DDBJing講習会 アーカイブ

過去のDDBJing 講習会の内容をご覧いただけます。
また,最近の講習会資料のダウンロードとYouTube または USTREAMで講義の様子を閲覧できます。(第29回第28回第27回第26回

サービスの内容は不定期に更新されますので,なるべく最新の資料をご利用下さい。
古い資料がご入用の際,また資料を二次利用される際は お問い合わせ から「講習会」へご連絡下さい。


「第29回 DDBJing 講習会 in 三島」 2014年6月12日

  • テーマ:DDBJ へのデータ登録
  • 場 所:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター4階
  • 主 催:日本DNAデータバンク(DDBJ)
タイトル 講師 資料
DDBJ, スパコンの紹介, 大量配列情報解析 中村 保一(国立遺伝学研究所) pdfslideshareslidesharesites
公共データベースを使い倒した知のめぐりのよい生命科学研究 坊農 秀雅(ライフサイエンス統合データベースセンター) pdfslideshareslideshare
NIG スーパーコンピュータの紹介と見学 石川 直史(国立遺伝学研究所) pdfslideshareslideshare
NBDCヒトデータベースを介したJapanese Genotype-phenotype Archive の
データ共有の審査過程と登録手続き
箕輪 真理(JST バイオサイエンスデータベースセンター) pdfyoutubeslideshare
児玉 悠一(DDBJ) pdfyoutubeslideshare
BioProject と BioSample の紹介 児玉 悠一(DDBJ) pdfslideshareslideshare
DDBJ Sequence Read Archive の紹介 古屋 典子(DDBJ) pdfslideshareslideshare
Mass Submission System の紹介 李 慶範(DDBJ) pdfslideshareslideshare
DDBJ Nucleotide Sequence Submission System の紹介 小菅 武英(DDBJ) pdfslideshareslideshare

「第28回 DDBJing 講習会 in 新潟」 2013年11月19日

  • テーマ:NGS解析Galaxy特集とDDBJへの登録
  • 場 所:新潟大学 駅南キャンパス「ときめいと」(JR 新潟駅南口より徒歩3分)アクセス
  • 主 催:新潟大学(工学部情報工学科 阿部貴志),日本DNAデータバンク(DDBJ)
タイトル 講師 資料 USTREAM
DDBJ, スパコンの紹介, 大量配列情報解析 中村 保一(国立遺伝学研究所) - ustream
Galaxy入門とワークフロー構築 山口 敦子(ライフサイエンス統合データベースセンター) 4 ustream
数百人規模オミックス解析のための Galaxy 活用術 八谷 剛史(岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構) 準備中 ustream
新世代シークエンスデータの登録 児玉 悠一(DDBJ) 4 ustream
DDBJ Pipeline の紹介と実習 長崎 英樹(国立遺伝学研究所) 4 ustream
大量登録システム(MSS) の紹介(第27回DDBJing 講習会 資料) 4

「第27回 DDBJing 講習会 in 三島」 2013年7月4日

  • テーマ:NGS 配列解析と DDBJ データ登録
  • 場所:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター4階
  • 定員:20名
タイトル 講師 資料
DDBJ とNIG SuperComputer の紹介、大量配列情報解析 中村 保一(国立遺伝学研究所 教授)
公共NGS データの二次利用を支える技術 大田 達郎(ライフサイエンス統合データベースセンター 4
カメde novo ゲノムとRNAseq データの異種間比較 入江 直樹(理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター) 4
DDBJ Pipeline の紹介と実習 長崎 英樹(国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室) 4
DDBJ Sequence Read Archive, BioProject, BioSample の紹介 児玉 悠一(DDBJ 構築チーム アノテータ) 4
大量登録システム(MSS) の紹介 大城戸 利久 (DDBJ 構築チーム アノテータ) 4
DDBJ 塩基配列登録システムの紹介と実習 小菅 武英(DDBJ 構築チーム アノテータ) 4

当日の講義の様子は Ustream 第27回 DDBJing 講習会 in 三島 よりご覧頂けます。


※以降はご覧になりたい回をクリックすると内容が表示されます。

「第26回 DDBJing 講習会 in 三島」 2013年1月24日

  • テーマ:大規模計算機を利用した配列解析とDDBJ データ登録
  • 場所:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター4階
  • 定員:20名
タイトル 講師 資料
DDBJ とNIG SuperComputer の紹介、大量配列情報解析 中村 保一(国立遺伝学研究所 教授) 配布資料なし
DDBJ 新塩基配列登録システム:Web から塩基配列を登録する 小菅 武英(DDBJ 構築チーム アノテータ) 4
イオントレントデータ解析におけるクラウド環境の活用 古川 貴久(ライフテクノロジーズジャパン株式会社) 配布資料なし
NIG SuperComputer の紹介と見学 川越 千晴(国立遺伝学研究所 スパコン担当SE) 4
クラウドサービス BaseSpace が変える次世代シーケンサーデータ解析 鈴木 健介(イルミナ株式会社 マーケティング部) 配布資料なし
MiGAP:微生物ゲノム注釈ツール利用法 大山 彰(インシリコバイオロジー株式会社) 配布資料なし
DDBJ Pipeline の紹介 長崎 英樹(国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室) 講義用4
実習用4
DDBJ Sequence Read Archive(DRA), DDBJ BioProject の紹介 児玉 悠一(DDBJ 構築チーム アノテータ) 4
大量登録システム(MSS):大規模アセンブル配列の登録 大城戸 利久 (DDBJ 構築チーム アノテータ) 4

講義の様子はUstream よりご覧頂けます。

「第25回 DDBJing 講習会 in 三島」 2012年1月26日

  • テーマ:Next-Generation Sequencer(NGS) 由来のデータ解析(微生物を中心に)やデータ登録
  • 場所:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター4階
  • 定員:20名
タイトル 講師 資料
DDBJ のNGS 対応 中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授) 4
NGS マルチプレックス法による黄色ブドウ球菌de novo アセンブリ 佐々木 貴史 (慶應義塾大学医学部 特別研究講師) 4
MiGAP~微生物ゲノム注釈ツール利用法 大山 彰 (インシリコバイオロジー株式会社 代表取締役) 4
DBCLS Galaxy: ツール群, 日本語統合環境, etc. 山口 敦子(DBCLS 特任准教授) 4
DDBJ Sequence Read Archive(DRA) の紹介 児玉 悠一 (DDBJ 構築チーム アノテータ) 4
DDBJ pipeline 基礎(de novo assembly) 望月 孝子 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室) 4
DDBJ pipeline 高次部(galaxy : contig annotation workflow) 長崎 英樹 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室) 4
DDBJ pipeline 高次部(galaxy : 系統樹解析) 猿橋 智 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室) 4
NGS 由来アセンブル配列の登録~大量登録システム(MSS) 大城戸 利久 (DDBJ 構築チーム アノテータ) 4

「第24回 DDBJing 講習会 in 東京」 2011年6月30日

場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 東京大学工学部12号館4階
定員:20名
タイトル・講師
DDBJ の紹介・データ受付など
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)
NGS のベースコール精度とアセンブリ精度について
新井 理 (ビッツ株式会社 三島研究所 所長)
MiGAP~微生物ゲノム注釈ツール利用法
大山 彰 (インシリコバイオロジー株式会社 代表取締役)
DDBJ Sequence Read Archive (DRA) へのデータ登録
児玉 悠一 (DDBJ 構築チーム アノテータ)
Pipeline 基礎(アセンブリ・マッピング)
望月 孝子 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室)
Pipeline 高次(galaxyとゲノム・SNP 解析例)
長崎 英樹 (国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室)
NGS 由来アセンブル配列の登録~大量登録システム(MSS)
大城戸 利久 (DDBJ 構築チーム アノテータ)

「第23回 DDBJing 講習会 & PDBj 講習会 in 長浜」 2011年1月17-18日

場所:長浜バイオ大学 命江館3階 語学実習室
定員:40名
タイトル・講師
[1日目]
PDBj と wwPDB
中村 春木(大阪大学蛋白質研究所・教授)
構造からの機能予測法入門
木下 賢吾(東北大学大学院情報科学研究科・教授)
(実習 1)PDBj Mine の使い方
金城 玲 (大阪大学蛋白質研究所・准教授)
(実習 2)複雑な構造(電子顕微鏡構造・複合体構造)の見方
鈴木 博文 (大阪大学蛋白質研究所・特任研究員)
[2日目]
DDBJ の紹介と大量配列のためのクラウド型計算機資源利用法
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)
次世代シークエンサ(NGS)概論とクラウド型解析ツール DDBJ Pipeline
神沼 英里 (国立遺伝学研究所 助教)
NGS 登録データベース DDBJ Sequence Read Archive
猿橋 智 (DDBJ 構築チーム アノテータ)
NGS クラウド型解析ツール DDBJ Pipeline 実習
望月 孝子 (国立遺伝学研究所 エンジニア)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習
真島 淳 (DDBJ 構築チーム アノテータ)

「第22回 DDBJing 講習会 & AJACS in 東京」 2010年6月23-24日

場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 東京大学工学部12号館4階
定員:30名
タイトル・講師
[1日目]
統合データベースプロジェクトの紹介
高祖 歩美(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任研究員)
カタログサービス・横断検索の利用法
川本 祥子(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授)
文献関連サービスの活用法
山本 泰智(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任研究員)
遺伝子発現情報を使い倒す
坊農 秀雅(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授)
BodyParte3D/Anatomography の利用法
三橋 信孝(ライフサイエ>ンス統合データベースセンター 特任研究員)
DBCLS Galaxy の利用法
山口 敦子(ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授)
[2日目]
DDBJ の紹介と配列データの検索
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)
次世代シーケンサ配列の登録・データ解析:次世代シーケンサのクラウド型パイプライン
神沼 英里 (国立遺伝学研究所 助教)
次世代シーケンサ配列の登録・データ解析:次世代シーケンサアーカイブ DB
児玉 悠一 (DDBJ 構築チーム アノテータ)
次世代シーケンサ配列の登録・データ解析:クラウド型解析パイプライン・実習assembly/mapping
望月 孝子 (国立遺伝学研究所 エンジニア)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習
小菅 武英(DDBJ 構築チーム アノテータ)
相同性検索と系統解析:BLAST とClustalW
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)

「第21回 DDBJing 講習会 in 三島」 2009年6月17-18日

場所:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター 2階会議室
定員:30名
タイトル・講師
[1日目]
DDBJ ホームページの使い方
真島 淳 (DDBJ 構築局アノテータ)
データベース検索実習1:キーワード検索を中心に
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習
小菅 武英 (DDBJ 構築局アノテータ)
[2日目]
データベース検索実習2:FASTA, BLAST, PSI-BLAST, HMMPFAM の使い方
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)
スパコン棟見学
DDBJ スタッフ
Short Reads データ解析例の紹介
神沼 英里 (国立遺伝学研究所 助教)
Short read archive(SRA)登録紹介
児玉 悠一 (DDBJ 構築局アノテータ)
大量登録の紹介
野崎 亜沙美 (DDBJ 構築局アノテータ)
分子進化解析入門(ClustalW)
中村 保一 (国立遺伝学研究所 教授)

「第20回 DDBJing 講習会 & KEGGing 講習会 & PDBjing 講習会 in 京都」 2008年11月27-28日

場所:京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
定員:30名
タイトル・講師
[1日目]
DDBJ の紹介
舘野 義男 (DDBJ バンク長)
データ検索から系統樹作成まで
斎藤 成也(国立遺伝学研究所・ 教授)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法
大城戸 利久 (DDBJ 構築局アノテータ)
ライフサイエンス統合 DB のサービス紹介
川島 秀一 (東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター・助教)
[2日目]
KEGG GENES の利用法
守屋 勇樹(京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター・研究員)
KEGG LIGAND の利用法
服部 正泰(京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター・助教)
KEGG PATHWAY の利用法
五斗 進 (京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター・准教授)
PDBj の紹介
中村 春木(大阪大学蛋白質研究所・教授)
PDBj へのデータ登録方法
松浦 孝範 (大阪大学蛋白質研究所・客員准教授)
PDBj のデータ検索サービスと二次データベース
金城 玲(大阪大学蛋白質研究所・客員准教授)
ウェブサービスによる国内外データベースの統合的な活用
片山 俊明 (東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター・助教)

「第19回 DDBJing 講習会 in 三島」 2008年6月18-19日

場所:国立遺伝学研究所・生命情報・DDBJ 研究センター 2階会議室
定員:30名
タイトル・講師
[1日目]
DDBJ ホームページの使い方
真島 淳 (DDBJ 構築局アノテータ)
データベース検索実習1:キーワード検索を中心に
小笠原 理 (国立遺伝学研究所 助教)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習 及びDDBJ 遺伝子発現データベースCIBEX の簡単なご紹介
児玉 悠一 (DDBJ 構築局アノテータ)
[2日目]
データベース検索実習2:FASTA, BLAST の使い方
鈴木 善幸 (国立遺伝学研究所 助教)
スパコン棟見学
DDBJ スタッフ
学部教育におけるDDBJ の活用について
阿部 貴志 (長浜バイオ大学 助教)
GTOP を中心としてタンパク質データベース
福地 佐斗志 (国立遺伝学研究所 助教)
分子進化解析入門(ClustalW)
隅山 健太 (国立遺伝学研究所 助教)

「第18回 DDBJing 講習会 & 寺子屋『情報生物学』 in 香川」 2007年11月29-30日

場所:香川大学医学部  看護学科教育研究棟2階マルチメディア実習室
定員:100名
タイトル・講師
[1日目]
バイオインフォマティクス入門
舘野 義男(国立遺伝学研究所 教授)
ゲノム進化学入門
斎藤 成也(国立遺伝学研究所 教授)
遺伝子発現解析入門
池尾 一穂(国立遺伝学研究所 准教授)
[2日目]
DDBJ 活動全体の紹介
斎藤 成也(国立遺伝学研究所 教授)
SAKURA を中心とする塩基配列登録の方法と実習
小菅 武英(DDBJ 構築局アノテータ)
ARSA を中心とするデータベースの検索方法と実習
峯崎 善章(国立遺伝学研究所 助教)
BLAST を中心とする相同性検索の方法と実習
鈴木 善幸(国立遺伝学研究所 助教)
GIB, GIB-V, GTPS を用いた小型ゲノム解析の紹介
小菅 武英(DDBJ 構築局アノテータ)
GTOP などを用いたタンパク質構造分析法の紹介
福地 佐斗志(国立遺伝学研究所 助教)

「第17回 DDBJing 講習会 in 三島」 2007年5月29-30日

場所:国立遺伝学研究所・生命情報・DDBJ 研究センター 2階会議室
定員:30名
タイトル・講師
[1日目]
DDBJ の紹介
舘野 義男(日本DNAデータバンク バンク長/国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・教授)
getentry, ARSA, SRS の検索実習
小笠原 理(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助教)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習
李慶範(国立遺伝学研究所 DDBJ 構築局アノテータ)
[2日目]
FASTA, BLAST の検索実習
鈴木 善幸(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助教)
完全ゲノムデータの利用 GIB, GIB-V, GTPS
阿部 貴志(国立遺伝学研究所 データベース運用開発研究室)
ClustalW の講義と実習
鈴木 善幸(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助教)

「第16回 DDBJing 講習会 & PDBjing 講習会 in 東京」 2006年12月21-22日

場所:東京工業大学 大岡山キャンパス 情報ネットワーク演習棟
定員:30名
タイトル・講師
[1日目]
DDBJ の紹介
坂井 勝呂(DDBJ 構築局アノテータ)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・講議及び実習
坂井 勝呂(DDBJ 構築局アノテータ)
PDBj の紹介とHP の使い方
中村 春木(大阪大学蛋白質研究所・教授)
PDBj の各種サービスの基本的な使い方(講議と実習)
金城 玲(大阪大学蛋白質研究所・客員助教授)
[2日目]
PDBML 入門(講議と実習)
金城 玲(大阪大学蛋白質研究所・客員助教授)
GTOP の利用法・講議および実習
福地 佐斗志(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
たんぱく質表面形状と物性データベース,eF-site
木下 賢吾(東京大学医科学研究所・助教授)

「第15回 DDBJing 講習会 in 三島」 2006年6月14-15日

場所:国立遺伝学研究所・生命情報・DDBJ 研究センター 2階会議室
定員:30名
タイトル・講師
[1日目]
INSDC の概略とDDBJ HP の利用法(英語による講議)
Barrero Roberto(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・講議
野崎 亜沙美(DDBJ 構築局アノテータ)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習
野崎 亜沙美(DDBJ 構築局アノテータ)
H-Invitational Database の紹介
大城戸 利久(DDBJ 構築局アノテータ)
[2日目]
データベース検索実習1(キーワード検索を中心に) - getentry, SRS, ARSA の使い方
小笠原 理(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
データベース検索実習2(相同性検索を中心に) - FASTA, BLAST の使い方
池尾 一穂(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助教授)
ゲノム配列解析ツール(Genome Analysis Tools: GAT) と第三者アノテーション
阿部 貴志(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
GTOP の利用法・講議および実習
福地 佐斗志(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
分子進化解析入門 (ClustalW)
隅山 健太(国立遺伝学研究所 集団遺伝研究部門・助手)
DDBJ の展望「生命科学データベースの現状と課題」
大久保 公策(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・教授)

「第14回 DDBJing 講習会 & PDBjing 講習会 in 大阪」 2006年2月2-3日

場所:大阪大学中之島センター・キャンパスイノベーションセンター7階 講義室2
定員:30名
タイトル・講師
[1日目]
DDBJ の利用法
斎藤 成也(国立遺伝学研究所集団遺伝研究部門・教授)
DDBJ のサービスの紹介と実習 その1 - 検索を中心に:ARSA の使い方
斎藤 成也(国立遺伝学研究所集団遺伝研究部門・教授)
PDBj の紹介とHP の使い方
中村 春木(大阪大学蛋白質研究所・教授)
PDBj のサービスの紹介と実習 その1 - xPSSS による蛋白質立体構造データの検索法の実習
伊藤 暢聡(東京医科歯科大学大学院・教授)
[2日目]
ゲノム進化学入門
斎藤 成也(国立遺伝学研究所集団遺伝研究部門・教授)
PDBj のサービスの紹介と実習 その2 - Structure Navigator/ Sequence Navigator/ GASH の講義と実習
Daron M. Standley(JST-BIRD・研究員)
DDBJ のサービスの紹介と実習 その2 - GTOP データベースの利用法についての講義と実習
金城 玲(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
タンパク質の構造予測とその周辺
金城 玲(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
タンパク質表面形状と物性データベース,eF-site
木下 賢吾(東京大学医科学研究所・助教授)

「第13回 DDBJing 講習会 in 東京農大」 2005年9月1-2日

場所:東京農業大学世田谷キャンパス 18号館3階コンピューター演習室3
定員:一般募集はなし
タイトル・講師
[1日目]
DDBJ の利用法
菅原 秀明(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ*・教授)
データベース検索実習1 - キーワード検索を中心に: getentry, SRS, ARSA の使い方
阿部 貴志(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
データベース検索実習2 - 相同性検索を中心に:BLAST/FASTA の簡単な説明 (アルゴリズム・パラメータ 紹介と使い方)
阿部 貴志(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
遺伝子発現データベース - 遺伝発現データ活用・将来展望の観点から
池尾 一穂(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助教授)
[2日目]
分子進化解析入門・実習 - ClustalW から系統樹作成へ
鈴木 善幸(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
タンパク質データの利用法・講議および実習 - UniProt の紹介,GTOP の利用法など
福地 佐斗志(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法(講議)
林 意雀(DDBJ 構築局アノテータ)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法(実習) - CDS, 16S rRNA 等の登録の実習
林 意雀(DDBJ 構築局アノテータ)
完全ゲノムのデータの利用 - GIB, G-InforBIO
平畠 壮規・田中 尚人(国立遺伝学研究所データベース運用開発研究室)

「第12回 DDBJing 講習会 in 三島」 2005年6月8-9日

場所:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 2階会議室
定員:30名
タイトル・講師
[1日目]
DDBJ/EMBL/GenBank データベースの概要
舘野 義男(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・教授)
web を使ったDDBJ の利用
市川 恵子(DDBJ 情報局)
データベース検索実習1(キーワード検索を中心に) getentry, SRS, ARSA の使い方
阿部 貴志(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
データベース検索実習2(相同性検索を中心に) BLAST/FASTA の簡単な説明と使い方
阿部 貴志(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
分子進化解析入門
鈴木 善幸(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
[2日目]
完全ゲノムのデータを入手する
平畠 壮規(国立遺伝学研究所 データベース運用開発研究室)
GTOP の利用法・講議および実習
福地 佐斗志(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法(講議)
林 意雀(DDBJ 構築局アノテータ)
SAKURA を用いた塩基配列登録の方法(実習)
林 意雀(DDBJ 構築局アノテータ)
遺伝子発現データベース
池尾 一穂(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助教授)
遺伝研スーパーコンピュータの利用
金城 玲(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)

「第11回 DDBJing 講習会 & PDBjing 講習会 in 大阪」 2005年3月2日

場所:大阪大学中之島センター・キャンパスイノベーションセンター2階 講義室2
定員:30名
タイトル・講師
DDBJ の概略とHP の使い方
金城 玲(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
SAKURA を用いた塩基配列データ登録の概説・模擬登録実習
大城戸 利久(DDBJ 構築局・アノテータ)
PDBj の紹介とHP の使い方
中村 春木(大阪大学蛋白質研究所・教授)
xPSSS による蛋白質立体構造データの検索法の実習
中村 春木(大阪大学蛋白質研究所・教授)
ADIT による立体構造データ登録法と実習
小佐田 高史(大阪大学蛋白質研究所・技術職員)
全ゲノム立体構造予測データベースGTOP の使い方
福地 佐斗志(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)

「第10回 DDBJing 講習会 in 三島」 2004年7月7-8日

場所:国立遺伝学研究所 ゲストハウス2階セミナー室
定員:30名
タイトル・講師
[1日目]
新しいHP を使った DDBJing
斎藤 成也(国立遺伝学研究所 集団遺伝研究部門・教授)
データ登録入門編:SAKURA による塩基配列データ登録の概論
真島 淳(DDBJ 構築局・アノテータ)
データ登録実習編:SAKURA による模擬登録実習
真島 淳(DDBJ 構築局・アノテータ)
[2日目]
データベース検索入門編:相同性検索の仕組みと使い方を中心に
阿部 貴志(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
データベース検索実習編:相同性検索の仕組みと使い方を中心に
阿部 貴志(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)
データ登録応用編:大量塩基配列データ登録の概論
真島 淳(DDBJ 構築局・アノテータ)
ゲノム時代のタンパク質データベース "GTOP" について
西川 建(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・教授)
XML 技術の広がり
菅原 秀明(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・教授)
発現データとデータベース
伊藤 孝一(国立遺伝学研究所 CIB-DDBJ・助手)

「第9回 DDBJing 講習会 & 第6回 情報生物学『寺子屋』 in 東京」 2004年3月28日

場所:国立情報学研究所学術総合センター 一橋記念講堂中会議場
定員:200名
タイトル・講師
Web サービスによるDDBJ の活用について
宮崎 智(遺伝研生命情報・DDBJ 研究センター・助教授)
DDBJ への塩基配列の登録について
坂井 勝呂(DDBJ 構築局・アノテータ)
バイオインフォマティクス研究におけるDDBJ の役割
五條堀 孝(遺伝研生命情報・DDBJ 研究センター長)
生物学知識をどう扱うか?
大久保 公策(遺伝研生命情報・DDBJ 研究センター・教授)
ゲノム規模立体構造予測データベース・GTOP
福地 佐斗志(遺伝研生命情報・DDBJ 研究センター・助手

「第8回 DDBJing 講習会 in 遺伝学会」 2003年9月24日

場所:日本遺伝学会第75回大会 東北大学 川内北キャンパス B会場 (B201)
タイトル・講師
DDBJ の利用法~データベースとソフトウエア~
池尾一穂(国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター・助教授)

「第7回 DDBJing 講習会 in 高知」 2003年8月29日

場所:高知医科大学 看護学科棟2階情報処理実習室
定員:30名
タイトル・講師
DDBJ 活動の概略
深海薫(理化学研究所バイオリソースセンター)
SAKURA を用いたデータ登録法
小菅武英(DDBJ 構築局・アノテータ)
SAKURA を用いないデータ登録法
小菅武英(DDBJ 構築局・アノテータ)
配列検索方法 (getentry, SRS)
深海薫(理化学研究所バイオリソースセンター)
配列から系統樹まで (BLAST, CLUSTALW)
深海薫(理化学研究所バイオリソースセンター)
GIB の紹介
小菅武英(DDBJ 構築局・アノテータ)
GTOP の紹介
福地佐斗志(遺伝研生命情報・DDBJ 研究センター・助手)

「第6回 DDBJing 講習会 in 三島」 2002年1月30-31日

場所:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター3階
定員:30名
タイトル・講師
[1日目]
DDBJ とは?
舘野義男(遺伝研生命情報・DDBJ 研究センター・教授)
DDBJ web の使い方概論
深海薫(遺伝研生命情報・DDBJ 研究センター・助手)
SAKURA を中心とした塩基配列データの登録法
岡田あゆみ(DDBJ 構築局・アノテーター)
SRS を中心とした検索方法
DDBJ データベース運用開発局
[2日目]
GIB の活用
DDBJ データベース運用開発局
生命情報学分野におけるXML の評価とDDBJ の取り組み
宮崎智(遺伝研生命情報・DDBJ 研究センター・助手)
DDBJ と計算機センターの見学
DDBJ 情報局
生命情報学と分子進化学
池尾一穂(遺伝研生命情報・DDBJ 研究センター・助手)
ヒトゲノム配列データベースと多型データベースの活用
今西規((独)産業技術総合研究所 生物情報解析研究センター統合データベース解析グループ・チームリーダー)
GTOP の利用を中心とするタンパク質立体構造予測
西川建(遺伝研生命情報・DDBJ 研究センター・教授)

「第5回 DDBJing 講習会 in 東京」 2001年9月3日

場所:国立情報学研究所 学術総合センタービル2階 中会議場2~4
定員:150名
タイトル・講師
日本DNA データバンクと「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」
舘野義男
塩基配列データの登録法
青野英雄
DDBJ データベースの検索法(キーワード検索,相同性検索,種名検索など)
深海薫
DDBJ ClustalW の利用法(多重整列から系統樹作成まで)
斎藤成也
DDBJ から利用できるタンパク質立体構造解析ツール
太田元規

「第4回 DDBJing 講習会 in 福岡」 2000年11月30日

場所:九州大学情報基盤センター情報サロン(箱崎キャンパス)
定員:36名
タイトル・講師
DDBJ 活動の概略とデータベースの検索法
斎藤成也
分子進化学的データ解析法
深海薫
SAKURA を用いたデータ登録法
鈴木満美(データベース構築局)
登録データの更新と大量データ登録法
島田明美(データベース構築局)

「第3回 DDBJing 講習会 in 三島」 2000年8月23日

場所:国立遺伝学研究所 生命情報研究センター
定員:30名
タイトル・講師
DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースについて
舘野義男
DDBJ Web の使い方
斎藤成也
解析ソフトの使い方
深海薫
新SAKURA の使い方
データベース構築局
検索ソフト(SRS など)の使い方
運用開発局

「第2回 DDBJing 講習会 in 札幌」 1999年11月10日

場所:北海道大学地球環境科学研究科 講堂
定員:50名
タイトル・講師
日本DNA データバンクと「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」
斎藤成也
DDBJ への塩基配列登録の方法(SAKURA・大量登録ツールMST などの利用))
真島淳・橋爪亜紀
DDBJ のwww 活用方法(キーワード検索,FASTA/BLAST 相同性検索など)
斎藤成也・大藤由紀子
塩基配列・アミノ酸配列から系統樹を作成する方法
斎藤成也

「第1回 DDBJing 講習会 in 三島」 1999年9月13日

場所:国立遺伝学研究所 生命情報研究センター2階AV 室
定員:30名
タイトル
日本DNA データバンクと「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」

DDBJ への塩基配列登録の方法(SAKURA・大量登録ツールMST などの利用)

データベース検索の基礎(キーワード検索,FASTA/BLAST 相同性検索など)

分子進化解析入門(多重整列,遺伝子系統樹作成,同義・非同義置換数推定など)

タンパク質立体構造解析入門(PDB ブラウザー,二次構造・立体構造予測など)

ページの先頭へ戻る