隔月公開の DDBJ メールマガジン第23号 web 版です。 メールマガジンに関するご質問やご意見がありましたら ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp までどうぞ。

• 現在は Web 版のみですが，当メールマガジンの英語版を 第21号 から公開しています。 公開のタイミングは日本語版と若干時間差がありますが，よろしければご覧下さい。
  
  
• 明日12月2日から3日にかけて国立遺伝学研究所保守作業のための停電によりネットワークサービスを停止いたします。 塩基配列データ登録システム SAKURA および生物分類データベース TXsearch の停止期間は他のサービスよりも長く12月5日までとなっていますので，ご注意下さい。
  サービス停止期間：12月2日（金）17:00-12月3日（土）22:00
  SAKURA, TXsearch 停止：12月2日（金）15:00-12月5日（月）09:00

DDBJ では，塩基配列の登録や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により有効に利用していただくために，全国各地で「DDBJing 講習会」を開催しています。 講習会では，DDBJ のスタッフが中心となっておこなう講議や実習を通して，サービスのについての理解を深め，具体的な使い方を学んでいただいています。 2006年2月2-3日に大阪大学中之島センターで「第14回 DDBJing & 第2回 PDBjing 講習会 in 大阪」を開催することが決定しましたのでご案内します。
今回は本年3月に開催された講習会と同じく，大阪大学蛋白質研究所ならびに PDBj（日本蛋白質構造データバンク）との共同開催で，DDBJ ならびに PDBj が提供しているアミノ酸・タンパク質に関するサービスの利用法についての実習と，タンパク質およびゲノム研究に関する講議を行ないます。 PC を用いた実習の時間を多く設け，より実践的な知識を身に付けていただける講議内容を予定していますので興味をお持ちの方は是非ご参加下さい。
12月5日より参加申し込み受け付けを開始予定です。 詳細は DDBJing 講習会サイト をご覧下さい。 大阪近郊の皆様のご参加をお待ちしています。

• 日時：2006年2月2日（木）13時から2月3日（木）17時まで
• 場所：大阪大学中之島センター・キャンパスイノベーションセンター
• 対象：DDBJ，PDBj を利用される方をどなたでも歓迎します（定員30名・参加費無料）
• その他：無線 LAN を用いてネットワークに接続して実習を行ないますので，無線 LAN が使用可能な PC をご持参下さい。

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは年４回定期リリースとして anonymous FTP サイトで公開しています。 これまでフラットファイル形式・FASTA 形式・DDBJ-XML 形式・CDS 配列の４種類の形式で提供していましたが，DDBJ リリース62（2005年6月）より INSD-XML 形式での提供も開始しました。 INSD-XML 形式での提供は，2005年5月より毎日公開される新着データでは行なわれていましたが，今後は定期リリースも同形式でご利用いただくことができます。
INSD-XML は DDBJ, EMBL ならびに GenBank によって構成されている国際塩基配列データベース共同体 (INSDC) が共通に使用する DTD (Data Type Definition) です。 現在の DTD については，INSDC でいかなるエントリについても問題が起きないことや，相互に XML ドキュメントを読み書きできることをテストして成熟させていく予定です。 したがって，DTD 自身が随時変更される可能性があります。 また，DTD から XML ドキュメントに展開する部分についても随時変更される可能性があります。 DTD のバージョンはファイル中に記載されています。 どうぞご利用下さい。

• 公開ディレクトリ：ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/insd/
• INSD-XML 用の DTD：同じディレクトリにある INSD_INSDSeq.dtd です。
• getentry での利用：検索時に DNA データベースを指定して INSD-XML を選択すると，結果を INSD-XML 形式で表示します。
• [DDBJ-XML と INSD-XML のちがい]
  DDBJ-XML は，プログラムによる処理を容易にするとともに，これまで広く利用されてきたフラットファイル形式を意識して，人間にとっても読みやすいドキュメントが生成されることを目指して設計されました。
  INSD-XML は，フラットファイルとの親和性よりも，Features/qualifiers の構造を意識して設計されました。
• 過去のおしらせ

DDBJ では相同性検索サービス BLAST を web サーバと e-mailサーバで提供しています。 11月1日 web 版 BLAST に検索結果をグラフィカルに表示する Graphical View 機能を追加しました。 詳細は以下の通りです。
検索オプション「検索結果」に，"Graphical View" というチェックボックスを追加しました。 デフォルトではチェックが入っています。 この機能を利用すると，図のように結果のアラインメント部分をスコアごとに色分けした矢印でグラフィカルに表示することができます。 矢印はヒットした配列の範囲と方向を示しています。 最上部（図青い部分）は QUERY を，目盛りは QUERY と対応する位置を示しており，それぞれの矢印をクリックすると，該当するアラインメント部分に移動することができます。
それぞれの行頭にあるチェックボックスを利用して ClustalW による多重整列を行なうことができますので，これまでよりも少ない手順で ClustalW を利用することが可能になりました。
"Graphical View" を選択しない場合は，結果表示ページに"Select Sequences" というメニューが表示されますので，今までと同様に配列を選択して ClustalW をご利用いただくことができます。
また，web 版・e-mail 版共にバージョンアップを行ない，2.2.6 から 2.2.12 になりました。 どうぞご利用下さい。

12月7日から10日にかけて福岡で開催される 第28回日本分子生物学会年会 で DDBJ のポスター発表を行ないます。 ポスター番号は 2P-0060 で２日目の発表です。 「DDBJの活動紹介：情報生物学研究への貢献」というタイトルで塩基配列データ登録システムや検索解析システムなど DDBJ が提供しているサービスに関する紹介を行なう予定です。 DDBJ スタッフがご質問にお答えすることもできますので，機会がありましたらどうぞお立ち寄り下さい。

DDBJ では，国際塩基配列データベースの構築業務を 2005年12月29日(木)から2006年1月3日(火)まで休業いたします。
これにともない，SAKURA によるデータ受け付けは2005年12月27日(火)から2006年1月4日(水)までご利用いただけません。 エントリの新規および再公開も，2005年12月27日から2006年1月4日まで行なわれません。 ご不便をおかけいたしますが，皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

休業期間：	2005年12月29日(木)から2006年1月3日(火)
SAKURA 停止：	2005年12月27日(火)から2006年1月4日(水)
新規・再公開停止：	2005年12月27日(火)から2006年1月4日(水)

DDBJ では anonymous ftp サイト で WGS データ を公開しています。
2005年9月8日から11月10日にかけて WGS データの新規公開が行なわれていないことがわかったため，これらのデータを公開しました。 公開したデータは以下の一覧の通りです。 ご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げます。
公開データ一覧

ClustalW は DDBJ が web サーバと e-mail サーバで提供している解析サービスです。 9月15日から10月12日までの間，解析から結果の表示までを web で行なった方のうち容量の大きな配列を解析された方は，サービスの利用状況を確認する Traffic ページ でプロセスの実行状況を正しく確認できなかった可能性があります。
現在は正常に機能していますが，ご迷惑をお掛け致しましたことをお詫び致します。

生命における個性と多様性

池尾　一穂
国立遺伝学研究所　遺伝情報分析研究室　助教授

現在，ご存知のように，様々な形で生命科学におけるデータベースの整備が進んでいます。 もちろん我々の国際塩基配列データベースに関する活動もその中の一端です。 そして，種々の生物の完全長ゲノム配列データが利用可能になるとともに，ゲノム配列を中心に生命現象を改めて記述していこうとする動きが活発になってきています。
一方，様々な実験手法や顕微鏡技術の進歩は，以前では想像もできなかった生物の姿を我々に見せてくれるようになりました。 そして，これらの多様な情報を統合化していくことが求められています。 言い換えれば，現在の生命科学は生命現象を共通の言葉と表現で再記述しようとしているといえるのではないでしょうか。 これは，自然科学が一定の方法により一般的な法則を導き出すことで自然の成り立ちやあり方を理解し，説明・記述しようとするならば自然の成り行きといえるでしょう。 近年活発な比較ゲノムに代表される種間比較の試みは，多様な生物における一定の法則を見つけようという試みです。 これは見方を変えれば，博物学の時代から生物の研究の主要な方法でありました。ゲノムに代表される大規模スクリーニングによって得られた成果を統合し，生命現象に共通する法則を抽出しようとするアプローチは，その意味においてこの試みは古くて新しいものであると言えるでしょう。
それでは，生物に一定の法則を見出すことはできるのでしょうか。 もちろん，我々人間は，生命現象の全体像を理解し生命の法則を見出すことを目指しているのは間違いありません 。けれども，現時点における我々の知識は生命全体像を記述し一定法則を導き出すためにはまだまだ不十分です。 そして，科学の進歩に伴い生命現象に関わる情報は収束に向かうというよりはますます増加の一途をたどっています。 その意味合いにおいても生物種を比較していくことは非常に重要であるといえます。

さて，比較とはいったい何でしょうか。比較をすることによって，様々な生物に共通する現象を知ることができ，それを説明しうる法則が見つかるかもしれません。 また，比較するということは生物の進化を理解することでもあります。 しかしながら，それで生命をすべて理解できたことになるのでしょうか。
今日，もうひとつ注目されているキーワードが多様性です。 種の多様性はもちろんのこと人間の多様性，細胞の多様性など，生物は様々なレベルにおいて多様性を持つことにより成り立っています。 この多様性を理解するためには，共通することを見つけ理解するだけでは不十分です。 進化学の立場で行けば，これまでは生命の進化を理解するために共通祖先を見つける目的で生物における共通項が注目されてきました。
けれども，比較により共通部分を知るということは，実は，それぞれに特異的な点も同時に知ることになります。 それは，個体のレベルで行けば個性の理解に繋がるでしょうし種のレベルで言えば種を種として成立させている理由を理解することに繋がるはずです。 また，同じであるもしくは似ているということが直ちに共通の法則に繋がるのでしょうか。 進化において収斂進化というものが知られています。これは，ダーウィンの時代から知られており，ダーウィン自身もその著書，“種の進化”の中で，進化を考える上でのその重要性に触れています。 収斂進化の可能性は分子（蛋白質）のレベルから固体のレベルまで様々に指摘されています。 様々な生物に見られる擬態も広い意味でその一種であるといえるでしょう。
一例として眼の進化が挙げられます。 もっとも有名なものは，脊椎動物におけるカメラ眼と軟体動物に見られるカメラ眼です。 両者の形態はよく似ていますが，その焦点調節の仕組みや発生の過程は異なる進化を示唆します。 もちろん，眼そのものは基本的な動物の感覚器官であり，光受容を目的とした感覚器という意味では広く種をこえて存在しますし，様々な分子データは両方のカメラ眼も共通祖先から進化してきたものであることを示しています。 しかし，共通祖先から両者への進化の道筋はまだまだ不明な点ばかりです。 さらに，渦べん毛虫のある種は単細胞生物にもかかわらずレンズを有する光受容器官を備えています。 収斂進化の候補は，眼以外にもたくさん知られています。
これらの起源と進化を理解するためには，共通項を探るだけではだめであり，いったい何が異なっているかを理解することが大事になります。 また，現在は様々な実験技術と分子レベルの知識の蓄積により，関係する遺伝子やその発生の仕組みを詳しく調べることが可能になってきました。 すなわち，生物の多様性をそのメカニズムから議論することが可能になり，なぜ，どのようにして生物の多様性が生じ，またどのように生物の共通性が存在しているかを議論しうるようになったのです。
今後，このような特異性を理解することにより，いっそう生物の共通項が明らかになってくることが期待されます。 このようなアプローチは生命そのものを理解するために欠かすことのできない知識を我々に与えてくれるでしょう。

発行：	日本 DNA データバンク (DDBJ)
	大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ 研究センター 〒411-8540　 静岡県三島市谷田1111