DNA Data Bank of Japan
DDBJ メールマガジン
No. 5   2003年1月31日発行

発行:日本 DNA データバンク (DDBJ)
国立遺伝学研究所 生命情報・ DDBJ 研究センター
〒411-8540  静岡県三島市谷田1111
mail:ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp

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 ■あわただしい年度末が近付いてきましたね 
 隔月公開の DDBJ メールマガジン第5号 web 版です。
どうぞご覧下さい。
 ■DDBJ リリース52 完成 
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして定期的に年4回公
開しています。2002年12月にDDBJ rel.52 を,2003年1月に DAD (DDBJ Amino acid 
Database) rel.22 を完成・公開しました。これらふたつのデータベースを含めて,
DDBJ で現在公開中のデータベースは以下の通りです。
  
DNA
database
Rel.DateDDBJ
Date
EntriesBases
DDBJ5212/0212/02 20,354,81226,931,456,316
Protein
database
Rel.Date DDBJ
Date
SequencesResidues
DAD2201/0301/03 1,218,918376,251,148
PIR7501/0301/03 283,26896,152,078
SWISS-PROT4010/0111/01 101,60237,315,215
PRF8901/0301/03 216,75277,655,726
PDB PDBサイトでは週1回データの更新を行なっています。
DDBJではこのデータを毎日チェックし,更新しています。
・Date----------------リリースノートに記載されている正式公開日付
・DDBJ date-----------DDBJ内で公開した日付
・Rate of increase-----前リリースの総塩基数に対する増加率
  
DDBJ rel.52 登録塩基数の多い生物上位20
200120022003Organisms(一般名)
01 →01 →01 Homo sapiens(ヒト)
08 →08 →02 Rattus norvegicus(ラット)
02 →02 →03 Mus musculus(マウス)
03 →03 →04 Drosophila melanogaster(ショウジョウバエ)
07*→05*→05 Oryza sativa (japonica cultivar-group)(イネ・日本晴)
04 →04 →06 Arabidopsis thaliana(シロイヌナズナ)
16 →13 →07 Danio rerio(ゼブラフィッシュ)
** →** →08 Brassica oleracea(アブラナ科植物)
50 →63 →09 Ciona intestinalis(カタユウレイボヤ)
05 →06 →10 Caenorhabditis elegans(エレガンス線虫)
17 →18 →11 Zea mays(トウモロコシ)
06 →07 →12 Tetraodon nigroviridis(ミドリフグ)
** →58 →13 Pan troglodytes(チンパンジー)
** →** →14 Hordeum vulgare subsp vulgare(オオムギの亜種)
07*→05*→15 Oryza sativa(イネ)
10 →10 →16 Glycine max(ダイズ)
24 →26 →17 Triticum aestivum(コムギ)
09 →09 →18 Bos taurus(ウシ)
22 →19 →19 Xenopus laevis(アフリカツメガエル)
15 →11 →20 Medicago truncatula(アルファルファの仲間)
  ** は100位以下を示しています/ top 1000 はこちらをご覧下さい
 ■getentry URL 変更(移行期間終了) 
getentry は WWW サーバと E-mail サーバを利用してアクセッション番号などによりエ
ントリデータを検索するシステムです。2002年10月1日より URL を変更しました。4ヶ
月間は移行期間として旧新どちらの URL でもアクセス可能ですが,旧 URL は本日2003
年1月31日をもって停止します。
今回の URL の変更は getentry の WWW サーバが使用する port 番号,8000番を標準ポ
ートの80番に移行したことに伴うものです。この変更により port 番号の設定が原因で 
getentry にアクセスできないという状況は解決されます。詳細はこちらをご覧下さい。
利用者の皆様には大変お手数をおかけしますが,ご理解とご協力をお願いします。

新 URL 英語 :http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/
新 URL 日本語:http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html 
旧 URL 英語 :http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/getstart-e.html
旧 URL 日本語:http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/getstart-j.html
 
 ■Result Viewer と Traffic の紹介 
「今すぐ使うことはないかもしれませんが,いつか役立つかもしれません」というサー
ビスをご紹介します。
DDBJ web サイトの検索・解析サービスを利用する際,結果が表示される前に接続が切
れてしまったり,結果を受け取るまでに時間がかかる場合があります。そんな時のため
に Result Viewer と Traffic があります。どちらのサービスも web 画面に表示され
る受付番号が必要ですので,記録しておいて下さい。
  
■Result Viewer:暫くしてから結果を参照(結果を web で表示の場合)
検索・解析結果を web 画面上に表示する設定にした際,結果が表示される前に他のペ
ージを見たり,接続が切れてしまったりして結果がわからなくなった時に便利なツール
が Result Viewer です。受付番号と自分が使用した条件(プログラムの種類や対象デ
ータベースなど)を入力すると結果が表示されます。
この際に条件を正しく入力しないとエラーになってしまいますので,ご注意下さい。結
果を参照できる期間は,結果が出てから3日間です。FASTA, BLAST, PSI-BLAST, 
ClustalW, ClustalW (DDBJ 拡張版) を使用した際に利用可能です。検索解析画面の左
側(青い部分)にあるメニュー [Utility] からご利用下さい。
*結果を E-mail で受け取る設定にした場合は利用できません
  
■Traffic:プロセス実行状況を確認(結果をメールで受信の場合)
E-mail で結果を受け取る設定にした場合,プロセスの実行状況を web 画面で確認する
ことができます。画面にプロセス実行中の受付番号と待機中の受付番号が表示されます。
FASTA, BLAST, ClustalW, ClustalW (DDBJ 拡張版) を使用した際に利用可能です。検
索解析画面の左側(青い部分)にあるメニュー [Others] の [Traffic] からご利用下
さい。
検索解析サービスにおいて実行可能なプロセスの数はサービスにより異なりますが,1
ユーザが一度に実行できるのは1プロセスのみです。
*結果を web 表示の設定にした場合は利用できません
  


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Last modified: Aug. 04, 2011