５月に入り，国立遺伝学研究所の構内は，4月は桜のピンク色に染まっていたのが，緑一色に変わりました。窓を開けると，爽やかな風に乗った新緑の匂いが室内に入ってきます。

DDBJ メールマガジン第43号 web 版です。42号をお送りしてから日が浅いですが，第21回 DDBJing 講習会開催が決まりましたのでお知らせをお送りします。メールマガジンに関するご質問やご意見がありましたら までどうぞ。

DDBJ では，DDBJ が提供している塩基配列の登録や検索・解析のためのサービスをユーザの方々により有効に利用していただくために，「DDBJing 講習会」を開催しています。 2009年6月17-18日に「第21回 DDBJing 講習会 in 三島」を 国立遺伝学研究所（静岡県三島市）にて開催いたします。講習会では，2日間にわたりデータ登録と検索解析サービスの利用方法に関する講議と PC を用いた実習をおこないますので，各サービスについての理解を深め，実際に即した具体的な使い方を学んでいただくことができます。今回の講習会では，講義内容を DDBJ の基本的なサービスについて，より多くの実習を組み入れた初心者向けのプログラムとなっています。詳細については，DDBJing 講習会のページをご覧下さい。参加申し込み受付は，5月18日より開始予定です。皆様のご参加をお待ちしています。

• 日時：2009年6月17日（水）- 6月18日（木）
• 場所：国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ 研究センター　2階会議室
• 定員：30名
• 内容：DDBJ のサービスの利用についての講義と PC を用いた実習（PCをご持参ください）

DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースにブタインフルエンザ A (H1N1) ウイルスが公開されました。getentry, ARSA から検索可能です。
アクセッション番号 （Anonymous FTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです。

• FJ966079-FJ966086, FJ966952-FJ966983     (Influenza_A_virus.ff.gz)
• FJ981646, FJ981608-FJ981620
• CY039527, CY039528
• FJ973552-FJ973557, FJ974021-FJ974028, FJ971074-FJ971076, FJ970928, FJ969509-FJ969542

（上記以外についても順次公開中，で Anonymous FTP 一括取得についても準備中）

参照 URL：

• 米国疾病対策センター（CDC）
• NCBI
• 国立感染症研究所

上記配列のうち，HA（ヘマグルチニン）遺伝子について，ClastalW を利用し作成した系統樹
結果画像

日本の理化学研究所を中心とした「国際FANTOMコンソーシアム」は，理研オミックス基盤研究領域が開発した遺伝子解析手法（CAGE法)と次世代シーケンサーを用いて，ヒト白血病細胞株のTHP-1細胞の単芽球から単球への分化における遺伝子ネットワークを解明しました。さらに，tiRNA という新しい種類の非タンパクコードRNA （non-coding RNA; ncRNA）の発見など種々の新しい知見を得ました。

今回の成果は，哺乳動物におけるトランスクリプトーム解析をリードする FANTOM の FANTOM 1-3 に続く FANTOM 4 の成果であり，論文は4月19日（日本時間4月20日）付けの『Nature Genetics』および『Genome Biology』の論文にオンライン公開されています。

本研究に関連する約3,000万の MGA (Mass sequence for genome annotation) エントリの配列情報は DDBJ に登録され，国際塩基配列データベースから公開されています。DDBJ の検索ツール getentry でデータを閲覧･取得することができます。

• 理化学研究所プレスリリース
• 理研オミックス基盤研究領域
• FANTOM

新規公開

• AIAAA0000001-AIAAT0061351 (986847 entries)
• AJAAA0000001-AJACQ0384276 (9162304 entries)
• AKAAA0000001-AKAAG0377780 (700794 entries)

計:10,849,945エントリ

更新

• AAAAA0000001-AAAEJ0212805 (6246064 entries)
• ABAAA0000001-ABABV0069939 (4450158 entries)
• AFAAA0000001-AFAAR0391757 (7824360 entries)
• AGAAA0000001-AGAAA0552486 (552486 entries)

計:19,073,068エントリ

これらは４/17分の新着データとしてDDBJより公開されており，getentry またはプロジェクト番号単位での Anonymous FTP 一括取得が可能です。

『Nature Genetics』:

• Nat Genet. 2009 May;41(5):553-62.（PubMed アブストラクト）
• Nat Genet. 2009 May;41(5):563-71.（PubMed アブストラクト）
• Nat Genet. 2009 May;41(5):572-8.（PubMed アブストラクト）

『Genome Biology』:

• Genome Biology 2009, 10:R40（アブストラクト）

• MGA配列データについて
• AnonymousFTP

DDBJ が登録を受付け，2009年1月から4月にかけて DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開した大量データは以下の通りです。

 アカハライモリ（別名：ニホンイモリ） (Cynops pyrrhogaster) EST 25,600 エントリの新規公開 2009.5.1

京都大学から登録されたアカハライモリ（別名：ニホンイモリ）(Cynops pyrrhogaster) 由来の EST データ 25,600 エントリが公開されました。
アクセッション番号は以下の通りです。

• FS290155-FS315754（25,600 entries)

これらは4月25日分の新着データとしてDDBJより公開されており，getentry から検索可能です。

国立遺伝学研究所の大型計算機（supernig）は，利用期間が一事業年度となっており， 継続して利用を希望される方には，年度毎に継続の手続きをお願いしております。 2007年から「国立遺伝学研究所大型計算機（supernig）利用申請（継続）」のご案内を メールのみのお知らせとなりました。
本メールをもって継続手続きのご案内とし，書面ではご連絡致しません。 2009年4月以降もご利用を希望される方は，5月31日までに「国立遺伝学研究所大型 計算機（supernig）利用申請（継続）」より継続の手続きをお願い致します。 2月，3月に新規の利用申請をされた方も利用期間は2009年5月31日までです。

• 国立遺伝学研究所大型計算機（supernig）利用申請（継続）：
  http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjing/nigapply/renewal_apl-j.html

利用を終了・中止される方は「中止申請」より，所属など変更がある方は「変更申請」より，必ず手続きして下さいますようお願い致します。

各手続きは，以下の「計算機利用に関する申請」より行えます。

• 計算機利用に関する申請：
  http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjing/nigapl-j.html

ご不明な点などがございましたら，お問い合わせ下さい。どうぞよろしくお願い致します。
DDBJ 計算機利用申請係：

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* 上記は該当者に3月にメールにてご案内済みです。継続手続きがお済でない方は必ずお忘れにならないように期限内にお済ませ下さい。 よろしくお願いします。