DDBJメールマガジン No.68


No. 68   2012年2月3日発行
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「伊豆探訪」~韮山反射炉
写真は,江川坦庵像と1853年に造られた韮山反射炉です。
江川坦庵は,江戸時代後期の伊豆韮山代官です。「世直し江川大明神」と言われるほど領民思いの名代官でした。
また,江戸海防の必要性を早くから唱え,幕府の命を受け,江戸内湾に砲台場(現在のお台場)の築造と,そこへ備え付ける大砲を造るために韮山反射炉の建設を行った人物です。
反射炉とは,金属を溶かし優良な鉄を生産するための炉で,溶解室の天井に熱を反射集中させ,高温を保つ構造になっています。韮山反射炉では,数多くの西洋式大砲や砲弾が鋳造され,江戸内湾に配備されました。
韮山反射炉は,実際に稼働した反射炉として,世界で唯一当時の姿をとどめています。日本の近代化に大きく貢献した産業遺産群の一つとして,平成27年度の世界遺産登録を目指しています。


DDBJ メールマガジン第68号 web 版です。

(重要)スーパーコンピュータシステムの移行に伴うサービスの中断・変更など
 
日頃より DDBJ をご利用頂きましてありがとうございます。

国立遺伝学研究所では,2012年3月にスーパーコンピュータシステムの新システムへの更新(リプレース)を予定しています。新システムへの移行により,DDBJ では,データ登録受付件数の増加への対応,検索・解析サービスの高速化,新サービスの提供を実現いたします。

新システムへの移行に伴い,2012年2月15日15時より,国立遺伝学研究所ならびにDDBJ の一部の現行サービスを一時中断(一部サービスについては終了)いたします。再開日程につきましては決まり次第,当ホームページにてお知らせいたします。
一時中断するサービス・業務
 検索・解析
BLAST・ClustalW
TXSearch
Vector Screening System
DDBJ Read Annotation Pipeline
Web API
GIB・GIB-V
GTOP
PMD
 塩基データ登録受付
massFTP を利用した大量データ登録
 Anonymous FTP
 
新サービスに移行(2/15 切り替え予定)
getentry
ARSA
(新サービスの詳細は,別途 DDBJ HP にてお知らせいたします)
 
サービス終了(終了日:2012年2月24日)
 国立遺伝学研究所 大型計算機(supernig)
 
中断しないで続行するサービス・業務
 DDBJ HP
HP の閲覧
HP の更新
 塩基データ登録受付・公開・更新業務
SAKURA での受付
大量データ登録での受付(massFTP を利用しない場合)
アクセッション番号発行
データ公開・更新業務 など
 DRA, DTA, Bioproject 受付・更新・公開業務, データ検索
 CIBEX 受付・更新・公開業務, データ検索
 検索・解析
GTPS
 
 
ユーザの皆さまには多大なご迷惑とご不便をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
DDBJ リリース 88.0,DAD リリース 58.0 完成
DDBJ リリース 88.0
※ DDBJ は2012年3月に予定されている新コンピュータシステムの移行(リプレース)に伴い,DDBJ リリース 89 の公開を3月から6月に延期いたします。


DAD リリース 58.0
※ DDBJ は2012年3月に予定されている新コンピュータシステムの移行(リプレース)に伴い,DAD リリース 59 の公開を3月から6月に延期いたします。
「第25回 DDBJing 講習会 in 三島」 資料ダウンロード
DDBJ では全国各地で「DDBJing 講習会」を開催しています。 DDBJing 講習会は,塩基配列の登録方法やDDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により深く理解して利用して頂く助けになることを目指しています。

1月26日, 国立遺伝学研究所にて「第25回 DDBJing 講習会 in 三島」を開催しました。 今回の講習会では,Next-Generation Sequencer(NGS) 由来のデータ解析(微生物を中心に)やデータ登録について中心に講義と実習を行ないました。

講習会で使用した資料は ダウンロードページ から取得できますので,どうぞご利用下さい。 また,今回の講義を Ustream よりご覧頂けます。

次回の開催はまだ未定ですが,開催に関するお知らせはこのメールマガジンとホームページ上でご案内いたします。また,開催のご要望がありましたら検討いたしますので,お問い合わせ の「講習会」よりご連絡願います。
大量データの公開
DDBJ が登録を受付け,2012年1月に DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開した大量データは以下の通りです。(getentry から検索可能です)
かずさ DNA 研究所 から登録されたユーカリ (Eucalyptus camaldulensis) の EST データが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。
  • FY782538 - FY841121 ( 58,584 entries )

かずさDNA研究所から登録されたユーカリ (Eucalyptus camaldulensis) のゲノム配列データが公開されました。

  参考: Eucalyptus camaldulensis Genome Database

アクセッション番号は以下の通りです。
  • CON : DF097775 - DF126446 ( 28,672 entries)
  • WGS : BADO01000001 - BADO01274001 (BADO.gz) ( 274,001 entries)
  • raw data : DRA000466, DRA000467

農業生物資源研究所から登録されたブタ (Sus scrofa) 由来の full length enriched cDNA 配列 (HTC) データが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。
  • AK389169 - AK401026 ( 11,858 entries)
この DDBJ Web Magazine は国立遺伝学研究所内の方と,配信を希望される方に送らせて頂きます。
配信申込・中止・変更の方は,「申込・変更」ページをご利用下さい。
発行:日本 DNA データバンク(DDBJ)
大学共同機関法人 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 DDBJ センター
〒411-8540  静岡県三島市谷田1111

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