DDBJ Web Magazine No.83 2013年6月5日 DDBJ 発行
2013年5月20日に DDBJ ホームページをリニューアルしました。
力強いイメージのオレンジ色を基調とし、シンプルで分かりやすいホームページを目指しました。
大きな変更点としては、トップページから DDBJ の各サービスへのアクセスが、目的別に「登録」「検索・解析」「スパコン」「アーカイブ」の4つの入り口になりました。例えば、BLAST や ClustalW をご利用の際は「検索・解析」から、FTP をご利用の際は「アーカイブ」からお入りください。また、DDBJ ロゴマークも新調しました。今後とも DDBJ をよろしくお願いいたします。
DDBJ Web Magazine No.83 です。
DDBJ では、DDBJ のサービスをより有効に活用して頂くため、DDBJing 講習会を開催しております。
今回の講習会では、NGS 配列解析や DDBJ へのデータ登録を中心に実習を交えた講習を行います。
日 時： 2013年7月4日(木)
場 所： 国立遺伝学研究所 DDBJ センター 4F
対 象： DDBJ を利用される方をどなたでも歓迎します （定員20名 先着順）
参加費： 無料
内 容：
- カメde novo ゲノムと RNAseq データの異種間比較 （入江直樹／理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター）
- 公共 NGS データの二次利用を支える技術 （大田達郎／ライフサイエンス統合データベースセンター）
- DDBJ と NIG SuperComputer の紹介、大量配列情報解析 （中村保一／国立遺伝学研究所）
- DDBJ Read Annotation Pipeline の紹介と実習 （長崎英樹／国立遺伝学研究所）
- DDBJ Sequence Read Archive, BioProject, BioSample の紹介 （児玉悠一／DDBJ）
- 大量登録システム(MSS) の紹介 （大城戸利久／DDBJ）
- DDBJ 新塩基配列登録システムの紹介と実習 （小菅武英／DDBJ）
詳細は こちら をご覧ください。皆様のご参加をお待ちしております。
今年で１１回目をむかえる日韓中バイオインフォマティクストレーニングコースは日韓中の若手研究者を対象としたトレーニングコースで，アジアの研究者同士の交流の場としても重要な役割を果たしてきました。
今年は，6月16日から18日までの3日間，中国の上海からほど近い蘇州市にある蘇州大学にて開催されます。
日本，韓国，中国から合計１２名の講師が２日間にわたり講義をします。日本側の講師の一人として，中村保一国立遺伝学研究所教授が DDBJ の紹介についての講義を行います。
受講者は，各国１０名ずつの予定で，現在，日本からの受講者を募集中です。
興味のある方は，下記をご覧の上，ご応募ください。
第11回 日韓中バイオインフォマティクストレーニングコースのお知らせ（外部サイト）
- 募集人員：10名
- 費用：受講料，現地での宿泊（６月１６日、１７日、１８日の３泊），３日間の食事（最終日の夕食をのぞく），上海虹橋空港と蘇州での宿泊先のホテル間の交通（バスが用意されます）は無料。
- 受講者の負担：日本から上海虹橋空港までの往復の交通費
- ビザ：中国への渡航にあたっては，日本国籍の方はVISAは不要。
- 応募資格：原則として大学院生およびポストドクの方を対象としますが，学部学生，教員，企業の方でもけっこうです。
- 言語：すべての講義は英語で行なわれます。
蘇州は古い歴史を持つ美しい街であり、市内には明代につくられた拙政園などの名園もいくつかあり、観光の名所です。ふるってご応募ください。
メンテナンスのため、下記期日におきまして、国立遺伝学研究所ならびにDDBJ ネットワークが一時停止します。
- 作業日時：2013年6月14日(金) 午前 0:00 ～ 2:00 (この時間帯において60分程の通信停止が1回発生)
- 作業内容：学術情報ネットワークのメンテナンス
ご迷惑をお掛けいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
DDBJ 塩基配列登録システム について、頻繁に寄せられる質問と回答です。ご登録の際に参考にしてください。
Q．アノテーションファイルの upload ができません。何が原因でしょうか？
A．以下の理由が考えられます。
- 塩基配列の entry name とアノテーションファイル中の entry name が一致していない
- アノテーションファイルのフォーマット(タブ区切りテキスト形式、５カラムで構成される)が崩れている
- 改行コードに問題がある。改行コードを"unix(LF) 形式" もしくは"windows(CR-LF) 形式" に統一してください
- フィーチャーに誤りがある、あるいは、余計なスペースが含まれている
Q．CDS 領域を自動アミノ酸翻訳した結果の translation はどのように確認すればよいですか？
A．現時点で、アミノ酸配列を確認する方法については次の操作を行ってください。
１．大量登録ホームページ より "UME for Windows" または "UME for MacOS X " をダウンロードしてください （UME を動かすには JAVA が必要です）。
２．DDBJ 塩基配列登録システムの 最終確認画面で、アノテーションファイルと塩基配列ファイルをダウンロードしてください。
３．UME を起動し、アノテーションファイルと塩基配列ファイルをUME に読み込ませ、 transChecker Execute をクリックしていただくとアミノ酸配列を取得できます。
今後、この機能については、登録システムの改良を続けることで対応したいと思います。
この DDBJ メールマガジンは国立遺伝学研究所内の方と，配信を希望される方に送らせて頂きます。
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- 発行：日本 DNA データバンク（DDBJ）
- 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構
- 国立遺伝学研究所 DDBJ 研究センター
- 〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
