DDBJ 活動に関する発行物

| 2014 | 2013 | 2012 | 2011 | 2010 | 2009 | 2008 | 2007 | 2006 | 2005 | 2004 | 2003 | 2002 | 2001 | 2000 | 1999 | 1998 | 1997 |

2014

「次世代シークエンス解析スタンダード - NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY (二階堂 愛/編)」
"解析環境を導入する スパコンの利用" 小笠原 理
"DDBJ Read Annotation Pipeline 解析パイプラインによるRNA-Seq de novo assemblyとイネ多型解析" 長崎英樹, 望月孝子, 谷沢靖洋, 神沼英里, 中村保一
"NGSデータを公共データベースへ登録する" 児玉悠一, 真島 淳, 高木利久, 中村保一
羊土社 実験医学別冊 2014年8月 発行
"Toward richer metadata for microbial sequences: replacing strain-level NCBI taxonomy taxids with BioProject, BioSample and Assembly records"
Scott Federhen, Karen Clark, Tanya Barrett, Helen Parkinson, James Ostell, Yuichi Kodama, Jun Mashima, Yasukazu Nakamura, Guy Cochrane, Ilene Karsch-Mizrachi
Stand. Genomic Sci. 2014, 9(3): doi:10.4056/sigs.4851102.
"DDBJ progress report: a new submission system for leading to a correct annotation"
Takehide Kosuge, Jun Mashima, Yuichi Kodama, Takatomo Fujisawa, Eli Kaminuma, Osamu Ogasawara, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi and Yasukazu Nakamura
Nucleic Acids Res. 2014, 42 Database issue: D44-D49.

2013

"DDBJ new system and service refactoring"
Osamu Ogasawara, Jun Mashima, Yuichi Kodama, Eli Kaminuma, Yasukazu Nakamura, Kousaku Okubo and Toshihisa Takagi
Nucleic Acids Res. 2013, 41 Database issue: D25-D29.
"The International Nucleotide Sequence Database Collaboration"
Yasukazu Nakamura,Guy Cochrane and Ilene Karsch-Mizrachi on behalf of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration
Nucleic Acids Res. 2013, 41 Database issue: D21-D24.

2012

「次世代シークエンサー:目的別アドバンストメソッド (監修 菅野純夫/鈴木穣)」

第8章 データ解析ツール&保存 編 3. 次世代シークエンサーのデータアーカイブとその周辺サービス
児玉悠一, 福田 亜沙美, 神沼英里, 長崎英樹, 望月孝子, 中村保一
学研メディカル秀潤社 細胞工学 別冊 2012年9月19日発行
"The International Nucleotide Sequence Database Collaboration"
Ilene Karsch-Mizrachi, Yasukazu Nakamura, and Guy Cochrane on behalf of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration
Nucleic Acids Res. 2012, 40 Database issue: D33-D37
"The DNA Data Bank of Japan launches a new resource, the DDBJ Omics Archive of functional genomics experiments"
Yuichi Kodama, Jun Mashima, Eli Kaminuma, Takashi Gojobori, Osamu Ogasawara, Toshihisa Takagi, Kousaku Okubo, and Yasukazu Nakamura
Nucleic Acids Res. 2012, 40 Database issue: D38-D42
"The sequence read archive: explosive growth of sequencing data"
Yuichi Kodama, Martin Shumway, and Rasko Leinonen on behalf of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration
Nucleic Acids Res. 2012, 40 Database issue: D54-D56

2011

"The International Nucleotide Sequence Database Collaboration"
Guy Cochrane, Ilene Karsch-Mizrachi, and Yasukazu Nakamura on behalf of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
Nucleic Acids Res., 2011, 39 Database issue: D15-D18
"The Sequence Read Archive"
Rasko Leinonen, Hideaki Sugawara, and Martin Shumway on behalf of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
Nucleic Acids Res., 2011, 39 Database issue: D19-D21
"DDBJ progress report"
Eli Kaminuma, Takehide Kosuge, Yuichi Kodama, Hideo Aono, Jun Mashima, Takashi Gojobori, Hideaki Sugawara, Osamu Ogasawara, Toshihisa Takagi, Kousaku Okubo, and Yasukazu Nakamura.
Nucleic Acids Res., 2011, 39 Database issue: D22-D27
「使えるデータベース・ウェブツール - 日本発のデータベース戦略から,ゲノム・疾患情報の有効活用まで(有田正規/編)」
"DDBJ の現在:継承と変革" 中村保一, 小笠原理, 神沼英里, 菅原秀明, 高木利久, 大久保公策
"DDBJ の塩基配列解析ツールと登録システム" 長崎英樹,神沼英里
羊土社 実験医学増刊号 2011年9月 発行
「次世代シークエンサーを使いこなす - 目的別解析法からデータ処理まで」
"DDBJ Cloud:次世代シークエンサーの配列アーカイブとクラウド型解析ツール"
神沼英里, 中村保一
細胞工学 Vol.30, No.8 2011年7月22日発行
"クラウド型計算機資源利用に基づいた新型DNA シークエンサ大量配列解析"
神沼 英里, 中村 保一
化学と生物 49, No.3 pp.193-198 2011年2月27日発行

2010

"DDBJ launches a new archive database with analytical tools for next-generation sequence data"
Kaminuma E, Mashima J, Kodama Y, Gojobori T, Ogasawara O, Okubo K, Takagi T and Nakamura Y.
Nucleic Acids Res., 2010, 38 Database issue: D33-D38
"Archiving next generation sequencing data"
Shumway M, Cochrane G and Sugawara H.
Nucleic Acids Res., 2010, 38 Database issue: D870-D871

2009

"DDBJ dealing with mass data produced by the second generation sequencer"
Sugawara H, Ikeo K, Fukuchi S, Gojobori T and Tateno Y.
Nucleic Acids Res., 2009, 37 Database issue: D16-D18
"Web API for biology with a workflow navigation system"
Kwon Y, Shigemoto Y, Kuwana Y and Sugawara H.
Nucleic Acids Res., 2009, 37 No. suppl_2: W11-W16

2008

"DDBJ with new system and face"
Sugawara H, Ogasawara O, Okubo K, Gojobori T and Tateno Y.
Nucleic Acids Res., 2008, 36 Database issue: D22-D24
"The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts"
Genome Information Integration Project And H-Invitation 2 (DDBJ からは、Okido T, Mashima J, Lee K-B, Nozaki A, Sakai K, Suzuki Y, Ikeo K, Saitou N, Sugawara H, Fukuchi S, Tateno Y, Gojobori T.)
Nucleic Acids Res., 2008, 36 Database issue: D793-D799

2007

"DDBJ working on evaluation and classification of bacterial genes in INSDC"
Sugawara H, Abe T, Gojobori T and Tateno Y.
Nucleic Acids Res., 2007, 35 Database issue: D13-D15

2006

"Exploration and grading of possible genes from 183 bacterial strains by a common protocol to identification of new genes: Gene Trek in Prokaryote Space (GTPS)"
Kosuge T, Abe T, Okido T, Tanaka N, Hirahata M, Maruyama Y, Mashima J, Tomiki A, Kurokawa M, Himeno R, Fukuchi S, Miyazaki S, Gojobori T, Tateno Y, Sugawara H.
DNA Res. 2006, 13(6): 245-54.
"DDBJ in preparation for overview of research activities behind data submissions"
Okubo K, Sugawara H, Gojobori T and Tateno Y.
Nucleic Acids Res., 2006, 34 Database issue: D6-D9
"Evidence standards in experimental and inferential INSDC Third Party Annotation data"
Cochrane G, Bates K, Apweiler R, Tateno Y, Mashima J, Kosuge T, Mizrachi IK, Schafer S, Fetchko M.
OMICS, 2006,10(2): 105-113.

2005

"DDBJ in collaboration with mass-sequencing teams on annotation"
Tateno Y, Saitou N, Okubo K, Sugawara H and Gojobori T.
Nucleic Acids Res., 2005, 33 Database issue: D25-D28
DDBJ の利用法 -配列データの登録・検索・解析-
五條堀孝・菅原秀明 編著. 共立出版.ISBN4-320-05629-9.2005/05出版,2700円

2004

"DDBJ in the stream of various biological data"
Miyazaki S, Sugawara H, Ikeo K, Gojobori T and Tateno Y.
Nucleic Acids Research, 2004, 32, Database issue D31-D34
"Submission of microarray data to public repositories"
Ball CA, Brazma A, Causton H, Chervitz S, Edgar R, Hingamp P, Matese JC, Parkinson H, Quackenbush J, Ringwald M, Sansone SA, Sherlock G, Spellman P, Stoeckert C, Tateno Y, Taylor R, White J, Winegarden N.
PLoS Biol. 2004, 2(9): E317.

2003

"CIBEX: center for information biology gene expression database"
Ikeo K, Ishi-i J, Tamura T, Gojobori T, Tateno Y.
C R Biol. 2003, 326(10-11): 1079-1082
"Populations and Genetics, Legal and Socio-Ethical Perspectives"
Edited by Bartha Maria Knoppers. Martinus Nijhoff Publishers.
ISBN: 90-04-13678-9. Miyazaki S, Tateno Y : DNA Data Bank of Japan as an Indispensable Public Database (115-121).
バイオ系のためのインターネット活用法
バイオリソース研究会(編). 講談社サイエンティフィク.ISBN: 4-06-153852-7.
2003/05発行 228ページ,2200円
ゲノムからみた生物の多様性と進化
五條堀孝(編). シュプリンガーフェアラーク東京.ISBN: 4-431-71022-1.
2003/06発行 222ページ,4400円
バイオインフォマティクスがわかる
菅原秀明(編). 羊土社.ISBN: 4-89706-998-X.
2003/08発行 115ページ,4200円
生命情報学
五條堀孝(編). シュプリンガーフェアラーク東京.ISBN: 4-431-70922-3.
2003/10発行 238ページ,3800円
生命情報学キーノート
D.R. Westhead, R.M. Twyman, J.H. Parish(著)
池尾一穂, 鈴木善幸, 五條堀孝(監訳). シュプリンガーフェアラーク東京. ISBN: 4-431-71065-5.
2003/12発行 282ページ,3200円
これからの大学等研究施設 第2編
生命科学編.有馬朗人(監修). 文教施設協会・科学新聞社.ISBN: 4-938787-16-4.
2003/05発行 12000円
菅原秀明: 生命科学における大規模システム(10-3から10-9)

2002

  • "Genome Information Broker (GIB): data retrieval and comparative analysis system for completed microbial genomes and more"
    Fumoto M, Miyazaki S and Sugawara H.
    Nucleic Acids Res., 2002, 30(1): 66-68
  • "GTOP : A database of protein structures predicted from genome sequences"
    Kawabata T, Fukuchi S, Homma K, Ota M, Araki J, Ito T, Ichiyoshi N and Nishikawa K.
    Nucleic Acids Res., 2002, 30(1): 294-298
  • "DNA Data Bank of Japan (DDBJ) for genome scale research in life science"
    Tateno Y, Imanishi T, Miyazaki S, Fukami-Kobayashi K, Saitou N, Sugawara H and Gojobori T.
    Nucleic Acids Res., 2002, 30(1): 27-30
  • シリーズ あなたにも役立つバイオインフォマティックス(蛋白質核酸酵素.共立出版)
    • 第9回 アミノ酸配列から2次構造を予測する. 47(1): 85-90.太田元規
    • 第10回 アミノ酸配列から立体構造を予測する. 47(2): 181-186.太田元規
    • 第13回 公共データベースに登録する DDBJへの登録. 47(6): 733-736.宮崎 智
    • 第15回 Q & A CLUSTALWを役立てるには? 47(9): 1237-1239.深海-小林薫
    • 第15回 Q & A 配列からの遺伝子系統樹解析を役立てるには? 47(9): 1240-1242.斎藤成也

  • あなたにも役立つバイオインフォマティクス
    菅原秀明編. 共立出版

2001

  • "CAMUS DB for amino acid sequence data"
    Misu S, Iizuka T, Kawanishi Y, Fukami K and Saitou N.
    Genome Informatics, 2001: 502-503
  • シリーズ あなたにも役立つバイオインフォマティクス(蛋白質核酸酵.共立出版)
    • 第1回 配列を手に入れる DDBJが提供する SRS システムにより検索の仕方. 46(6): 764-770.宮崎智
    • 第2回 既知の配列と比較する:相同性検索. 46(7): 856-862.今西規,宮崎智
    • 第3回 配列に共通のパターンを探す. 46(9): 1299-1305.池尾一穂
    • 第4回 配列から遺伝子の進化を探る. 46(10): 2481-2485.斎藤成也
    • 第5回 アミノ酸配列から既知のパターンを探す. 46(12): 1893-1898.池尾一穂
    • 第7回 アミノ酸配列の保存領域から蛋白質を知る. 46(14): 2098-2103.深海-小林薫

2000

  • "Quality control in data banks for molecular biology"
    Abola E.E, Bairoch A, Baker W.C, Beck S, Benson D.A, Berman H, Cameron G, Cantor C, Doubet S, Hubbbard T.J.P, Jones T.A, Kleywegt G.J. Kolaskar A.S, Kuik Van A, Lesk A.M, Mews H.-W, Neuhaus D, Pfeiffer F, TenEyck L.F, Simpson R.J, Stosser G, Sussman J.L, Tateno Y, Tsugita H, Ulrich E.L, and Viegenthart J.F.G.
    BioEssays, 22: 1024-1034
  • "A new file format and tools for the large-scale data submission to DNA Data Bank of Japan (DDBJ)"
    Miyazaki S, Hashimoto H, Shimada A, Tateno Y and Sugawara H.
    Currents in Computational Molecular Biology, pp. 60-61
  • "CAMUS DB:Development of structural database for homology search"
    Kikuchi M, Misu S, Imanishi T, and Saitou N. In Miyano S, Shamir R and Takagi T. (eds.)
    Currents in Computational Molecular Biology, Universal Academy Press, Tokyo, pp. 80-81
  • "DNA data bank of Japan (DDBJ) in collaboration with mass sequencing teams"
    Tateno Y, Miyazaki S, Ota M, Sugawara H. and Gojobori T.
    Nucleic Acids Res., 2000, 28(1): 24-26
  • ヒトゲノム計画はいま
    斎藤成也. 化学 55(4): 12-17頁
  • 日本DNAデータバンクの「フィールドワーク」
    斎藤成也,五條堀孝. サイアス 2000年2月号,64-65頁
  • 日本DNAデータバンク(DDBJ)とゲノム医学
    舘野義男,菅原秀明,五條堀孝.現代医療 32: 89-96頁

1999

  • "Reconstruction of large-scale phylogentic trees: Problems and solutions"
    Miyazaki S and Sugawara H.
    Amino Acids,(1999) 17 (1): 119
  • "DNA Data Bank of Japan dealing with large-scale data submission"
    Sugawara H, Miyazaki S, Gojobori T and Tateno Y.
    Nucleic Acids Res., 1999, 27: 25-28
  • 国際DNAバンクとDDBJにおけるゲノム情報活動
    宮崎智,舘野義男.(1999) 遺伝 53 (8): 21-27頁
  • "Sequence Analyses Using DDBJ Home Page"
    (DDBJのホームページを用いた配列解析)

    Kitano T* and Saitou N.
    Trends in Glycoscience and Glycotechnology, 1999, 11(59): 119-127
    * 国立遺伝学研究所進化遺伝研究部門
  • ゲノム情報からみた新しい生物学
    五條堀孝.(1999)遺伝 53 (7): 14-15頁
  • 国際DNAデータバンクとDDBJにおけるゲノム情報活動
    宮崎智,舘野義男.(1999)遺伝 53 (7): 21-27頁
  • 情報生物学の提案
    菅原秀明.(1999)遺伝 53 (7): 39-43頁

1998

  • "Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases"
    Nakamura Y*, Gojobori T and Ikemura T.**
    Nucleic Acids Res., 1998, 26(1): 334
    *かずさDNA研究所, **国立遺伝学研究所進化遺伝研究部門
  • "Formal design and implementation of an improved DDBJ DNA database with a new schema and object oriented library"
    Okayama T, Tamura T, Gojobori T, Tateno Y, Ikeo K, Miyazaki S, Fukami-Kobayashi K and Sugawara H..
    Bioinformatics, 1998, 14 (6): 472-478
  • "DNA Data Bank of Japan at work on genome sequence data"
    Tateno Y, Fukami-Kobayashi K, Miyazaki S, Sugawara H and Gojobori T.
    Nucleic Acids Res., 1998, 26(1): 16-20
  • ゲノム情報活動とゲノム解析
    舘野義男,山崎正明*,猪子英俊**. 1998, 遺伝子医学 2 (3): 113-120頁
    * 不二家バイオサイエンス研究所, **東海大学医学部

1997

  • "International DNA databanking activities at the National Institute of Genetics"
    Gojobori T and Tateno Y.
    Japanese Science Monthly, 1997, 50: 352-367
  • 生物情報データベースの構築と国際協力
    五條掘孝,舘野義男. 1997, 学術月報 50: 34-39頁
  • ゲノム生物学とデータバンク
    舘野義男,五條堀孝. 1997, 蛋白質 核酸 酵素 42(17): 3052-3061頁
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