Last updated:2018.1.26.

「第1回 D-STEP 講習会」参加のみなさまへ

「第1回 D-STEP 講習会」に参加申し込みいただきましてありがとうございます。
講習会の内容について、再度ご確認をお願いします。
講義資料はこちらからダウンロードできます。講義の前にご一読下さい。また、当日必要な方はプリントアウトしてご持参下さい。

  • 日 時:2018年1月26日(金)10:00~16:00 
  • 場 所:国立遺伝学研究所 生命情報研究センター4階会議室(国立遺伝学研究所へのアクセス
  • 主 催:日本DNAデータバンク(DDBJ)

プログラムと講義資料

時間 タイトル 講師 資料
  9:30-10:00 受付
10:00-12:00 NGS解析を始めた時にぶつかりがちな小さい壁あれこれ 川島 武士(国立遺伝学研究所 生命ネットワーク研究室 助教) (1)page_put
(2)page_put
12:00-13:00 昼休み
13:00-15:00 ディープラーニングによる出芽酵母蛍光画像の細胞内タンパク質局在の分類 神沼 英里(国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室 助教) コード集

注意とお願い

  1. 無線LAN 接続が可能なPC をお持ち下さい。PC の OS は Windows, Mac のどちらでも構いませんが,セキュリティのためウイルススキャンを実行してからお持ち下さい。
  2. 本講習会はハンズオン中心の講習会ですので、実習をスムーズに行うために下記の準備作業を講習会までに行ってきてください。
    • NGS解析
      • スパコンアカウントの取得:国立遺伝学研究所のスパコンアカウントをお持ちでない方は、講習会までにアカウントを取得して下さい。アカウントの申請は、スパコンホームページ(新規ユーザ登録申請)より行って下さい。
      • 公開鍵の設定:本講習会では、公開鍵の設定方法の講習は行いませんので、以下を参考に、ご自身で設定を行って来て下さい。
        Windows環境での遺伝研スパコンシステムログイン手順
        Mac環境での遺伝研スパコンシステムログイン手順
      • ソフトウェアのインストール:スパコンの使用に必要なソフトウェアをPCにインストールしてきて下さい。
        ・ssh接続が可能なターミナルエミュレータ(Windows の場合、putty や TeraTerm などのフリーソフト。Mac の場合は標準装備の Terminal で可)
        ・SCP、SFTPデータ転送用ソフト(Windows の場合、WinSCP等のフリーソフト。Mac の場合、FileZilla、Cyberduck 等のフリーソフト、または標準装備のTerminal)
      • 基本的なUNIXコマンドの習得:市販の書籍、以下のサイトやその他のウェブサイトなどを参考に、ご自身で学習してきて下さい。
        NIG SuperComputer の利用方法(2-1)ログインして解析を実行する -UNIX の基本コマンド超入門
    • ディープラーニング
      • 使用技術
        · Python :プログラミング言語
        · Jupyter notebook :対話型実行環境
        · TensorFlow :深層学習ライブラリ
        · Keras :深層学習用上位ラッパーライブラリ
      • Anacondaをインストール済
        ・ダウンロードURL: https://www.anaconda.com/download/
        ・Anacondaはデータサイエンスツールを含むpythonパッケージです。
        ・Anacondaに含まれるJupyter notebookを使います。
      • tensorflow, kerasをインストール済
        ・anaconda promptでpip install tensorflow
        ・anaconda promptでpip install keras
        - anaconda promptでconda list
        リスト中に「tensorflow」「tensorflow-tensorboard」「Keras」がある事を確認します。
        ※Anaconda root環境へのインストールになります。
  3. 昼食について:国立遺伝学研究所内には食堂がありますが,周辺には飲食の施設はございません。講義室での飲食は可能です。
  4. 記録のため講義の様子を写真およびビデオで撮影し、それらをWeb 等に掲する場合があります。
  5. 講習会終了後に【第1回 D-STEP 講習会】講習会後アンケート へのご協力をお願いいたします。今後の講習会開催の参考にさせて頂きます。
  6. ご不明な点がございましたらお問い合わせの「講習会」からご連絡下さい。
ページの先頭へ戻る