

隔月公開の DDBJ メールマガジン第49号 web 版です。
メールマガジンに関するご意見やご質問がありましたら
までどうぞ。
2010年6月23-24日,「第22回 DDBJing 講習会 in 東京」をライフサイエンス統合データベースセンターと共催で開催予定です。
日 時: 2010年6月23日(水)- 6月24日(木)
場 所: ライフサイエンス統合データベースセンター(東京大学工学部12号館)会場アクセス
対 象: DDBJ を利用される方をどなたでも歓迎します
参加費: 無料
開催に関する詳細は,近日中にホームページ上にてご案内いたします。
これまでの講習会のプログラム,使用した資料をご参考下さい。
・DDBJing 講習会のページ
・DDBJing 講習会資料ダウンロードページ 講習会に関するご意見ご質問,または開催のご要望がありましたら検討いたしますので,以下のメールアドレスへお問い合わせ下さい。
日 時: 2010年6月23日(水)- 6月24日(木)
場 所: ライフサイエンス統合データベースセンター(東京大学工学部12号館)会場アクセス
対 象: DDBJ を利用される方をどなたでも歓迎します
参加費: 無料
開催に関する詳細は,近日中にホームページ上にてご案内いたします。
これまでの講習会のプログラム,使用した資料をご参考下さい。
・DDBJing 講習会のページ
・DDBJing 講習会資料ダウンロードページ 講習会に関するご意見ご質問,または開催のご要望がありましたら検討いたしますので,以下のメールアドレスへお問い合わせ下さい。
DDBJ では,getentry,ARSA,FASTA/BLAST の検索対象データベースとして,また Anonymous FTP によるダウンロードデータとして UniProt データベース
(UniProt,UniProt/Swiss-Prot,UniProt/TrEMBL)を提供しています。データは,UniProt によるリリースをもとに定期的に更新されています。
2010年3月23日公開分より, UniProt のリリース番号とリリースサイクルが変更 になりました。詳細は以下の通りです。また,この変更は Swiss-Prot と TrEMBL にも適用されます。
2010年3月23日公開分より, UniProt のリリース番号とリリースサイクルが変更 になりました。詳細は以下の通りです。また,この変更は Swiss-Prot と TrEMBL にも適用されます。
| リリース番号の表示 | リリースの間隔 | ||||||
| 新: | YYYY_XX | 4週間 | |||||
| 旧: | x.n | 3週間 |
- * 新方式では,YYYY は西暦で,XX は当該年のリリースごとに増加する2桁の数字 (例:2010_01,2010_02)
参照ページ
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。
2010年3月25日に DDBJ リリース81.0 が完成しました。リリース81.0 のエントリ数は 116,720,237,総塩基数は 112,394,932,676 です。 今リリースより,TPA はリリースに含めません。詳細は,DDBJ Release Note をご覧下さい。 FTP によるデータの取得は,FTP・WebAPI のページ より可能です。
次回以降のリリースにおける予定
2010年3月25日に DDBJ リリース81.0 が完成しました。リリース81.0 のエントリ数は 116,720,237,総塩基数は 112,394,932,676 です。 今リリースより,TPA はリリースに含めません。詳細は,DDBJ Release Note をご覧下さい。 FTP によるデータの取得は,FTP・WebAPI のページ より可能です。
次回以降のリリースにおける予定
- DDBJ リリース83.0は,システム開発のため公開日を3ヶ月延伸し,2010年12月に公開です。このため2010年は,リリース公開が3回になる予定です。
- Feature Table Definition(FT-Doc) は,2010年4月改訂予定です。
DDBJ では,2010年2月26日より 日本特許庁(JPO) および 韓国特許庁(KIPO) のアミノ酸配列データを Anonymous FTP にて公開いたしました。提供するアミノ酸配列データは,DDBJ より公開済の全アミノ酸配列データで,各特許庁データ毎のファイル構成となっています。更新頻度は,3ヶ月に1度を予定しています。核酸配列データはこれまでも DDBJ リリースとして(上記の他に 欧州特許庁 (EPO),米国特許商標庁(USPTO) も含む)公開しています。
詳細は,Anonymous FTP 上の特許データに関する README.TXT,ddbj_database の README.TXT をご参照下さい。
詳細は,Anonymous FTP 上の特許データに関する README.TXT,ddbj_database の README.TXT をご参照下さい。
DDBJ が登録を受付け,2010年1月から3月にかけて DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開した大量データは以下の通りです。
トマト (Solanum lycopersicum) GSS 93,682 エントリの新規公開
筑波大学 から登録されたトマト (Solanum lycopersicum) cultivar: Micro-Tom 由来の GSS データ 93,682 エントリが公開されました。
アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。
これらは3月3日分の新着データとして DDBJ より公開されております。
マウス (Mus musculus) MGA 84,606 エントリの新規公開
近畿大学 から登録されたマウス (Mus musculus) 由来 small RNA の MGA データ 84,606 エントリが公開されました。
アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。
関連ページ: MGA 配列データについて
これらは2月16日分の新着データとして DDBJ より公開されております。
ブタ (Sus scrofa) EST 82,326 エントリの新規公開
農業生物資源研究所 から登録されたブタ (Sus scrofa) の EST データ 82,326 エントリが公開されました。
アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。
これらは2月4日分の新着データとして DDBJ より公開されております。
トマト (Solanum lycopersicum) GSS 93,682 エントリの新規公開
筑波大学 から登録されたトマト (Solanum lycopersicum) cultivar: Micro-Tom 由来の GSS データ 93,682 エントリが公開されました。
アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。
- FT227487-FT321168 (Solanum_lycopersicum_GSS_100303_1.seq.gz) (93,682 entries)
これらは3月3日分の新着データとして DDBJ より公開されております。
マウス (Mus musculus) MGA 84,606 エントリの新規公開
近畿大学 から登録されたマウス (Mus musculus) 由来 small RNA の MGA データ 84,606 エントリが公開されました。
アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。
- ANAAA0000001-ANAAA0033164 (33,164 entries)
- ANAAB0000001-ANAAB0051442 (51,442 entries)
関連ページ: MGA 配列データについて
これらは2月16日分の新着データとして DDBJ より公開されております。
ブタ (Sus scrofa) EST 82,326 エントリの新規公開
農業生物資源研究所 から登録されたブタ (Sus scrofa) の EST データ 82,326 エントリが公開されました。
アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。
- FS639971-FS722296 (Sus_scrofa_EST_100204_1.seq.gz) (82,326 entries)
これらは2月4日分の新着データとして DDBJ より公開されております。
(写真は統合データベースプロジェクトより)
ARSA は,DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。
このうち,KEGG PATHWAY を2010年3月31日をもちまして検索対象から削除いたしました。
DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している相同性検索サービスのうち,[FASTA] [SSEARCH] [PSI-BLAST] [HMMPFAM] を2010年3月31日をもちまして終了いたしました。詳しくは,こちら をご参照下さい。
ユーザの皆様にはご不便をお掛けいたしますが,ご理解下さいますようお願いいたします。
国立遺伝学研究所の大型計算機(supernig)は,利用期間が一事業年度となっており,
継続して利用を希望される方には,年度毎に継続の手続きをお願いしております。
2010年4月以降もご利用を希望される方は,2010年5月31日までに「国立遺伝学研究所大型
計算機(supernig)利用申請(継続)」より継続の手続きを行なって下さい。
2010年1月以降に新規の利用申請をされた方も利用期間は2010年3月31日までです。
ご不明な点などがございましたら,お問い合わせ下さい。
DDBJ 計算機利用申請係: 

* 上記は該当者へ3月にメールにてご案内済みです。継続手続きがお済でない方は,必ずお忘れにならないように期限内にお済ませ下さい。 よろしくお願いいたします。
Q.SAKURA で塩基配列の登録を行う予定です。その際に注意するべき点などがあれば教えて下さい。
A.塩基配列の登録を行う方の為に,登録の概要,手順などについての説明を用意しておりますので,ご参照下さい。
A.塩基配列の登録を行う方の為に,登録の概要,手順などについての説明を用意しておりますので,ご参照下さい。
塩基配列の登録(登録について)
- このページには,
- 「塩基配列登録の前に」
- 「DDBJ に登録可能なデータ」
- 「登録データの取り扱い」
- 「データ登録に関する FAQ」
- 「登録の見本」
- などがあります。
SAKURA トップページ(塩基配列登録システム)- 左フレームに
- 「SAKURAの利用上の注意および制限」
- 「SAKURAにおけるデータ登録の流れ」
- 「連続登録法」
- などがあります。
SAKURA Q and A (皆さまから多く寄せられる質問とその回答)
DDBJing 講習会 資料(過去の『DDBJing 講習会』資料のダウンロード)
- このページには,
- などがあります。
SAKURAに関するお問い合わせは,
までご連絡下さい。 - などがあります。

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発行:日本 DNA データバンク (DDBJ)
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構
国立遺伝学研究所 生命情報・ DDBJ 研究センター
〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
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