世間ではワールドカップの話題で盛り上がっていますね。DDBJ もサムライ・ブルーならぬ DDBJ ブルーのメールマガジンで生命情報学に携わる人達を応援したいと思っています。隔月公開の DDBJ メールマガジン第26号 web 版です。 メールマガジンに関するご質問やご意見がありましたら ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp までどうぞ。

五條堀孝 生命情報・DDBJ研究センター長が，2006年4月22日に アメリカ芸術科学アカデミー(AAAS: The American Academy of Arts Sciences)が発表した2006年度のフェロー175人と外国人名誉会員20人におきまして，外国人名誉会員の一人として，進化／集団遺伝学・生態学の分野で選出されました。同アカデミーの設立は1780年で，現在までに 4000名のアメリカ人がフェローに，600名の外国人が外国人名誉会員となっています。これまでフェローには米国大統領経験者やノーベル賞受賞者も多数がメンバーとなっており，アカデミーの会員となることはアメリカでは最高の栄誉と言われています。また，外国人名誉会員は世界各国の様々な分野から選ばれており，今年はパリのルーブル美術館館長など20名が現会員の推薦によって選出されました。国立遺伝学研究所からはこれまでにも，太田朋子名誉教授や故木村資生博士などが外国人名誉会員に選出されていますが，生命情報・DDBJ研究センターからは五條堀センター長が初の選出となりました。五條堀センター長は昨年9月に，"Science"を発行する米国科学振興協会(AAAS: American Association for Advancement of Science) からもフェローの称号を授与されています。

GIB(Genome Information Broker) は，DDBJ の真正細菌・古細菌・真核生物ゲノム の統合検索サイトです。このたび，FTP ダウンロードサイトを公開しました。 GIB トップページの「DOWNLOAD」，または ftp://ftpgib.genes.nig.ac.jp/ よりアクセス可能です。これに伴いデータの一括取得が可能になりました。 どうぞご利用下さい。

H-Invitational に関連するデータベースの内容を更新しました。主な更新内容は以下の通りです。

1. cDNA エントリ数が 56,419 から 167,992 に増加しました
2. LOCUS エントリ数が 25,585 から 35,005 に増加しました
3. ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) の version が "3.0" になりました

H-Invitational 関連データベース
H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server
ミラーH-Invitational Database （H-InvDB）

DDBJ が登録を受付け，4月から5月にかけてDDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開した大量データは以下の通りです。

ヒト CAGE データの追加公開（MGA エントリ）

理化学研究所から登録されたヒト由来の短い転写物配列189万余エントリを MGA データとして公開しました。 このデータは CAGE 法によって作成されています。 これらのデータを含めて MGA データは以下のサイトより取得できます。

FTPサイト：

• ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/mga/
• プロジェクトインデックス

関連ページ：

• 理研プレスリリース
• MGA 配列データについて

 

メダカ strain Hd-rR WGS 22万エントリの新規公開

東京大学から登録されたメダカ strain Hd-rR の WGS データ22万エントリが公開されました。 アクセション番号は以下の通りです。 これらは4/19分の新着データとしてDDBJより公開されており，anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。

参考 URL：http://medaka.utgenome.org/

アクセッション番号：BAAF02000001-BAAF02223025 (223,025 entries)

anonymousFTP 一括取得 ：ファイル名 Oryzias_latipes_WGS_060419_1.seq.gz

 

メダカ strain Hd-rR scaffold/CON 3万エントリの新規公開

東京大学から登録されたメダカ strain Hd-rR の scaffold/CON データ3万エントリが公開されました。 4/11 に公開されたメダカ WGS データと対応しています。 アクセション番号は以下の通りです。 これらは4/14分の新着データとしてDDBJより公開されており，anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。

参考 URL： http: //medaka.utgenome.org/

アクセッション番号： DF038236-DF069193 (30,958 entries)

anonymousFTP 一括取得 ： ファイル名 Oryzias_latipes_CON_060414_1.seq.gz

 

メダカ strain Hd-rR WGS 23万エントリの新規公開

東京大学から登録されたメダカ strain Hd-rR の WGS データ23万エントリが公開されました。 アクセション番号は以下の通りで す。 これらは4/19分の新着データとしてDDBJより公開されており，anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。

参考 URL：http://medaka.utgenome.org/

アクセッション番号：BAAF01000001-BAAF01232667 (232,667 entries)

anonymousFTP 一括取得 ：ファイル名 Oryzias_latipes_WGS_060411_1.seq.gz

 

コムギ EST 24万エントリの新規公開

京都府立大学から登録されたコムギの EST データ24万エントリが公開されました。 アクセション番号は以下の通りです。 これらは4/4分の新着データとして DDBJ より公開されており，anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。

アクセッション番号：CJ493525-CJ736986 (243462 entries)

anonymousFTP 一括取得 ： ファイル名　Triticum_aestivum_EST_20060404_1.seq.gz

 

DDBJ, EMBL, GenBank の３大国際 DNA データバンクは，国際塩基配列データベース共同構築の運営・推進を図るために，国際実務者会議と諮問委員会を年１回開催しています。2006年の国際実務者会議は5月15日から17日に 米国 NCBI で開催され，DDBJ からもスタッフとアノテータが出席しました。DDBJ, EMBL, GenBank 三極の活動の年次報告が行なわれた後，国際塩基配列データベース運用上の実務的な問題を討論しました。実務者会議に引き続いて5月18日から19日まで諮問委員会が開催され，日本側からは3名の諮問委員と6名のDDBJ スタッフが出席しました。実務者会議の報告は，後日 DDBJ の HP に掲載します。

リリース65より，統計情報に「Journal ランキング上位100（エントリ数／論文数）」を追加しました。これは，リリース65に含まれるエントリのフラットファイルの REFERENCE 2 の記載をもとに，雑誌の引用回数をエントリ数，論文数をもとに上位 100 誌をリストしたものです。 統計の詳細よりご覧ください。

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 3月30日に DDBJ リリース65 を完成しました。 リリース65 のエントリ数は 55,890,995，総塩基数は 60,564,721,635 です。現在公開中データベースのリリースは下記の通りです。FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイトはこちらです。

DNA database	Rel.	Date	DDBJ Date	Entries	Bases
DDBJ	65	03/06	03/06	55,890,995	60,564,721,635
Protein database	Rel.	Date	DDBJ Date	Sequences	Residues
DAD	35	04/06	04/06	2,984,526	915,520,773
UniProt	7.7	05/06	05/06	3,134,187	1,023,776,867
UniProt/Swiss-Prot	49.7	05/06	05/06	219,361	80,573,946
UniProt/TrEMBL	32.7	05/06	05/06	2,914,826	943,202,921
PRF	108	03/06	04/06	555,007	195,762,527
PDB	PDB サイトでは週１回データの更新を行なっています。DDBJ では データを毎日チェックし更新しています (5月29日現在 36,710 エントリ)

・Date----------------リリースノートに記載されている正式公開日付
・DDBJ date-----------DDBJで公開した日付

また，リリース65 の公開にともない， 統計の詳細で公開している「登録塩基数上位30種の順位推移（〜DDBJ rel.65）」（登録塩基数を生物種別にランキングしたもの）を更新しました。 Aedas aegypti（ネッタイシマカ）が新たに30位にランクインしました。

DDBJ が WWW と E-mail で提供している相同性検索サービス S&W SEARCH につきましては既に2005年2月18日にサービス終了予告（ハードウェア製造社の解散に伴い，2005/4/1以降，サービスに支障をきたすようなハードウェア障害が発生した時点でサービスを終了する）のお知らせをしていましたが，2006年3月22日に発生いたしましたハードウエア障害の復旧が不可能なため，2006年4月7日をもちましてサービスを終了いたしました。 皆様にはご不便をお掛けすることになり誠に申し訳ございませんが，やむを得ない事情を御理解下さいますようお願いいたします。 S&W SEARCH に代わるサービスとしては， SSEARCH が S&W SEARCH と同様なアルゴリズムを用いた検索サービスとしてご利用できますので，今後はこちらをご利用下さい。 長い間ご利用いただきありがとうございました。

5月初めより，停電や機器障害によりサービスが緊急停止する事態が続けて発生いたしました。また，その多くが夜間や休日に発生したために復旧までに長時間を要し，結果としてユーザの皆様に多大なご迷惑をおかけしてしまいましたことを深くお詫び申し上げます。今後は，サービス停止をできるだけ未然に防ぐための対策や障害が発生した場合の対応などを検討してゆきたいと考えています。

DDBJ 20周年を迎えて

五條堀 孝
国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ研究センター長　教授

DDBJ の研究事業は，1980年の初頭から実際的にはその準備的な活動を行っておりますが，1986年に国立遺伝学研究所において遺伝情報研究センター（現生命情報・DDBJ 研究センター）が設立されたことによって、公式にその活動を開始致しました。 ご存知のように，DDBJ は米国の NCBI(GenBank) と欧州の EBI(EMBL) と共同して国際 DNA データベース構築を行って参りましたが，今年でちょうど20年間続いたことになります。 本年の5月15日から19日まで米国の NIHで開かれました DNA データバンクの国際実務者会議や国際諮問委員会においても，この長年における国際共同研究事業は米国の研究史上類をみない成功した国際共同研究事業のモデルとして高く評価されていることが報告されました。

これはひとえに，データ登録者の皆様そして利用者の皆様方の強いご支援の賜物と確信しております。今後は，アジアの連携を強くすると共に，政府レベルで計画されている統合データベースの動きにも積極的に協調して，ライフサイエンスにおける重要な責務を果たして参りたいと思います。各分野と各方面のさらなるご支援を切にお願い申し上げる次第です。

発行：	日本 DNA データバンク (DDBJ)
	大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ 研究センター 〒411-8540　 静岡県三島市谷田1111