わくわくドキドキの連続。仕事場の窓の外（４階）に出来たスズメバチの巣。窓の外なので建物の中からは安全！と数ｃｍ先の巣をガラス越しに毎日観察する日々でした。毎日形が変わり，週明けには一回り大きくなっている状態，巣作りの仕方も凝視出来，人生初の経験をしました。しかし，室内にスズメバチが迷い込む様になったので２ヵ月余りの観察の日々にピリオー ド。昨日まであった大きな巣も無く，今は昨日帰って来なかったハチが巣を探してて悲しさ倍増です。人に危害を加えないハチならばもっと観察できたのに… 隔月公開の DDBJ メールマガジン第34号 web 版です。 メールマガジンに関するご質問やご意見がありましたら までどうぞ。

ここは４階

縞模様は芸術的

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 9月27日に DDBJ リリース71 を完成しました。 リリース71 のエントリ数は 76,273,34，総塩基数は 79,706,204,461 です。FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイトはこちらです。

また，すでに DDBJ HP でお知らせしているように，DDBJ では DDBJ フラットファイルフォーマットを改訂し，DDBJ が登録を受け付けたエントリに関して，E-mail アドレスと電話番号，FAX 番号を非表示化いたします。この改訂は 2007年12月末，DDBJ 定期リリース72 において完了予定です。DDBJ フラットファイルフォーマット改訂の詳細は，こちらをご覧下さい。

DDBJ では，プログラムから利用可能な Web サービスとして REST（Representational State Transfer） サービスを 2007年8月より公開しました。XML Central of DDBJ からご利用可能です。 REST サービス*を使うことにより DDBJ で公開している検索システムや解析プログラム，データ取得などを統合して利用することが可能です。
これまでプログラムから利用することが可能なサービスとしてSOAP サービスを公開していました。しかし，SOAP サービスと比較して REST サービスは下記のような利点があります。

1. 利用しやすい
   WEB ブラウザに URL を入力するだけで動作確認を行うことができます。またプログラムから利用する場合も，Perl, Java, C, Ruby, Python などのプログラミング言語で利用できることを確認しております。さらに telnet や wget コマンドを使って利用することも可能です。
   
2. 大規模データを扱いやすい
   REST サービスはサービスの結果をストリームで取得します。したがってサービスの結果を一行ずつ取得することが可能になり，コンピュータのメモリに溜め込まずにマシンの負荷を低くすることができます。このため，これまでの SOAP サービスよりも効率よく大規模データを取得することが可能です。例えば DDBJ の大腸菌ゲノムデータをフラットファイル形式で取得する場合，SOAP と比較して3倍以上速く取得することができます。

一方で，これまでの SOAP サービスにも，利用者のコーディング量が少なくてすみ，拡張性に優れているなどの利点があるため，継続して提供いたします。
DDBJ では，より使いやすい WEB API（Application Program Interface）の機能拡張を進めていきます。ご意見やご提案などがありましたら，xml-admin@ddbj.nig.ac.jp までぜひご連絡ください。
*REST とは？

DDBJ が登録を受付け，2007年8月から9月にかけて DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開した大量データは以下の通りです。

カイコ Bombyx mori GSS 94,904 エントリの公開 2007.9.20

農業生物資源研究所から登録されたカイコ (Bombyx mori) の GSS 94,904 エントリが公開されました。 これらは9/14分の新着データとしてDDBJより公開されており，anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。

参考 URL： http://sgp.dna.affrc.go.jp/jp/index.html

アクセッション番号：DE283657-DE378560（94,904 entries)

anonymousFTP 一括取得：ファイル名 Bombyx_mori_GSS_070914_1.seq.gz

 

Cycas taitungensis mitochondrion WGS データの公開 2007.9.20

Academia Sinica, Research center for Biodiversity より登録された Cycas taitungensis（ソテツ科キカス属の多肉植物）mitochondrion の WGS データが公開されました。

参考 URL： "http://biodiv.sinica.edu.tw/en/index.php

アクセッション番号： BABI01000001

anonymousFTP 一括取得：ファイル名 BABI.gz

＊DDBJ では，WGS データの登録も受け付けています。WGS データについては，「Whole Genome Shotgun (WGS) 配列データについて」をご覧下さい。

DDBJが WWW および E-mail で提供している ClustalW において，不具合が発生していたことが判明しました。詳細は下記のとおりです

• 対象サービス：ClustalW
• 期間：2007年8月30日14時頃から9月7日18時頃まで
• 不具合の内容：解析結果をE-mailで受信した場合，解析結果をE-mailで受信した場合，TYPE が AUTOMATICとなるような設定がなされた場合（Web の場合はデフォルトを選択，E-mail の場合には is_align　1　を指定し，かつ type の指定をしなかった場合 ）に TREE の解析結果が正しく作成されなかった可能性があります。
• 解析結果：解析結果に間違いがある可能性があります。上記期間に結果をE-mail で受信された方は，お手数ですが，再度解析を実行していただくようお願いいたします。
• 状況：不具合は修正が完了し，正しい結果が得られます。

ユーザの皆さまには，長期間にわたりご迷惑をおかけしますことをお詫びいたします。

ＤＤＢＪのあるところ

坂井　勝呂（DDBJアノテータ）

DDBJ がある国立遺伝学研究所（以下，遺伝研）は，静岡県東部，伊豆半島の中北端に位置する三島市にあります。この地にたって，遠望致しますと，東に箱根，伊豆の山々，北西には宝永火口を正面に向けた富士山が目に入ります。春先の良く晴れて空気の澄んだ日などには，真白な雪を頂く美しい富士山を眼前に見ることが出来ます。この富士の雪解け水が，地下水となり，富士溶岩の間から湧き出ているため，市内の各地で湧水が見られ，国土交通省が認定する"水の郷百選"にも三島市は選ばれています。

歴史を辿りますと，律令時代のむかし，この地に伊豆国の国府が置かれ，奈良時代には国分寺や国分尼寺も建立されたそうで，三島が伊豆の政治的，文化的な中心であったことが偲ばれます。また，東海道と下田街道・甲州道が交差する交通の要所としても発展し，江戸時代には，東海道の１１番目の宿駅"三島宿"と定められています。

しかし，何と言っても，三島は三嶋大社の"門前町"であり，現在も三嶋大社が三島の観光の中心かと思います。三嶋大社は，戦前は，官幣大社としての社格を有していたそうですが，その昔，源頼朝が，源氏再興の旗揚げをしたことがつとに有名です。実際に，境内には，源頼朝と北条政子が腰掛けたといわれる「腰掛石」と呼ばれている一対の石があります。また，故事にならい，現在も，お盆の夏祭りには，三嶋大社で"頼朝公の旗揚げ出陣式"が行われ，その後，武者姿の頼朝公一行の行列が市内を練り歩きます。

話は少し反れてしまいましたが，遺伝研は，三島市の中心市街地からは東側に外れた谷田（"やた"と読みます）というところにあります。近くに，温泉があることはあるのですが，観光客が大挙して，という場所ではなく，住宅があり，田畑があり，学校があり，スーパーやコンビニがある生活の場，といった風情の場所です。しかし，遺伝研の４月に毎年行われる一般公開の日には，市外や県外からも訪れる大勢の人で，賑わいをみせます。新幹線で来られた場合，三島駅からバスやタクシーを利用されるかと思いますが，時間にして，２０分ほどの距離です。もちろん，時間に余裕があれば，徒歩で三島の街を散策しながら来られても面白いかと思います。

谷田は，大雑把にいって，箱根を水源とし，三島を南北に流れる大場川流域の平野部と箱根西麓の丘陵地からなります。平野部には，現在も水田が残っていますが，全体的に宅地化が進んでいます。一方，丘陵地は古くから畑作地として利用されてきたようで，現在も多くの野菜類等が栽培されています。遺伝研は，平野部から少し上った微高地にあるのですが，この土地は日当たりもよく，地味豊かな土地であったようで，かつては畑として耕された土地だったそうです。戦前，日本の航空機メーカーの中島飛行機の銃架装置などを製造する工場が，この畑地に建設されたが，敗戦後，その跡地に遺伝研が新たに設立されたという経緯があるそうです。当時の地図などを見ると，詳細はさすがに異なりますが，現在の遺伝研の建物の配置を思わせるように工場があり，ここで働いているものとしては，大変感慨深く，興味深いものがあります。

もっとも，この地には，水に恵まれ，土地もやや丘陵のためか，数千年の昔から人が生活の場としていたようで，事実，旧石器〜弥生時代の土器・石器が発掘される遺跡がここ谷田で多数見つかっています。特に，遺伝研周辺だけでも，縄文時代や古墳時代の土器の見付かる遺跡が３つ４つ発掘されています。また，平安時代の延喜式神名帳にその名が所載された剱刀石床別命神社（つるぎたちいわとこわけのみことじんじゃ）や，その前身が811年に開山した真言宗の寺と伝えられる古刹の長泉寺の存在からも，この地域が，古代から何世代にも渡ってこの地で人が生活し，土地を切り開いてきた一帯であることが推察されます。秋の高く蒼い空と緑の山々を背景に，日々強くなる黄金色の稲穂が風にそよぐ谷田の秋の景色も，古人の苦労を慮ると，より一層美しいものに感じられます。

長々と遺伝子や遺伝学とも関係の無い文章を書き連ねてきましたが，皆様が利用されている DDBJ がどのような場所にあるのか，読者の皆様に少しでもその印象が伝われば，この小文の目的は達せられたのではないかと思います。

あなたも情報生物学の新しい職種に挑戦してみませんか？
--- 国立遺伝学研究所　日本ＤＮＡデータバンク　アノテーター募集 --
日本ＤＮＡデータバンク（ＤＤＢＪ）は，国際 DNA データバンクの一員として EMBL や GenBank との国際協調の下に，世界中から日々送られてくるＤＮＡ配列データの登録・公開業務を行っています。アノテーター（annotator）とは，ＤＤＢＪに送られてきた塩基配列と配列に付随する生物学的情報を全世界に向けて公開するために，それらの内容の査定を行うと同時に DNA データバンクを中心とした国内外の活動で活躍する人のことです。今日，DNA の配列情報とその生物学的情報の重要性はますます大きくなり，国際 DNA データバンクは生命科学の研究に不可欠な存在となっています。その DNA データベースの発展に積極的に取り組む人，それがアノテーターです。DDBJ の活動についてはホームページ(http://www.ddbj.nig.ac.jp)をご覧下さい。

・業務内容：	塩基配列とその配列付加情報の生物学的内容をチェックし，DDBJ/EMBL/ GenBank 国際 DNA データベースで定められたデータ構築規範に沿っているかを査定します。また，遺伝子発現データベースの構築を通して，このデータベースの国際的発展に貢献しています。DDBJ のアノテーターは，今までに国際ヒト cDNA アノテーション会議(H-Invitational)， FANTOM や国際イネゲノムアノテーション会議などに参加して関連論文の共著者にもなっています。
・募集人数：	若干名
・応募資格：	分子生物学または生化学分野の修士または博士号取得者。また，DDBJ は国際的な事業ですので，英会話や英作文の基礎力を持っていることが望ましいです (英検2級程度以上) 。
・勤務時間：	8:30-17:30（土・日・祝日休）
・待　　遇：	財団法人遺伝学普及会の職員として雇用するのでその規約に従います。
・採用時期：	すぐに着任できる方を望みます。
・選考方法：	書類選考を行い，選ばれた方を面接して最終合格者を決定致します。
・応募方法：	11月16日（金）までに履歴書，業績リストと「DDBJ でアノテーターとして働く抱負」と題してA4一枚程度で書いたものを下記までお送り下さい。なお封筒には「DDBJ アノテーター応募」と朱書願います。
・書類送付/問合せ先：
	〒411-8540　静岡県三島市谷田　1,111 国立遺伝学研究所　日本ＤＮＡデータバンク　 舘野　義男 TEL : (055)981-6857 FAX : (055)981-6858 E-mail : ytateno@genes.nig.ac.jp
※　提出書類に含まれる個人情報は，選考及び採用以外の目的には使用致しません。

発行：	日本 DNA データバンク (DDBJ)
	大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ 研究センター 〒411-8540　 静岡県三島市谷田1111