-30日 香川大学医学部 看護学科教育研究棟
第17回 2007年5月29日-30日国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター
第16回 2006年12月21日-22日 東京工業大学 大岡山キャンパス
第15回 2006年6月14日-15日 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター
第14回 2006年2月2日-3日 大阪大学 中之島センター・キャンパスイノベーションセンター
第13回 2005年9月1日-2日 東京農業大学 世田谷キャンパス
第12回 2005年6月8日-9日 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター
第11回 2005年3月2日 大阪大学 中之島センター・キャンパスイノベーションセンター
第10回 2004年7月7日-8日 国立遺伝学研究所 ゲストハウス
第9回 2004年3月28日 国立情報学研究所 学術総合センター
第8回 2003年9月24日 日本遺伝学会第75回大会 東北大学
第7回 2003年8月29日 高知医科大学 情報処理実習室
第6回 2002年1月30日-31日 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター
第5回 2001年9月03日 国立情報学研究所 学術総合センタ
第4回 2000年11月30日 九州大学 情報基盤センター
第3回 2000年8月23日 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター
第2回 1999年11月10日 北海道大学 地球環境科学研究科
第1回 1999年9月13日 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター