DNA Data Bank of Japan
DDBJ メールマガジン
号外  2004年3月10日発行

発行:日本 DNA データバンク (DDBJ)
国立遺伝学研究所 生命情報・ DDBJ 研究センター
〒411-8540  静岡県三島市谷田1111
mail:ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp

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 ■号外です! 
国立遺伝学研究所と NTT 西日本によるグリッド技術に関する共同実験への協力のお願
いと,東京で開催する講習会のおしらせです。
  
 ■グリッド技術を相同性検索に応用する共同実験開始 
かねてより新聞などで報道されていたように,国立遺伝学研究所は,西日本電信電話株
式会社(以下 NTT西日本)と,「グリッド技術」を用いて,一般家庭のパソコンの
余剰時間をヒトゲノムなどの情報解析研究に活用するための共同実験を実施することに
なりました。このたび,表記共同実験のための環境構築が整い,皆様の実験へのご協力
をお願いする次第でございます。

実験では,NTT西日本フレッツユーザの協力の下に,家庭用パソコンの余剰なCPU
時間やディスクの格納容量等を,通信ネットワークを介して集約して離散的な超高性能
コンピュータ環境を実現し,国立遺伝学研究所の日本 DNA データバンク (DDBJ) の公
開用データベースをその超高性能コンピュータに展開し,データベースへの高速なアク
セスと検索ソフトの動作実験を行ないます。
具体的なアプリケーションとしては,相同性検索 (BLAST) が利用可能です。このような
IT 環境をデータグリッドと言いますが,一般家庭のパソコンを使った試みとしては,
おそらく我が国では初めての試みではないかと思います。

DDBJでのサービスは https://service.bioathome.jp/grid/ からアクセスしていただけ
ます。是非,お試しいただければと思います。
この実験に関するNTT西日本の関連ページは こちらをご覧下さい。

お問い合わせは grid-trial@ddbj.nig.ac.jp へ 
 ■DDBJing 講習会 + 寺子屋「情報生物学」開催 
DDBJ-CIB では全国各地で「DDBJing 講習会」と「寺子屋情報生物学」というワークシ
ョップを開催しています。DDBJing 講習会は DDBJ が提供しているツールの講習を,寺
子屋は若手研究者の育成を目的としています。
3月28日に東京一橋記念講堂中会議場にて DDBJing 講習会 + 寺子屋「情報生物学」を
開催します。興味をお持ちの方は講習会サイトをご覧の上お申込み下さい。
皆様のご参加をお待ちしております。

  ■日 時:3月28日(日)10時より
  ■会 場:国立情報学研究所学術総合センター 一橋記念講堂中会議場
  ■対 象:DDBJ を利用される方をどなたでも歓迎します(定員200名)
  ■参加費:無料
  ■プログラム■
  「WebサービスによるDDBJの活用について」宮崎智(CIB-DDBJ・助教授)
  「DDBJへの塩基配列の登録について」坂井勝呂(DDBJ 構築局・アノテータ)
  「バイオインフォマティクス研究におけるDDBJの役割」五條堀孝(CIB-DDBJ・教授)
  「生物学知識をどう扱うか?」大久保公策(CIB-DDBJ・教授)
  「ゲノム規模立体構造予測データベース・GTOP」福地佐斗志(CIB-DDBJ・助手)


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Last modified: Aug. 04, 2011