DDBJ Web Magazine No.82 2013年4月18日 DDBJ 発行

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メタセコイア

DDBJ が入っている建物の周囲には、建物の高さをはるかに越える大きなメタセコイアが植えられています。つい先日まで茶色い枝だけになった大木が窓から見えていましたが、いつの間にか黄緑色の若葉が芽吹き風に揺れていました。
メタセコイア（学名：Metasequoia glyptostroboides）は、「生きている化石」と呼ばれる古代植物です。初めは化石として発見され絶滅した種とされましたが、後に現存することが確認され、日本でも挿し木や種子が各地の公園や並木道、校庭に植えらるようになったそうです。
まっすぐに延びた幹に大きく広がる枝ぶりは見ていて気持ちが良く、数千万年前から受け継がれる種に畏敬の念を感じます。

DDBJ Web Magazine No.82 です。

DDBJ リリース 92.0，DAD リリース 62.0 完成　

DDBJ リリース 92.0


DAD (DDBJ amino acid database) リリース 62.0

  • 公開日：2013年3月21日
  • エントリ数：26,351,045     総アミノ酸残基数：7,698,263,093aa
  • DAD Release Note
BLAST の機能改善
DDBJ では，相同性検索システム BLAST に大幅な機能改善をおこないました。
  • Data sets、Division 選択フォームのレイアウト、選択方法の変更
  • 結果の取得方法に E-mail が追加
  • 結果画面中のアクセッション番号に getentry へのリンクの追加
  • ClustalW 連携機能の追加
  • 結果画面のURLにRequest ID が含まれなくなります
  • Result Vieser 機能の追加

ブラウザについて

本システムは、以下のブラウザで動作確認を行なっております。その他のブラウザでは動作不良となる場合がありますのでご注意下さい。
（表中の　* は，2013.04.08 時点での最新版です）

  Internet
Explorer		 FireFox Chrome Safari
Windows XP 8.X以上 * * -
Windows 7 9.X * * -
Mac OSX10.6 - * * 5.X以上
Mac OSX10.8 - * * 6.x

 

Datasets、Division 選択フォームのレイアウト、選択方法の変更

(1) Datasets は DDBJ ALL, DDBJ New, 16SrRNA の３つより選択
(2) Division選択フォームでは、 Standard divisions, High thryoughput divisions, EST divisions , Other divisions の4つに大別され、さらに詳細な選択が可能です。
Data Sets: 検索対象となるデータベースを 塩基配列の場合にはDDBJ ALL(DDBJ 定期リリース + 新着データ), DDBJ New(DDBJ 定期リリース後の新着データ), 16S rRNA から、アミノ酸配列の場合にはUniProt (Swiss-Prot + TrEMBL)、UniProt (Swiss-Prot)、UniProt (Swiss-Prot)、Patent から選択します。

検索対象とする DIVISION を指定します。以下の選択肢から指定が可能です(複数可)。デフォルトでは、Standard divisions のうち　SYN, ENV を除いた 10 divisions が選択されています。 EST については登録数の多い21種のデータから選択することが出来ます。  

結果の取得方法に E-mail が追加

結果の取得方法　WWW/ E-mail の選択が可能になりました。  

結果画面中のアクセッション番号に getentry へのリンクの追加

結果画面中のアクセッション番号をクリックするとgetentry での結果が表示されます。
 

結果・結果画面のURL にRequest ID が含まれなくなります

Request ID は、検索実行後の画面に表示されます。問い合わせや Result Viewer で結果を見たい時などに必要ですので必ず控えてください。
 

Result Viewer 機能の追加

ブラウザを閉じてしまっても、Request ID から結果を閲覧することができます。左側のメニューから"Result Viewer" を選択しRequest ID を入力します。
 

ClustalW 連携機能の追加

BLAST の検索結果画面で選択した配列が入力された状態で"ClustalW" の画面に遷移します。
 

DDBJ では，今後さらに，皆様からのご意見をもとにして，より使いやすく強力な検索システムを目指して機能拡張を進めていきます。ご意見やご要望がありましたら　「お問い合わせ」ページの「ウェブサービス(getentry, ARSA, BLAST, ClustalWなど) よりご連絡ください。

大量データの公開

DDBJ が登録を受付け、2013年4月にDDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開した大量データです。

かずさ DNA 研究所から登録されたバイオ燃料作物、ナンヨウアブラギリ(Jatropha curcas) のゲノム配列データが公開されました。
以前のデータ の更新に相当します。

参考 URL; Jatoropha database

アクセッション番号は以下の通りです。（getentry または DRASearch から検索可能です）

    scaffold CON: DF145383-DF157092 (11,710 entries)
    WGS: BABX02000001-BABX02066610 (BABX.gz) (66,610 entries)
    raw data: DRR001794, DRR001795

国立遺伝学研究所から登録されたコモンマーモセット (Callithrix jacchus) 由来の 5'-EST データが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。（getentry から検索可能です）

    EST: HX373156-HX663542 (290,387 entries)

“DDBJ 塩基配列登録システム F A Q” –その4.

DDBJ 塩基配列登録システム について、頻繁に寄せられる質問と回答です。ご登録の際に参考にしてください。


Q．一度に複数の塩基配列を入力して、連続したアクセッション番号を取得したいのですが可能でしょうか？

A．可能です。
"5.Sequence" 画面におきまして、複数の塩基配列をMulti-FASTA 形式で入力いただくと "7.Annotation" 画面に遷移した際に、各塩基配列に対するアノテーションをまとめて入力できるようになります。登録完了後、各塩基配列に対して連続したアクセッション番号を発行いたします。

mag82.FAQ1

ただし以下の点にご注意ください。
※次の各情報については塩基配列ごとに異なる内容を指定できません。すべて同一であることが必要です。
　- コンタクトパーソン情報
　- 公開予定日
　- 登録者
　- 論文情報

※"6.Template" 画面において各塩基配列に別々のアノテーション入力用テンプレートを指定することはできません。選択できるテンプレートは1つのみです。

    参照： 5.Sequence 入力可能な塩基配列について

Q．登録途中で前の画面に戻って修正する事は可能ですか？

A．可能です。
画面上部のプログレスバー 1.Contact person　2.Hold date　3.Submitter　4.Reference　5.Sequence　6.Template　7.Annotation のそれぞれをクリックすると前の画面に戻って修正することができます。

mag82.FAQ2

ただし注意が必要です。
※“7.Annotation” の画面でアノテーションを入力後、以下の操作を行うと入力したアノテーションがクリアされる仕様になっております。
　- ”5.Sequence” 画面に戻って配列を変更する
　- ”6.Template” 画面に戻ってテンプレートを変更する

この DDBJ メールマガジンは国立遺伝学研究所内の方と，配信を希望される方に送らせて頂きます。
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発行：日本 DNA データバンク（DDBJ）
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国立遺伝学研究所　 DDBJ 研究センター
〒411-8540　 静岡県三島市谷田1111

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