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2012年1月26日 「第25回 DDBJing 講習会 in 三島」
| 講議タイトル・講師 |
| DDBJ のNGS 対応 中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授) |
| NGS マルチプレックス法による黄色ブドウ球菌de novo アセンブリ 佐々木 貴史 (慶應義塾大学医学部 特別研究講師) |
| MiGAP~微生物ゲノム注釈ツール利用法 大山 彰 (インシリコバイオロジー株式会社 代表取締役) |
| DBCLS Galaxy: ツール群, 日本語統合環境, etc. 山口 敦子(DBCLS 特任准教授) |
| DDBJ Sequence Read Archive(DRA) の紹介 児玉 悠一 (DDBJ 構築チーム アノテータ) |
| DDBJ pipeline 基礎(de novo assembly) 望月 孝子 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室) |
| DDBJ pipeline 高次部(galaxy : contig annotation workflow) 長崎 英樹 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室) |
| DDBJ pipeline 高次部(galaxy : 系統樹解析) 猿橋 智 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室) |
| NGS 由来アセンブル配列の登録~大量登録システム(MSS) 大城戸 利久(DDBJ 構築チーム アノテータ) |
2011年6月30日 「第24回 DDBJing 講習会 in 東京」
| 講議タイトル・講師 |
| 資料の一括ダウンロード |
| DDBJ の紹介・データ受付など [24-1] 中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授) |
| NGS のベースコール精度とアセンブリ精度について [24-2] 新井 理 (ビッツ株式会社 三島研究所 所長) |
| MiGAP~微生物ゲノム注釈ツール利用法 [24-3] 大山 彰 (インシリコバイオロジー株式会社 代表取締役) |
| DDBJ Sequence Read Archive (DRA) へのデータ登録 [24-4] 児玉 悠一 (DDBJ 構築チーム アノテータ) |
| Pipeline 基礎(アセンブリ・マッピング) [24-5] 望月 孝子 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室) |
| Pipeline 高次(galaxyとゲノム・SNP 解析例) [24-6] 長崎 英樹 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室) |
| NGS 由来アセンブル配列の登録~大量登録システム(MSS) [24-7] 大城戸 利久 (DDBJ 構築チーム アノテータ) |
2011年1月17日-18日 「DDBJing 講習会(23) & PDBj 講習会 in 長浜」
| 講議タイトル・講師 |
| 第1日目:資料の一括ダウンロード |
| PDBj と wwPDB [23-1-1] 中村 春木(大阪大学蛋白質研究所・教授) |
| 構造からの機能予測法入門 [23-1-2] 木下 賢吾(東北大学大学院情報科学研究科・教授) |
| (実習 1)PDBj Mine の使い方 [23-1-3] 金城 玲 (大阪大学蛋白質研究所・准教授) |
| (実習 2)複雑な構造(電子顕微鏡構造・複合体構造)の見方 [23-1-4] 鈴木 博文 (大阪大学蛋白質研究所・特任研究員) |
| 第2日目:資料の一括ダウンロード |
| DDBJ の紹介と大量配列のためのクラウド型計算機資源利用法 [23-2-1] 中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授) |
| 次世代シークエンサ(NGS)概論とクラウド型解析ツール DDBJ Pipeline [23-2-2] 神沼 英里 (国立遺伝学研究所 助教) |
| NGS 登録データベース DDBJ Sequence Read Archive [23-2-3] 猿橋 智 (DDBJ 構築チーム アノテータ) |
| NGS クラウド型解析ツール DDBJ Pipeline 実習 [23-2-4] 望月 孝子 (国立遺伝学研究所 エンジニア) |
| SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習 [23-2-5] 真島 淳 (DDBJ 構築チーム アノテータ) |
2010年6月23日-24日 「AJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京」
| 講議タイトル・講師 |
| 資料の一括ダウンロード(DBCLS は除く) |
| 統合データベースプロジェクトの紹介 高祖 歩美(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任研究員) |
| カタログサービス・横断検索の利用法 川本 祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授) |
| 文献関連サービスの活用法 山本 泰智(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任研究員) |
| 遺伝子発現情報を使い倒す 坊農 秀雅(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授) |
| BodyParte3D/Anatomography の利用法 三橋 信孝(ライフサイエ>ンス統合データベースセンター 特任研究員) |
| DBCLS Galaxy の利用法 山口 敦子(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授) |
| DDBJ の紹介と配列データの検索 [22-2-1] 中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授) |
| 次世代シーケンサ配列の登録・データ解析:次世代シーケンサのクラウド型パイプライン [22-2-2] 神沼 英里 (国立遺伝学研究所 助教) |
| 次世代シーケンサ配列の登録・データ解析:次世代シーケンサアーカイブDB [22-2-3] 児玉 悠一 (DDBJ 構築チーム アノテータ) |
| 次世代シーケンサ配列の登録・データ解析:クラウド型解析パイプライン・実習assembly/mapping [22-2-4] 望月 孝子 (国立遺伝学研究所 エンジニア) |
| SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習 [22-2-5] 小菅 武英(DDBJ 構築チーム アノテータ) |
| 相同性検索と系統解析:BLAST と ClistalW [22-2-6] 中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授) |
2009年6月17日-18日 「第21回 DDBJing講習会 in 三島」
| 講議タイトル・講師 |
| 資料の一括ダウンロード |
| DDBJ ホームページの使い方 [21-1] 真島 淳 (DDBJ 構築局アノテータ) |
| データベース検索実習1:キーワード検索を中心に [21-2] 中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授) |
| SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習 [21-3] 小菅 武英 (DDBJ 構築局アノテータ) |
| データベース検索実習2:BLAST ,PSI-BLAST の使い方 [21-4] 中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授) |
| short read archive(SRA)登録紹介とshort reads データ解析例の紹介 [21-5-1] 神沼 英里 (国立遺伝学研究所 助教) |
| short reads データ解析例の紹介 [21-5-2] 児玉 悠一 (DDBJ 構築局アノテータ) |
| 大量登録の紹介 [21-6] 野崎 亜沙美 (DDBJ 構築局アノテータ) |
| 分子進化解析入門(ClustalW) [21-7] 中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授) |
2008年11月27日-28日「DDBJing & KEGGing & PDBjing 講習会」
| 講議タイトル・講師 |
| 資料一括ダウンロード(PDBj は除く) |
| DDBJ の紹介 [20-1-1] 舘野 義男 (DDBJ バンク長) |
| データ検索から系統樹作成まで [20-1-2] 斎藤 成也(国立遺伝学研究所・ 教授) |
| SAKURA を用いた塩基配列登録の方法 [20-1-3] 大城戸 利久 (DDBJ 構築局アノテータ) |
| ライフサイエンス統合 DB のサービス紹介 川島 秀一 (東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター・助教) |
| KEGG GENES の利用法 [20-2-1] 守屋 勇樹(京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター・研究員) |
| KEGG LIGAND の利用法 [20-2-2] 服部 正泰(京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター・助教) |
| KEGG PATHWAY の利用法 [20-2-3] 五斗 進 (京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター・准教授) |
| PDBj の紹介(→PDBj) 中村 春木(大阪大学蛋白質研究所・教授) |
| PDBj へのデータ登録方法(→PDBj) 松浦 孝範 (大阪大学蛋白質研究所・客員准教授) |
| PDBj のデータ検索サービスと二次データベース(→PDBj) 金城 玲(大阪大学蛋白質研究所・客員准教授) |
| ウェブサービスによる国内外データベースの統合的な活用 [20-4-2] 片山 俊明 (東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター・助教) |
