DDBJ DNA Data Bank of Japan
No.35   2007年12月12日発行
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 ■今年もいろいろありました 
1年経つのは本当に早いもので，2007年もあと20日足らずで終わろうとしています。今年の DDBJ は，5年に1度のシステム移行の大行事に始まり，リリース20 周年，ホームページの大改訂，とイベントの多い1年でした。ユーザの皆様には，DDBJ を大いにご利用いただきましたことをお礼申し上げますとともに，来年も引き続き研究や業務ご活用いただきますようお願いいたします。また，DDBJ のサービスの向上のために，ご意見等がありましたら，是非ご連絡ください。 DDBJ メールマガジン第35号 web 版をお届けいたします。 メールマガジンに関するご質問やご意見がありましたら ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp までどうぞ。

 ■ＤＤＢＪ　ＨＰ デザイン一新！ 
DDBJ は2007年10月より，DDBJ ホームページのデザインを一新いたしました。

DDBJ のホームページは長い歴史を反映してたくさんのコンテンツを持っていますが， そのため各コンテンツへのアクセスや検索が複雑になってきている部分がありました。

そこでこの度以下のような改訂を行いました。
  • ホームページデザインを見直し、コンテンツへのナビゲーションを規格化・単純化する
    • グローバルメニューを画面上部に横長に配置しました
      （「Home」「塩基配列の登録」「検索・解析」「FTP・WebAPI」「ドキュメント」「統計情報」「お問い合わせ」）
      ほとんどのコンテンツには　グローバルメニュー → 二層目ページ（コンテンツの一覧，解説） → 希望のコンテンツ，という経路で 2,3クリックで到達できるようになります。二層目以下にはグローバルメニューの左下にパンくずリストを表示（「Home ドキュメント利用の手引き」など）し，現在見ているページが全体の階層構造のなかのどの位置にあたるのかが簡単にわかるようにしました。
    • ローカルメニューを左に配置
      これは主要コンテンツへのショートカットであり，ページによって異なる内容が表示されます。（表示されないページもあります。）

    内容については，継続してアップデートを行っていく予定です。

  • データベースの検索およびホームページの全文検索機能を強化しました
    ページ上部の検索フォームから以下の検索が可能となります
    i)
    ii)
    iii)
    iv)
    v)
    		 accession number による検索 (getentry)
    DNA キーワードサーチ (DDBJ release and new へのキーワードサーチ)
    Protein キーワードサーチ
    生物種の学名，分類群の名称等の検索 (TXSearch)
    ホームページの全文検索 (Namazu)
    キーワードサーチ(ii, iii)は，現在は SRS を用いていますが，ARSA の改訂・機能強化の終了後，ページ上部の検索も ARSA を用いた高速な検索に差し替える予定です。


 ■DDBJフラットファイルフォーマット改訂 
改訂概要
個人情報保護，および，迷惑メール増加などへの対応としまして，DDBJ では，DDBJ が登録を受け付けたエントリに関しましては，E-mail アドレスと電話番号，FAX 番号を非表示化いたします。DDBJ では，ほぼ全ての DDBJ が過去に登録を受け付けたエントリを改訂します。ただし，GenBank，EMBL が受け付けたエントリに関しましては修正しません。この改訂は，2007年12月末，DDBJ 定期リリース72において完了予定です。
これまで，データベース利用者から各配列の登録者に対する連絡は対象フラットファイルを参照することで自由に行うことが可能でしたが，この改訂により，一般的には，この連絡が取り難くなります。研究上の問題に関して，各配列の登録者への連絡が必要な場合はメッセージを転送いたしますので，お手数ですが，別途設置（下記）の問い合わせフォームからご連絡ください。その際は簡単な理由(「clone 譲渡を希望」など)を書き添えてください。
申し訳ございませんが，ご理解とご協力をお願いいたします。
DDBJエントリ登録者へのご質問・ご要望の転送フォーム

改訂詳細
現在，登録者の情報は一般に，REFERENCE 1 の JOURNAL 行に下記のように示されています。 
  
 JOURNAL   Submitted (30-NOV-2000) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases.
           Hanako Mishima, National Institute of Genetics, DNA Data
           Bank of Japan; Yata 1111, Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan
           (E-mail:mishima@supernig.nig.ac.jp, Tel:81-55-981-6853,
            Fax:81-55-981-6849)
本改訂後は，下記の２つの表示形式の何れかを選択することになります。
Type 1: 一般的には，E-mail アドレスと電話番号，FAX 番号を非表示とします。 

  JOURNAL   Submitted (30-NOV-2000) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases.
            Contact:Hanako Mishima
            National Institute of Genetics, DNA Data Bank of Japan; Yata 1111,
            Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan
 
Type 2: 登録者が，E-mail アドレスと電話番号，FAX 番号の表示をご希望の場合，以下の形式で表示します。 

  JOURNAL   Submitted (30-NOV-2000) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases.
            Contact:Hanako Mishima
            National Institute of Genetics, DNA Data Bank of Japan; Yata 1111,
            Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan
            E-mail :mishima@supernig.nig.ac.jp
            Phone  :81-55-981-6853
            Fax    :81-55-981-6849
DDBJ への既登録分に関しましては，原則，一括で上記の Type 1の様に非表示としますが，表示しておく必要がある場合は， ddbjupdt#&64;ddbj.nig.ac.jp にご連絡いただければ，個別に対応いたします。表示・非表示は「E-mailアドレス」「電話番号」「FAX番号」それぞれ個別に指定可能です。

 ■ARSA ７月に引き続きさらに機能強化 
DDBJ では，7月に続き高速キーワード検索システム ARSA (All-round Retrieval of Sequence and Annotation) に大幅な機能強化をおこないました。

ARSA は，下記のような特徴を有しています。
  • DDBJ （国際塩基配列データベース）を始めとする24種類/3000万件のデータベースを対象に高速なキーワード検索を実現
  • 複雑な検索条件や大量のヒットがある条件で検索しても，24種類すべてのデータベースに対して高速な検索レスポンスを提供
  • DDBJ を対象にした検索では，Features/Qualifiers を指定した詳細な条件による検索が可能
  • SOAP/REST による各種 WEB API の利用が可能
上記に加え，今回追加された主な新機能は下記の通りです。
  • 検索対象 DB への KEGG PATHWAY データベースの追加
    検索対象となるデータベースに KEGG PATHWAY を追加しています。 検索結果のリンクをクリックすることで，KEGG の PATHWAY マップを表示することも可能です。

  • DDBJ 以外のデータベースに対する詳細検索機能
    これまで DDBJ 以外の DB については，全文検索のみを提供してきました。今回の機能改善により，全データベースについて，項目を指定した詳細検索が可能になります。(TOP 画面で単一 DB を選択し，Cross Seaerch ボタンを押下)

  • 全24データベースの共通項目による串刺し検索機能
    上記2. で提供する詳細検索機能について，複数 DB を選択し， 共通項目にて串刺し検索を行うことが可能です。(TOP 画面で複数 DB を選択し，Cross Seaerch ボタンを押下)


また，上記以外に下記機能修正・改善を行っています。
  • 検索条件に & (AND 条件), | (OR 条件) を直接入力可能に
    （入力例はこちらを参照）
  • Refine Search の拡張 （下記文字列についても絞り込み検索が可能になります）
    「'」, 「(」, 「)」, 「｛」, 「｝」
arsatop
新 ARSA トップページ
  
arsatop
Cross Search ヒットカウント表示画面

DDBJ では，今後さらに，皆様からのご意見をもとにして，より使いやすく強力なキーワード検索システムを目指して機能拡張を進めていきます。
ARSA にて 「Your Comment」 をクリックして， 批判とご提案をご記入下さい。

 ■TXSearch からの参照機能の変更 
TXSearch は， DDBJ のスタッフにより開発された，DDBJ，GenBank および EMBL により統合化された生物分類データベース (Taxonomy Database) を検索するシステムです。DDBJ に塩基配列を登録する際に，生物分類名を確認するために利用できます。
現在提供しております TXSearch では，SRS 参照機能（分類名検索結果から SRS を用いて生物種名，別名，生物種 ID で検索を行い，結果を表示する機能）を備えていますが，2007年11月2日より，参照先を ARSA (All-round Retrieval of Sequence and Annotation) へと変更いたしました。 検索機能自体に変更はありませんが，これまでより高速な検索が可能となりましたのでどうぞご利用下さい。

 ■ヒト腸内微生物群 metagenomic WGS データ 353,805 エントリの公開 
東京大学，奈良先端科学技術大学院大学，宮崎大学，徳島大学，独立行政法人海洋研究開発機構，麻布大学，北里大学，三菱総合研究所，理研ゲノム科学総合研究センターから登録された，ヒト腸内微生物群メタゲノム WGS データ 353,805 エントリが公開されました。

研究成果は以下の論文に紹介されています。
Kurokawa,K. et al. (2007). DNA Res. 18:1-13


アクセッション番号は以下の通りです。

BAAU01000001-BAAU01028900 (28900 entries) (BAAU.gz)
BAAV01000001-BAAV01036326 (36326 entries) (BAAV.gz)
BAAW01000001-BAAW01016539 (16539 entries) (BAAW.gz)
BAAX01000001-BAAX01036455 (36455 entries) (BAAX.gz)
BAAY01000001-BAAY01030198 (30198 entries) (BAAY.gz)
BAAZ01000001-BAAZ01031237 (31237 entries) (BAAZ.gz)
BABA01000001-BABA01035177 (35177 entries) (BABA.gz)
BABB01000001-BABB01020226 (20226 entries) (BABB.gz)
BABC01000001-BABC01009958 ( 9958 entries) (BABC.gz)
BABD01000001-BABD01037296 (37296 entries) (BABD.gz)
BABE01000001-BABE01020532 (20532 entries) (BABE.gz)
BABF01000001-BABF01016164 (16164 entries) (BABF.gz)
BABG01000001-BABG01034797 (34797 entries) (BABG.gz)
これらは10/18分の新着データとしてDDBJより公開されており， Anonymous FTP 一括取得が可能です（ファイル名はカッコ内）。

参考：

2007年10月18日

Anonymous FTP から公開されている WGS データファイルの不具合に関するお詫び (2007.11.12)


 ■国立遺伝学研究所公開講演会にて大久保教授が講演 
持続可能なライフサイエンスにむけて

国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ 研究センター教授
大久保公策

過去15年間に増え続け多様化を続けてきた国産の生命科学系データベース（以下， DBと略） は 250 を超える。現行の国家プロジェクトの多くがさらに DB を成果として残す計画であり、今後プロジェクト DB は増加大型化の一途をたどると予想される。早急に科学の新しい道具として DB を認知し、今後一層の多様化と増加に備えて専門的なまとめ機能や中央機関による維持管理・案内検索などの図書館的な機能などの利用の便宜を充実させる為の本格的な取り組みが必要な時期を迎えている。遺伝研の親機関である情報システム機構に新設された統合データベースセンターでは文部科学省統合 DB プロジェクトの委託をうけ「理論科学者も実験科学者も集う DB 時代の情報メッカ」たる永続機関を目指し本格活動を開始した。
国立遺伝学研究所 公開講演会で
高性能の試料分析器を主役にすえたデータ駆動型の科学では DB 構築に続く DB 統合は発見や知財生産に不可欠な過程であり領域を問わず共通の科学技術課題である。この課題を解く能力は我が国の分野には充分備わっている。しかしながら「プロジェクト終了後のデータ所有者は誰か？」「世界の科学公共財への貢献を行いながら国内での知的財産の創生機会を最大化する戦略は？」などの制度面や科学産業政策上の問題に明確な答えを先に与えなければ彼らの統合努力は科学技術と無縁の多くの困難によって阻まれ、方向を失いわが国の研究開発分野にもたらす恩恵は小さくとどまるであろう。　国産検索エンジン開発がインターネット時代の著作権制度の改革を促したように DB 統合問題は知財立国たるべき我が国の国際戦略と国内科学プロジェクトのルール制定を促している。　誰もが発見発明を行いやすい国づくりのために予算措置に続く科学行政の法整備・制度設計の手腕に期待したい。

2007年11月10日に東京で開催された「生命科学の最前線　- 研究者的生き方のすすめ -」と題された 国立遺伝学研究所 公開講演会にて，大久保公策教授が，「生命情報基盤から読み解く 「科学の仕組み」- オタクとカガクはおんなじか- 」というテーマで講演を行ないました。 これは，その講演を踏まえての内容です。
（参考）： http://www.incu-be.com/myplace/academic/item_772.html

 ■「DDBJing 講習会＆寺子屋 at 香川大学」大盛況 
DDBJ では，塩基配列の登録や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により有効に利用していただくための「DDBJing 講習会」と，バイオインフォマティクスに関するさまざまな講義をおこなう『情報生物学「寺子屋」』を開催しています。
2007年11月29-30日に 香川大学にて『第18回 DDBJing 講習会 & 第7回 情報生物学「寺子屋」at 香川大学』を開催いたしました。講習会では，2日間にわたり DDBJ のスタッフが中心となって講議や実習を行いました。講習会には，会場の香川大学の方々をはじめ，近県より多数の方に参加して頂き，99名の参加と，これまでにない規模の開催となりました。 講習会で使用したテキストは，DDBJing 講習会 資料ダウンロードページよりダウンロードできます。 どうぞご利用下さい。
また，DDBJ では，出張講習会もおこなっています。講習会開催のご希望がありましたら，お気軽に講習会係り(ddbjing@ddbj.nig.ac.jp) までお問い合わせ下さい。


 ■「国際ゲノム会議」にポスター参加 
11月27-28日に，東京国際フォーラムにて，「第７回国際ゲノム会議」が開催され，DDBJ はポスター参加しました。この「国際ゲノム会議」は急速に発展しつつあるゲノム科学の最新の成果が発表される場で，特に次世代シークエンサーなどの新技術に関する情報が，講演と展示で提供されました。DDBJ も，高速検索システム"ARSA"，Web-API，微生物・ウィルスを中心とした一連の GIB，塩基配列データの登録，の４テーマについて紹介しました。 国際ゲノム
ブース前の菅原CIB-DDBJセンター長

 ■DDBJ 業務の年末年始休業のお知らせ 
DDBJ では，国際塩基配列データベースの構築業務を2007年12月29日（土）から2008年1月3日（木）まで休業いたします。 これにともない，SAKURA によるデータ受け付けは2007年12月27日（木）から2008年1月4日（金）までご利用いただけません。 エントリの新規および再公開も，2007年12月27日から2008年1月4日まで行なわれません。 ただし、データ検索や ftp は休業期間でも利用可能です。 皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。
スケジュール
休業期間： 2007年12月29日（土）から 2008年1月3日（木）まで
SAKURA 停止： 2007年12月27日（木）17時 から 2008年1月4日（金）10時まで
新規・再公開停止： 2007年12月27日（木）から 2008年1月4日（金）まで

 ■（予告）第７回　日韓中バイオインフォマティクストレーニングコース開催（２００８年３月 韓国にて） 
今年度も，2008年3月18日から21日まで，韓国の済州大学にて，第７回 日韓中バイオインフォマティクス・トレーニングコースを開催します。
このコースは日韓中の若手研究者を対象としたトレーニングコースで，講議（英語）と実習を行ないます。DDBJ のスタッフも講師として参加します。また，受講者には旅費と宿泊費が支給されます。 詳細は，近日中にトレーニングコースのホームページで紹介予定です。興味をお持ちの方はサイト公開後に詳細を確認の上，どうぞご応募下さい。

 ■Anonymous FTP 公開の WGS データファイル不具合のお詫び 
Anonymous FTP の/database/wgs/ 配下もしくは /database2/wgs/ 配下に存在する BAAU.gz から BABG.gz までの計13ファイルにおきまして，エントリが２重に存在したまま公開されておりました。これらのファイルには，ヒト腸内微生物群 metagenomic WGS データエントリに対応する塩基配列公開ファイル(フラットファイル)が含まれております。

みなさまにご不便をおかけしたことを心よりお詫びいたします。 現時点で，エントリが２重に存在する問題は修正されております。該当期間中にファイルを取得された場合は，修正済みの該当ファイルを取得しなおしていただけるようお願い申し上げます。

公開ファイル(フラットファイル)が２重に含まれていた期間，および，該当ファイルと各ファイルに含まれるアクセッション番号は以下の通りです。

  • 期間:2007.10.18 - 2007.11.12 12:30 PM
  • 該当ファイルの詳細
    ファイル名アクセッション番号
    BAAU.gzBAAU01000001-BAAU01028900
    BAAV.gzBAAV01000001-BAAV01036326
    BAAW.gzBAAW01000001-BAAW01016539
    BAAX.gzBAAX01000001-BAAX01036455
    BAAY.gzBAAY01000001-BAAY01030198
    BAAZ.gzBAAZ01000001-BAAZ01031237
    BABA.gzBABA01000001-BABA01035177
    BABB.gzBABB01000001-BABB01020226
    BABC.gzBABC01000001-BABC01009958
    BABD.gzBABD01000001-BABD01037296
    BABE.gzBABE01000001-BABE01020532
    BABF.gzBABF01000001-BABF01016164
    BABG.gzBABG01000001-BABG01034797
ヒト腸内微生物群 metagenomic WGS データ 353,805 エントリの公開 2007.10.18



  ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp

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発行： 日本 DNA データバンク (DDBJ)
  大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構
国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ 研究センター
〒411-8540　 静岡県三島市谷田1111
Last modified: Oct. 07, 2011