毎年，夏には海に行くぞっ！と意気込むもののいつもの帰り道，いつもより混む道路・・・観光地ならではの夏の恒例の渋滞，それも夏の想い出の１つですね。そう，ここ国立遺伝学研究所のある静岡県三島市は伊豆の入り口なのです。電車でも車でも入り口はどうしても混雑してしまうのはしかたないですね（お盆の東京駅よりは空いていると思います）。夏を満喫している彼らを横目に毎日の仕事を頑張り今年こそは海へ！（せっかく近くに富士山があるから富士登山でも・・・）日々の仕事を頑張ったご褒美に今年はどこへ行きますか？ 隔月公開の DDBJ メールマガジン第27号 web 版です。 メールマガジンに関するご質問やご意見がありましたら ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp までどうぞ。

夕暮れ時の富士

DDBJ が WWW と E-mail で提供している相同性検索（FASTA，BLAST，PSI-BLAST，SSEARCH） のバージョンアップと web ページ画面のレイアウト変更，Safari への対応等の変更を行ないました。

• WWW 版　相同性検索トップページ
• E-mail版　相同性検索トップページ

詳細は以下の通りです。

１．検索プログラムバージョンアップ

サービス		Ver.up前				Ver.up後
FASTA		34t21		->		34t25
BLAST		2.2.12		->		2.2.14
PSI-BLAST		2.2.12		->		2.2.14
SSEARCH		34t21		->		34t25

２．検索結果表記方法の変更

このバージョンアップにともない，FASTA と SSEARCH の検索結果の表示が ungapped 表記から similar 表記に変更されました。

バージョンアップ前の形式 >>sp|P94604|GYRB_CLOAB DNA gyrase subunit B (EC 5.99.1.3 (637 aa) initn: 178 init1: 116 opt: 185 Z-score: 272.1 bits: 57.1 E(): 5.2e-08 Smith-Waterman score: 185; 55.932% identity (61.111% ungapped) in 59 aa overlap (1-58:167-221) 10 20 30 query TTTHFVPDPEIFTETIEFDYDTLANRVREL : .: :::::: .: :.:::::..:.::: sp|P94 KTEGHIWKQTYHRGKVASPFEKIGDSDEHGTKIYFKPDPEIFEDT-EYDYDTLSQRLREL 140 150 160 170 180 190 40 50 query AFLTKGVNIIIEDLREGKERKNE-YCYEG :::.::..: . : :. ::: . ::: sp|P94 AFLNKGIKIELTDERHD---KNEIFHYEGGLKSFVSYLNRNKEVVFKEPIYVEGSIDSNY 200 210 220 230 240 250 バージョンアップ後の形式 >>sp|P94604|GYRB_CLOAB DNA gyrase subunit B (EC 5.99.1.3 (637 aa) initn: 178 init1: 116 opt: 185 Z-score: 271.6 bits: 57.0 E(): 5.5e-08 Smith-Waterman score: 185; 55.932% identity (76.271% similar) in 59 aa overlap (1-58:167-221) 10 20 30 query TTTHFVPDPEIFTETIEFDYDTLANRVREL : .: :::::: .: :.:::::..:.::: sp|P94 KTEGHIWKQTYHRGKVASPFEKIGDSDEHGTKIYFKPDPEIFEDT-EYDYDTLSQRLREL 140 150 160 170 180 190 40 50 query AFLTKGVNIIIEDLREGKERKNE-YCYEG :::.::..: . : :. ::: . ::: sp|P94 AFLNKGIKIELTDERHD---KNEIFHYEGGLKSFVSYLNRNKEVVFKEPIYVEGSIDSNY 200 210 220 230 240 250

• identity = 完全一致でヒットした数/相同性があると判断された領域全体の数（ギャップ座位を含む）
• ungapped = 完全一致でヒットした数/相同性があると判断された領域全体の数（ギャップ座位を含まない)
• similar = 類似のアミノ酸を含めヒットした数/相同性があると判断された領域全体の数（ギャップ座位を含む）

 

３．web ページの画面レイアウト変更

検索配列データを指定する際には「検索配列データ」欄のテキストボックス，またはファイルアップロード機能を利用します。 これまではこの欄がページ下部にありましたが，使いやすさを考慮して上部に移動しました。

 

４．Safariへの対応

FASTA，PSI-BLAST の結果表示画面の Safari への対応が完了しました。

５．"C.elegans 全 DNA" の検索対象データベースからの削除

FASTA， BLAST， SSEARCH について，「塩基配列データベース」の選択対象データベースから，"C.elegans 全 DNA" を削除しました。

DDBJ が WWW と E-mail で提供しているClustalW の Web ページ画面のレイアウト変更と機能追加を実施しました。

• WWW 版　ClustalW

変更は以下の通りです。

「解析配列データ」欄をページ上部へ移動しました。 「TYPE」を「ALIGN」から独立させました。 「TYPE」欄に「AUTOMATIC」を追加しました。（右図参照） ※ AUTOMATIC の場合，プログラムが配列の種類を自動判別して 全てデフォルト値で解析を行います。（デフォルト値は HELP を参照） 「DISTANCE」欄に「p-distance」を追加しました。 「KIMURA」オプションを「DISTANCE」へ統合しました。

DDBJ では，塩基配列の登録方法や DDBJ が提供している様々なサービスを，ユーザの方々により深く理解していただき，DDBJ を利用していただく際の助けになることを目的として，全国各地で DDBJing 講習会を開催しています。6月14-15日に国立遺伝学研究所で，「第1５回 DDBJing 講習会 in 三島」が開催されました。

講習会で使用したテキストは，講習会終了後に DDBJ の HP で公開していますが，最新の「第1５回 DDBJing 講習会 in 三島」のテキストもDDBJing 講習会 資料ダウンロードページよりダウンロードできるようになりました。 どうぞご利用下さい。

• DDBJing 講習会のページ
• DDBJing 講習会資料ダウンロードページ

DDBJ では，出張講習会もおこなっています。講習会開催のご希望がありましたら，お気軽に講習会係り(ddbjing@ddbj.nig.ac.jp) までお問い合わせ下さい。

DDBJ が登録を受付け，6月から7月にかけて DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開した大量データは以下の通りです。

ミツバチ EST 53,359 エントリの公開

理研ゲノム科学総合研究センターから登録されたミツバチ (Apis mellifera) EST データ 53,359 エントリが公開されました。アクセション番号は以下の通りです。

これらは7/28分の新着データとして DDBJ より公開されており，anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。

参考 URL：http://genome.gsc.riken.jp/

アクセッション番号：DB728206-DB781564 (53,359 entries)

anonymousFTP 一括取得：ファイル名 Apis_mellifera_EST_060728_1.seq.gz

 

メダカ strain Hd-rR CON 6,970エントリの公開

東京大学から登録されたメダカ strain Hd-rR の CON データ 6,970 エントリが公開されました。 6/7 に公開されたメダカ WGS データと対応しています。

参考 URL：http://medaka.utgenome.org/

アクセッション番号（エントリ数），anonymousFTP で一括取得する場合のファイル名：

• scaffold/CON DF076466-DF083206 (6,741 エントリ)
      Oryzias_latipes_CON_060608_1.seq.gz
• ultra/CON DF083207-DF083411 (205 エントリ)
      Oryzias_latipes_CON_060613_1.seq.gz
• chromosome/CON DG000001-DG000024 (24 エントリ)
      Oryzias_latipes_CON_060615_1.seq.gz

これらは，それぞれ6/8, 6/13, 6/15分の新着データとして DDBJ より公開されています。

 

メダカ strain Hd-rR WGS 22万エントリの新規公開

東京大学から登録されたメダカ strain Hd-rR の WGS データ22万エントリが公開されました。 アクセション番号は以下の通りです。

これらは6/7分の新着データとして DDBJ より公開されており，anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。

参考 URL：http://medaka.utgenome.org/

アクセッション番号：BAAF03000001-BAAF03223203 (223,203 entries)

anonymousFTP 一括取得：ファイル名 Oryzias_latipes_WGS_060607_1.seq.gz

 

メダカ strain Hd-rR CON 7,296エントリの公開

東京大学から登録されたメダカ strain Hd-rR の CON データ 7,296 エントリが公開されました。 4/21 に公開されたメダカ WGS データと対応しています。

参考 URL：http://medaka.utgenome.org/

アクセッション番号（エントリ数），anonymousFTP で一括取得する場合のファイル名：

• scaffold/CON DF069194-DF076129 (6,936 エントリ)
      Oryzias_latipes_CON_060525_1.seq.gz
• ultra/CON DF076130-DF076465 (336 エントリ)
     Oryzias_latipes_CON_060531_1.seq.gz
• chromosome/CON DG000001-DG000024 (24 エントリ)
      Oryzias_latipes_CON_060605_1.seq.gz

これらは，それぞれ5/25, 5/31, 6/5分の新着データとして DDBJ より公開されています。

※gap 長の取り扱いに関する手違いのため，一部のエントリは更新されています。

anonymousFTP サイト

 

4/21 付「メダカ strain Hd-rR scaffold/CON 3万エントリの新規公開」に関する修正 2006.6.16

4/21にアナウンスした 「メダカ strain Hd-rR scaffold/CON 3万エントリの新規公開」について，anonymousFTP でデータを一括取得する場合のファイルを，gap長 の取り扱いに関する手違いのため，6/8にファイルを差換えました。修正したアナウンスの内容は下記の通りです。

メダカ strain Hd-rR scaffold/CON 3万エントリの新規公開 2006.4.21

東京大学から登録されたメダカ strain Hd-rR の scaffold/CON データ3万エントリが公開されました。 4/11に公開されたメダカ WGS データと対応しています。 アクセション番号は以下の通りです。

これらは4/14分の新着データとして DDBJ より公開されており，anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。

参考 URL： http://medaka.utgenome.org/

アクセッション番号： DF038236-DF069193 (30,958 entries)

anonymousFTP 一括取得： ファイル名 Oryzias_latipes_CON_060524_1.seq.gz

 

ご迷惑をおかけしたことをお詫びいたします。

SRS(Sequence Retrieval System) は，DDBJ が提供しているキーワード検索サービスです。7月末に DDBJ リリース 66 を反映した後， EST と GSS ディビジョンが検索対象外となりました。対象となるデータベースは DDBJRELEASE，DDBJNEW です。
今後， EST， GSS ディビジョンを検索対象として検索を実行したい場合には， ARSA (All-round Retrieval of Sequence and Annotation) をご利用下さい。
ご理解とご協力をよろしくお願い申し上げます。

国立遺伝学研究所　大型計算機（supernig）上でテスト公開していました BLAST を7/31をもってプログラム提供を終了いたしました。
今後 supernig 上で BLAST を利用される場合，プログラムにつきましては，ご自分でご用意ください。以下のサイトなどより入手できます。

• http://ncbi.nih.gov/BLAST/download.shtml

検索対象 DB は引き続き用意し， $BLASTDB に置かれています。また，国立遺伝学研究所　大型計算機（supernig）上では，ご自分で作成したデータベースを対象に，相同性検索（FASTA，BLAST）を実行することもできます。
国立遺伝学研究所の大型計算機（supernig）のご利用には，利用申請が必要です。 以下のサイトより申請して下さい。

• 国立遺伝学研究所計算機利用に関する申請：http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjing/nigapl-j.html

DDBJ では，遺伝学，分子生物学等，生命情報学に関連のある国内外の会議・学会情報を HP「生命情報学関連の会議のおしらせ」に掲載しています。

• http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjnew/kaigi/kaigi-j.html

リストは日付順に会議名のみが掲載されています。詳細については，関連ページへリンクが張ってありますので，そちらをご覧下さい。
どのようなテーマの会議が開催されるのか，開催された会議でどのような発表がなされたのか，など，様々な会議情報入手のために是非ご活用下さい。
また，DDBJ スタッフが関わっているものも含まれていますので，DDBJ のサービスご利用の参考にして頂ければ幸いです。
なお，上記ページに掲載されていない会議の情報をご存知でしたらご提供を歓迎いたします。 生命情報学関連と名乗ってはいますが，かなり広範囲に解釈していますので， ddbj@ddbj.nig.ac.jp までご連絡いただければ掲載を検討させていただきます。情報をお待ちしています。

夢見る頃を過ぎても

福地 佐斗志
国立遺伝学研究所　大量遺伝情報研究室 助手

「未来が現在の行動を規定するという行為は， 他の生物にできない人間的な行為である」， 高校の先生に言われたことがある。 彼は「１０年後の自分を想像しながら生きなさい」とも言っていた。

DDBJ は今年で２０周年だそうだ。 DDBJ のホームページから各リリースの統計情報を知ることができる。 1987年7月の DDBJ リリース１のエントリ数は 66（！）で， 総塩基数は 108,970 塩基だった。 大腸菌ゲノムが 4639,675 塩基だから， その２割程度の配列しか登録さていなかったことになる。 インフルエンザ菌のゲノム配列が全ゲノムの初の解読例として決定されたのは 1995年だが， 約１０年間でゲノム配列が解読された種は 300に迫っている。 1996年に発売された Sun 社のワークステーション Sun Ultra 4000は、167MHz UltraSPARC、256MB メモリ， 4.2GHD のスペックでなんとお値段 13,720,000円也， である。 こんなに技術進歩の速い時代に生きていて，「１０年後を想像しながら生きろ」なんて， 便利になったのだか不便になったのか首を傾げたくなることもある。

一方で人類が思ったほど進歩しなかったと思える部分もある。 鉄腕アトムの誕生日は 2003年の 4月7日で，マッハ５（！）で飛ぶし， ６０カ国語もはなせる。 もちろん１０万馬力だ（若い人はわからないかな．．．）。 ドラえもんでは， 2002年に小学生が作れる「人工衛星キット」が発売されているし， 同年には短時間の睡眠でも十分な睡眠を得られる薬が発売されている（欲しい！）。 2008年には人類はタイムマシンまで手にするのだ。 なんだ， 漫画の話じゃないか。 そう，空想のお話です。 同じお話の世界でも，映画「2001年宇宙の旅」で描かれた世界はもう少し現実的に見える。 製作に携わった SF 作家，アーサー C クラークは， 自らの科学者の経歴から徹底した科学考証を行ったようだ。 確かに， この映画に出てくる宇宙ステーションは， 某国がイラクに打ち込んだ爆弾を少し節約すれば実現できそうにも見える。 その設定は， タケコプターや１０万馬力のロボットよりも誠に科学的に見える。

一方で， こんな話を耳にしたこともある。 「日本人技術者が二足歩行ロボットにこだわるのは幼い頃， 鉄腕アトムを見たからだ」というものだ。 私が子供の頃にテレビで見た二足歩行ロボットは歩くこともままならず， よく前のめりに転んでいたものだが，最近では踊ったり，ピアノを弾いたり．．．確かにこの分野は世界でも日本がリードしているみたいだ。

科学では論理的な思考が重要であると言われることが多い。 確かに科学に携わる人間は， 日々論理を要求される。 誰もが納得する研究にするためには論理が必要だし，論文査読者のコメントには論理で対抗しなければ論文は掲載されないだろう。 しかし同時に， 論理的ではない直感や夢のような空想も科学技術発展に重要であるにちがいない。 現在のテクノロジーの進んだ世界は， ５０年， １００年前の人々の「できたらいいな」だったはずだ。 1+1=2 は計算機の得意な分野だが， 論理の飛躍や空想はまだまだ計算機にはできない，まことに「人間的な行為」といえる。 真夏の寝苦しい夜には， ビールでも飲みながらそんな「人間らしい行為」に思いを馳せるのもよいかもしれない。

発行：	日本 DNA データバンク (DDBJ)
	大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ 研究センター 〒411-8540　 静岡県三島市谷田1111