DDBJ Web Magazine No.75


No.75   2012年10月5日 DDBJ 発行

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「伊豆探訪」～下田
伊豆半島の南端に位置する下田は，函館とともに日本最初の開港地として歴史の教科書に登場する町です。
1854年日米和親条約締結により，下田港は開港となり，日本の長い鎖国制度が終わりました。
開港となった下田港に，ペリー艦隊が次々と入港しました。下田港が外洋と接近していて船の出入りに便利なことにペリー提督は満足したそうです。その上陸記念の地として，下田公園下の海岸にペリー上陸の碑が建てられています。
下田は，条約締結の際にペリーが行進したペリーロードなどの開港にまつわる史跡も数多く，また，なまこ壁の建物や入り組んだ路地など港町の風情が残され，金目鯛をはじめ海の幸も堪能でき，小旅行にお勧めの地です。


DDBJ Web Magazine No.75 です。
DDBJ リリース 90.0，DAD リリース 60.0 完成
DDBJ リリース 90.0

DAD リリース 60.0
  • 公開日：2012年9月28日
  • エントリ数：24,480,625    総アミノ酸残基数：7,093,168,589aa
  • DAD Release Note
新 塩基配列登録システムを公開
DDBJ では，「Web 版DDBJ 塩基配列登録システム beta」を2012年10月3日に公開しました。

これまでのSAKURA と比較して，アノテーション入力インターフェースを大幅に刷新しました。また，エラーチェック機能についても見直しを行い，大量登録システム(MSS) で使用している"jParser" の機能を持たせました。

ご利用の前に，ヘルプファイル(PDF版) をご一読ください。 また，各ページの右上にある [HELP] をご参照ください。

なお，SAKURA でのデータ登録受付は，2012年10月31日(水) 17:00 で終了となります。（9月末までとお知らせしていましたが，変更になりました。）下記の注意事項をご確認ください。
SAKURA 終了に関する注意事項
  • SAKURA での登録途中の保存エントリ，テンプレート（複数エントリ間での共通した情報を保存する方法）のデータは，新登録システムへは引き継がれませんので，ご了承ください。
  • SAKURA に登録途中のエントリがあり登録を予定している場合は，10月31日までに一連の登録作業を完了してください。
第25回国際実務者会議 報告
DDBJ, EBI, NCBI で構成される International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) は、その共同事業の運営・推進を図るために、国際実務者会議を年１回開催しています。
2012年は 6月11日-13日に NCBI で開催され、DDBJ、EMBL-Bank、GenBank、Sequence Read Archive (SRA)、Trace Archive を運営する上での実務的な問題を討論しました。
会議の報告は こちら をご覧ください。
NIG スーパーコンピュータシステム ホームページ新設のお知らせ
スーパーコンピュータシステムの利便性向上，サイトとしての情報発信能力向上の為，2012年10月1日より， 国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステムのWeb コンテンツについては，DDBJ ホームページ から 独立，新Web サイト (http://sc.ddbj.nig.ac.jp) を設置することとなりました。

2012月10月1日以降のスーパーコンピュータシステム利用に関する新規のお知らせについては 新サイト に掲載させて頂きます。

DDBJ ホームページに含まれるスーパーコンピュータシステム利用に関するページについては，一部のコンテンツに新サイトと重複する部分がありますが，2012年内中はそのまま維持致します。但し，10月1日以降，新規の情報追加については新サイト側にのみ行ってまいりますので，最新情報については新サイトの情報をご参照ください。
従来のコンテンツの主要ページへのリンク これに対応する新サイトのメニュー
スーパーコンピュータシステム利用 メニュー「システム情報」
スーパーコンピュータシステムの利用申込 メニュー「各種申請」以下の各種申請メニュー
スパコンマニュアル メニュー「システム情報」以下の「システム利用方法」など
尚，10月1日現在，新サイトにおいてスーパーコンピュータシステムに関するシステム利用申請窓口関連については，従来ページにリンクされております。2012年内中は移行期間とし，DDBJ ホームページ内の申請窓口ページを指すようにし，来年以降は新サイト上に完全移行する予定です。切り替え時には，別途新サイト上のお知らせページにてご報告致します。
日本特許庁(JPO)データのCOMMENT行修正
日本特許庁(JPO)の塩基配列データ、アミノ酸配列データのCOMMENT行に、下記の行が追加されました。

[追加行]
　PA: 出願人
　PT: 発明タイトル
　PS: 出願人指定の配列番号

JPOの全データのCOMMENT行で修正が行われ、塩基配列データはDDBJリリース90、アミノ酸配列データはアミノ酸蓄積ファイルにて公開されました。

[COMMENT行の例]
COMMENT    OS   human
           PN   JP 2010599999-A/100
           PD   29-SEP-2010
           PF   20-NOV-2006 JP 2008583186
           PR   15-MAR-2003 US 60/525115
           PA   DNA Data Bank of Japan
           PI   hanako mishima,taro iden
           PT   "Genetic Markers Expressed In Tumors"
           PS   N55
           CC   genetic maker for genetic diagnosis
           FH   Key Location/Qualifiers
           FT   misc_feature    1..88
           FT   /note="genetic maker"
[DDBJ FTPサイト]
修正データは以下のサイトから取得可能です。

塩基配列データ：
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/

アミノ酸配列データ：
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/patent/
ClustalW にDDBJ 拡張版を追加
ClustalW は，DNA 配列やタンパク質配列の多重整列のためのツールです。
通常版（Version 2.1）に加え，DDBJ 拡張版(Version 1.83, Modified by Dr. Kirill Kryukov) を追加しました。

Version で "1.83" を選択頂くと，系統樹作成・BOOTSTRAP の詳細なオプション指定が可能になります。
詳しくは，ClustalW ヘルプの DDBJ 拡張版(Version 1.83, Modified by Dr. Kirill Kryukov) のオプション をご参照ください。
シーラカンス (Latimeria chalumnae) ゲノム配列データ公開
東京工業大学から登録された シーラカンス (Latimeria chalumnae) 由来のゲノム配列データが公開されました。

（getentry または DRASearch から検索可能です）

アクセッション番号は以下の通りです。

  • scaffold CON: DF158906-DF196766 (37,861 entries)
  • WGS: BAHO01000001-BAHO01475424 (BAHO.gz) (475,424 entries)
  • raw data: DRA000580 (DRR002180-DRR002183), DRA000594 (DRR002285-DRR002287)
この DDBJ Web Magazine は国立遺伝学研究所内の方と，配信を希望される方に送らせて頂きます。
配信申込・中止・変更の方は，「申込・変更」ページをご利用下さい。
発行：日本 DNA データバンク（DDBJ）
大学共同機関法人　情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所　DDBJ センター
〒411-8540　 静岡県三島市谷田1111

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