DDBJ Web Magazine No.71
「ソラマメ」
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ソラマメ (学名 Vicia faba) は，マメ科ソラマメ属の一年草です。初夏の一時期にしか出回らない，旬を感じさせる植物です。ソラマメは，古代エジプトやローマで主食とされていた世界最古の農作物の一つです。日本へは平安時代ごろ伝わったとされています。
和名の由来は，さやが空に向かって実るために「空豆」，またさやの形が蚕に似ていることから「蚕豆」という漢字でも書かれます。
ソラマメは，「美味しいのは３日」と言われるほど鮮度が大切です。塩ゆでしたソラマメをつまみにして，ビールが一段と美味しく感じられる気温になってきました。
DDBJ Web Magazine No.71 です。
※No.71 より「DDBJ メールマガジン」から「DDBJ Web Magazine」へ名称を変更しました。
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Boyce Thompson Institute for Plant Research から登録されたトマト (Solanum lycopersicum) の全ゲノムデータが公開されました。
国際コンソーシアム「トマトゲノムコンソーシアム」の一員として，かずさ DNA 研究所は，主要な役割を果たしました。 - 参考：
Boyce Thompson Institute for Plant Research (News)
Tomato genome becomes fully sequenced – paving the way for healthier fruits and vegetables
かずさ DNA 研究所 （プレスリリース）
トマトの全ゲノム解読に世界で初めて成功 - アクセッション番号は以下の通りです。 （getentry または DRASearch から検索可能です）
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MiGap (Microbial Genome Annotation Pipeline) は，微生物ゲノム配列に自動的にアノテーションを付加するパイプラインツールです。
2012年5月1日より DDBJ での利用が可能になりました。
http://migap.ddbj.nig.ac.jp
MiGap の利用を希望される場合には， スーパーコンピュータシステムの利用申込 ページの 「Webサービスの利用申込: 新規申込」 よりアカウントを取得してください（既にスパコンアカウントを取得済みの方は，同じアカウントで利用できますので新たに取得の必要はありません）。
利用方法の参考：
MiGAP～微生物ゲノム注釈ツール利用法（「第25回DDBJing 講習会 in 三島」 講義資料）
注）ご利用は，現在は新規解析のみ可能です。2012年2月中旬までの解析結果の参照につきましては準備中です。
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DDBJ Sequence Read Archive と BioProject の動画マニュアルを公開しました。
DDBJ Sequence Read Archive- データの登録１ ～必要なデータ～
- データの登録２ ～データの登録～
- データの登録３ ～データの転送～ Windows Mac
- データの登録４ ～鍵ペアの作成～ Windows Mac
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DDBJ が登録を受付け，2012年5月に DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開した大量データは以下の通りです。（getentry から検索可能です）
産業技術総合研究所から登録された ナミアゲハ ( Papilio xuthus ) と シロオビアゲハ ( Papilio polytes) 由来の EST データが公開されました。
アクセッション番号は以下の通りです。
Papilio xuthus
・FY174038-FY192407 ( 18,370 entries) 5'-EST
・FY192408-FY210626 ( 18,219 entries) 3'-EST
total: 36,589 entries
Papilio polytes
・FY302525-FY312114 ( 9,590 entries) 5'-EST
・FY312115-FY319715 ( 7,601 entries) 3'-EST
・FY319716-FY339489 ( 19,774 entries) 5'-EST
・FY339490-FY358875 ( 19,386 entries) 3'-EST
total: 56,351 entries
理化学研究所から登録されたヒト (Homo sapiens) 由来の EST データが公開されました。
アクセッション番号は以下の通りです。
・HY000001 - HY183282 ( 183,282 entries) 5'-EST
・HY183283 - HY377477 ( 194,195 entries) 3'-EST
total： 377,477 entries
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Q．BLAST の検索結果は，一度ブラウザを閉じたあとでも見ることができますか?
A．検索結果は Request ID を入れた，下記の URL で表示できます。
http://blast.ddbj.nig.ac.jp/blast/r/Request ID
Request ID は，入力内容送信後の画面に表示されますので，必ず控えて下さい。
入力内容送信後画面
検索結果画面
検索結果閲覧期間は，実行後７日間です。
この DDBJ メールマガジンは国立遺伝学研究所内の方と，配信を希望される方に送らせて頂きます。
配信申込・中止・変更の方は，「申込・変更」ページをご利用下さい。
- 発行：日本 DNA データバンク（DDBJ）
- 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構
- 国立遺伝学研究所 DDBJ 研究センター
- 〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
Last modified : 2013.8.28.
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