DNA Data Bank of Japan
DDBJ メールマガジン  
No. 16  2004年9月30日発行
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 ■少々宣伝を・・・ 
DDBJ スタッフである 斎藤成也教授 (国立遺伝学研究所・ 集団遺伝研究部門)の『ゲノムと進化−ゲノムから立ち昇る生命−』が新曜社から刊行されました。 ゲノムと進化の関係について,一般向けに解説した本で,表紙は斎藤教授の描いた絵(謎の点描抽象画)を加工してあります。 よろしければ web や書店などで(表紙だけでも)チェックしてみて下さい。
隔月公開の DDBJ メールマガジン第16号 web 版です。 メールマガジンに関するご質問やご意見がありましたら ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp までどうぞ。
 ■SAKURA で登録可能な塩基配列長増加 
国際塩基配列データベース (INSD) では1エントリの最大塩基配列長に関する規約(最大 350,000 bp)がありましたが,2004年6月より制限を撤廃しました。
DDBJ の提供する 塩基配列データ登録システム SAKURA では機能上の制約から登録可能な塩基配列長に制限がありますが,2004年9月からより長い配列が登録できるようになりました。 これまで登録可能な配列長は 20〜350,000 bp でしたが,20〜500,000 bp になりました。 ただし 500,000 bp 以下であっても,ご使用になるコンピュータシステム,WWW ブラウザなどの環境により入力できないことがあります。
2004年9月現在では以下のブラウザで最大値 500,000 bp までの配列データ取り扱いが可能であることを確認しています。
詳細は SAKURA の利用上の注意および制限をご覧下さい。 500,000 bp を超える配列を登録される場合は 大量データの登録 をご利用下さい。
        
最大値 500,000 bp まで登録可能なブラウザ
  Win Mac Solaris 8 Linux
IE 6.0, 5.5 --- --- ---
Netscape 7.1, 6.2 7.0, 6.2, 4.7 7.1, 6.2, 4.7 7.1, 6.2, 4.7
Mozilla --- --- --- 1.7.2

 ■DDBJ リリース公開 
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして年4回定期的に公開しています。 9月30日に DDBJ リリース59を公開しました。 DDBJ リリースを含め,DDBJ で現在公開中のデータベースは以下の通りです。
DDBJ リリースも含めた DDBJ で公開中のデータベースや日米欧のデータ量の割合,登録塩基数の多い生物など各種統計資料については DDBJ の統計をご覧下さい。 FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイトは こちらです。
DNA
database
Rel Date DDBJ
Date
Entries Bases
DDBJ 59 09/04 09/04 37,926,117 42,245,956,937
Protein
database
Rel Date DDBJ
Date
Sequences Residues
DAD 28 07/04 07/04 1,837,664 563,381,750
PIR 79 03/04 04/04 283,367 96,191,583
SWISS-PROT 44 07/04 08/04 153,871 56,608,159
PRF 98 07/04 08/04 262,644 93,074,728
PDB PDB サイトでは週1回データの更新を行なっています。 DDBJ では
データを毎日チェックし,更新しています。 9月現在 27,204 sequences
・Date--------リリースノートに記載されている正式公開日付
・DDBJ date---DDBJ で公開した日付

 ■GIB にデータ追加 
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。 2004年4月から9月にかけて公開された以下31生物種のゲノムデータを GIB に取込みました。 9月27日現在で,GIB には真核生物 6・バクテリア 170・古細菌 19,計195種類のゲノムデータが格納されています。
     - Acinetobacter sp. ADP1
     - Bacillus anthracis str. Ames 0581
     - Bacillus anthracis str. Sterne
     - Bacillus cereus ZK
     - Bacillus licheniformis ATCC 14580
     - Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27
     - Bartonella henselae Houston-1
     - Bartonella quintana Toulouse
     - Borrelia garinii PBi
     - Burkholderia mallei ATCC 23344
     - Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (U.Bielefeld)
     - Desulfotalea psychrophila LSv54
     - Desulfovibrio vulgaris Hildenborough
     - Erwinia carotovora subsp. atroseptica SCRI1043
     - Legionella pneumophila subsp. pneumophila Philadelphia 1
     - Leifsonia xyli subsp. xyli CTCB07
     - Listeria monocytogenes 4b F2365
     - Mannheimia succiniciproducens MBEL55E
     - Mesoplasma florum L1
     - Mycoplasma mobile 163K
     - Parachlamydia sp. UWE25
     - Photobacterium profundum ss9
     - Picrophilus torridus DSM 9790
     - Propionibacterium acnes KPA171202
     - Rickettsia typhi wilmington
     - Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252
     - Staphylococcus aureus subsp. aureus MSSA476
     - Streptococcus pyogenes MGAS10394
     - Symbiobacterium thermophilum IAM14863
     - Thermus thermophilus HB27
     - Yersinia pseudotuberculosis IP32953
 ■DDBJ スタッフコラム5 
信長と情報

舘野 義男
国立遺伝学研究所 遺伝子機能研究室 教授

「織田信長の全国制覇への道は,桶狭間の戦での勝利から始まった」とよく云われる。

永禄3(1560)年5月17日,今川義元は2万5千(4万とも云われる)の大軍を擁し,織田の各砦を攻め落とす準備をしていた。 このままでは,信長は云うに及ばず,織田家の滅亡は必至であったろう。 「攻められるよりは攻めることだ」,きかん気の信長はそう思った。 だが,劣勢の兵力でどう攻めるか。 どう勝利を収めるか。 あの奇跡の戦いとも云われる,桶狭間の作戦は,この時から信長の頭にあったのだろう。 信長の超時代的な頭脳は,「人間五十年...」の舞と同調し働きはじめた。

さて,時刻は5月19日の正午にさしかかっていた。 義元は,今川軍が織田の鷲頭と丸根の砦を攻め落としたことを聞いて機嫌をよくし,陣中で謡曲を唄っていたという。 この頃,信長は二千の軍勢とともに,織田軍前線の拠点である善照寺砦に陣取っていた。 彼はあることを待っていた。 やがて,簗田出羽守政綱という豪族から,「今川義元殿,桶狭間にあり」という情報がもたらされた。 信長は,密偵を送りこみ,敵の動きを探っていたのである。 この豪族もその密偵の一人だったのだろう。

この情報がきっかけで,信長が仕掛けた桶狭間の合戦は始まる。 合戦の様子は映画や小説などでよく知られているように,織田の軍勢が,その10倍以上もの今川勢を破り,義元を滅ぼす。 この時,義元を仕留めたのは,織田軍の毛利新介という小兵だった。

合戦の後,信長の論功行賞が催された。 「一番手柄は,毛利新介」と誰もが予想したろう。 しかし,信長はそうはしなかった。 一番手柄は,例の情報を提供した,簗田政綱に授けたのである。 信長は,戦いでの働きよりも,重要な情報の提供を重視した。 彼の超時代的な考えを如実に示している判断といえよう。

情報の重要性は,第二次世界大戦での日本軍の敗戦でも明らかだが,科学の研究でもまた然り,などと450年も経た現在,云うのも可笑しいか。 信長が嗤っている。

それにしても,情報通だった信長が,全国制覇を目前に,なぜ本能寺で無惨な最後を遂げることになったのか。 心の闇までは情報が行き届かないことは,昔も今も変わりはないのか。



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Last modified: Aug. 04, 2011