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DDBJ では全国各地で年に1～2回程度、「DDBJing 講習会」を開催しています。
DDBJing 講習会では、塩基配列の登録方法やDDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により深く理解してご利用頂くために、実習も交えた様々な講義を行っています。
1月24日、 国立遺伝学研究所にて「第26回 DDBJing 講習会」を開催いたしました。今回の講習会では「大規模計算機を利用した配列解析とDDBJ データ登録」をテーマに講義と実習を行ないました。
講習会で使用した資料は DDBJing 講習会資料ダウンロードページ から取得できますので、どうぞご利用ください。また、今回の講義の様子は Ustream よりご覧頂けます。
次回講習会の開催はまだ未定ですが、開催に関するお知らせはWeb Magazine やtwitter でご案内いたします。また、ご要望がありましたら大学等へお伺いして講習会を開催することも可能ですので、お問い合わせ の「講習会」よりご連絡願います。
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国立遺伝学研究所の停電、及びNIG SuperComputer のメンテナンスにともない、DDBJ の全ネットワークサービスを停止します。
予定期間は3月9～10日で、時間等の詳細は決まり次第HP でお知らせいたします。
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DAD リリース61.0 （2012年12月公開）の一部データに不備が生じていたことが判明したため、訂正版 DAD リリース 61.1 を公開しました。
- 公開日： 2013年1月22日
- DAD Release Note
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国立遺伝学研究所から登録されたアフリカツメガエル (Xenopus laevis) GSS データが公開されました。
getentry から検索可能です。
アクセッション番号は以下の通りです。
- GSS: GA720358-GA867435 (147,078 entries)
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2012年10月より運用を開始いたしました DDBJ 塩基配列登録システム について、頻繁に寄せられる質問と回答です。 その1.
Q．"7.Annotaton" のページで First codon [aac] is not a start codon. / Final codon [atg] is not a stop codon. とエラーメッセージが出て先へ進めません。どのように修正したらよいでしょうか？
A．ご入力された配列は、全長ではなく、両端側が部分配列と思われます。Location の記述にはルールがありますので、
部分配列の場合は、”< >“ 記号を加えて指定してください。 例 <1..>100
参照： location の記述法
Q．"7.Annotaton" のページで To use [translation] qualifier, [exception] qualifier is required in the [CDS] feature. とエラーメッセージが出たのですが、これはどういったエラーでしょうか？
A．このエラーメッセージは、CDS のSelect Qualifier で "/translation" を選択した場合に出るものです。
通常、"/translation" はCDS feature の情報を基に自動翻訳されますので記載の必要はありません。
"/translation" を削除していただければ、エラーを回避できます。
"/translation" は、"/exception" と同時に使用されるもので、例えば RNA editing が起こることが原因で、ゲノムの塩基配列から自動翻訳されるアミノ酸配列と、実際にmRNA から翻訳されるアミノ酸配列とが異なる場合に、
/exception="RNA editing"
/translation="mRNA からのアミノ酸配列を記載"
のように指定します。
参照： Qualifier key の定義～ translation, exception
この DDBJ Web Magazine は国立遺伝学研究所内の方と，配信を希望される方に送らせて頂きます。
配信申込・中止・変更の方は，「申込・変更」ページをご利用下さい。
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発行：日本 DNA データバンク（DDBJ）
大学共同機関法人 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 DDBJ センター
〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
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