 No. 13 2004年4月2日発行
発行：日本 DNA データバンク (DDBJ) |
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■当研究所では桜の季節に構内を一般公開しています
隔月公開の DDBJ メールマガジン第13号 web 版です。メールマガジンに関するご質問 やご意見がありましたら ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp までどうぞ。 一般公開についてはこちらをご覧下さい。今年は4/10開催です！ 先日 のDDBJ メールマガジン号外でおしらせいたしました，国立遺伝学研究所と西日本 電信電話株式会社（以下ＮＴＴ西日本）の「グリッド技術」を用いた一般家庭のパソコ ンの余剰時間をヒトゲノムなどの情報解析研究に活用するための共同実験もトライアル 開始から一月たち，丁度半分が経過しました。本実験では，従来の検索様式に加えて， 計算機資源の大きさの利点を生かした待ち受け型検索も可能です。これは，特定の検索 リクエストを定期的に新規データに対しておこなうことにより常に新しいデータを提供 するというものです。是非お試しください。 なお，以前にお知らせいたしましたように，本実験ではＮＴＴ西日本フレッツユーザの 協力の下に，家庭用パソコンの余剰なＣＰＵ時間やディスクの格納容量等を，通信ネッ トワークを介して集約して離散的な超高性能コンピュータ環境を実現し，国立遺伝学研 究所の日本 DNA データバンク (DDBJ) の公開用データベースをその超高性能コンピュー タに展開し，データベースへの高速なアクセスと検索ソフトの動作実験を行ないます。 このような IT 環境をデータグリッドと言いますが，一般家庭のパソコンを使った試み としては，おそらく我が国では初めての試みではないかと思います。 DDBJでのサービスはこちらからアクセスしていただけます。是非，お試しいただければ と思います。この実験に関するＮＴＴ西日本の関連ページはこちらをご覧下さい。 お問い合わせは grid-trial@ddbj.nig.ac.jp へ 平成16年4月1日より国立遺伝学研究所は大学共同利用機関法人 情報・システム研究機 構を構成する大学共同利用機関となりました。情報・システム研究機構は国立遺伝学研 究所の他，国立極地研究所・統計数理研究所・国立情報学研究所で構成されています。 この変更にともない，DDBJ の上部組織名も「文部科学省 国立遺伝学研究所 生命情 報・DDBJ 研究センター 日本 DNA データバンク」から「大学共同利用機関法人 情報・ システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター 日本 DNA デー タバンク」に変更されました。 名称は変わっても DDBJ の活動に変わりはありませんので，これからもどうぞよろしく お願い申し上げます。 DDBJ を運営している国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ 研究センターに次の人事異動が ありました。 3月1日付で遺伝子機能研究室に Roberto A. Barrero 助手が着任しました。産業技術総 合研究所・（社）バイオ産業情報化コンソーシアム生物情報解析研究センター統合デー タベースチームからの異動です。 また，データベース運用開発研究室の宮崎智助教授が3月31日付で離任しました。1996年 から7年以上にわたりデータベース構築をはじめとする DDBJ の活動に貢献されました。 4月1日より東京理科大学薬学部助教授として活躍されています。 後任に4月1日付で阿部貴志助手が着任しました。株式会社ザナジェンからの異動です。 DDBJ では web, e-mail で検索・解析サービスを提供しています。プロセス実行状況を web で確認できる「Traffic」ページが，メールで検索・解析を実行した際にも利用可能 となるオプションを5月10日より追加する予定ですので，ご案内します。 メールで検索・解析サービスを利用する際にこのオプションを指定をすると，Request ID が記載された受付通知メールがユーザに送信されます。メール中には Request ID の ほか，相同性検索トップページの URL とメールでの問い合わせ先が掲載してあります。 この URL からサイトにアクセスし，左側のメニューバーにある項目「Traffic」からプ ロセス実行状況を確認することができます。メールを投げてもなかなか結果が戻ってこ ない場合など，混雑状況を確認する際にご利用下さい。 このオプション名は email_request_id です。対象となるサービスと指定例は以下の通 りです。
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして年4回定期的に公 開しています。3月23日に DDBJ リリース57を，3月25日に DAD (DDBJ amino acid database) リリース27を公開しました。これらふたつのデータベースを含め，DDBJ で 現在公開中のデータベースは以下の通りです。 DDBJ リリースも含めた DDBJ で公開中のデータベースや日米欧のデータ量の割合，登録 塩基数の多い生物など各種統計資料については DDBJ の統計をご覧下さい。 FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイトはこちらです。
・DDBJ date-----------DDBJで公開した日付 ・Rate of increase-----前回リリースの総塩基数に対する増加率 GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正 細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。2004年2月から3月にかけて 公開された以下9生物種のゲノムデータを GIB に取込みました。4月1日現在で，GIB に は真核生物 6・バクテリア 140・古細菌 18，計164種類のゲノムデータが格納されてい ます。 - Bacillus cereus ATCC 10987 - Bdellovibrio bacteriovorus HD100 - Lactobacillus johnsonii NCC 533 - Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 - Methanococcus maripaludis strain S2 - Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis str. k10 - Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC - Treponema denticola ATCC 35405 - Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster - Yersinia pestis biovar Mediaevails str. 91001 メールマガジン12号でもご案内しましたが，3月16日-19日に国立遺伝学研究所にて第３ 回日韓バイオインフォマティクストレーニングコースを開催しました。日韓の若手研究 者が，４日間にわたり英語での講議および実習を受けました。 DDBJ-CIB では全国各地で「DDBJing 講習会」と「寺子屋情報生物学」というワークシ ョップを開催しています。DDBJing 講習会は DDBJ が提供しているツールの講習を，寺 子屋は若手研究者の育成を目的としています。3月28日に国立情報学研究所学術総合セン ターにて第9回 DDBJing 講習会＆第6回「寺子屋」情報生物学 in 東京を開催しました。 当初の予定よりも規模を縮小して開催しましたが，ご参加下さった皆様どうもありがと うございました。講習会中のご質問やアンケートに書いていただいた点を，今後の DDBJ 活動および DDBJing 講習会の開催に活かして参ります。 世の中には生物学の研究者に有用なデータベースが無数に用意されている。 DDBJ/EMBL/GenBank などのような，いわゆる１次データベースはもとより，それ等の情 報を加工・補強した２次，３次データベースなどの大多数がインターネットを介して無 料で自由に，しかも簡単に使えるようになっている。また，整理された情報の増大に伴 って，それらを解析するソフトウェアも広く普及してきた。 たとえば，EMBOSS や CCP4 などでは，核酸やタンパク質の配列および構造を解析する ためのソフトが収集・配付されている。これらの使い勝手の良いデータベースやソフト の発展は（広い意味での）生物情報学者（bioinformaticist というらしい）の努力の 成果である。 ところで，これほどまでに環境が整ってくると，出来合いのソフトを入手して，出来合 いのデータベースをいくつか調べ，得られたデータを「ひとひねり」すると，ちょっと した「研究成果」が得られるようになる（実際にそのような論文はちらほら 認められる）。 しかもそのようなスタイルの研究は，バイオインフォマティクスの専門家でなくても可 能である。実際にはスクリプト言語などを覚えて，ちょっとしたプログラムを書く必要 があるが，bioperl や bioruby などを利用すれば，すでに用意されているライブラリを 「カットペースト」でつなぎ合わせて大抵のことはできてしまうだろう。 ここに一つの疑問が生まれる。生物情報学の研究者は，頑張ればがんばるほど，彼らが 作ったデータベースやソフトを使ったオリジナルの研究ができなくなるのではないか？ 斯くして，研究者としての生物情報学者は消えてゆく・・・（？） いやいや，それは早計だ。 現在のところ，ゲノムや遺伝子発現データなどの量に圧到され，それらを整理・分類す れば（小さいかもしれないが）新しい発見がいくらでもできるように思われる。しかし， そのような状況が一段落した後こそ，研究者あるいは理論家としての生物情報学者，さ らには 生物情報学という分野そのものの真価が問われるときだと思う。もっとも，そ のとき「生物情報学」という呼称が存在するかどうかは定かではないが・・・ 金城玲 国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室 助手 http://lysine.genes.nig.ac.jp/~akinjo/index.html ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp
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Last modified: Aug. 04, 2011
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