国立遺伝学研究所一般公開 4月3日（土）
隔月公開の DDBJ メールマガジン第48号 web 版です。今回は，『平成22年度上期ＤＤＢＪオープンシステムプロジェクトの募集』 と 『共同研究会「生物情報資源の相互運用性」開催』 のお知らせをお送りします。みなさまのご参加をお待ちしております。また，『国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークサービス，supernig 停止』 のお知らせもございますのでご注意下さい。
メールマガジンに関するご質問やご意見がありましたら
までどうぞ。
この研究プロジェクトでは，研究者自身に大規模計算機環境を提供し，様々なデータ解析，シミュレーションや，バイオ関連のプログラム開発，高速化に関する試用にお使い頂く事が可能です。研究プロジェクト期間中は最大４８ノード（１９２コア）を無償でご利用できます。
なお，応募が多い場合は，分割利用になる可能性もございます。また，応募状況に応じて，今後オープンシステム計算機環境の拡張を検討する予定です。
1. 研究プロジェクトの対象
本研究プロジェクトの対象となる研究は「最大４８ノード（１９２コア）」を使用する大規模計算を大量に行う研究を対象とします。（上記ノード内での分割提供も可能です）
2. 応募資格
申込者（代表者）は「国内の大学に所属する研究者，公共機関に所属する研究者」に限定します。研究グループのメンバーは，情報・システム研究機構国立遺伝学研究所DDBJ塩基配列データベース等利用規約に順ずる有資格者，すなわち：
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- 国内の大学に所属する学生・研究者
- 公共機関に所属する研究者
- 企業に所属する研究者，技術者
でなければなりません。
3. オープンシステムプロジェクトの要件
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①研究期間は平成22年4月15日〜平成22年9月30日の間とします。
（以降についても同様の募集を予定していますが，詳細についてはあらためて公表します）
②期間中は，最大４８ノード専用システムを無償で利用できます。
4. 応募締切
- 平成22年3月19日（金）必着
5. 審査方法
応募課題は，DDBJ により採否を審査し，結果の公表を行う予定です。平成22年3月31日（水）（予定）までに採否を申込者（代表者）にご連絡いたします。 審査にあたり応募課題について代表者に問い合わせを行なうことがあります。また，利用環境，利用期間等について調整させていただく場合があります。
6. 応募方法，問い合わせ先
応募は申込書類にご記入いただき電子メールに添付してお送り下さい。申込および問い合わせは，
DDBJオープンシステムプロジェクト受付（下記）までお願いします。
- DDBJ オープンシステムプロジェクト受付 E-mail：
- DDBJ オープンシステムプロジェクト受付 E-mail：
7. 申込に必要な項目
所定の書式にご記入いただき，電子メールにてお送り下さい。書式（pdf，MS-WORD ）は以下よりダウンロードできます。
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平成22年度上期ＤＤＢＪオープンシステム (PDF FILE) - 平成22年度上期ＤＤＢＪオープンシステム （Word 形式）
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①申込年月日
②申込者（代表者）情報（所属，職名，電話，E-mail，連絡先住所）
③オープンシステムプロジェクト課題名
④オープンシステムプロジェクトの概要
⑤プログラム概要，必要な計算機資源，特記事項 等
なお，採択されたプロジェクトについては，DDBJ ホームページ等で申込み内容を公表させて頂く場合がありますので，ご了承願います。
8. 利用できる計算機について
オープンシステムプロジェクトで利用できる計算機の概要を以下に示します。
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1ノードあたりのスペック（最大48ノード）
| CPU | Xeon(2Core) 3.00GHz × 2 |
| メモリ | 8Gbyte |
| ネットワーク | 1000Base-T |
| 内蔵ディスク | 147Gbyte |
| OS | Red Hat Enterprise Linux 4.6 ES (EM64T) |
| HPC 開発/実行環境 | 富士通 Parallelnavi NQS Sun Grid Engine V6.2 update5 |
- ノード間共用ディスク領域
| ディスク容量 | 5TB程度（5TB以上の利用については応相談） |
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- 計算機ハードウエア資源以外に必要となるソフトウエア類については，利用者側にてご用意（インストール）
頂く事になりますのでご了承下さい。 - Sun Grid Engine につきましてはインストール時の最新バージョンでインストールを予定しておりますので，
掲載バーションが変更される可能性がありますのでご了承下さい。 - Sun Grid Engine につきましてはフリーソフトウエアとなっており，サポート対象となりませんのでご了承下さい。
- 計算機ハードウエア資源以外に必要となるソフトウエア類については，利用者側にてご用意（インストール）
2010年3月1日
<プログラム内容>
バイオ分野では，文献やデータが日々生産され続け，それらを蓄積する文献データベースやファクトデータベースなどの情報資源は大規模化し，それらを活用する解析ツールなども多様化しています。一方バイオ分野ではこれらのデータベースや解析ツールはフリーで公開されることが多く，誰もが自由に使えるという大きな特徴があります。遺伝研では，インターネットを介してこうしたデータベースや解析ツールを利用して誰もが容易に大規模で高度な解析を行うことが可能な研究基盤 WABI (Web API for Biology) を構築・運用し，ワークショップ を開催して，その普及に努めてきました。
本研究会では，国内外の多くの生物情報資源に備えられるに至った Web API を選択・組み合わせて一連の解析手順を構築するワークフロー構築ツールを俯瞰し，続いて，データの相互連結性に加えてデータの意味・知識の相互連結性を目指す Semantic Web 技術の状況について俯瞰します。
開催要領
日時
2010年3月24日（水） 10:00 - 16:40
会場
ライフサイエンス統合データベースセンター
（東京都文京区弥生2-11-16 東京大学工学部12号館4階）会場アクセス
プログラム
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- 「Taverna ガイド: WABIから見たTaverna」 重元 康昌 (DDBJ)
- 「Galaxy ガイド: DBCLS Galaxyの利用法」 山口 敦子 (ライフサイエンス統合データベースセンター DBCLS)
- 「KNIME ガイド: CBRC KNIME活用」 野口 保 (生命情報工学研究センター CBRC)
- 「Semantic Workflow 検索」 荒木 次郎 (三菱総合研究所 MRI) 2.Semantic WEB ガイド
- 「Linked Data の役割と現状」 武田 英明 (国立情報学研究所 NII)
- 「TogoWS とLinked Data の創出」 片山 俊明 (東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター)
- 「Semantic Web による統合データベース構築事例」 豊田 哲郎 (理化学研究所)
詳細は，こちら をご参照下さい。
参加申込方法
参加費無料 （要申込，先着30名）
E-mail にて，SUBJECT（件名）に「参加申込」，本文に「お名前」と「所属組織名」をご記入の上，wabi2010@nig.ac.jp へお送り下さい。
問い合わせ先
国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター (担当：大貫・植松）
E-mail： wabi2010@nig.ac.jp
URL： http://wabi2010.nig.ac.jp/index.html
2010年3月12〜15日
システム更新のため，以下の日程で国立遺伝学研究所ならびに DDBJ の全ネットワークサービス，大型計算機(supernig) が停止いたします。 サービスによって停止期間が異なりますのでご注意下さい。詳細は以下のとおりです。
| サービス名 | 停止期間 |
| - SAKURA | 3/12(金) 17:00 - 3/15(月) 10:00 |
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- DDBJ の全ネットワークサービス(SAKURA 以外) - 大型計算機(supernig) |
3/14(日) 9:00 - 21:30 |
2010年3月21日
メンテナンスのため，下記期日におきまして，国立遺伝学研究所ならびに DDBJ の全ネットワークサービス，大型計算機(supernig) が停止いたします。
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- 作業日時： 2010年3月21日(日) 18:15 〜 19:00
<上記時間帯において5分の通信断が1回発生します。> - 作業内容： 学術情報ネットワークのメンテナンス
- 作業日時： 2010年3月21日(日) 18:15 〜 19:00
- ご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
国立遺伝学研究所 生命情報・ DDBJ 研究センター
〒411-8540 静岡県三島市谷田1111