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発行：DDBJ四ツ溝柿
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写真は，近所の庭先に鈴なりになった四ツ溝柿です。今年は，全国的に柿が豊作だったようです。
四ツ溝柿は，主に静岡県東部地区で栽培されている渋柿です。四角張った形で，その名の通り四方に溝があるのが特徴です。市場に出る数は少ない柿ですが，渋抜きした四ツ溝柿は，独特の甘みがあり，果肉が柔らかく，根強いファンが多い柿です。
また，この時期，お酒を飲む機会が増えますが，「二日酔いには柿」と言われるほど，柿には高い効能があります。アルコールデヒドロゲナーゼというアルコールを分解する酵素が含有し，豊富なビタミンＣとタンニンが血液中のアルコール分を外へ排出してくれます。
忘年会，新年会の後は，柿を食べて，さわやかな朝を迎えましょう。
DDBJ メールマガジン第67号 web 版です。
- DDBJ では，国際塩基配列データベースの構築業務を 2011年12月29日から 2012年1月3日まで休業いたします。
これにともない，SAKURA によるデータ受け付けは，下記の期間ご利用頂けません。エントリの新規および再公開も行なわれません。 ただし，データ検索や ftp は休業期間でも利用可能です。
ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。休業期間 2011年12月29日(木) ～ 2012年1月3日(火) SAKURA 停止 2011年12月27日(火) 17時 ～ 2012年1月4日(水) 10時 新規・再公開停止 2011年12月27日(火) ～ 2012年1月4日(水)
2011年11月29日
- 2012年3月に予定されている新スーパーコンピュータシステムの移行（リプレース）に関連した一部作業のため，
以下の日程で DDBJ の全ネットワークサービスを停止いたします。
詳細は以下の通りです。
| サービス名 | 停止期間 |
| SAKURA | 2012年1月12日（木）17：00 ～ 1月18日（水）10：00 |
| DDBJ HP | 2012年1月13日（金）15：00 ～ 1月16日（月）14：00 |
| その他 | 2012年1月13日（金）15：00 ～ 1月16日（月）16：00 |
- 皆様には大変ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
- 全てのサービスが再開しました。ご協力ありがとうございました。（1月18日10時 JST）
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Nucleic Acids Research では，毎年データベース特集号が発行されています。Database issue, Vol. 40 にDDBJ の活動に関連する下記の論文が発表されましたのでお知らせします。
"The International Nucleotide Sequence Database Collaboration"
Ilene Karsch-Mizrachi, Yasukazu Nakamura, and Guy Cochrane on behalf of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration
Nucl. Acids Res. 2012 40: D33-D37; doi:10.1093/nar/gkr1006.
"The DNA Data Bank of Japan launches a new resource, the DDBJ Omics Archive of functional genomics experiments"
Yuichi Kodama, Jun Mashima, Eli Kaminuma, Takashi Gojobori, Osamu Ogasawara, Toshihisa Takagi, Kousaku Okubo, and Yasukazu Nakamura
Nucl. Acids Res. 2012 40: D38-D42; doi:10.1093/nar/gkr994.
"The sequence read archive: explosive growth of sequencing data"
Yuichi Kodama, Martin Shumway, and Rasko Leinonen on behalf of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration
Nucl. Acids Res. 2012 40: D54-D56; doi:10.1093/nar/gkr854.
- Feature Table Definition (FT-Doc) は， DDBJ/EMBL-Bank/GenBank 国際塩基配列データベース構築のために，DDBJ, EMBL-Bank, GenBank が三者間で定めた共通のアノテーション規範です。2011年12月に Feature Table Definition が改訂されました。 Version は，10.0 です。
- 東京大学から登録された ヒト (Homo sapiens) 由来の 5'SAGE tag の MGA データが公開されました。
アクセッション番号は以下の通りです。
・AEAAA0000001-AEAAA0026367 (26,367 entries) ・AEAAB0000001-AEAAB0012114 (12,114 entries) ・AEAAC0000001-AEAAC0021096 (21,096 entries) ・AEAAD0000001-AEAAD0024262 (24,262 entries) ・AEAAE0000001-AEAAE0023437 (23,437 entries) ・AEAAF0000001-AEAAF0030485 (30,485 entries) ・AEAAG0000001-AEAAG0021798 (21,798 entries) ・AEAAH0000001-AEAAH0040734 (40,734 entries) ・AEAAI0000001-AEAAI0029614 (29,614 entries) ・AEAAJ0000001-AEAAJ0030206 (30,206 entries)
Anonymous FTP 一括取得： AE_resource_index
関連ページ： MGA 配列データについて
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Q．ClustalW の解析結果で，"query.ph" や"query.phb" の値が 0 になっています。なぜですか。
A． 考えられる原因として，"query" にしている配列の長さが極端に違う場合や"query" 配列間で重なりが
ない場合，"query.ph"，"query.phb" の値がすべて 0 のファイルが作成されます。
（数値がすべて 0 ということは，意味を持たないファイルが作成されたことになります。）
このような場合，"query" 数を減らしたり，重ならない配列を除くなどして，再度実行して下さい。
この DDBJ Web Magazine は国立遺伝学研究所内の方と，配信を希望される方に送らせて頂きます。
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発行：日本 DNA データバンク（DDBJ）
大学共同機関法人 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 DDBJ センター
〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
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