最終更新日:2013.6.17.

DDBJ スタッフの講演発表 (2006)

| 2008 | 2007 | 2006 | 2005 | 2004 | 2003 | 2002 | 2001 |


  • Abe T, Sugawara H, Kanaya S, Ikemura T. Sequences from Almost All Prokaryotic, Eukaryotic, and Viral Genomes Available Could be Classified According to Genomes on a Large-Scale Self-Organizing Map Constructed with the Earth Simulator. Journal of the Earth Simulator. 2006 Oct 6; 17-23.
  • Abe T, Sugawara H, Kanaya S, Kinouchi M, Ikemura T. Self-Organizing Map (SOM) unveils and visualizes hidden sequence characteristics of a wide range of eukaryote genomes. Gene. 2006 Jan 3;365:27-34.
  • Choy KW, Wang CC, Ogura A, Lau TK, Rogers MS, Ikeo K, Gojobori T, Tang LY, Lam DS, Chung TK, Pang CP. Molecular characterization of the developmental gene in eyes: through data-mining on integrated transcriptome databases. Clin Biochem. 2006 Mar;39(3):224-30.
  • Choy KW, Wang CC, Ogura A, Lau TK, Rogers MS, Ikeo K, Gojobori T, Lam DS, Pang CP. Genomic annotation of 15,809 ESTs identified from pooled early gestation human eyes. Physiol Genomics. 2006 Mar 13;25(1):9-15.
  • Cochrane G, Bates K, Apweiler R, Tateno Y, Mashima J, Kosuge T, Mizrachi IK, Schafer S, Fetchko M. Evidence standards in experimental and inferential INSDC Third Party Annotation data. OMICS. 2006 Summer;10(2):105-13.
  • Fukuchi S, Homma K, Minezaki Y, Nishikawa K. Intrinsically disordered loops inserted into the structural domains of human proteins. J Mol Biol. 2006 Jan 27;355(4):845-57.
  • Hanada K, Gojobori T, Li WH. Radical amino acid change versus positive selection in the evolution of viral envelope proteins. Gene. 2006 Dec 30;385:83-8. Hanada K, Tanaka Y, Mizokami M, Gojobori T, Alter HJ. A reduction in selective immune pressure during the course of chronic hepatitis C correlates with diminished biochemical evidence of hepatic inflammation. Virology. 2006 Dec 14; [Epub ahead of print]
  • Haruki M, Saito Y, Ota M, Nishikawa K, Kanaya S. Stabilization of E. coli Ribonuclease HI by the 'stability profile of mutant protein' (SPMP)-inspired random and non-random mutagenesis. J Biotechnol. 2006 Jul 25;124(3):512-22.
  • Homma K, Fukuchi S, Nakamura Y, Gojobori T, Nishikawa K. Gene Cluster Analysis Method Identifies Horizontally Transferred Genes with High Reliability and Indicates that They Provide the Main Mechanism of Operon Gain in Eight Species of {gamma}-Proteobacteria. 1: Mol Biol Evol. 2006 Dec 21; [Epub ahead of print]
  • Kinjo AR, Nishikawa K. CRNPRED: highly accurate prediction of one-dimensional protein structures by large-scale critical random networks. BMC Bioinformatics. 2006 Sep 5;7:401
  • Kobayashi N, Watanabe M, Kijimoto T, Fujimura K, Nakazawa M, Ikeo K, Kohara Y, Gojobori T, Okada N. magp4 gene may contribute to the diversification of cichlid morphs and their speciation. Gene. 2006 May 24;373:126-33.
  • Kosuge T, Abe T, Okido T, Tanaka N, Hirahata M, Maruyama Y, Mashima J, Tomiki A, Kurokawa M, Himeno R, Fukuchi S, Miyazaki S, Gojobori T, Tateno Y, Sugawara H. Exploration and Grading of Possible Genes from 183 Bacterial Strains by a Common Protocol to Identification of New Genes: Gene Trek in Prokaryote Space (GTPS). DNA Res. 2006 Dec 13; [Epub ahead of print]
  • Makino T, Gojobori T. The evolutionary rate of a protein is influenced by features of the interacting partners. Mol Biol Evol. 2006 Apr;23(4):784-9.
  • Makino T, Suzuki Y, Gojobori T. Differential evolutionary rates of duplicated genes in protein interaction network. Gene. 2006 Dec 30;385:57-63.
  • Minezaki Y, Homma K, Kinjo AR, Nishikawa K. Human transcription factors contain a high fraction of intrinsically disordered regions essential for transcriptional regulation. J Mol Biol. 2006 Jun 16;359(4):1137-49.
  • Morrison N, Cochrane G, Faruque N, Tatusova T, Tateno Y, Hancock D, Field D. Concept of sample in OMICS technology. OMICS. 2006 Summer;10(2):127-37.
  • Niimi T, Sahara K, Oshima H, Yasukochi Y, Ikeo K, Traut W. Molecular cloning and chromosomal localization of the Bombyx Sex-lethal gene. Genome. 2006 Mar;49(3):263-8.
  • Noda AO, Ikeo K, Gojobori T. Comparative genome analyses of nervous system-specific genes. Gene. 2006 Jan 3;365:130-6.
  • Ogasawara O, Otsuji M, Watanabe K, Iizuka T, Tamura T, Hishiki T, Kawamoto S, Okubo K. BodyMap-Xs: anatomical breakdown of 17 million animal ESTs for cross-species comparison of gene expression. Nucleic Acids Res. 2006 Jan 1;34(Database issue):D628-31.
  • Ohta T, Kawabata T, Nishikawa K, Tani A, Kimbara K, Kawai F. Analysis of amino acid residues involved in catalysis of polyethylene glycol dehydrogenase from Sphingopyxis terrae, using three-dimensional molecular modeling-based kinetic characterization of mutants. Appl Environ Microbiol. 2006 Jun;72(6):4388-96.
  • Ohyanagi H, Tanaka T, Sakai H, Shigemoto Y, Yamaguchi K, Habara T, Fujii Y, Antonio BA, Nagamura Y, Imanishi T, Ikeo K, Itoh T, Gojobori T, Sasaki T. The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): hub for Oryza sativa ssp. japonica genome information. Nucleic Acids Res. 2006 Jan 1;34(Database issue):D741-4.
  • Okubo K, Sugawara H, Gojobori T, Tateno Y. DDBJ in preparation for overview of research activities behind data submissions. Nucleic Acids Res. 2006 Jan 1;34(Database issue):D6-9.
  • Riley M, Abe T, Arnaud MB, Berlyn MK, Blattner FR, Chaudhuri RR, Glasner JD, Horiuchi T, Keseler IM, Kosuge T, Mori H, Perna NT, Plunkett G 3rd, Rudd KE, Serres MH, Thomas GH, Thomson NR, Wishart D, Wanner BL. Escherichia coli K-12: a cooperatively developed annotation snapshot--2005. Nucleic Acids Res. 2006 Jan 5;34(1):1-9.
  • Sakabe E, Tanaka N, Shimozono N, Gojobori T, Fujiwara S. Effects of U0126 and fibroblast growth factor on gene expression profile in Ciona intestinalis embryos as revealed by microarray analysis. Dev Growth Differ. 2006 Aug;48(6):391-400.
  • Sakai H, Koyanagi KO, Imanishi T, Itoh T, Gojobori T. Frequent emergence and functional resurrection of processed pseudogenes in the human and mouse genomes. Gene. 2006 Nov 18; [Epub ahead of print]
  • Shiina T, Ota M, Shimizu S, Katsuyama Y, Hashimoto N, Takasu M, Anzai T, Kulski JK, Kikkawa E,Naruse T, Kimura N, Yanagiya K, Watanabe A, Hosomichi K, Kohara S, Iwamoto C, Umehara Y, Meyer A, Wanner V, Sano K, Macquin C, Ikeo K, Tokunaga K, Gojobori T, Inoko H, Bahram S. Rapid evolution of major histocompatibility complex class I genes in primates generates new disease alleles in humans via hitchhiking diversity. Genetics. 2006 Jul;173(3):1555-70.
  • Suzuki Y. Ancient positive selection on CD155 as a possible cause for susceptibility to poliovirus infection in simians. Gene. 2006 May 24;373:16-22.
  • Suzuki Y. Natural selection on the influenza virus genome. Mol Biol Evol. 2006 Oct;23(10):1902-11.
  • Suzuki Y. Statistical properties of the methods for detecting positively selected amino acid sites. Gene. 2006 Jan 3;365:125-9.
  • Takeda J, Suzuki Y, Nakao M, Barrero RA, Koyanagi KO, Jin L, Motono C, Hata H, Isogai T, Nagai K, Otsuki T, Kuryshev V, Shionyu M, Yura K, Go M, Thierry-Mieg J, Thierry-Mieg D, Wiemann S, Nomura N, Sugano S, Gojobori T, Imanishi T. Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56,419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs. Nucleic Acids Res. 2006;34(14):3917-28.
  • Tanaka N, Abe T, Miyazaki S, Sugawara H. A Useful Bioinformatics Suite for Retrieving and Analyzing Microbial Genome Data (G-InforBIO). Journal of Computer Aided Chemistry. 2006;7:87-93.
  • Tanaka N, Abe T, Miyazaki S, Sugawara H. G-InforBIO: integrated system for microbial genomics. BMC Bioinformatics. 2006 Aug 4;7:368.
  • Tanaka T, Ikeo K, Gojobori T. Evolution of metabolic networks by gain and loss of enzymatic reaction in eukaryotes. Gene. 2006 Jan 3;365:88-94.
  • Traut W, Niimi T, Ikeo K, Sahara K. Phylogeny of the sex-determining gene Sex-lethal in insects. Genome. 2006 Mar;49(3):254-62.
  • Wang HY, Chien HC, Osada N, Hashimoto K, Sugano S, Gojobori T, Chou CK, Tsai SF, Wu CI, Shen CK. Rate of Evolution in Brain-Expressed Genes in Humans and Other Primates. PLoS Biol. 2006 Dec 26;5(2):e13 [Epub ahead of print]
  • Yamasaki C, Kawashima H, Todokoro F, Imamizu Y, Ogawa M, Tanino M, Itoh T, Gojobori T, Imanishi T. TACT: Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool of H-InvDB. Nucleic Acids Res. 2006 Jul 1;34(Web Server issue):W345-9.
  • Yoshida K, Fujisawa T, Hwang JS, Ikeo K, Gojobori T. Degeneration after sexual differentiation in hydra and its relevance to the evolution of aging. Gene. 2006 Dec 30;385:64-70.
  • Yura K, Shionyu M, Hagino K, Hijikata A, Hirashima Y, Nakahara T, Eguchi T, Shinoda K, Yamaguchi A, Takahashi K, Itoh T, Imanishi T, Gojobori T, Go M. Alternative splicing in human transcriptome: functional and structural influence on proteins. Gene. 2006 Oct 1;380(2):63-71.

日本語による発表講演

  • 五條堀孝 「疾患関連遺伝子同定支援システム、遺伝子多様性DBの構築」、データベース・解析部門、平成17年度遺伝子多様性モデル解析事業全体会議、臨海副都心センター別館バイオ・IT融合研究棟(東京)2006/1/25
  • 五條堀孝 「ゲノムネットワークプラットフォームの構築とヒトトランスクリプトームから見た遺伝子構造の統一的理解への活用」、転写制御ネットワーク解析の最前線、東京国際交流館プラザ平成子交際交流会議場(東京)2006/1/26
  • 池尾一穂 「トランスクリプトーム解析による遺伝子ネットワーク構築の試み」JBIRC特別講義、産業技術総合研究所(東京)2006/1
  • 池尾一穂 「遺伝子発現から見た生物多様性進化」北海道大学情報科学研究科(北海道)2006/1
  • 五條堀孝 「病態のシステム的理解と疾患情報モデルの構築」、「応用ゲノム」CO1・CO2計画研究・公募研究班会議、東京大学(東京)2006/2/26
  • 池尾一穂「ポストゲノム研究における遺伝子情報ネットワーク解析」バイオインフォマティクス-すぐに役立つ実践講座-、ぬまづ産業振興プラザ(沼津)2006/2
  • 五條堀孝 「ダーウィンを越えた日本人—木村資生博士の研究」、公益信託進化学振興木村資生基金第1回木村資生記念講演会「生物進化の最近の発展」、岡崎コンファレンスセンター(愛知)2006/3/4
  • 五條堀孝 「ヒトゲノム情報から見た疾患感受性遺伝子探索の試み」、平成17年度病態発現機構客員研究部門研究発表会、難治疾患研究所、東京医科歯科大学(東京)2006/3/13
  • 五條堀孝 「統合データベースプロジェクト」、ライフサイエンス合同シンポジウム2006、東京国際交流館プラザ平成(東京)2006/3/14
  • 五條堀孝 「遺伝子発現から見た生物進化」、総合生命科学講義、お茶ノ水女子大学(東京)2006/3/17
  • 五條堀孝 「統合データベースプロジェクト」、ライフサイエンス合同シンポジウム2006、千里サイエンスセンター(大阪)2006/3/23
  • 阿部貴志, “微生物ゲノムの共通プロトコルによる遺伝子配列情報の提供”, RSCCにおける研究事例紹介と次世代スーパーコンピュータの開発(埼玉)2006/3
  • 五條堀孝 「ゲノム研究における超高速計算システムの活用」、セッション4−バイオ/ゲノム/ライフサイエンス分野、「計算科学の戦略と次世代スーパーコンピュータ」、第2回「計算科学による新たな知の発見・統合・創出」シンポジウム、つくば国際会議場(茨城)2006/4/5
  • 五條堀孝 「神経系の進化と遺伝子発現」、遺伝研研究会「遺伝子と意識をつなぐ」、学術総合センター、一橋記念講堂(東京)2006/6/24
  • 池尾一穂「FASTA、BLASTの使い方」第15回DDBJing講習会、国立遺伝学研究所(三島)2006/3/14
  • 池尾一穂 「感覚器の起源とその進化」国立遺伝学研究所研究集会「遺伝子と意識をつなぐ」学術総合センター(東京)2006/6
  • 池尾一穂 「動物学特別講義」東京大学理学部動物学講義、東京大学(東京)2006/6
  • 五條堀孝 「ポストゲノムと臨床情報研究」、東海大学シンポジウム「ポストゲノム時代の臨床研究について」、東海大学校友会館(東京)2006/7/27
  • 池尾一穂 「動物学特別講義」東京大学理学部動物学講義、東京大学(東京)2006/7
  • 西川建 「タンパク質構造のパラダイムシフト:ヒト転写因子にみられる長大な不規則領域の意味とは?」第8回日本進化学会年会(東京)2006/8/30
  • 五條堀孝 夏の学校3「階層性について」(講師)、日本進化学会2006年大会、国立オリンピック記念青少年総合センター(東京)2006/8/31
  • 五條堀孝 「生命システムの進化-脳・神経系の進化過程のゲノム的研究」シンポジウム4「システムとしての生命・遺伝・進化」、日本進化学会2006年大会、国立オリンピック記念青少年総合センター(東京)2006/8/31
  • 鈴木善幸 「インフルエンザウイルスとポリオウイルスの分子進化」、第8回日本進化学会大会(東京)2006/8
  • 五條堀孝 「病態のシステム的理解と疾患情報モデルの構築」、2006年度4領域合同班会議、大阪国際会議場(大阪)2006/9/22
  • 五條堀孝 「バイオ分野からワイヤレスセンサーに対する期待〜ゲノム情報を用いた健康情報産業に関する今後の展望〜」、第10回「ワイヤレス・センサー・ネットワーク社会に向けたナノメートルCMOSシステムとその要素技術の研究」に関する先導的研究開発委員会、日本学術振興会(東京)2006/9/29
  • 五條堀孝 「ヒトゲノムネットワーク情報システムの構築」、GNP第2回研究報告会、理化学研究所(神奈川)2006/11/7
  • 五條堀孝 生命情報論講演、慶應義塾大学(神奈川)2006/12/19
  • 五條堀孝 「ヒト遺伝子統合データベースの構築とその活用」、慶応義塾大学「COE特別講義 「バイオインフォマティックス特論」、慶應義塾大学(神奈川)2006/12/19
  • 池尾一穂 「バイオインフォマティクスの現状と応用」バイオインフォマティクスセミナー、サッポロビール(株)価値創造フロンティア研究所(焼津)2006/12

ページの先頭へ戻る