新年度を迎え，多くの人が希望に胸を膨らませながら新しい生活のスタートを切ったことと思います。DDBJ でも新しいスタッフを迎え，新たな気持ちで活動をスタートさせました。日進月歩のバイオインフォマティクスの世界で，ユーザの皆様によりよいサービスを提供できるように日々努力してゆく所存です。今後ともDDBJ をよろしくお願いいたします。

隔月公開の DDBJ メールマガジン第42号 web 版です。メールマガジンに関するご質問やご意見がありましたら までどうぞ。

（写真は，国立遺伝学研究所構内に咲く「兼六園桜No II」）

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。3月24日に DDBJ リリース77.0 が完成しました。リリース77.0 のエントリ数は 102,099,156 総塩基数は 101,765,388,414 です。
FTP によるリリースデータの取得は，FTP・WebAPI のページより可能です。

DDBJ が登録を受付け，2009年1月から4月にかけて DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開した大量データは以下の通りです。

 カンゾウ (Glycyrrhiza uralensis) EST 50,594 エントリの新規公開 2009.04.24
千葉大学から登録されたカンゾウ (Glycyrrhiza uralensis) 根茎由来の EST データ 50,594 エントリが公開されました。
アクセッション番号 （AnonymousFTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです。

• FS238592-FS289185 (Glycyrrhiza_uralensis_EST_090424_1.seq.gz) (50,594 entries)

これらは4月24日分の新着データとしてDDBJより公開されております。

 ラット GSS 227,486 エントリの新規公開 2009.04.01
京都大学から登録されたラット (Rattus norvegicus LE/Stm) の GSS データ 227,486 エントリが公開されました。
参照 URL:
    http://www.anim.med.kyoto-u.ac.jp
アクセッション番号 （AnonymousFTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです。

• FT000001-FT227486(Rattus_norvegicus_GSS_090401_1.seq.gz) (227,486 entries)

これらは4月1日分の新着データとしてDDBJより公開されております。

 トマト full length cDNA データ (HTC) 10,959 エントリと EST データ 27,216 エントリの新規公開 2009.03.19
かずさ DNA 研究所から登録されたトマト (Solanum lycopersicum) の full length cDNA データ (HTC) 10,959 エントリと EST データ 27,216 エントリが公開されました。
参照 URL:
    ht tp://www.pgb.kazusa.or.jp/kaftom/
    http://www.kazusa.or.jp/jsol/microtom/indexj.html
アクセッション番号 （AnonymousFTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです。

• full length cDNA: AK319176-AK330134  (Solanum_lycopersicum_HTC_09 0319_1.seq.gz)  (10,959 entries)
• EST: FS179211-FS206426  (Solanum_lycopersicum_EST_09 0319_1.seq.gz)  (27,216 entries)

これらは3月19日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

 ヒト単球性白血病細胞株(THP-1)由来 CAGE の MGA データ 7,824,360 エントリの新規公開 2009.03.01
理化学研究所から登録されたヒト単球性白血病細胞株(THP-1)由来 CAGE の MGA データ 7,824,360 エントリが公開されました。
参考 URL:
     http://www.osc .riken.jp/
アクセッション番号は以下の通りです。

• AFAAA0000001-AFAAA0543260 (543,260 entries)
• AFAAB0000001-AFAAB0191814 (191,814 entries)
• AFAAC0000001-AFAAC0474745 (474,745 entries)
• AFAAD0000001-AFAAD0353461 (353,461 entries)
• AFAAE0000001-AFAAE0270208 (270,208 entries)
• AFAAF0000001-AFAAF0513982 (513,982 entries)
• AFAAG0000001-AFAAG0349448 (349,448 entries)
• AFAAH0000001-AFAAH0425524 (425,524 entries)
• AFAAI0000001-AFAAI0358861 (358,861 entries)
• AFAAJ0000001-AFAAJ0285303 (285,303 entries)
• AFAAK0000001-AFAAK0327328 (327,328 entries)
• AFAAL0000001-AFAAL0456381 (456,381 entries)
• AFAAM0000001-AFAAM0436519 (436,519 entries)
• AFAAN0000001-AFAAN0499442 (499,442 entries)
• AFAAO0000001-AFAAO0682996 (682,996 entries)
• AFAAP0000001-AFAAP0716451 (716,451 entries)
• AFAAQ0000001-AFAAQ0546880 (546,880 entries)
• AFAAR0000001-AFAAR0391757 (391,757 entries)

関連ページ： MGA 配列データについて
AnonymousFTP 一括取得：AF_resource_index

これらは2月27日分の新着データとしてDDBJより公開されております。

GTPS(Gene Trek Prokaryote Space) は，公開された原核生物のゲノム配列全件について，さまざまな解析を行ってその結果をもとにORFの確からしさにランキングを付与した再アノテーションデータベースです。これまで毎年更新してきましたが，2009年3月25日に690株のゲノムに対して再解析したデータベースを公開しました。今回は，データベースの更新に加えて，トップページやゲノムビューア，フィーチャビューアに共通メニューを設けるとともに解析手順を分かりやすく説明したページも新たに公開しました。

2009年1月1日付けにて，データシステム運用開発局に高木利久教授が就任し，データベース構築局に 2009年1月1日付けにて中村保一教授が，2009年4月1日付けにて神沼英里助教が就任しました。

2008年度も，2009年2月25日から28日まで，京都大学にて，第８回 日韓中バイオインフォマティクス・トレーニングコースを開催しました。
このコースは日韓中の若手研究者を対象としたトレーニングコースで，日本からも10名の受講生が参加し，日韓中3国のバイオインフォマティクスの様々な分野の研究者による講議と実習，シンポジウムを受講しました（ コースは全て英語で行なわれます。）またこのコースは，アジアの若手研究者同士の交流の場としても有用です。DDBJ からも，五條堀，斎藤，池尾が講師をつとめ，シンポジウムでは舘野も講演しました。

「公共性」への意識

初めての NCBI 行きは，飛行機で同僚が体調を悪くしてトイレ前で倒れるところから始まった。どうも，初めての海外で緊張したうえに，時差ボケをなくそうと前夜から徹夜していたようだ。 やれやれ。

2009年2月10日から12日まで，ワシントン DC 近郊にある NCBI に出張した。 DDBJ は，NCBI （と EBI）のパートナーとして国際塩基配列データベースを一緒に構築してきた。しかし，今回のミッションは，この配列データベースとは別の Trace Archive， Short Read Archive と GEO チームの面々と話し合うことである。 これらのデータベースや DDBJ の取り組みについては是非 DDBJ/CIB Report（2009年05月発送予定。冊子配布希望者はこちらよりお申し込み下さい。PDF 版は 2009年5月以降に DDBJ HP に掲載予定）をご一読頂きたい。 ここではアメリカ出張で感じた「公共性」への意識の高さについて書きたいと思う。

出張前は「NCBI のメンバーとどのように話を進めたらいいんだろう?」と心配だった。今まで の協力関係があるとは言え，初めて会う人達がほとんどだ。しかし，それは杞憂だった。むし ろ「こちらが切り出さないと，いつまでも会話が終わらない!?」とまったく別の心配をしてしまったほど，NCBI スタッフは懇切丁寧に説明や助言をしてくれた。あるスタッフは朝から説明をしながら議事録まで書いてくれ，夕方にはとうとう疲れがでたのか，体調を悪くしてしまった。（飛行機で体調を悪くした同僚とは，明らかに違う…） 最後にスタッフの一人が私に言った "We would be helpful" という言葉は，NCBI の人達の親切な態度とともに記憶に残っている。 しかし，NCBI のすべての生物学データを収集しようとするかのような情熱は，一体どこから湧いてくるのだろう？

最終日にスミソニアン博物館にいって，驚いた。展示物の豊富さにではなく，「入場料が無料」ということに。スミソニアン博物館は基金や寄付により運営されている部分が多いようだが，相当な費用がかかっているはずだ。それをアメリカ国民だけではなく，惜しみなく世界中の人々に無料で公開している。 入場料がないとわかったとき，アメリカ社会の「公共性」に対する意識の高さを感じた。

飛行機では同僚はほっといて『CIA 秘録』というジャーナリストが調べあげたCIAの歴史についての本を読んでいた。 この本には，CIA がスパイ映画のように万能ではなく，むしろ失敗の連続だったことが描かれている。読み進むうちに気がついた「ページ数が現在に近いほど少ない」。この本は5万点以上もの機密解除文書に基づいているので，最近になるほど少なくなることが一因だろう。 それにしても，暴かれている事実はアメリカにとって結構恥ずかしい（CIA は公式に反論中）が，良いことも悪いことも公的文書としてきっちり保存しているということが，そもそも驚きである。

NCBI の「データを公共のものにしよう」という情熱の根底には，アメリカ社会の「公共性」への伝統的な意識が存在するのであろう。

NCBI ビルディング1	NCBI スタッフと	スミソニアン博物館

国立遺伝学研究所の大型計算機（supernig）は，利用期間が一事業年度となっており， 継続して利用を希望される方には，年度毎に継続の手続きをお願いしております。 2007年から「国立遺伝学研究所大型計算機（supernig）利用申請（継続）」のご案内を メールのみのお知らせとなりました。
本メールをもって継続手続きのご案内とし，書面ではご連絡致しません。 2009年4月以降もご利用を希望される方は，5月31日までに「国立遺伝学研究所大型 計算機（supernig）利用申請（継続）」より継続の手続きをお願い致します。 2月，3月に新規の利用申請をされた方も利用期間は2009年5月31日までです。

• 国立遺伝学研究所大型計算機（supernig）利用申請（継続）：
  http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjing/nigapply/renewal_apl-j.html

利用を終了・中止される方は「中止申請」より，所属など変更がある方は「変更申請」より，必ず手続きして下さいますようお願い致します。

各手続きは，以下の「計算機利用に関する申請」より行えます。

• 計算機利用に関する申請：
  http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjing/nigapl-j.html

ご不明な点などがございましたら，お問い合わせ下さい。どうぞよろしくお願い致します。
DDBJ 計算機利用申請係：

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* 上記は該当者に3月にメールにてご案内済みです。継続手続きがお済でない方は必ずお忘れにならないように期限内にお済ませ下さい。 よろしくお願いします。