隔月公開の DDBJ メールマガジン第６号 web 版です。どうぞご覧下さい。
写真は遺伝研正門近くの桜です 

DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースは受付可能なデータを拡充するため TPA
と WGS データの登録に関して受付基準と公開方針などを検討してきました。DDBJ では
４月下旬より TPA と WGS データの登録受付を開始する予定です。このメールマガジン
で受付方法の概要を紹介します。

TPA (Third Party Annotation) とは，DDBJ/EMBL/GenBank から既に公開されている配
列情報に基づいて第三者がアセンブリ（再構成），もしくはアノテーションを行なった
データのことです。DDBJ ではリリース51（2002年9月）から TPA データを公開してい
ます。これまでは，登録者が自身で配列決定を行なったデータのみを登録・公開してい
ましたが，今後はデータベースを利用して独自にアノテーションを行なった結果を登録
・公開することも可能になります。
ただし，TPA 登録の際には，その配列再構成とアノテーションが，単なる計算機による
統計的推論のみに基づくものではなく，生物学的な実験によって支持されており，その
成果を学術論文として公表することが前提となります。
登録には TPA 用 SAKURA からの web interface と，大量登録システム (MSS) を利用
した方法があります。

WGS (Whole Genome Shotgun) とはホールゲノムショットガン配列決定法（ゲノム全体
を物理的に断片化し，その塩基配列を決定した後コンピューター・プログラムを用いて
１本につなぎ直し，元のゲノム配列に再構成する手法）を用いて得られた DNA 断片の
配列データのことです。ゲノムプロジェクトの途上であり，全ゲノム配列の決定に向け
て更新が期待されるデータです。
WGS データは通常のエントリと異なり，アクセッション番号が12桁（アルファベット４
文字＋８桁の数字）で表示されています。現在 DDBJ では getentry により検索できる
ほか，anonymous-ftp でも公開しています。GenBank, EMBL では昨年から登録受付を開
始していましたが，DDBJ でも受付可能になります。
登録には大量登録システム (MSS) を利用していただきます。

登録にあたっての注意事項や公開形式などに関する詳細は，近日中に「TPA・WGS の登
録」というページで公開する予定です。「塩基配列の登録」ページをご覧下さい。

GIB (Genome Information Broker for Microbial Genomes) は web でゲノム情報を提
供するサービスで， 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
３月中旬に GIB の表示系を更新しました。主な変更点は以下の通りです。
　・ゲノムの数が１００を超えたことに応じて，トップページの表示で
　　大まかな生物分類の階層を選択できるようにした
　・各ゲノムの染色体マップで，ORF の機能分類を表示するようにした
  

DDBJ の anonymous ftp サイトにデータベースをダウンロードするサイトがありますが，
場所がわかりにくくユーザの方にご不便をおかけしていました。３月中旬にデータベー
スダウンロード用の web ページを新たに追加し，公開しました。DDBJ トップページ右
カラムの「データベース検索」からアクセスして下さい。
このサイトでは， DDBJ の定期リリースや新着データや DAD (DDBJ Amino Acid Databa
se), WGS (Whole Genome Shotgun) データなどがダウンロードできます。データの形式
は DDBJ フラットファイル形式だけでなく，FASTA 形式・XML 形式・CDS 配列の FASTA
形式などがあります。
データはダウンロード（ファイル転送）をしやすくするため， ファイルを分割しサイ
ズを小さくしています。どうぞご利用下さい。