DDBJメールマガジン No.66

No. 66 2011年11月30日発行

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「三島探訪」～箱根旧街道

「箱根旧街道」は，慶長9年(1604年) に江戸幕府が整備した，旧東海道の箱根八里と呼ばれる区間の箱根峠から三嶋大社までの道です。
直線的に作られた箱根旧街道は，非常に急な坂道で，また滑りやすい関東ローム層の赤土だったため，雨や雪などが降ると大変な悪路になり，旅人を苦しめたそうです。
そこで幕府は，往来の人々のために，延宝8年(1680年) に1400両あまり（現在の1億円以上）をかけて，箱根旧街道に約10km の石畳の道をつくりました。
現在もこの旧街道には，石畳や松並木が断続的に残り，多くの時間をかけてこの道を歩いてきた江戸時代の人々とすれ違うような錯角さえ感じる雰囲気です。

DDBJ メールマガジン第66号 web 版です。

「第25回 DDBJing 講習会 in 三島」開催のお知らせ

「第25回 DDBJing 講習会 in 三島」を開催します。

日　時： 2012年1月26日(木)
場　所： 国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ 研究センター 4F
対　象： DDBJ を利用される方をどなたでも歓迎します
参加費： 無料

【講義内容】
Next-Generation Sequencer(NGS) 由来のデータ解析（微生物を中心に）やデータ登録について，講義とPC を用いた実習を行います。
・NGS マルチプレックス法による黄色ブドウ球菌de novo アセンブリ
・MiGAP ～微生物ゲノム注釈ツール利用法
・DBCLS Galaxy：ツール群，日本語統合環境，etc.
・DDBJ Sequence Read Archive(DRA) の紹介
・Pipeline 基礎(de novo assembly)
・Pipeline 高次部(galaxy： contig annotation workflow)
・Pipeline 高次部(galaxy：系統樹解析)
・NGS 由来アセンブル配列の登録～大量登録システム(MSS)　　　　など

詳細・参加申込みは，こちらをご覧下さい。

第34回日本分子生物学会年会ブース出展・ポスター発表

第34回日本分子生物学会年会の，特別企画「使ってみようバイオデータベース～つながるデータ，広がる世界」にDDBJ ブースを出展します。
DDBJ の次世代シークエンサ対応をテーマに，発現定量データベース「DDBJ Omics Archive(DOR)」やプロジェクトのデータベース「Bio Project」等のデモ展示を行います。

日程：12月13日(火) ～ 12月16日(金)　9：00～17：00 (最終日は14：00まで)
会場：パシフィコ横浜　展示ホール　バイオデータベースコーナー

また，14日(水) にDDBJ の新しい塩基配列データ登録ツールについて「DDBJ created a new Web-based nucleotide sequence date submission tool, code name: D-easy (ポスター番号 2P-0115)」を発表します。

みなさま，どうぞお気軽にお立寄り下さい。

DDBJ 年末年始休業のお知らせ

DDBJ では，国際塩基配列データベースの構築業務を 2011年12月29日から 2012年1月3日まで休業いたします。
これにともない，SAKURA によるデータ受け付けは，下記の期間ご利用頂けません。エントリの新規および再公開も行なわれません。ただし，データ検索や ftp は休業期間でも利用可能です。

休業期間	2011年12月29日(木) ～ 2012年1月3日(火)
SAKURA 停止	2011年12月27日(火) 17時～ 2012年1月4日(水) 10時
新規・再公開停止	2011年12月27日(火) ～ 2012年1月4日(水)

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

2011年11月29日

(12/6) 国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークの一時不通

メンテナンスのため，下記期日におきまして，国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークが一時不通になります。

作業日時：2011年12月6日(火) 18:30 ～ 19:30 (この時間帯において15分の通信断が1回発生)
作業内容：学術情報ネットワークのメンテナンス

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

“SAKURA de Ｑ” 第１０回（ユーザから寄せられる SAKURA に関する Q and A です）

Q．「連続したアクセッション番号の発行」を希望し，登録予定件数を指定して登録作業を始めたのですが，登録予定件数よりも少ない件数で連番登録を完了することはできますか？

A．できます。
例えば『登録予定件数5件で登録作業を始めたが4件で終了したい』場合は，4件目の登録作業時に全ての情報を入力し「内容の確認ページ」で[Submit OK] ボタンをクリックしてから、次のページで [Finish] ボタンをクリックして下さい。（下図）
登録予定件数に満たない場合でも登録予定件数が解除され登録完了となります。

もし，4件目で終了したいのに上図のページで [Continue] ボタンをクリックしてしまった場合は，「お問い合わせ」のメニューから「SAKURA」を選択し，入力フォームに必要事項を記入して送信して下さい。
こちらで4件目のエントリを再登録可能な状態に戻しますので，再度上記の作業を行って登録作業を終了させて下さい。（DDBJ では，データの安全と取り扱いの信頼性のため，研究者ご自身に登録作業を行って頂くようお願いしております。）

SAKURA 登録に関する Q and A はこちらをご覧下さい。

この DDBJ メールマガジンは国立遺伝学研究所内の方と，配信を希望される方に送らせて頂きます。
配信申込・中止・変更の方は，「申込・変更」ページをご利用下さい。

発行：日本 DNA データバンク（DDBJ）: 大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構; 国立遺伝学研究所　 DDBJ 研究センター; 〒411-8540　静岡県三島市谷田1111