DDBJ ユーザの皆様と，国立遺伝学研究所内の方に送信を開始しました「DDBJ メールマガ
ジン」第１号 web 版です。
隔月で DDBJ からのおしらせや新サービスの案内などをお届けしてゆく予定です。メール
ではヘッドラインのみをお届けしていますので，詳細はメール本文中の URL よりこの 
web 版にアクセスしてご覧下さい。
国立遺伝学研究所外の方で配信を希望されない方は，恐れ入りますが以下のアドレスまで
メールにてご連絡下さいますようお願い致します。
　　　　ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp 

定期リリース時期の変更
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして年４回定期的に公
開しています。現在の定期リリースの時期は1・4・7・10月ですが，次回から3・6・9・12
月に変更します。これは，リリース作成時期と登録の多い時期の一致を避けるためで，次
回のDDBJ リリース 50 の公開はこれまでよりも１ヶ月早い6月となります。

ddbjnew 圧縮形式の変更
定期リリース後の新着データ unified daily update file (ddbjnew) の圧縮形式を comp
ress から gzip に変更しました。これは gzip の方が圧縮率が高いことと，GenBank,
EMBL と圧縮形式を統一するためです。
DDBJ 定期リリースの圧縮形式は既に gzip に変更していますが，新着データ (ddbjnew)
は次回の DDBJ リリース50 の締め日（5/29予定）以降より gzip 形式に変更し，compres
s 形式 (*.Z) の作成を全て停止しました。スクリプトの変更等が必要な方は十分ご注意
下さい。

公開データベースに新形式追加
2002年4月に公開した DDBJ Rel.49 から anonymous-ftp で公開しているデータベースに
新たな形式を追加しました。追加した形式と公開サイトは以下の通りです。定期リリース
後の新着データ unified daily update file (ddbjnew) についても，同形式でご利用い
ただくことができます。

- DDBJ リリースに対応した FASTA 形式のファイルを公開
  ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/fasta/
- DDBJ リリースに対応した CDS 配列の FASTA 形式のファイルを公開 (cdsdb)
  ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/cdsdb/

anonymous-ftp ではこのほかに DDBJ リリースに対応した XML 形式のファイルも公開し
ており，定期リリース後の新着データも XML 形式でご利用いただけます。
  ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/
  ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbjnew/xml/
  

get-entry は WWW サーバと E-mail サーバを利用してアクセッション番号などによりエ
ントリデータを検索するシステムです。2002年5月 E-mail 版 get-entry に，大量エント
リを一括取得する新機能を追加しました。操作方法は従来の E-mail 版 get-entry と同
様ですが，１回の検索で取得できる最大件数が10件から５万件になりました。どうぞご利
用下さい。
リクエストメールの記述例など詳細はこちらをご覧下さい。
  

GenBank および EMBL で登録・公開された Whole Genome Shotgun (WGS) sequence のデ
ータが，DDBJ でも公開されました。今回公開されたのはハマダラカ，イネ，マウス由来
の配列データで，合計で約400,000エントリです。
DDBJ では get-entry により，アクセッション番号より検索してデータを見ることができ
ます。
この WGS では通常のエントリと異なり，アクセッション番号が１２桁（アルファベット
４文字＋８桁の数字）で表示されていますのでご注意下さい。
今回公開された検索可能なアクセッション番号は以下の通りです。
    a_gambiae.strain  : AAAB01000001 - AAAB01069724
    o_sativa.cultivar : AAAA01000001 - AAAA01103044
    mus_musculs       : CAAA01000001 - CAAA01224713
また下記ファイル名で，anonymous-ftp (ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/wgs/)
でも公開しています。
    a_gambiae.strain_PEST.gz (69,724件)
    o_sativa.cultivar_indica.gz (103,044件)
    mus_musculs.gz (224,713件)
  

DDBJ では「DDBJ/CIB report」を年１回，「DDBJ オフラインニュース」を年２回発行し
ています。３月下旬に「DDBJ/CIB report 2002」を3500部印刷し利用者に送付しました。
今回は「XML と XML を利用した DDBJ でのサービス 第２回 DDBJ-XML の紹介」や「Virg
iniaCreeper による新しい系統樹解析」をはじめとする以下の内容となっています。
web からもご覧になることができます。
DDBJ/CIB report 無料で配布しています。配布を希望される方は，ddbj@ddbj.nig.ac.jp 
までご連絡下さい。

　　　■DDBJ Report 
　　　 　DDBJ のいままでとこれから
　　　 　DDBJ からのおしらせ 
　　　 　VirginiaCreeper による新しい系統樹解析 
　　　 　XML と XML を利用した DDBJ でのサービス 第２回 DDBJ-XML の紹介 
　　　 　2002年生命情報学関連の会議のおしらせ 
　　　 　DDBJ Statistics 
　　　 　DDBJ 活動に関連したアドレス一覧 
　　　 =========================================================== 
　　　■CIB Research Report 
　　　 　1. News from CIB 
　　　 　2. Research Activities in CIB 
　　　 　3. CIB Staff Publications 
　　　 　4. CIB Staff Oral Presentations 
　　　 　5. CIB Research Staff 
  

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年4回オン
ライン上で公開するとともに，磁気媒体により配付しています。4月に DDBJ リリース49 
を完成しました。リリース49 のエントリ数は16,503,157，総塩基数は 18,579,627,226 
塩基です。現在公開中のデータベースは以下の通りです。
  

・Date----------------リリースノートに記載されている正式公開日付
・DDBJ date-----------DDBJ 内で公開した日付
・Rate of increase----前リリースの総塩基数に対する増加率
  

CIB/DDBJ, EBI/EMBL, NCBI/GenBank 国際 DNA データバンクは，DDBJ/EMBL/GenBank 国際
塩基配列データベース共同構築の運営・推進をはかるために，国際諮問委員会と国際実務
者会議を年１回開催しています。今年は DDBJ のある静岡県三島市の国立遺伝学研究所で
国際実務者会議が5月20日から22日まで，国際諮問委員会が5月23日から24日まで開催され
ました。DDBJ からは国際実務者会議に8名，国際諮問委員会に4名のスタッフが出席しま
した。