DDBJ メールマガジン第９号 web 版です，ご覧下さい。今回からメールマガジン配信を
開始した方が大勢いらっしゃいます。どうぞよろしくお願いします。メールマガジンに
関するご質問やご意見がありましたら ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp までどうぞ！

イネ完全長 cDNA コンソーシアム（農業生物資源研究所，理化学研究所，国際科学振興
財団）が，イネ 日本晴（Oryza sativa (japonica cultivar-group) cv. Nipponbare）
cDNA データ約 32,000 件の配列を決め，このうち約 28,000 件を公開しました。
この配列は DDBJ に登録され，7月18日に DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベー
スに公開されました。アクセッション番号は次の通りです。
この配列データに関する論文は Science 301, 376-379 (2003) に発表されました。

　アクセッション番号（エントリ数）
　　・AK058203-AK068528 (10,325)
　　・AK068530-AK068912 (   382)
　　・AK068914-AK070720 ( 1,806)
　　・AK070722-AK074028 ( 3,306)
　　・AK098843-AK111488 (12,645)
　　・total             (28,464) 

SQmatch は DDBJ が開発し，DDBJ web site「データベース検索」で提供しているサー
ビスです。DDBJ リリースと DAD リリースを対象に，UNIX コマンドの grep のように
遺伝子配列への正規表現によるパターンマッチができるので，FASTA/BLAST では処理で
きない短い断片や "N" を含む配列の検索に有効です。
7月16日より SQmatch の URL を以下のように変更しましたので，ブックマーク・リン
クされている方は URL を更新して下さい。旧 URL は変更後２ヶ月間（9月16日まで）
利用可能です。
今回の URL の変更は，SQmatch のサーバが使用する port 番号の変更（現行8080番か
ら標準ポート80番へ）に伴うものです。この変更により port 番号の設定が原因で 
SQmatch にアクセスできないという状況は解決されます。サービス内容に変更はありま
せん。利用者の皆様には大変お手数をおかけしますが，ご理解とご協力をお願いしす。
　新 URL
　日本語版　http://sqmatch.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
　英語版　　http://sqmatch.ddbj.nig.ac.jp/top-e.html

　＊同じ理由から，ポート番号8080番を使用している SFgate も近日中に標準ポート
　　80番へ移項する予定です。URL の変更日程が決まりましたら，DDBJ トップペー
　　ジでご案内します。

古代 DNA データベース (Ancient Genome Encyclopedia: AGE) は遺跡から発掘された
人骨の DNA をはじめとする古代 DNA に関するデータベースで，遺伝研・集団遺伝の斎
藤成也教授と東大・院・理の植田信太郎教授がデザインし，DDBJ が構築・運営してい
るデータベースです。現在，文献情報を中心に会議の話題など古代 DNA に関する様々
な情報を収集し，紹介しています。
サーバ変更のため8月7日より URL が変更になります。ブックマーク・リンクされてい
る方は URL を更新のうえ，どうぞご利用下さい。
　新URL
　日本語版　http://www.ddbj.nig.ac.jp/aDNA/index-j.html
　英語版　　http://www.ddbj.nig.ac.jp/aDNA/
　旧 URL　　http://spinner.lab.nig.ac.jp/aDNA/

CIB/DDBJ, EBI/EMBL, NCBI/GenBank 国際 DNA データバンクは，DDBJ/EMBL/GenBank 国
際塩基配列データベース共同構築の運営・推進をはかるために，国際諮問委員会と国際
実務者会議を年１回開催しています。今年は NCBI のあるメリーランド州ベセスダで第
16回国際実務者会議（5月19日-21日）と，第14回国際諮問委員会（5月22日-23日）が開
催されました。DDBJ からは国際実務者会議に５名の，国際諮問委員会に３名のスタッ
フが出席しました。
国際実務者会議では，DDBJ, EMBL, GenBank 三極がその活動の年次報告を行なった後，
国際塩基配列データベース運用上の実務的な問題を検討しました。会議で決定した主な
事項は次の通りです。 

動向
・現在，塩基配列の長さは１エントリを 350kb 以下にする規則ですが，昨年の決議を
　受けた検討の結果，来年を目処にこの制限を撤廃する方針で合意しました。この件に
　関しましては，後に DDBJ, EMBL, GenBank 共同で正式な広報を行ないます。
・DDBJ, EMBL, GenBank はこれまで，それぞれ独自の XML フォーマットによるデータ
　セットの提供をして参りましたが，これを共通化する方向で DTD と XML フォーマッ
　トを検討することを決定しました。現在のプレーンテキストのフラットファイルに代
　わり得るものとして，平均的な利用者が容易に利用可能なように，比較的単純な構造
　を目指します。
・Whole Genome Shotgun (WGS) の登録受付基準と公開方針に関する意見交換と確認，
　更新と維持に関する検討がなされました。
・Third Party Annotation (TPA) の登録受付基準と公開方針に関する意見交換と確認
　がなされました。

Feature に関する決定
・詳細な塩基配列の決定を行なっていない，もしくは，決定が困難な状態にある領域を
　示すために，gap feature と /estimated_length qualifier が新設されます。
・source feature に記述可能な qualifier として /ecotype が新設されます。定着性
　の生物（主として植物）の種内において遺伝学的に区別される集団に，その生息場所
　に基づいて割り当てた名称を記述するために用います。
・プラスミドが接合，あるいは，動態化する過程における転移開始点の情報を記述する
　ために oriT feature を追加します。
・オペロンの情報を記述するために operon feature と /operon qualifier を追加し
　ます。
・/allele qualifier を /gene qualifier が記述可能なすべての feature で記述可能
　に拡張します。

その他
・近年のオンラインジャーナルの増加に対応すべく，オンラインジャーナルを示すため
　のフォーマットを統一し，electronic resource を表す [er] というタグを付加するこ
　とを決定しました。