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DDBJ メールマガジン
No. 49   2010年4月7日発行
apply 申込・変更    top 最新号 top    backnumber 過去の号    ddbj 発行:DDBJ
 「三島探訪」 〜 三嶋大社
yozakura 三嶋大社は三島の中心部に位置し,古くよりこの地にあり,奈良・平安時代の古書にも記録が残っています。源頼朝が深く崇敬し,源氏再興を祈願した歴史もあります。 本殿などは国の重要文化財で,重厚な佇まいに繊細な彫刻が施され,見どころのひとつです。今の時期は,池を取り囲むように咲くしだれ桜が大変美しいです。 日暮れには,ぼんぼりに明かりがともり闇夜に浮かび上がる夜桜も幻想的です。毎年8月の夏祭りでは,境内で手筒花火や流鏑馬が行われます。 秋には,樹齢1200年を越える天然記念物の金木犀が花をつけ,甘い香りが一帯に漂います。人生の節目節目や四季折々の行事,また市民の憩いの場であり三島を代表する名所です。

隔月公開の DDBJ メールマガジン第49号 web 版です。
メールマガジンに関するご意見やご質問がありましたら ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp までどうぞ。
  「第22回 DDBJing 講習会 in 東京」 ライフサイエンス統合DBセンター共催
2010年6月23-24日,「第22回 DDBJing 講習会 in 東京」をライフサイエンス統合データベースセンターと共催で開催予定です。
  日 時: 2010年6月23日(水)- 6月24日(木)
  場 所: ライフサイエンス統合データベースセンター(東京大学工学部12号館)会場アクセス
  対 象: DDBJ を利用される方をどなたでも歓迎します
  参加費: 無料
開催に関する詳細は,近日中にホームページ上にてご案内いたします。
これまでの講習会のプログラム,使用した資料をご参考下さい。
DDBJing 講習会のページ
DDBJing 講習会資料ダウンロードページ
講習会に関するご意見ご質問,または開催のご要望がありましたら検討いたしますので,以下のメールアドレスへお問い合わせ下さい。 ddbjing@ddbj.nig.ac.jp
  UniProt のリリース番号とリリースサイクルが変更>
DDBJ では,getentry,ARSA,FASTA/BLAST の検索対象データベースとして,また Anonymous FTP によるダウンロードデータとして UniProt データベース (UniProt,UniProt/Swiss-Prot,UniProt/TrEMBL)を提供しています。データは,UniProt によるリリースをもとに定期的に更新されています。
2010年3月23日公開分より, UniProt のリリース番号とリリースサイクルが変更 になりました。詳細は以下の通りです。また,この変更は Swiss-Prot と TrEMBL にも適用されます。

          リリース番号の表示 リリースの間隔                                
       新: YYYY_XX 4週間
       旧: x.n 3週間

    * 新方式では,YYYY は西暦で,XX は当該年のリリースごとに増加する2桁の数字 (例:2010_01,2010_02)

参照ページ
  DDBJ リリース 81.0 完成
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。
2010年3月25日に DDBJ リリース81.0 が完成しました。リリース81.0 のエントリ数は 116,720,237,総塩基数は 112,394,932,676 です。 今リリースより,TPA はリリースに含めません。詳細は,DDBJ Release Note をご覧下さい。 FTP によるデータの取得は,FTP・WebAPI のページ より可能です。

次回以降のリリースにおける予定
  • DDBJ リリース83.0は,システム開発のため公開日を3ヶ月延伸し,2010年12月に公開です。このため2010年は,リリース公開が3回になる予定です。
  • Feature Table Definition(FT-Doc) は,2010年4月改訂予定です。
  日本特許庁および韓国特許庁アミノ酸配列データを Anonymous FTP にて公開
DDBJ では,2010年2月26日より 日本特許庁(JPO) および 韓国特許庁(KIPO) のアミノ酸配列データを Anonymous FTP にて公開いたしました。提供するアミノ酸配列データは,DDBJ より公開済の全アミノ酸配列データで,各特許庁データ毎のファイル構成となっています。更新頻度は,3ヶ月に1度を予定しています。核酸配列データはこれまでも DDBJ リリースとして(上記の他に 欧州特許庁 (EPO),米国特許商標庁(USPTO) も含む)公開しています。
詳細は,Anonymous FTP 上の特許データに関する README.TXT,ddbj_database の README.TXT をご参照下さい。
  大量データの公開
DDBJ が登録を受付け,2010年1月から3月にかけて DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開した大量データは以下の通りです。
 トマト (Solanum lycopersicum) GSS 93,682 エントリの新規公開
tomato
筑波大学 から登録されたトマト (Solanum lycopersicum) cultivar: Micro-Tom 由来の GSS データ 93,682 エントリが公開されました。

アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。
関連サイト
これらは3月3日分の新着データとして DDBJ より公開されております。
 マウス (Mus musculus) MGA 84,606 エントリの新規公開
mouse
近畿大学 から登録されたマウス (Mus musculus) 由来 small RNA の MGA データ 84,606 エントリが公開されました。

アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。
  • ANAAA0000001-ANAAA0033164 (33,164 entries)
  • ANAAB0000001-ANAAB0051442 (51,442 entries)
Anonymous FTP 一括取得: AN_resource_index
関連ページ: MGA 配列データについて

これらは2月16日分の新着データとして DDBJ より公開されております。
 ブタ (Sus scrofa) EST 82,326 エントリの新規公開
buta
農業生物資源研究所 から登録されたブタ (Sus scrofa) の EST データ 82,326 エントリが公開されました。

アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。

これらは2月4日分の新着データとして DDBJ より公開されております。
(写真は統合データベースプロジェクトより)
  検索・解析サービスの一部終了と変更のお知らせ
 ARSA は,DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。 このうち,KEGG PATHWAY を2010年3月31日をもちまして検索対象から削除いたしました。

 DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している相同性検索サービスのうち,[FASTA] [SSEARCH] [PSI-BLAST] [HMMPFAM] を2010年3月31日をもちまして終了いたしました。詳しくは,こちら をご参照下さい。

ユーザの皆様にはご不便をお掛けいたしますが,ご理解下さいますようお願いいたします。
  国立遺伝学研究所 大型計算機(supernig)利用申請継続手続きのご案内
国立遺伝学研究所の大型計算機(supernig)は,利用期間が一事業年度となっており, 継続して利用を希望される方には,年度毎に継続の手続きをお願いしております。
 2010年4月以降もご利用を希望される方は,2010年5月31日までに「国立遺伝学研究所大型 計算機(supernig)利用申請(継続)」より継続の手続きを行なって下さい。 2010年1月以降に新規の利用申請をされた方も利用期間は2010年3月31日までです。
 利用を終了・中止される方は「中止申請」より,所属,E-mailなど変更がある方は「変更申請」より,必ず手続きして下さいますようお願いいたします。 各手続きは,以下の「計算機利用に関する申請」より行えます。
(2007年から「国立遺伝学研究所大型計算機(supernig)利用申請(継続)」の継続手続きのご案内はメールのみのお知らせとなり,書面ではご連絡しておりません。)
ご不明な点などがございましたら,お問い合わせ下さい。
DDBJ 計算機利用申請係:

* 上記は該当者へ3月にメールにてご案内済みです。継続手続きがお済でない方は,必ずお忘れにならないように期限内にお済ませ下さい。 よろしくお願いいたします。
  「SAKURA de "Q" 」(ユーザから寄せられる SAKURA に関する Q and A)第5回
Q.SAKURA で塩基配列の登録を行う予定です。その際に注意するべき点などがあれば教えて下さい。

A.塩基配列の登録を行う方の為に,登録の概要,手順などについての説明を用意しておりますので,ご参照下さい。
 塩基配列の登録(登録について)
このページには,

  • 「塩基配列登録の前に」
  • 「DDBJ に登録可能なデータ」
  • 「登録データの取り扱い」
  • 「データ登録に関する FAQ」
  • 「登録の見本」
などがあります。
 SAKURA トップページ(塩基配列登録システム)
左フレームに

  • 「SAKURAの利用上の注意および制限」
  • 「SAKURAにおけるデータ登録の流れ」
  • 「連続登録法」
などがあります。
 SAKURA Q and A (皆さまから多く寄せられる質問とその回答)
 DDBJing 講習会 資料(過去の『DDBJing 講習会』資料のダウンロード)
このページには,

などがあります。
SAKURAに関するお問い合わせは, までご連絡下さい。
  アンケートへご協力下さい
アンケートは終了しました。
  ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp

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発行:日本 DNA データバンク (DDBJ)
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