DDBJメールマガジン No.69

No. 69 2012年2月29日発行

申込・変更

最新号

過去の号

発行：DDBJ

前号へ

次号へ

2012年国立遺伝学研究所一般公開

国立遺伝学研究所では，年に一度桜の季節にあわせ構内の一般公開を行っております。研究所で行われている研究について知っていただきたく，日頃の研究成果を展示や講演会で公開いたします。同時に，構内に咲く多くの種類の桜も楽しんで頂いています。
今年の一般公開は，4月7日(土) です。構内の桜は，まだ蕾ですが，沢山の芽が日増しに膨らんでいます。一般公開の時に，ちょうど見ごろになってくれることを願っています。
当日は，三島駅から無料シャトルバスが運行されます。皆様のお越しをお待ちしております。詳細は，こちらをご覧下さい。

DDBJ メールマガジン第69号 web 版です。

DDBJ サービスの中断・変更について（2/15 現在の状況）

日頃より DDBJ をご利用頂きましてありがとうございます。

国立遺伝学研究所では，2012年3月にスーパーコンピュータシステムの新システムへの更新（リプレース）を予定しています。新システムへの移行により，DDBJ では，データ登録受付件数の増加への対応，検索・解析サービスの高速化，新サービスの提供を実現いたします。

（参考）（重要）スーパーコンピュータシステムの移行に伴うサービスの中断・変更など (2012.02.03)

新システムへの移行に伴い，2012年2月15日15時より，国立遺伝学研究所ならびにDDBJ の一部の現行サービスを一時中断（一部サービスについては終了）しております。

休止中のサービス・業務（再開日程は決まり次第，当ホームページに掲載）

検索・解析

BLAST・ClustalW

（3月中旬　新スパコン稼働開始後に再開予定です。お急ぎの場合は，
NCBI BLAST, EBI-ClustalW，Genomenet-ClustalW（京都大学）をご利用ください）

DDBJ Read Annotation Pipeline

Web API

GIB・GIB-V

GTOP

PMD

塩基データ登録受付

massFTP を利用した大量データ登録

（データは，メールの添付またはメディアにてお送りください）

中断しないで続行するサービス・業務

DDBJ HP

HP の閲覧

HP の更新

塩基データ登録受付・公開・更新業務

SAKURA での受付

大量データ登録での受付（massFTP を利用しない場合）

アクセッション番号発行

データ公開・更新業務など

DRA, DTA, Bioproject 受付・更新・公開業務, データ検索

CIBEX 受付・更新・公開業務, データ検索

検索・解析

GTPS

anonymous FTP によるデータ取得

新サービスに移行済み

エントリ検索・キーワード検索

getentry

ARSA

2月24日にサービス終了し，新スパコン利用サービスとして再開予定

国立遺伝学研究所　大型計算機(supernig)

新スパコンの一般利用は 4月上旬より開始予定です。ユーザの募集はDDBJホームページにて3月上旬頃にお知らせいたします

DDBJ の新しいキーワード・エントリ検索システムについて

キーワード・エントリ検索システムの統合

DDBJではこれまで

1. データベースのIDから，該当するデータを取得する : getentry
2. データのキーワード検索 : ARSA

という２つのサービスを別々の web application として提供していましたが，2012年3月実施の国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム更新に伴い，2012年2月15日より，これら２つの機能は単一のweb applicationとして統合し，新 ARSA として提供いたします。

一方，従来の getentry, ARSA の個々の機能は， webAPI としても提供します。 web application は，内部でこれら webAPI にクエリーを渡し，webAPI が返した結果を web application が受け取って表示する形になります。

ユーザーはこれら webAPI を直接利用することも可能で，これまでの getentry web application に近い機能は，この webAPI を利用したほうが便利と思われます。

新 getentry についてと新 ARSA について

新getentry の詳細について

新ARSA （2/15 より切り替わります）

DDBJ エントリへのリンク設定方法の変更

これまで，getentry を利用して，DDBJ の個々のエントリに対してリンクを設定することが可能でしたが新 getentry への移行に伴い，この方法も変更になります。従来の方法を利用されている方は，設定変更をお願いいたします。

新 getentry でのリンクの設定は，(1)　または (2) のいずれかの方法で可能です。

(1) 通常のGET method

http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=データベース名&accession_number=アクセッション番号&追加のパラメーター（任意)

(2) smart URL

http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/データベース名/アクセッション番号

http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/データベース名/アクセッション番号/?追加のパラメーター(任意)

この DDBJ メールマガジンは国立遺伝学研究所内の方と，配信を希望される方に送らせて頂きます。
配信申込・中止・変更の方は，「申込・変更」ページをご利用下さい。

発行：日本 DNA データバンク（DDBJ）: 大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構; 国立遺伝学研究所　 DDBJ 研究センター; 〒411-8540　静岡県三島市谷田1111