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"DDBJ 塩基配列登録システム F A Q"
その1. 推奨ブラウザと"Select Qualifier" に関して
その2. location の記述法と"Select Qualifier" の"/translation" に関して
その3. "genetic code" と "Location", "codon_start" の正しい記述に関して

 

困った de Q (ユーザから寄せられる Q and A です)
第1回. 次世代シークエンサ(454,Solexa,SOLiD など)から得られた配列データの登録はどうすれば良いですか?
第2回. 現在,ホームページを作成しています。DDBJ に登録されたデータ(アクセッション番号)へ直接リンクを張りたいのですが,例えば,ホームページ上の AB055395 をクリックすると,DDBJ の getentry で検索したような画面が出るようにする方法はありますか?
第3回. 今回投稿する雑誌の規程では,塩基配列を必ず登録するよう記載がありませんが,登録の必要があるのでしょうか?
第4回. ゲノム配列,mRNA,またはアミノ酸配列を登録する際に,特有の名称を記載することは可能でしょうか?また,DDBJ へ登録すると,遺伝子名も公式に命名されたことになりますか?
第5回. DDBJ が発行する「セカンダリアクセッション番号」とはどのようなアクセッション番号でしょうか?
第6回. DNA 多型のデータはどのように登録するのがよいでしょうか?
第7回. ClustalW の解析結果で,"query.ph" や"query.phb" の値が 0 になっています。なぜですか。
第8回. BLAST の検索結果は,一度ブラウザを閉じたあとでも見ることができますか?
第9回. BLAST やClustalW の検索結果中のアクセッション番号にリンクがないのですが,簡単に内容を見る方法はありますか?
第10回. 特許出願中の塩基配列データをDDBJ へも登録できますか。
第11回. getentry で取得できるデータの数に上限はありますか?

 

DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介
(1) 日本特許庁の特許配列データ
(2) 韓国特許庁の特許配列データ
(3) DDBJ 検索サービスを使用した特許公開公報の確認方法
(4) 日本特許庁(JPO) データの公開フラットファイル構造

 

Patent column from DDBJ
1. Patent data distribution for Japan Patent Office (JPO)
2. Patent data distribution for Korean Intellectual Property Office (KIPO)
3. Flat File structure for Japan Patent Office (JPO) -First part-
4. Flat File structure for Japan Patent Office (JPO) -Second part-

 

「ユーザーの皆様へ,お願いです!」
その1. より迅速なアクセッション番号発行を目指して
その2. よりスマートな公開のために
その3. パーフェクトなデータ更新に向けて
その4. 登録したいデータの量が多くて困った時のヒント集

 

DDBJ アノテータの業務紹介
1. Primary Database を維持するということ(前編)
1. Primary Database を維持するということ(後編)
2. SAKURAでの登録(前編)
2. SAKURAでの登録(後編)
3. 大量登録システム(MSS) の利用(前編)
3. 大量登録システム(MSS) の利用(後編)
4. 更新について(前編)
4. 更新について(後編)
5. DDBJ Sequence Read Archive
6. 開発ユニットより

 

DDBJ の塩基配列解析ツールについて
DDBJ の塩基配列解析ツールについて(前編)
DDBJ の塩基配列解析ツールについて(後編)

 

SAKURA でのデータ登録受付終了 2012.10.31.
SAKURA de Q (ユーザから寄せられる SAKURA に関する Q and A です)
第1回. 「連続したアクセッション番号の発行」を希望した場合,登録作業を一時中断することは可能ですか?
第2回. テンプレートを使って連番登録作業を行っていますが,毎回1件目と同じ配列が入力されてしまいます。何故でしょうか?
第3回. EntryID を用いての登録作業の再開ができません。
第4回. 連番登録の途中で登録予定件数を変更することはできますか?
第5回. SAKURA で塩基配列の登録を行う予定です。その際に注意するべき点などがあれば教えて下さい。
第6回. 掲載する論文が同一でない配列は,「連続したアクセッション番号の発行」を選択しての,登録はできないのでしょうか?
第7回. 論文の投稿予定はありませんが,REFERENCE 情報のページでは,どのように入力すればよいでしょうか?
第8回. 「生物情報ページ」の入力方法について教えて下さい。
第9回. 連番登録の途中で,既にSubmitしたエントリの内容に間違いがあることに気づきました。修正はできますか?
 

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