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DDBJ の連絡先
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Copyright © 1995-2006
DDBJ All rights reserved.
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■とうとう10号発行です
DDBJ メールマガジン第10号 web 版です。2002年5月から開始したメールマガジンも，
10号を数えることができました。どうぞご覧下さい。メールマガジンに関するご質問や
ご意見がありましたら ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp までどうぞ！
DDBJ を運営している国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ 研究センターに次の人事異動が
ありました。
遺伝子発現解析研究室に大久保公策教授（6月1日付）と伊藤孝一助手（8月1日付）が着
任しました。九州大学生体防御医学研究所感染防御研究センターからの異動です。お二
人ともご自身の研究を行うとともに，DDBJ の活動に参加されています。
また，7月15日付で遺伝子機能研究室の深海薫助手が離任しました。1996年から7年間 DD
BJ の活動に貢献されましたので，DDBJing 講習会などで皆様にお目にかかったことが
あるかもしれません。現在は理化学研究所バイオリソースセンター情報解析技術室の室
長として活躍されています。
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| 大久保教授 |
伊藤助手 |
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして年４回定期的に
公開しています。2003年9月にDDBJ rel.55 を完成・公開しました。エントリ数は
27,753,140，総塩基数は 34,280,225,489 塩基で，１エントリあたりの平均は 1,235
bp です。DDBJ リリースも含めた DDBJ で公開中のデータベースや日米欧のデータ量の
割合，登録塩基数の多い生物など各種統計資料については DDBJ の統計をご覧下さい。
DDBJ rel.55 登録塩基数の多い生物上位15
No. Organisms Nucleotides Entries
01 Homo sapiens [ヒト] 10,176,023,644 7,037,852
02 Mus musculus [マウス] 6,071,844,270 5,063,486
03 Rattus norvegicus [ラット] 5,549,923,062 829,579
04 Danio rerio [ゼブラフィッシュ] 1,060,671,881 534,562
05 Zea mays [トウモロコシ] 996,613,311 1,576,338
06 Drosophila melanogaster [ショウジョウバエ] 691,237,660 351,672
07 Oryza sativa (japonica cultivar-group) * 627,227,704 260,833
08 Gallus gallus [ニワトリ] 496,833,931 595,926
09 Arabidopsis thaliana [シロイヌナズナ] 413,578,840 550,505
10 Brassica oleracea [アブラナ科植物] 403,799,525 595,832
11 Bos taurus [ウシ] 377,489,935 620,556
12 Macaca mulatta [アカゲザル] 333,748,994 22,319
13 Ciona intestinalis [カタユウレイボヤ] 294,180,348 499,237
14 Pan troglodytes [チンパンジー] 293,514,025 167,214
15 Triticum aestivum [コムギ] 260,203,155 511,803
* [イネ・日本晴]
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供
するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。7月
から9月の間に公開された以下の15生物種のゲノムデータを GIB に取り込みました。9
月30日現在で，GIB には真核生物 6・バクテリア 125・古細菌 16，計147種類のゲノム
データが格納されています。
- Bordetella bronchiseptica RB50
- Bordetella parapertussis 12822
- Bordetella pertussis Tohama I
- Candidatus Blochmannia floridanus
- Chlamydophila pneumoniae TW-183
- Chromobacterium violaceum ATCC 12472
- Haemophilus ducreyi 35000HP
- Helicobacter hepaticus ATCC 51449
- Pirellula sp. strain 1
- Porphyromonas gingivalis W83
- Prochlorococcus marinus MED4
- Prochlorococcus marinus MIT9313
- Prochlorococcus marinus subsp. marinus str. CCMP1375
- Synechococcus sp. WH 8102
- Wolinella succinogenes DSMZ 1740
■相同性検索サービス検索対象 DIVISION の生物種変更
DDBJ では Web と E-mail で相同性検索サービスを提供しています。これらのサービス
では，より効率的に検索を行なうために検索対象 DIVISION を指定することができるよ
うになっています（検索対象データベースに「DDBJ 全データ」「DDBJ 新着データ」を
選択した場合にのみ有効）。9月より FASTA, BLAST, SSEARCH, S&W SEARCH で検索対象
DIVISION として指定できる EST 生物種が31種から22種になりました。これは近年の登
録状況の変化に対応し，亜種の統合などを行なったためです。
検索対象 DIVISION をする画面（この画像は FASTA）
削除した生物種（上図の EST division にあったチェックボックスです）
Bombyx mori, Brugia malayi, Leishmania major, Neurospora crassa, Onchocerca volvulus,
Plasmodium falciparum, Rattus sp., Saccharomyces cerevisiae, Schistosoma mansoni,
Schizosaccharomyces pombe, Sus scrofa, Trypanosoma cruzi
■SQmatch, SFgate-WAIS URL 変更（移行期間終了）
文部科学省科学研究費特定領域研究ゲノム４領域主催の「ゲノムひろば」に DDBJ も参
加します。「ゲノムひろば」は一般の方々にゲノムおよびゲノム研究の実際をわかりや
すく紹介することを目的とした催しです。今年が２回目の開催で，福岡・京都・東京会
場のうち DDBJ は福岡と京都のポスターセッション「ゲノム研究勢ぞろい」に参加しま
す。
11月1, 2日（土日）福岡 エルガーラ（天神）
11月8, 9日（土日）京都 三井ホール（四条烏丸）
ゲノムひろば事務局
東京会場は11月15, 16日に日本科学未来館での開催となります。日本科学未来館ではゲ
ノムひろば併設イベントが11月12-17日に開催され，DDBJ も展示を行なう予定です。
DDBJ では全国各地で「DDBJing 講習会」を開催しています。DDBJing 講習会は，塩基
配列の登録方法や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方
々により深く理解して利用していただく助けになることを目指しています。
8/29に高知医科大学で，9/24に遺伝学会で DDBJing 講習会を開催し，それぞれ30名以
上の参加がありました。
DDBJing 講習会 in 遺伝学会
日時：2003年9月24日（水）12:30-13:30
場所：東北大学 川内北キャンパス Ｂ会場 (B201)
内容：DDBJ の利用法 〜データベースとソフトウエア〜
講師：池尾一穂（国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ 研究センター，助教授）
DDBJing 講習会 in 高知
日時：2003年8月29日（金）10:00-16:50
場所：高知医科大学 看護学科棟２階情報処理実習室
内容および講師：
DDBJ 活動の概略（深海薫：理化学研究所バイオリソースセンター）
SAKURA を用いたデータ登録法（小菅武英：DDBJ 構築局，アノテータ）
SAKURA を用いないデータ登録法（小菅武英：DDBJ 構築局，アノテータ）
配列検索方法（深海薫：理化学研究所バイオリソースセンター）
配列から系統樹まで（深海薫：理化学研究所バイオリソースセンター）
GIB の紹介（小菅武英：DDBJ 構築局，アノテータ）
GTOP の紹介（福地佐斗志：国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター，助手）
DDBJing 講習会は今後も全国各地で開催する予定です。開催が決まりましたらこのメー
ルマガジンと DDBJing 講習会サイトでご案内します。
ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp
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