DDBJ Web Magazine No.76


No.76   2012年11月7日 DDBJ 発行

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銀杏
各地でイチョウが色づく季節を迎えています。
遺伝学研究所の正面玄関横にもイチョウの木があり、黄色くなり始めています。そして、大きな銀杏が沢山実っています。
イチョウは、生きた化石と言われる古代植物のひとつで、生命力が大変強い木で、その実の銀杏も非常に栄養価が高いのです。
銀杏の効能は、滋養強壮、強精効果のほか利尿作用や喘息などにも効果があると言われています。
しかし、食べ過ぎるとメチルビリドキシンと言う成分が原因で中毒症状をおこし、吐き気や痙攣が起こる場合もあるので注意が必要です。一日に、子供は5粒、大人は10粒くらいが良いそうです。
適度な量で秋の味覚銀杏でスタミナをつけて、寒い冬に備えましょう。


DDBJ Web Magazine No.76 です。



(11/9-14) 国立遺伝学研究所の停電による公開サービスの停止
国立遺伝学研究所の停電、及びNIG SuperComputer の定期メンテナンスにともない、以下の日程で DDBJ の全ネットワークサービスを停止いたします。 サービスによって停止期間が異なりますのでご注意ください。　詳細は以下の通りです。

サービス名 停止期間
getentry, ARSA 11月9日(金) 15:00～11月12日(月) 12:00
DDBJ 塩基配列登録システム 11月9日(金) 15:00～11月13日(火) 24:00
D-way, DRA, DTA, BioProject 11月9日(金) 15:00～11月14日(水) 12:00
Anonymous-FTP(DRA 以外のデータ) 11月9日(金) 15:00～11月12日(月) 12:00
11月14日(水) 15:00～11月14日(水) 17:30
Anonymous-FTP(DRA のデータ) 11月9日(金) 15:00～11月14日(水) 17:30
DDBJ HP 11月9日(金) 18:00～11月14日(水) 9:00
BLAST, ClustalW, MiGAP,
DDBJ Read Annotation Pipeline,
NIG SuperComputer		 11月10日(土) 9:00～11月13日(火) 24:00
皆様には大変ご迷惑をお掛けいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。 全てのサービスが再開しました。ご協力ありがとうございました。（11月14日17:00）

DDBJ リリース 90.1，DAD リリース 60.1 公開
DDBJ リリース 90.0，DAD リリース60.0 （2012年9月公開）の一部データに不備が生じていたことが判明したため，訂正版 DDBJ リリース 90.1，DAD リリース 60.1 を公開しました。


参照： DDBJ と DAD のデータ不備についてのお詫び

SAKURA でのデータ登録受付終了
塩基配列登録システム ”SAKURA” でのデータ登録受付は、2012年10月31日(水) 17:00 をもちまして、終了いたしました。長い間SAKURA をご利用頂きましてありがとうございました。

今後は、新登録システム ”DDBJ 塩基配列登録システム” をご利用ください。
なお、ご利用の前に ヘルプファイル(PDF版) をご一読ください。 また、各ページ右上にある [HELP] もご参照ください。

    関連するお知らせ：「新登録システム10月3日公開」

書籍「次世代シークエンサー：目的別アドバンストメソッド」の紹介
14158085501 学研メディカル秀潤社 より 細胞工学 別冊 「次世代シークエンサー：目的別アドバンストメソッド (監修 菅野純夫／鈴木穣)」 が出版されました。

この書籍は、次世代シークエンサーの使い方が目的別に紹介されていますが、DDBJ のスタッフも執筆者となり、下記の解説が掲載されています。

第8章 データ解析ツール＆保存 編
3. 次世代シークエンサーのデータアーカイブとその周辺サービス
児玉悠一／福田亜沙美／神沼英里／長崎英樹／望月孝子／中村保一

ぜひご覧ください。
（画像は学研メディカル秀潤社より）

“困った de Q” 第11回 （ユーザから寄せられる Q and A です）
Q．getentry で取得できるデータの数に上限はありますか？

A．取得できるデータの数に上限はありません。
パラメータを指定することで、無制限に取得することができます。設定方法は以下の通りです。

[getentry web フォーム]
「上限」に「０」を入力して下さい。
[webAPI]
データ取得の上限を設定するパラメータ limit に「０」を指定して下さい。
例：アクセッション番号 FY736910 - FY762881( 25,972 entries)の検索結果を上限を無制限としてgz圧縮ファイルで出力
   http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=FY736910 - FY762881&filetype=gz&limit=0
パラメータの設定方法の詳細は、getentry ヘルプ をご覧下さい。

大量のデータを取得する場合は、以下の点にご注意下さい。
[ブラウザに表示させる場合]
件数が多い場合、表示に時間がかかる場合があります。また、ブラウザの性能により全件表示できない場合がありますのでご注意下さい。
[gzファイルをダウンロードする場合]
ダウンロードの途中で接続切れ等が発生した場合、そこからのやり直しやレジューム機能はありません。大量のデータをダウンロードする際には条件を分割するなどして複数回に分けて取得し、１回あたりの対象エントリーを少なくすることをお勧めします。

DDBJ リリースやWGS などはFTPサイト よりダウンロードできますので、こちらをご利用下さい。

この DDBJ メールマガジンは国立遺伝学研究所内の方と，配信を希望される方に送らせて頂きます。
配信申込・中止・変更の方は，「申込・変更」ページをご利用下さい。

発行：日本 DNA データバンク（DDBJ）
大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構
国立遺伝学研究所　 DDBJ 研究センター
〒411-8540　 静岡県三島市谷田1111

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