隔月公開の DDBJ メールマガジン第11号 web 版です。どうぞご覧下さい。メールマガ
ジンに関するご質問やご意見がありましたら ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp までどうぞ。

2003年12月公開予定の DDBJ release 56 より，フラットファイル BASE COUNT 行のフ
ォーマットを変更します。
これは DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースが決定した，登録可能な配列長
制限（350,000 bp／１エントリ）の撤廃に対応するための変更です。
これまで BASE COUNT 行では配列中の acgt および others の数を各６桁で記述してい
ましたが，変更後は acgt の数を９桁分で記述し，others の記述を廃止することにな
ります。変更後のフォーマットは以下の例をご覧下さい。
上記制限長の撤廃にあたり，GenBank はリリース138（2003年10月）よりフラットファ
イルから BASE COUNT 行を廃止しました。DDBJ では GC 含有量は配列の性質を総括す
る情報の１つであり，フラットファイルに載せるべき情報であるという観点から，
DDBJ フォーマットのフラットファイルには引き続き BASE COUNT 行を残しています。
DDBJ フォーマットのフラットファイルについては，塩基配列登録のための参考資料／
資料10 DDBJ のデータ公開形式 (flat file) の説明をご覧下さい。
* 新着データ（daily update）はリリース公開に先だち，12月3日公開データから
  この形式で公開します。 

  記述例）現在
  1    6   11   16   21   26   31   36   41   46   51   56   61   66   71  
  |----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|  
  BASE COUNT   123456 a 123456 c 123456 g 123456 t 123456 others

  記述例）変更後
  1    6   11   16   21   26   31   36   41   46   51   56   61   66   71  
  |----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|  
  BASE COUNT    123456789 a    123456789 c    123456789 g    123456789 t  

DDBJ は10月17日に以下の研究チームが登録したチンパンジー (Pan troglodytes) の22
番染色体のゲノム塩基配列を公開しました。この塩基配列決定は，日本の２グループ（
理化学研究所のゲノム科学総合研究センター・国立遺伝学研究所），ドイツの３グルー
プ（マックスプランク分子遺伝学研究所・ドイツ生命工学センター・ドイツ分子生命工
学研究所），中国の上海ヒトゲノム解析センター，韓国の韓国生命工学研究所，台湾の
国立陽明大学ゲノムセンターの８研究機関の研究者が共同で解読した成果です。
チンパンジーの22番染色体はヒトでは21番染色体にあたりますが，染色体１本分のゲノ
ム塩基配列解読が終了したのは，ヒト以外の霊長類でははじめてです。
DDBJ に登録されたデータのアクセッション番号は BS000001-BS000245 です。これらの
配列は，DDBJ の getentry で取得することができます。

独立行政法人産業技術総合研究所生物機能工学研究部門の研究チームにより DDBJ にデ
ータ登録された細菌（Gemmatimonas aurantiaca）が ICSP* により新しい「門」として
認定されました。 
「門」は以下の例のように大きな分類群です。今回認定された門は「Gemmatimonadetes
」で，国際微生物系統進化雑誌上で本年７月に認定されました。細菌は現在24門に分類
されています。 
このデータのアクセッション番号は AB072735 で，DDBJ の getentry で取得すること
ができます。 
関連論文：Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 53, 1155-1163 (2003)
＊ICSP: International Committee on Systematics of Prokaryotes
　細菌を含む原核生物全体の系統分類を統括する「原核生物系統学に関する国際委員会」

　例：Gemmatimonas aurantiaca 
　Lineage (full) 
　cellular organisms; Bacteria; Gemmatimonadetes; Gemmatimonadetes (class); 
　Gemmatimonadales; Gemmatimonadaceae; Gemmatimonas 

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供
するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。11
月5日に，各ゲノムおよびプラスミドのダウンロードメニューに新項目を追加しました。
今回追加したのは「List of gene name, GC %, and GC skew (TAB sparated)」という
項目で，遺伝子ごとの GC% と GC skew を一括で取得することができます。
ダウンロードメニューにはこのほかに，全ゲノム配列（フラットファイルまたは FASTA
形式）・全 feature の塩基配列（FASTA 形式）・CDS のアミノ酸配列（FASTA 形式）
などがあります。GIB トップページから参照したいゲノムを選択し，左側のメニューか
ら「DOWNLOAD」を選択してご利用下さい。
10月から11月にかけて公開された以下4生物種のゲノムデータを GIB に取込みました。
11月28日現在で，GIB には真核生物 6・バクテリア 128・古細菌 16，計150種類のゲノ
ムデータが格納されています。
    - Corynebacterium diphtheriae gravis NCTC13129
    - Gloeobacter violaceus PCC 7421
    - Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1
    - Vibrio vulnificus YJ016

DDBJ が web サーバと E-mail サーバで提供している相同性検索サービス BLAST, 
FASTA, SSEARCH のバージョンアップを10月17日に行ないました。バージョン情報は以
下の通りです。
    BLAST: 2.0.11 -> 2.2.6 
    FASTA: FASTA32t09 -> FASTA34t21 
    SSEARCH: FASTA32t09 -> FASTA34t21
バージョンアップによるユーザインターフェイスの変更はありませんが，FASTA, 
SSEARCH の結果出力形式に一部変更があります。

DDBJ が全国各地で開催している DDBJing 講習会などで，データ登録時に生物分類名の
確認に使用する Taxonomy database（生物分類データベース）についての質問をいただ
くことがあります。Taxonomy database に関する説明が十分でないため受ける質問もあ
り，これを解消するためにデータ登録システム SAKURA 上に Taxonomy database につ
いての解説を掲載しました。このメールマガジン上にも掲載しますので，データを登録
される方はどうぞご一読下さい。

SAKURA 生物情報ページの生物名入力欄にある注意書き：
各 entry に記載される生物名は，GenBank が管理する Taxonomy database に登録
された名称を用いるため，登録者の分類学的な主張および分類学的に普及している
内容とは異なる場合があります。
塩基配列データベース構築には由来生物名の管理は必須であり，生物名の表記を統
一する必要があります。この生物名の参照先としてこの Taxonomy database を使
用しております。Taxonomy database は，生物名の表記を統一することに主眼をお
いて構築されており，生物種の命名および分類学上の権威となるものではありませ
ん。Taxonomy database の説明につきましてはこちらをお読みください。

DDBJ では，国際塩基配列データベースの構築業務を 2003年12月27日(土) から 2004年
1月4日(日) まで休業いたします。これにともない，SAKURA によるデータ受け付けは
2003年12月26日(金) から 2004年1月4日(日) までご利用いただけません。エントリの
新規および再公開も，2003年12月27日 から 2004年1月5日 まで行なわれません。
皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

文部科学省科学研究費特定領域研究ゲノム４領域主催の「ゲノムひろば」に DDBJ も参
加しました。「ゲノムひろば」は一般の方々にゲノムおよびゲノム研究の実際をわかり
やすく紹介することを目的とした催しです。今年が２回目の開催で，福岡・京都・東京
会場のうち DDBJ は福岡と京都のポスターセッション「ゲノム研究勢ぞろい」に参加し
ました。
　11月1, 2日（土日）福岡　エルガーラ（天神）
　11月8, 9日（土日）京都　三井ホール（四条烏丸）
東京会場は11月15, 16日に日本科学未来館での開催でした。日本科学未来館ではゲノム
ひろば併設イベントが11月12-17日に開催され，DDBJ の活動も紹介されました。

ゲノムひろば 京都会場： 堀田遺伝研所長 DDBJ ブースを見学	日本科学未来館・ゲノムと科学： DDBJ の紹介