DDBJ Web Magazine No.73

No.73 2012年8月8日 DDBJ 発行

西瓜

夏本番の到来です。今年は例年になく，厳しい暑さが続いています。あまりの厳しさに，心も体も少々バテ気味。
そんな中，DDBJ 園芸部が手塩にかけて育てている西瓜が大きく成長してきました。日々膨らんでいく西瓜を眺め，いつ頃熟れるのかな，などと思いを巡らしつつ仕事に励む毎日。西瓜の収穫が待ち遠しいです。
DDBJ は今年3月に新スパコンの稼働を始めました。移行作業では利用者の皆様にご迷惑をおかけした部分もあったかとアノテータのひとりとして反省の毎日です。なればこそ，暑く厳しい夏の中で豊かに実る西瓜に負けずにDDBJ も大きな実をつけねば，と今日もPC と格闘しています。
皆様も，夏バテにはご注意ください。そしてDDBJ をどんどん利用して頂ければ嬉しく思います。(アノテータ m.ejima)

DDBJ Web Magazine No.73 です。

冨田勝教授の個人ゲノム配列が公開

冨田勝教授 (慶應義塾大学先端生命科学研究所) の個人ゲノム配列が DRA000583 として公開されました。データは DRASearch からダウンロードできます。

DDBJ Read Annotation Pipeline サービス再開

新システムへの移行に伴い停止しておりました，DDBJ Read Annotation Pipeline のサービスを7月12日(木) より再開しました。

新しい特徴：
  1) Velvet revival
  2) A new tool (Trinity:RNA-seq denovo)
  3) Mate-paired reads available
  4) DRA import with everyday latest update

Pipeline’s system was moved to NIG supercomputer, which was newly released at March 2012. In the new NIG supercomputer, DDBJ Pipeline utilizes 10TB/2TB memory computers for denovo assembly analysis.

詳細は，PIPELINE HELP をご参照下さい。

(8/13-14)DDBJ 夏季休業のお知らせ

DDBJ では，国際塩基配列データベースの構築業務を 2012年8月13日(月) から 2012年8月14日(火) まで休業いたします。この期間の問い合わせ等につきましては，休業明けに順次対応させて頂きます。ただし，すべてのWWW サービスは利用可能です。

休業期間：2012年8月13日(月) ～ 2012年8月14日(火)

ご迷惑をお掛けしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

2012年7月31日

大量データの公開

DDBJ が登録を受付け，2012年7-8月に DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開した大量データは以下の通りです。

徳島文理大学から登録されたヨーロッパモノアラガイ (Lymnaea stagnalis) 由来の TSA データが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。（getentry または DRASearch から検索可能です）

TSA ： FX180119 - FX296473
raw data ： DRR002012

“困った de Q” 第9回（ユーザから寄せられる Q and A です）

Q．BLAST や ClustalW の検索結果中のアクセッション番号にリンクがないのですが，簡単に内容を見る方法はありますか?

A．以下の方法で，結果画面に表示されたアクセッション番号を getentry　または UniProt で検索・表示させることができます。

1) 下記の link を右クリックしてお気に入りやブックマークに登録しておく。

2) 該当アクセッション番号のテキストを選択して，ブックマークを呼び出す。

DDBJ では，2012年3月のスーパーコンピュータのリプレースに伴い，BLAST，ClustalW も新サービスとして提供を開始しておりますが，一部作業が間に合わず皆様にご迷惑をおかけしております。検索結果中のリンクについては，当面の代替機能として上記方法をご利用ください。

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