DNA Data Bank of Japan
DDBJ メールマガジン
No. 2   2002年7月31日発行

発行:日本 DNA データバンク (DDBJ)
国立遺伝学研究所 生命情報・ DDBJ 研究センター
〒411-8540  静岡県三島市谷田1111
mail:ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp

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 ■暑中お見舞い申し上げます 
隔月公開の DDBJ メールマガジン第2号 web 版です。
今回は文章がやや多めですが,どれもお伝えしたい内容ですのでどうぞご覧下さい。
  
 ■公開データの取り扱いについて 
2002年5月23-24日に国立遺伝学研究所で開催された国際塩基配列データベースの諮問機
関である国際諮問委員会で,「DDBJ/EMBL/GenBank の登録データの取り扱い」について
以下のように明文化しました。データを登録される方ならびに利用される方はこの内容
を理解されて,ご協力くださるようお願いいたします。

国際塩基配列データベース (INSD *1) の方針 この方針は,DDBJ, EMBL, GenBank で構成する国際塩基配列データベース (INSD) の諮 問機関である国際諮問委員会が,INSD におけるデータの取り扱いについて作成したも のである。諮問委員全員の合意にもとづいてこの方針を提言する。INSD にデータを登 録する者やデータを利用する者は,以下の方針事項を理解し,協力されたい。

1. INSD は,各データバンクが公開しているデータの全てを誰でも制限なしで利用で    きるという統一方針を共有する。世界中の科学者は,実験計画を立てるため,ある    いは解析結果や論評を出版するために INSD の公開データを利用できる。また,論    文で他の論文を引用するように,データ登録者に何らかのクレジットが与えられる    べきである。

2. INSD は,公開データにその利用を制限するような記述ならびに,このデータを利    用した出版物を禁止するような制限事項は付記しない。特に,公開されたいかなる    配列データにも利用制限や利用許可取得義務を設けず,公開データの二次公開や公    開データベースの利用についても利用制限や利用許可取得義務を課さない。

3. INSD に登録されたデータは,科学資料として永久に保存され公開される。登録者    によるデータの訂正や更新は歓迎するし,誤った部分は次のデータリリースで訂正    されるべきであるが,全てのデータは永久に保存され,アクセッション番号で検索    できるものとする。

4. データを登録しようとする者は,INSD の各データバンクが Web 上で公開している    諸原則や注意事項を理解されるよう助言する。登録する権利は登録する側にあるこ    とを確認されたい。

5. データベース側の編集やデータベース化のための整合性にもとづく改変以外の,デ    ータの内容や品質に関する責任はデータ登録者が負う。INSD はデータ登録者や利    用者と協力してデータの品質向上に努める。

国際諮問委員    Soren Brunak, Technical University of Denmark    Antoine Danchin, Institut Pasteur    服部正平,北里大学    Tara Matise, Rutgers University    中村春木,大阪大学    Daphne Preuss, University of Chicago    篠崎一雄,理化学研究所

*1 International Nucleotide Sequence Databases

 ■DDBJ HP にアクセスできない方へ 
最近,DDBJ の Web サイトにつながらないという問い合わせが多く寄せられるようにな
りました。こちらで確認いたしますと,多くの場合特に問題は発生しておらず,所内外
から利用可能のように見えます。こうした『アクセスできない』とのお問い合わせに対
する DDBJ からの回答を以下にまとめましたので,お役立ていただければ幸いです。

アクセスできない原因としては次のことが考えられます。 ・ネットワークが混み合っている。この場合,時間をおくとアクセスできることも   あります。 ・ご使用になられたコンピュータから DDBJ サーバまでのネットワークに何らかの   問題がある。 この点にご留意いただき,以下の確認を行なって下さい。

1. ブックマークやリンクではなくアドレスを直接入力すると,アクセスできることが    ありますので,お使いのブラウザから新規画面を開き,お試し下さい。    DDBJ) http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-j.html    SAKURA) http://sakura.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html    SRS) http://srs.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html    getentry) http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/getstart-j.html

2. アクセスできないパソコンがご利用の1台のみなのか,複数なのかをご確認下さい。    1台のみの場合は,ブラウザのキャッシュをクリアし* ,ご利用のパソコンを再起    動してみて下さい。それでもアクセスできないようでしたら,貴機関のネットワー    ク管理者にDNS設定などをご確認下さい。    複数のパソコンでアクセスできない場合は,ネットワークに問題がある可能性があ    ります。貴機関のネットワーク管理者に以下の点についてご確認下さい。       ・ping, traceroute/tracert(ネットワークコマンド)による通信状況       ・nslookup(ネットワークコマンド)によるDNSの参照情報

3. getentry などのport番号に関して:貴機関の firewall の設定により,アクセスが    できない可能性もあります。getentry の WWW サーバでは,port 番号として8000番    を使用しております。また,8080番を使用しているサイトもありますので,HTTP の    port 番号8000,および8080が通過できる設定になっているかを貴機関のネットワー    ク管理者にご確認下さい。設定されていない場合は,設定の変更が必要です。port    番号の設定につきましては DDBJ でも改善を検討しております。変更がありました    ら,ホームページなどでおしらせいたします。

上記についてご確認いただき,また時間をおいてアクセスしても,引き続きアクセスで きない状態が続く場合は,次のような詳細情報をDDBJにおしらせ下さい。 (宛先:www-admin@ddbj.nig.ac.jp)       ・エラーになった状況とエラーメッセージ       ・ping, traceroute/tracert(ネットワークコマンド)による通信状況       ・nslookup(ネットワークコマンド)によるDNSの参照情報       ・ご利用のマシンの IP アドレス       ・最近のネットワーク周りの変更など


*キャッシュとは頻繁にアクセスされるページをコピーしておくことで,ネットワーク接続する 時間を節約します。これをクリアする方法を以下に記しますが,お使いのブラウザの種類や version により多少異なります。詳細はご利用のブラウザの Help 等でご確認下さい。 Netscape: Windows/Macintosh 編集]メニューから[設定]を選択します。カテゴリから[詳細],[キャッシュ]の順にクリック します。[メモリキャッシュをクリア]および[ディスクキャッシュをクリア]をチェックします。 Internet Explorer Windows: [表示]/[ツール]から[インターネットオプション]を選択します。[全般]タブ, [インターネット一時ファイル]欄で[ファイルの削除]をクリックします。 Macintosh: [編集]メニューの[初期設定]を選択します。[Webブラウザ]矢印を下向きにして, [詳細設定]をクリックします。[キャシュ]欄で[空にする]ボタンをクリックします。
 ■MHC 結合性ペプチド予測サービス公開 
7月より DDBJ web site で「MHC 結合性ペプチド予測 (Lib スコアー)」サービスを公
開しました。このサービスは,京都大学の宇高恵子助教授の予測プログラムを利用した
ものです。MHC 分子を指定しアミノ酸配列を入力すると,アミノ酸配列から切り出され
るすべてのペプチドについて MHC 分子との結合度を予測しグラフにして表示します。
URL は [http://libscore.ddbj.nig.ac.jp/cgi-bin/libscore/request.rb?lang=J] で,
DDBJ HP「タンパク質のデータベース及び構造解析」からリンクが張ってあります。
どうぞご利用下さい。
  
 ■第15回国際実務者会議報告 
この会議は5月20日から22日に開催され,DDBJ, EMBL, GenBank 三極の活動の年次報告
が行なわれた後,国際塩基配列データベース運用上の実務的な問題を検討しました。会
議で決定した主な事項は次の通りです。

動向 ・塩基配列の公開について,一度公開したアクセッション番号は,未来永劫取り消さな   いという原則を再確認しました。これまで DDBJ では,公開取り消しの依頼を受けた   場合には,DDBJ サイト内のあらゆる検索系から閲覧ができないようにしていました   が,これを受けて,定期リリースと通常検索サービスからは削除されますが,   getentry [http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/getstart-j.html] を利用してアクセ   ッション番号を用いた検索をした場合には,閲覧が可能な状態になります。ただし   DDBJ/EMBL/GenBank が作業ミスにより誤って公開した場合は,その限りではありませ   ん。詳細はこのページ第2項目「登録データの取り扱いについて」をご覧下さい。

・現在,塩基配列の長さは1エントリを350kb 以下にする規則ですが,近年の登録内容   の変化に対応するため,2年後を目処にこの制限を撤廃する方針で合意しました。た   だし,この猶予期間に関連ソフト会社などと意見交換行ない,これを参考の上,制限   撤廃か否かを最終的に決定します。

・Whole Genome Shotgun (WGS) の登録受付基準と公開方針に関する意見交換と確認,   その公開フラットファイルのフォーマットについての検討がなされました。また,通   常よりデータサイズが大きいため,当面,定期リリースなどには含めない方針です。

・Third Party Annotation (TPA) の登録受付基準と公開方針に関する意見交換と確認,   その公開フラットファイルのフォーマットについての検討がなされました。

Feature に関する決定 ・これまで実質的には DDBJ のみが source feature の /sequenced_mol qualifier を   用いて塩基配列の分子タイプを分類していましたが,EMBL/GenBankも,これに倣う方   向で分子タイプを分類することになりました。また,より適切に分類するために   /mol_type qualifier に移行していく予定です。

・source feature の /variety qualifier は本来,変種を示すために用い,ラテン名   で記述しますが value が不適切なエントリが多数存在していますので修正していく   予定です。

・source feature にウイルスのゲノム構造を示すための /segment qualifierを追加し   ます。

・これまで misc_recomb feature に /organism qualifier を必須にしてきましたが,   今後は,これを必須とはしないことになりました。

・特定ゲノムプロジェクト用に CDS feature 継承用の ID 情報を記述するために   /locus_tag qualifier を追加します。

その他 ・Feature,特に CDS の根拠が実験的であるか,配列解析によるか,を示すことが利用   者から求められており,これに関して,/evidence qualifier の規定値の追加,再分   類と再定義の検討を進めていく予定です。

・近年,microRNAs と総称される RNA 転写産物に関する報告が増加しており,生物学   的に重要と思われますので,新しい Feature key となり得る対象をリストアップし,   定義を検討することになりました。

 ■DDBJ リリース50完成 
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして定期的に年4回公
開しています。6月に DDBJ リリース50 を完成・公開しました。1987年7月のリリース
開始からついにリリース50になりました。また, DAD (DDBJ Amino acid Database) リ
リース20を完成・公開しました。これらのデータベースをふくめて,DDBJ で現在公開
中のデータベースは以下の通りです。

DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースでは,flat file フォーマットと呼ばれ る形式で各エントリを公開しています。flat file には,登録者および論文に関する情 報や,由来生物に関する情報に加えて,登録された塩基配列の全部または一部のもつ特 徴が,DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースの定める記述形式 (Feature Table format) に従って表示されています。各データバンクがそれぞれの flat file フォー マットを持っています。DDBJ では次回のリリース51 (2002/9) からLOCUS 行を GenBank と同様の形式に変更します。

DNA
database
Rel.DateDDBJ
Date
EntriesBasesRate of
increase
DDBJ5006/0206/02 17,260,69320,158,357,982 8.4%  
Protein
database
Rel.DateDDBJ
Date
SequencesResiduesRate of
increase
DAD2006/0206/02 1,062,430325,626,765 5%  
PIR7204/0204/02 283,17596,101,250 2.8%  
SWISS-PROT4010/0111/01 101,60237,315,215 18%  
PRF8505/0206/02 201,50472,366,858 2.9%  
PDB PDBサイトでは週1回データの更新を行なっています。
DDBJではこのデータを毎日チェックし,更新しています。
  ・Date----------------リリースノートに記載されている正式公開日付
  ・DDBJ date-----------DDBJ内で公開した日付
  ・Rate of increase-----前リリースの総塩基数に対する増加率
  
  


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Last modified: Aug. 04, 2011