DDBJメールマガジン No.70


No. 70   2012年4月24日発行
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「ツクシ」
「ツクシ」は，春の植物として知られていますが，正確には胞子を出す部分のことを言います。スギナ（学名：Equisetum arvense）と言う植物の一部分で，早春に芽を出す胞子茎（または胞子穂）で，胞子を放出する役目をはたします。ツクシは，胞子を放出した後は枯れ，その後ツクシの付け根あたりから緑色のスギナが成長します。
「ツクシ」の名前の由来は，スギナにくっついて出てくる事から「付く子」となった説などあるそうです。
ツクシも春の風物詩ですが，この時期は，桜やタケノコ，ホタルイカなど日本各地の春の便りが続き，心がほころびます。


DDBJ メールマガジン第70号 web 版です。
DDBJ サービスの状況について（4/20時点での新システムへの移行後の状況 ）
日頃より DDBJ をご利用頂きましてありがとうございます。

国立遺伝学研究所では，2012年3月にスーパーコンピュータシステムの新システムへの更新（リプレース）を実施いたしました。更新作業に伴い、一部のサービスにつきましては、2012年2月15日より一時中断（一部サービスについては終了）し，ユーザの皆さまには多大なご迷惑とご不便をおかけしていましたが、2012年4月20日までに、多くのサービスが再開または新サービスへの移行が完了いたしました。 今後も　DDBJ のサービスをどうぞご利用ください。

公開中のサービス
 DDBJ HP
HP の閲覧・更新
 塩基データ登録受付・公開・更新業務
大量データ登録での受付（massFTP を利用しない場合）
アクセッション番号発行
データ公開・更新業務 など
 DRA, DTA, Bioproject 受付・更新・公開業務, データ検索
 エントリ検索・キーワード検索
 相同性検索と系統解析
 その他の検索・解析
 国立遺伝学研究所　スーパーコンピュータシステム
 
休止中のサービス・業務（再開日程は決まり次第，当ホームページに掲載）
 検索・解析
DDBJ Read Annotation Pipeline
Web API
GIB・GIB-V
 塩基データ登録受付
massFTP を利用した大量データ登録
（大量登録は受け付けています。データは，メールの添付またはメディアにてお送りください）
 CIBEX 受付・更新・公開業務, データ検索
 
 
（参考）
 
Q and A 内検索機能を追加
『Q and A』 に検索機能を追加しました。
AND 検索の場合は，キーワードとキーワードの間に”スペース” を入れて検索が可能です。ご利用下さい。


(4/23-26) DRA, BioProject 関連システムの一部停止
DDBJ Sequence Read Archive (DRA) は Roche 454 GS System®，Illumina Genome Analyzer®，Applied Biosystems SOLiD® System などの次世代シークエンサからの出力データのためのデータベースです。 BioProject は研究プロジェクトとプロジェクトに由来するデータをまとめるためのデータベースです。 停止サービスは以下の通りです。

  • 停止期間： 2012年4月23日（月）17時30分～4月26日（木）13時　
    （作業が終了次第 サービスを再開し，HP にてお知らせいたします）
  • 停止サービス：
    ・D-way システム
    ・DRA, BioProject の登録受付
    ・DDBJ anonymous FTP の dra ディレクトリ（fastq を除く）
  • 停止理由：ディスクストレージ移設作業の為
  • 利用可能サービス：
    ・fastq ダウンロード（DDBJ anonymous FTP）
    ・DRASearch
    ・BPSearch
ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（4月26日（木）12時10分）
大量データの公開
DDBJ が登録を受付け，2012年3-4月に DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開した大量データは以下の通りです。（getentry から検索可能です）
理化学研究所から登録されたミツバチ (Apis mellifera carnica) 由来の EST データが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。

・HX282115 - HX327225 ( 45,111 entries) 5'-EST
・HX327226 - HX373155 ( 45,930 entries) 3'-EST
                total： 91,041 entries
横浜市立大学から登録されたコムギ (Triticum aestivum) 由来の EST データが公開されました。　

アクセッション番号は以下の通りです。

・HX000001 - HX201765 ( 201,765 entries)
・HX247045 - HX257200 (  10,156 entries)
                total： 211,921 entries

この DDBJ メールマガジンは国立遺伝学研究所内の方と，配信を希望される方に送らせて頂きます。
配信申込・中止・変更の方は，「申込・変更」ページをご利用下さい。

発行：日本 DNA データバンク（DDBJ）
大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構
国立遺伝学研究所　 DDBJ 研究センター
〒411-8540　 静岡県三島市谷田1111

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