隔月公開の DDBJ メールマガジン第３号 web 版です。
どうぞご覧下さい。

getentry は WWW サーバと E-mail サーバを利用してアクセッション番号などによりエ
ントリデータを検索するシステムです。2002年10月1日より URL を変更します。新しい
URLは次の通りです。

　英語版：http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/
　日本語版：http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html

現在，新旧どちらの URL でもアクセス可能です。 [getentry] をブックマークやリン
クしている方，個々のエントリーに旧 URL でリンクを設定している方* は新しい 
URL に更新して下さい。なお，旧 URL は2003年1月31日をもって停止されますので，ご
注意下さい。

今回の URL の変更は， getentry の WWW サーバが使用する port 番号8000番を，標準
ポートの80番に移行したことによるものです。この変更により port 番号の設定が原因
で getentry にアクセスできないという状況は解決されます。サービス内容や E-mail 
サービスのアドレスに変更はありません。
利用者の皆様には大変お手数をおかけしますが，ご理解とご協力をお願いします。


*リンクの設定を次のURLに変更して下さい
　http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/cgi-bin/get_entry.pl?D12345
（D12345はリンクするエントリーのアクセッション番号に置き換えて下さい）
  旧 URL は http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/cgi-bin/get_entry.pl?D12345 です

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして年4回定期的に公
開しています。9月に DDBJ リリース51 を完成しました。リリース51 のエントリ数は
18,401,358，総塩基数は 22,782,404,136 塩基です。この DDBJ リリースを含む現在公
開中のデータベースは以下の通りです。
  

・Date----------------リリースノートに記載されている正式公開日付
・DDBJ date-----------DDBJ内で公開した日付
・Rate of increase-----前リリースの総塩基数に対する増加率

また，今リリースより flat file の LOCUS 行のフォーマットが新しくなりました。こ
れまで LOCUS 行には，Locus 名・配列長・塩基配列の分子タイプ・division・データ
の最終公開日が記載されていました。今回から塩基配列の分子形態が鎖上 (linear) か，
環状 (circular) かも表示されます。エントリーが完全長で，かつ circular の形態を
とる場合には，"circular" と記載されます。１行あたりの文字数も変更されました。
このほかに，リリースノート巻末にあるファイルリストの表記が２行から１行に変更さ
れました。

LOCUS 行のフォーマット
新：rel. 51 からの形式
LOCUS       AB000001                 660 bp    DNA     linear   PLN 01-FEB-2001
旧：rel. 50 までの形式
LOCUS       AB000001      660 bp    DNA             PLN       01-FEB-2001

New format specification:
-------------------
Positions  Contents
-------------------
01-05   'LOCUS'
06-12   spaces
13-28   Locus name
29-29   space
30-40   Length of sequence, right-justified
41-41   space
42-43   bp
44-44   space
45-47   spaces, ss- (single-stranded), ds- (double-stranded), or
        ms- (mixed-stranded)
48-53   NA, DNA, RNA, tRNA (transfer RNA), rRNA (ribosomal RNA), mRNA
        (messenger RNA), uRNA (small nuclear RNA), snRNA, snoRNA.
        Left justified.
54-55   space
56-63   'linear' followed by two spaces, or 'circular'
64-64   space
65-67   The division code
68-68   space
69-79   Date, in the form dd-MMM-yyyy (e.g., 15-MAR-1991)

8/25 から 9/3 にかけて東京お台場で Human Full-Length cDNA Annotation
Invitational (H-invitational) が開催されました。
この会議は JBIRC と DDBJ の共催で，ヒト完全長 cDNA をアノテーションし，利用価
値の高いデータベースを作成することを目的としています。各国からおよそ120名の研
究者が参加し，DDBJ からは，国立遺伝学研究所の教官であるスタッフ９名とアノテー
タ４名が参加しました。
Nature 419, 3-4 (2002) に会議のレポートが掲載されました。

文科省科学研究費特定領域研究「ゲノム」４領域主催の「ゲノムひろば　さがしにゆこ
う、いのちの由来」のポスターセッションに DDBJ も参加します。
この催しは一般の方々にゲノムや科学について理解していただくことを主な目的として
います。以下の日程で展示・セミナー・トーク・ポスターセッションが開催されます。
　　11月 9日（土）10日（日）東京　日本科学未来館（お台場）
　　11月16日（土）17日（日）福岡　エルガーラ（天神）
　　11月22日（金）23日（祝）京都　ぱるるプラザ京都（ＪＲ京都駅前）
ゲノムひろば事務局 http://www2.convention.co.jp/hirobag/