台風にご注意をDDBJ メールマガジン第45号 web 版です。
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この研究プロジェクトでは，研究者自身に大規模計算機環境を提供し，様々なデータ解析，シミュ レーションや，バイオ関連のプログラム開発，高速化に関する試用にお使い頂く事が可能です。
研究プロジェクト期間中は最大３２ノード（２５６コア）を無償でご利用できます。 なお，応募が多い場合は，分割利用になる可能性もございます。 また，応募状況に応じて，今後オープンシステム計算機環境の拡張を検討する予定です。
1. 研究プロジェクトの対象
本研究プロジェクトの対象となる研究は「最大３２ノード（２５６コア）」を使用する大規模計算を大量に行う研究を対象とします。（上記ノード内での分割提供も可能です）
2. 応募資格
申込者（代表者）は「国内の大学に所属する研究者，公共機関に所属する研究者」に限定します。
研究グループのメンバーは，情報・システム研究機構国立遺伝学研究所DDBJ塩基配列データベース等利用規約に準ずる有資格者，すなわち：
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- 国内の大学に所属する学生・研究者
- 公共機関に所属する研究者
- 企業に所属する研究者，技術者
でなければなりません。
3. オープンシステムプロジェクトの要件
-
�仝Φ羇�間は平成21年10月〜平成22年3月の間とします。
(来年度以降についても同様の募集を予定していますが，詳細についてはあらためて公表します。)
��期間中は，最大３２ノード専用システムを無償で利用できます。
4. 応募締切
- 平成21年10月16日（金）（必着）（ 募集締切りを延長しました。）
5. 審査方法
応募課題は，DDBJにより採否を審査し，結果の公表を行う予定です。平成21年10月23日（金）（予定）までに採否を申込者（代表者）にご連絡いたします。
審査にあたり応募課題について代表者に問い合わせを行なうことがあります。また，利用環境，利用期間等について調整させていただく場合があります
6. 応募方法，問い合わせ先
応募は申込書類にご記入いただき電子メールに添付してお送りください。申込および問い合わせは，DDBJオープンシステムプロジェクト受付（下記）までお願いします。
- DDBJ オープンシステムプロジェクト受付： E-mail：opensystem@ddbj.nig.ac.jp
7. 申込に必要な項目
所定の書式にご記入いただき，電子メールにてお送りください。書式（pdf，MS-WORD ）は以下のサイトよりダウンロードできます。
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平成21年度 DDBJ オープンシステムプロジェクトの募集 (PDF FILE) - 平成21年度 DDBJ オープンシステムプロジェクトの募集（Word 形式）
-
�／醜�年月日
�⊃醜�者（代表者）情報（所属，職名，電話，E-mail，連絡先住所）
��オープンシステムプロジェクト課題名
�ぅ�ープンシステムプロジェクトの概要
�ゥ廛蹈哀薀牾詰廖ど�要な計算機資源，特記事項 等
なお，採択されたプロジェクトについては，ＤＤＢＪホームページ等で申込み内容を公表させて頂く場合がありますので，ご了承願います。
8. 利用できる計算機について
オープンシステムプロジェクトで利用できる計算機の概要を以下に示します。
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- 1ノードあたりのスペック(最大32ノード)
| CPU | Xeon(4Core) 3.16GHz × 2 |
| メモリ | 16Gbyte |
| ネットワーク | 1000Base-T |
| 内蔵ディスク | 147Gbyte |
| OS | Red Hat Enterprise Linux 4.6 ES (EM64T) |
| HPC開発/実行環境 | 富士通Parallelnavi |
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- ノード間共用ディスク領域
| ディスク容量 | 5Tbyte程度 (5Tbyte以上の利用については応相談) |
9. 問い合わせ先
- opensystem@ddbj.nig.ac.jp
dra ディレクトリ新設，trace から dta へのディレクトリ名変更
- dra を新設しました。 DDBJ Sequence Read Archive から公開されたデータは dra ディレクトリから取得できます。また，DDBJ Trace Archive のスタートに伴い，trace から dta にディレクトリ名を変更いたしました。
tpa ディレクトリ新設
- tpa を新設しました。 これまでは, TPA(Third-Party Annotaion) データは, ddbj, ddbjnew (デイリー更新データ), wgs のディレクトリに散在していましたが, 今後は TPA関連データを tpa ディレクトリ配下に一元化して提供いたします。
2009年は 5月12日-13日に NCBI で開催されました。 DDBJ, EMBL-Bank, GenBank が それぞれの活動について 年次報告を行った後，INSDC 運営上の実務的な問題を討論しました。 また, 今年 (2009年) から 次世代シークエンサの出力データ (Short Read) と 従来シークエンサの出力データ (Trace) を収集する下記 Archive も INSDC のメンバーに加わりました。 この共同運営に関する第1回目の会議が 2009年 5月14日-15日に NCBI で開催されました。
- Short Read Archive
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DRA; DDBJ Sequence Read Archive
ERA; European Read Archive (EBI)
Short Read Archive (NCBI) - Trace Archive
- DTA; DDBJ Trace Archive
Ensembl Trace Server (EBI)
Trace Archive (NCBI)
検討事項と今後の課題
次世代型配列決定によるデータの潮流と対応
上述のように, 2009年から次世代シークエンサの出力データを収集する上記の各データベースも INSDC の構成員となりました。主要な科学雑誌へ DRA/ERA/SRA accession number の記載を要望する予定です。
関連して, 今後は 454 (GS 20, GS FLX, etc.) シークエンサに由来する配列データは, 従来の DDBJ/EMBL-Bank/GenBank の EST division への登録は受け付けません。原則, DRA/ERA/SRA のみで受け付けます。
project ID のための database
INSDC は, 2005 年からゲノムプロジェクトを特定するためのフラグとして project ID をフラットファイルに含めることから検討を開始しました。
2008 年からは, project ID をゲノムに限定せず, transcriptome なども含めた大規模配列データにも割り当てることで合意し, そのための基盤整備を開始し, 現在も継続しています。 DDBJ と GenBank のフラットファイルでは, DBLINK 行に, EMBL-Bank では PR 行に project ID を表示しています。ゲノム・メタゲノム関連の登録に先行記載しています。
TSA 登録と そのプライマリーエントリにおいても project ID 記載を義務化します。
微生物ゲノム登録への strain level taxonomy ID 割り当て廃止の検討
DDBJ/EMBL-Bank/GenBank では, 生物名を共同で構築している taxonomy database で管理しています。taxonomy database では, 微生物のゲノム全長規模の登録に関して, strain level taxonomy ID を付加する, という運用を長期間にわたり続けてきました。この運用は, ゲノムプロジェクトの把握を容易にすることが主な目的でした。
しかしながら, 今後は project id により把握が可能であると考え, taxonomy database では, この運用を廃止する方向で検討しています。ただし, 既に多数の機関でこのような taxonomy ID が引用されていることもあり, その影響に配慮しながら, 検討を進めています。
draft 配列データにおける frame が合わないタンパク質コード配列候補の記載
大規模な draft 配列データに由来するデータが増加したことにより, frame が合わない状態であっても location に join operator を駆使して操作上のアミノ酸翻訳エラー回避を行うことによって, CDS feature を記載することが望まれるケースがあります。
そのような CDS feature を区別して受け付けるフラグとして /artificial_location qualifier を付加した CDS feature を受け付けるための整備をしています。ただし, この対応は全ゲノム規模 (transcriptome 含) の登録に限定されます。
メタ情報を記述するための structured COMMENT 仕様の検討
GenBank は 配列データに, 生物学的サンプルのメタ情報を structured COMMENT という独自形式で記述することを開始しました。
structured COMMENT は, 登録者が記載を希望するメタ情報が, Feature Table ではサポートされていない場合でも, タグとその値の組として成形した形式で受け入れる, という自由度の高い手法です。
DDBJ/EMBL-Bank/GenBank は structured COMMENT/CC line を共通の手法として活用すべく, その書式の詳細仕様を検討していきます
Feature と Qualifier の改訂
以下に挙げる項目は，特に断り書きがない限り，2009年10月の Feature Table Definition の改訂後に適用されます。
/pseudo qualifier の名称を /non_functional に変更します。
"pseudo" という語は, "pseudogene" を連想させますが, INSDC における実際の /pseudo qualifier 用法は「本来の機能を果たしていない」ことを示すものでしたので, 名称と用法をあわせ, 混同を避けます。
この変更は, 2010年４月以降に適用する予定です。
/exception qualifier に規定値 "annotated by transcript or proteomic data" 追加
新規に /haplogroup qualifier を source feature で使用可能にします。
/strain qualifier に等価な名称を列挙する場合がありましたが, 今後は禁止します。
かつて (2009年５月以前) は, /strain qualifier に下記のような記載をしている登録を認めてきました。
/strain="ATCC #### (= JCM ### = NBRC ###)"
しかしながら, 今後は, 等価な strain 名の列挙が必要な場合, 下記のような /note qualifier の使用を推奨します。
/note="strain coidentify: JCM ### = NBRC ###"
/strain="ATCC ####"
新規に /artificial_location qualifier を CDS feature で使用可能にするため仕様を検討しています。
上述のように, /artificial_location の書式仕様を検討中です。
詳しい情報は, 決定次第お知らせします。
この変更は, 2009年12月以降に適用する予定です。
/inference 書式仕様の変更
推論根拠をより効率よく記載するために, /inference 書式仕様を, 2008 年から継続検討中です。 詳しい情報は, 決定次第お知らせします。
今リリースより，これまでの PROJECT 行に替わる DBLINK 行が新設されました。また，5月に行われた国際実務者会議での決定事項を受けて，"DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table: Definition" が10月に改訂される予定です。リリース79.0についての詳細は，DDBJ リリースノート(79.0)をご参照ください。FTP によるリリースデータの取得は，FTP・WebAPI のページより可能です。
RSS はRich Site Summary または Really Simple Syndication の略で，頻繁に更新される情報の見出し，概要，更新日付，Web サイトへのリンク等を配信するために用いられています。利用者は RSS 配信サイトをリーダーに登録しておくことにより，Web サイトにアクセスしなくても，更新情報を入手することが可能です。
DDBJ トップページ（日本語版／英語版）の "RSS" をクリックすると，一日のサマリ画面に画面遷移します。 さらに，一日のサマリ画面から，以下のリンクをクリックすると，それぞれのページに画面遷移します。
- DDBJ Monthly data [ September 2009 ] → 月サマリ画面
- DEFINITION行 → 一日の詳細画面（サブミッション数）
DDBJ では，これまでに微生物ゲノム情報提供サービスである GIB(Genome Information Broker)でRSS 配信をおこなっており，今後さらに RSS 配信のサービスを充実させていく予定です。どうぞご利用ください。
- 日時： 2009年11月26日（木）〜27日（金）
- 場所： ライフサイエンス統合データベースセンター 東京都文京区弥生2−11−16 東京大学工学部12号館5階
- 主催： 国立遺伝学研究所 JST BIRD 受託事業「バイオ情報資源の高準化と共有化」
- 協力： ライフサイエンス統合データベースセンター
- 参加費： 無料（懇親会参加費は別途 ￥1,000.-）
<プログラム内容>
「バイオ分野のデータベースを調べる」「バイオ分野の解析ツールを調べる」「WABI を用いた問題解決例の紹介」「ライフサイエンスDB 統合の動向」 「実習のための問題提示および解決に向けた討論」などの講義，実習
本ワークショップでは，WABI や他機関が提供するデータベース・解析ツールを利用してバイオ分野で日々実際に取り組まれている解析の一連の手順（ワークフロー）を効率化する方法について、講義と実習によって学ぶことができます。 プログラミングの経験が無い方でも、Web ブラウザ上の操作だけで一連の手順構築をご経験頂けます。また，プログラミングの経験がある方は，遺伝研やNCBI，EBI などが整備してきたデータベースや解析ツールをプログラム内から利用するためのWeb API を選択・組み合わせて一連の解析手順を構築して頂きます。
<参加申込>
現在申込受付中。お申込，お問い合わせ等の詳細は こちらへ
A．テンプレートに１件目の配列情報まで入力して保存した為，２件目以降の登録作業時に毎回１件目の配列が含まれた状態でテンプレートが呼び出されています。
テンプレートを作成する際には，複数エントリ間で共通している情報（１．登録者ID，２．登録データ公開日，３．登録者情報，４．文献情報など）のみを入力して保存して下さい。
テンプレートの作成方法等の詳細は SAKURA トップページ／連続登録法の「テンプレートによる複数エントリの登録法」をご覧下さい。
国立遺伝学研究所 生命情報・ DDBJ 研究センター
〒411-8540 静岡県三島市谷田1111