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DDBJ
No. 37   2008年4月4日発行
apply 申込・変更    top 最新号 top    backnumber 過去の号    ddbj 発行:DDBJ
sakura road sakura-1
この時期は景色が桜色の水玉模様になり,出勤途中も楽しい今日この頃です。桜の名所となっている,遺伝研前の桜並木も所内も花盛りで,今が一番の桜トンネル。国立遺伝学研究所では,毎年4月に研究所内の一般公開 を行っております。今年の一般公開は4月5日(土)です。今年も桜の開花が早かったので少し心配でしたが,一般公開までは大丈夫そうです。当日は,ひらひらと舞う花びらに心踊る事でしょう。静岡県三島市近郊にお住まいの方,遠方にお住まいの方も,是非,足をお運び下さい。 帰りは三嶋大社で夜桜でも。。。
隔月公開の DDBJ メールマガジン第37号 web 版です。メールマガジンに関するご質問やご意見がありましたら ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp までどうぞ。
DDBJ は,韓国特許庁;Korean Intellectual Property Office (KIPO) が受理し,公開可能となった塩基配列情報およびアミノ酸配列情報を公開しました。今回は,初回公開として,以下のデータを2/21に公開しました。
  1. 塩基配列情報:168,562 エントリ (93,982,299 base-pair)
  2. アミノ酸配列情報:113,555 エントリ (16,499,605 amino-acid)
(参考) DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースには,韓国特許庁からのデータの他に,日本国特許庁 (JPO), 欧州特許庁(EPO),米国特許商標庁(USPTO) が受理し公開可能となった特許データも取り込まれております。 詳しくは,特許・知的財産権と優先権 の“特許出願に含まれる塩基配列データについて”をご参照ください。 韓国特許庁からの特許取得データを表す アクセッション番号プレフィックス は,「DI」で始まります。公開されているデータの例を下記からご参照ください。
(例) DI000001
(参考) 韓国特許庁からの取得データ以外のプレフィックスは,特許データ利用に関する注意 をご参照ください。 以下は,今回公開した韓国特許庁からの取得データを登録の多い生物種の上位10位まで,エントリ単位で集計したものです。

初回公開を行った,韓国特許庁からの取得データについてご紹介しました。
今後,韓国特許庁からのデータは,定期的にデータを取得して公開する仕組みを構築する予定です。
DDBJ は,ファイルダウンロードサイトである anonymous FTP の構成を一新しました。
主な変更内容は以下の通りです。
ディレクトリ構成を変更
従来,トップディレクトリ下の database フォルダに DDBJ 由来データと他データベースのミラーデータを 一緒に配置していましたが,これを ddbj_database (DDBJ 由来データを配置)と mirror_database(他 データベースのミラーデータを配置)に分割しました。
(従来)
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/database/ : DDBJ 由来データと他データベースのミラーデータを配置
(現在)
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ : DDBJ 由来データを配置
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/mirror_database/ :他データベースのミラーデータを配置
分かりやすい READ ME の配置
詳細な ddbj_database フォルダ構成について, README.TXT を 用意しました。
※ご注意:旧構成(database フォルダ)は1ヶ月間程度保持しますので,定期監視されている場合は監視先の変更をお願いします。

図. anonymous FTP トップディレクトリ構成 (2008.2.26現在)

図. README.TXT の一部
DDBJ では,塩基配列の登録や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々に,より有効に利用していただくために,全国各地で「DDBJing 講習会」を開催しています。講習会では,DDBJ のスタッフが中心となっておこなう講議や実習を通して,サービスについての理解を深め,具体的な使い方を学んでいただいています。
今年度も,6月(日時は未定)に,国立遺伝学研究所(静岡県三島市)にて「第19回 DDBJing 講習会 in 三島」を開催いたします。2日間にわたりデータ登録と検索解析サービスの利用方法に関する講義と実習を行ないます。バイオインフォマティクスの基礎となるような内容ですので,初心者には最適です。
プログラムや参加受付けなど,近日中に詳細を決定し, 講習会サイト でご案内いたします。皆様のご参加をお待ちしています。
菅原秀明 国立遺伝学研究所教授 生命情報・DDBJ研究センター長が,2008年3月16日に, 世界微生物株保存連盟(WFCC:World Federation for Culture Collection)名誉会員に選出され,併せて功労賞を受賞しました。
菅原センター長は長年にわたって WFCC の活動に携わり,ニュースレターの編集・発行,研究者の教育,広報等幅広い面で貢献を続けており,WDCM(World Data Centre for Microorganisms) も運営しています。さらに近年は OECD の地球規模生物多様性情報機構(GBIF: Global Biodiversity Information Facility) の設立や生物資源センター国際ネットワーク(GBRCN: Global Biological Resouce Centres) の立案にも尽力されています。特に,ご自身の研究室にて WFCC のウェブサイトを立ち上げて情報発信の場を提供していることは高く評価されています。
このたび,国立遺伝学研究所を定年退職されるにあたり,このような様々な面からの WFCC への貢献に対して,功労賞が贈られると共に,名誉会員にも選出されました。賞の贈呈にあたっては,2008年3月24日に, WFCC の鈴木健一朗副会長(独立行政法人 製品評価技術基盤機構 生物遺伝資源部門長)が来三され,WFCC 会長の David Smith 博士のメッセージを読み上げると共に,菅原センター長に WFCC メダルを手渡しました。DDBJ スタッフの多くとご家族もその場に同席し,共に受賞を祝福しました。
sugawara_suzuki WFCCmessage WFCCmessage
certificateを手渡す鈴木副会長 功労賞のcertificate WFCC メダルを手に
国立遺伝学研究所の大型計算機(supernig)は,利用期間が一事業年度となっており, 継続して利用を希望される方には,年度毎に継続の手続きをお願いしております。 2007年から「国立遺伝学研究所大型計算機(supernig)利用申請(継続)」のご案内を メールのみのお知らせとなりました。
本メールをもって継続手続きのご案内とし,書面ではご連絡致しません。
2008年4月以降もご利用を希望される方は,5月31日までに「国立遺伝学研究所大型 計算機(supernig)利用申請(継続)」より継続の手続きをお願い致します。 2月,3月に新規の利用申請をされた方も利用期間は2008年5月31日までです。

なお,この継続手続きをされませんと,所内所属の方に発行しております,メール アドレス( @lab.nig.ac.jp)がご利用頂けなくなります。
※所内での所属変更や,所外へ移動される方で,引き続き supernig の利用を希望 される方は「変更申請」を,退職,退所などされる方で,supernig の利用を希望さ れない方は「中止申請」を行なって下さい。
各手続きは,以下の「計算機利用に関する申請」より行えます。
  • 計算機利用に関する申請: http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjing/nigapl-j.html
ご不明な点などがございましたら,お問い合わせ下さい。どうぞよろしくお願い致します。
DDBJ 計算機利用申請係:

* 上記は該当者に3月にメールにてご案内済みです。継続手続きがお済でない方は必ずお忘れにならないように期限内にお済ませ下さい。 よろしくお願いします。
DDBJ が登録を受付け,2008年1月から3月にかけて DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開した大量データは以下の通りです。
 ヒト(Homo sapiens) small RNA, MGA 12,134 エントリの新規公開 2008.3.25
理化学研究所から登録されたヒト small RNA の MGA データ 12,134 エントリが公開されました。これらは3月27日の新着データとして DDBJ より公開されました。
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。3月27日に DDBJ リリース73 を完成しました。リリース73 のエントリ数は 83,167,582,総塩基数は 86,099,950,395 です。
FTP によるリリースデータの取得は,FTP・WebAPI のページよりおこなえます。
[DDBJ リリース72/DAD リリース42 のデータ不備について]
DDBJ リリース72 と DAD リリース42 の CON データについて一部のエントリが誤って PLN division として公開されておりました。
  • DDBJ リリース72
      不備のあったファイル:ddbjcon1.seq.gz, ddbjcon1.insd_xml.gz
    • アクセッション番号:別紙参照(3514件)
    • 対応:DDBJ リリース73 でデータ是正を行います(3月27日公開)
  • DAD リリース42
    • 不備のあったファイル:ddbjcon1.DAD.gz
    • アクセッション番号:別紙参照(30434件)
    • 対応:DAD リリース 43 でデータ是正を行います (4月上旬公開予定)
ご迷惑をおかけしましたこと、深くお詫びいたします
ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) が更新されました。 主な更新内容は以下の通りです。

cDNA エントリ数が 175,536 から 187,156 に変更になりました
LOCUS エントリ数が 34,699 から 36,073 に変更になりました
ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) の version が "4.6"から"5.0" になりました
[H-Invitational 関連データベース]
ミラーH-Invitational Database (H-InvDB) (ヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベース)
3月18日から21日まで,韓国・Jeju 大学にて,第7回日韓中バイオインフォマティクス・トレーニングコースが開催いたしました。日本からも10名の受講生が参加し,日韓中3国のバイオインフォマティクスの様々な分野の研究者から,英語による講議と実習を受けました。 このコースは,日韓中の若手研究者を対象としたトレーニングコースで,アジアの研究者同士の交流の場としても有用です。DDBJ からも,五條堀,舘野,斎藤が講師をつとめました。
DDBJ の運営母体である国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ 研究センターに人事異動がありました。 2008年3月31日付けにて,菅原 秀明 教授( 生命情報・DDBJ 研究センター センター長,データベース運 用開発局 局長),舘野 義男 教授 (遺生命情報・DDBJ 研究センター バンク長,データベース構築局 局長)が定年退職いたしました。両教授とも,引き続き DDBJ のスタッフ,特任教授,名誉教授として活動されます。
また,2008年2月29日付けにて,小倉 淳 特任助教(生命情報・DDBJ研究センター 遺伝子機能研究室)が離任され,お茶の水女子大学 アカデミック・プロダクション 特任助教として新赴任されました。 2008年3月31日付けにて,峯崎 善章 特任助教(生命情報・DDBJ 研究センター  データベース運用開発研究室)が離任され,今後は,同所内のターゲットタンパク研究プログラム(情報プラットフォーム)研究員として活動されます。 今後のご活躍を期待しております。
2008/02/19 に公開された BA000010,BA000044 において,本来 BA000010.8, BA000044.2 として公開されるべき 2 エントリが,誤って BA000010.9, BA000044.3 として公開されていました。 詳細は下記の通りです。
該当エントリ:BA000010, BA000044
影響のあったサービスおよび期間:- getentry / ARSA (2008/02/19 - 2008/03/05),
- Anonymous FTP site:ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbjnew/contig/
DDBJNEWr72.086.CON.gz:誤って公開されたデータを含むファイル (BA000010.9, BA000044.3)
DDBJNEWr73.014.CON.gz:修正されたデータを含むファイル
原因:公開用フラットファイル作成プログラムの不備
対応:2008/03/08 に公開されたデータから,正常なデータが getentry,annonymous FTP (Daily update) に反映されています。 getentry では,現在誤って公開されたデータは削除済みです。
データが正しく表示されずユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げます。
「信用・信頼」
李 慶範(DDBJ アノテータ)

「“まだですか,バス時間に間に合わないです。もうちょっと早くしてください” “お客さん,例えばご飯というのも米に時間をかけ,炊いてからなるもの!急がせても時間をかけなくては米はご飯になりません!” “買う人がいいと言ってるのに,おじいさん頑固ですね。もういいです,おじいさんの思う存分やってみてください” その後も老人はじっくり時間をかけダドゥミ棒を削った。人から見てももういいのではと思われるが老人の目にはまだ未完成の品のようだ。 ”あの,物というのはまともに作らなきゃ、未完成の物を人に渡すのは・・・” 漸く完成したダドゥミ棒をもらって次のバスに乗り家に帰った。妻にその棒を渡したら妻は出来上がりが絶品だと大変喜んだ。妻の喜んでいる姿を見てその棒を作ってくれた老人にすまない気がした」中学校の国語教科書に出たエッセイの一部分である。 現代化により社会が迅速化, 大量化に変化する中でたとえ小さいことでも魂を込めて品を完成する姿を老人は私たちに教えてくれていた。
ダドゥミとは昔から韓国の家庭において女性の必須品で,平らな石板の打ち台とダドゥミ棒のセットを示す。打ち台は主にお影石で横 20 cm, 縦 80 cm, 高さ 15 cm 位を削って上部はちょっとお腹が出た形態。 棒は堅い斧折を材料にして 35 cm 〜 40 cmの長さで丸く長く削って, 取っ手終り部分は細長く整えた形である。 主に乾燥した洗濯物を石板に載せダドゥミ棒を用い,縮んだものを伸ばしたり,しわ(皺)を直す道具として使われた。 別用にもダドゥミ棒は料理に使われる蔓人参や干し明太を軟らかくするために叩く道具としても使われる。 ダドゥミ叩きは独特の音が出るがその音がリズムになり非常に軽快な音になる。 現在,ダドゥミ叩きの音は思い出の音として”韓国の音100選”に選ばれている。 その音は確かに品を作る人の心から大切に使う人の心がハーモニーになり響く音だと思われる。
最近,頻繁に信用" 信頼に関する問題が取り上げているのではないかと思う。建物の耐震構造偽装,電車事故,大型自動車メーカーの欠陥隠し,食品の安全,偽データによる情報など社会全般的に今まで信用" 信頼で大切に蓄積された絆が揺れている気がする。もし、利益及び競争のためには手段を選ばないとの考え方が広がっているとするなら,信用" 信頼は形に過ぎないと思える。
アノテータの道に入ってからわずかな時間が経っているが,登録者からの登録データと登録データを利用する利用者の間で架け橋の役割がアノテータの職だと感じている。何よりも両方において信用" 信頼を大切に蓄積し,良いハーモニーを構築し続けなければならないと思う。 DDBJ を20年間支えて来た舘野義男先生の最終講義での「お互いに信頼できる人と一緒にすること」の言葉が改めて心に響いている。
”韓国の音100選”のダドゥミ叩きの音”
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