国立遺伝学研究所内には何本かメタセコイアという巨木があります。 DDBJ スタッフのいる建物は５階建てなのですが，木の天辺は５階の窓よりも高い所にあります。 そんな巨大メタセコイアも新緑の季節を迎えています。 ゴツゴツとした幹に柔らかそうな葉が映えて，いつもは厳めしい木が僅かな期間だけ柔らかい表情を見せるんですよ。 冬と５月の中ごろの写真を見比べて下さい。 この季節を過ぎると葉の色が濃くなって，もとの厳めしい木に戻ってしまいます。
隔月公開の DDBJ メールマガジン第20号 web 版です。 メールマガジンに関するご質問やご意見がありましたら ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp までどうぞ。

DDBJ では2001年より anonymous FTP と getentry で XML 形式 (DDBJ-XML)(*)でもデータを提供してきましたが，2005年4月29日より INSD-XML 形式でのデータも試験的に(**) 提供を開始しました。 INSD-XML は DDBJ, EMBL ならびに GenBank によって構成されている国際塩基配列データベース (INSD) が共通に使用する DTD (Data Type Definition) です。

(*) DDBJ-XML は，プログラムによる処理を容易にするとともに，これまで広く利用されてきたフラットファイル形式を意識して，人間にとっても読みやすいドキュメントが生成されることを目指して設計されました。 INSD-XML は，フラットファイルとの親和性よりも，Features/qualifiers の構造を意識して設計されました。

(**)現在の DTD については，今後１年間をかけて，国際塩基配列データベース３極でいかなるエントリーについても問題が起きないことや，相互に XML ドキュメントを読み書きできることをテストして成熟させていく予定です。 したがって，DTD 自身が随時変更される可能性があります。 また，DTD から XML ドキュメントに展開する部分についても随時変更される可能性があります。

FTP サイトでの利用
anonymous FTP 公開ディレクトリとファイル名は次のような構成になっています。 現在 anonymous FTP で公開しているデータは，毎日公開される新着データのみですが，次回の DDBJ リリース62 (2005/06) より定期リリースも公開する予定です。

公開ディレクトリ：ftp.ddbj.nig.ac.jp/database/ddbjnew/xml/insd/

公開ファイル名：DDBJNEWr##.XXX.insd_xml.gz (e.g. DDBJNEWr61.062.insd_xml.gz)

  ## リリース番号, XXX シリアル番号

・リリース番号・シリアル番号は毎日公開される anonymous FTP データと同様です。

・TPA, CON も１ファイルにまとめて公開いたします。

・INSD-XML 用の DTD は同じディレクトリにある INSD_INSDSeq.dtd です。

getentry での利用
getentry では検索時に DNA データベースを指定して INSD-XML を選択すると，結果を INSD-XML 形式で表示します。
どうぞご利用下さい。
 

DDBJ では全国各地で「DDBJing 講習会」を開催しています。 DDBJing 講習会は，塩基配列の登録方法や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により深く理解して利用していただく助けになることを目指しています。
9月1-2日に東京農業大学での開催が決定しました。 講習内容は6月8-9日に開催する 第12回 DDBJing 講習会 in 三島 とほぼ同様になる予定で，大学のコンピュータ演習室を使用してデータ登録と検索解析サービスの利用方法を解説します。 詳細が決まり次第 DDBJ HP でご案内いたします。 参加費は無料です。 現在のところ7月上旬に募集を開始する予定ですので，興味をお持ちの方はどうぞご参加下さい！
DDBJing 講習会開催のご要望がありましたら，検討いたしますので以下のメールアドレスまでお問い合わせ下さい。
ddbjing@ddbj.nig.ac.jp
 

共立出版 から「DDBJ の利用法−配列データの登録・検索・解析−」五條堀孝・菅原秀明 編著（ISBN4-320-05629-9, 2700円）が出版されました。
この本は DDBJ を運営する国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ 研究センターの教員が主な執筆者となって DDBJ が提供するデータベースやさまざまな検索解析サービスの利用方法について解説しています。 以下７章にわたり DDBJ のサービスを具体的に説明していますので，興味をお持ちの方はどうぞご覧下さい。
１章 DDBJの利用法／２章 国際塩基配列データファイルの構造／３章 データ登録／４章 データ検索／５章 塩基配列・アミノ酸配列データ解析／６章 タンパク質・発現データ解析／７章 情報資源の活用
 

CIB/DDBJ, EBI/EMBL, NCBI/GenBank は，国際塩基配列データベース共同構築を円滑に進めるために，国際実務者会議と国際諮問委員会を年１回開催しています。
今年は DDBJ のある国立遺伝学研究所（静岡県三島市）で第18回国際実務者会議（5月16日-18日）と，第16回国際諮問委員会（5月19日）が開催されました。 国際実務者会議には28名が，国際諮問委員会には22名が参加し，DDBJ からは国際実務者会議に13名の，国際諮問委員会に5名のスタッフが出席しました。 国際実務者会議では，DDBJ, EMBL, GenBank 三極の活動の年次報告が行なわれた後，国際塩基配列データベース運用上の実務的な問題を検討しました。

[写真左：国際実務者会議・右：国際諮問委員会]
 

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは， リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 4月6日に DDBJ リリース61 を公開しました。 リリース61 のエントリ数は 43,118,204，総塩基数は 47,099,081,750 塩基です。 現在公開中のデータベースは以下の通りです。 今回のリリースから リリースノート の形式を変更しました。
DDBJ リリースも含めた DDBJ で公開中のデータベースや日米欧のデータ量の割合，登録塩基数の多い生物など各種統計資料については DDBJ の統計 をご覧下さい。 FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイトは こちらです。

DNA database	Rel.	Date	DDBJ Date	Entries	Bases
DDBJ	61	03/05	04/05	43,118,204	47,099,081,750
Protein database	Rel.	Date	DDBJ Date	Sequences	Residues
DAD	31	04/05	04/05	2,309,392	709,797,357
UniProt/Swiss-Prot	47	05/05	05/05	181,571	65,742,349
PRF	102	03/05	05/05	353,698	122,820,797
PDB	PDB サイトでは週１回データの更新を行なっています。DDBJ では データを毎日チェックし更新しています (5月現在 30,963 エントリ)

・Date----------------リリースノートに記載されている正式公開日付
・DDBJ date-----------DDBJで公開した日付
 

6月26日にゲノム機能発現研究会が「グラフィカル・ガウシアン・モデリングによる遺伝子発現プロファイルからの関連遺伝子ネットワーク推定」という講演会を開催します。 参加費は無料ですが，申し込みが必要です。 興味をお持ちの方は，サイト をご覧の上，メールでお申し込み下さい。

• 日時：6月28日（火）17時から18時
• 場所：東京大学農学部２号館（化学第２講義室）
• 演題：グラフィカル・ガウシアン・モデリングによる遺伝子発現プロファイルからの関連遺伝子ネットワーク推定
• 講師：堀本 勝久 先生（東京大学医科学研究所　バイオスタティスティクス人材養成ユニット 特任教授）

DDBJ スタッフに次の人事異動がありました。
3月31日付で遺伝子発現解析研究室の伊藤 孝一 助手が離任しました。 2003年8月からおおよそ１年半にわたり DDBJ の活動に貢献されました。 現在は大阪大学大学院医学系研究科医員 皮膚科医として活躍されています。
 

国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業ため，明日6月1日の夕方１時間にわたり DDBJ HP へのアクセスができません。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
日時： 2005年6月1日(水) 16:00〜17:00

RNA genes as modulators of gene expression

Roberto Barrero
National Institute of Genetics Gene Function Research Laboratory Assistant Professor

About Science: microRNA genes act as modulators of gene expression
Since the discovery of microRNA (miRNA) genes almost twelve years ago, their crucial role as post-transcriptional regulators in animal and plant species have been demonstrated in the last five years. miRNAs are transcribed from genomes as long primary-precursors (pri-miRNA) , which are processed down into 60-80 nucleotides (nt) precursors (pre-miRNAs) by the Drosha-Pasha processing complex. A single pri-miRNA may encode up to seven pre-miRNAs. The pre-miRNAs are exported to the cytoplasm via the Exportin 5 pathway and are recognize and cleave by Dicer into the mature miRNAs that may range from 21 to 24 nt in lenght. miRNAs guide the RISC (RNA Interference Silencing Complex) to their target genes and mediates either mRNA degradation or translation inhibition.

Currently, there are 1,225 and 392 miRNAs known for animal and plant species, respectively (Rfam Release 6.0). Plant miRNAs usually have perfect complementarities to their target genes binding their coding region and mediating mRNA degradation via the RNA Interference (RNAi) pathway. In contrast, animal miRNAs have imperfect complementarities to their target genes, which prevent a straightforward identification of these targets by in silico approaches. Animal miRNAs will generally bind the 3' untranslated regions (3'UTRs) of their targets that results in inhibition of the protein translation process. The biological functions of miRNAs remain to be uncovered, only for a handful number of miRNAs forward genetics have elucidated their function.

The main interest of our lab is the identification of novel functional RNA genes using comparative genomics. We are focus in the identification of novel microRNA genes in mammalian species. To understand the biology of microRNAs is required to comprehend their genomic context, and evolutionary path. We generated computational tools to identify conserved microRNA genes in human and mouse genomes as well as to investigate the evolution of pri-miRNAs. Linage specific miRNAs may play important roles in defining differences in the gene expression regulation network for each species.

We also developed in silico tools and implemented reporter assay systems to screen and validate highly reliable microRNA-target interactions. The predicted microRNA targets are involved in a wide variety of biological processes implying a crucial role of microRNAs in a number of biological processes such as development, apoptosis, signal transduction and others.

About Life in Mishima: NIG brings many opportunities to do sports at all levels
It has been almost 14 months since I moved to Mishima from Tokyo. At first, there is an obvious "change feeling" from a big metropolis to a more peaceful town. I need no more to take trains in the famous rush hours or run to catch the last train. Some of the first things you hear about Mishima is that the water and air are cleaner, and sure they are! The thing I like most of not having a driving license is that it allowed me to reduce my weight for about 10 kg in my need to ride my bicycle every morning to climb the NIG hill. This was a very effective "diet" strategy given that in one day I may need to repeat the process 2 or 3 times. Now that we can enjoy our NIG cafeteria at noon, the effectiveness of the process has decreased by an approximation of 33%! According to my new gain of weight!! NIG offers everyone the possibility to do various sports such as play soccer, tennis or badminton (as far as I am aware of) and it is very fun to do sports, even the next two days I may not be able to walk straight. The very good thing of doing sports with people at NIG is that everyone can join the group, regardless of their level. Everyone is welcome from first-time beginners to Olympic champions, and the best part of all is that more experienced people will share their knowledge with the rookies. So don't miss the chance to put yourself in shape once in a while!

発行：	日本 DNA データバンク (DDBJ)
	大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ 研究センター 〒411-8540　 静岡県三島市谷田1111