DDBJ » DDBJ NEWS http://www.ddbj.nig.ac.jp DNA Data Bank of Japan Thu, 17 May 2012 02:58:20 +0000 ja hourly 1 http://wordpress.org/?v=3.2.1 MiGap がDDBJ より再開 http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp120502-j.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp120502-j.html#comments Wed, 02 May 2012 07:02:51 +0000 jukohira http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=19161 Continue reading →]]> MiGap (Microbial Genome Annotation Pipeline) 　は，微生物ゲノム配列に自動的にアノテーションを付加するパイプラインツールです。
2012年5月1日より DDBJ での利用が可能になりました。
http://migap.ddbj.nig.ac.jp

MiGapの利用を希望される場合には，　スーパーコンピュータシステムの利用申込 ページの「Webサービスの利用申込: 新規申込」 よりアカウントを取得してください。（既にスパコンアカウントを登録済みの方は，同じアカウントで利用できますので登録の必要はありません）。

利用方法の参考：
MiGAP～微生物ゲノム注釈ツール利用法（「第25回DDBJing 講習会　in 三島」 講義資料）

注）ご利用は，現在は新規解析のみ可能です。2012年2月中旬までの解析結果の参照につきましては準備中です。

]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp120502-j.html/feed 0 DRA と BioProject の動画マニュアルを公開 http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn120427-j.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn120427-j.html#comments Fri, 27 Apr 2012 07:16:19 +0000 ykodama http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=19100 Continue reading →]]> DDBJ Sequence Read Archive と BioProject の動画マニュアルを公開しました。

DDBJ Sequence Read Archive

BioProject

Youtube 版はこちらです。

]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn120427-j.html/feed 0 DDBJ メールマガジン No.70 配信 http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn120424-j.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn120424-j.html#comments Wed, 25 Apr 2012 02:49:25 +0000 fhirata http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=18989 Continue reading →]]>

No. 70 (2012年4月24日発行) は，こちらへ

【目次】
（DDBJ サービスの状況について（4/20時点での新システムへの移行後の状況 ）
Q and A 内検索機能を追加
(4/23-26) DRA, BioProject 関連システムの一部停止
大量データの公開

ホームページからもご覧になれますが，お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。
配信を希望される方は，申込・変更ページ で簡単に手続きができますので，
この機会に是非お申し込み下さい。

]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn120424-j.html/feed 0 DDBJ サービスの状況について（4/20時点での新システムへの移行後の状況 ） http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp120420-j.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp120420-j.html#comments Thu, 19 Apr 2012 07:47:07 +0000 jukohira http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=18566 Continue reading →]]>
日頃より DDBJ をご利用頂きましてありがとうございます。

国立遺伝学研究所では，2012年3月にスーパーコンピュータシステムの新システムへの更新（リプレース）を実施いたしました。更新作業に伴い、一部のサービスにつきましては、2012年2月15日より一時中断（一部サービスについては終了）し，ユーザの皆さまには多大なご迷惑とご不便をおかけしていましたが、2012年4月20日までに、多くのサービスが再開または新サービスへの移行が完了いたしました。 今後も　DDBJ のサービスをどうぞご利用ください。

公開中のサービス
 DDBJ HP
HP の閲覧・更新
 塩基データ登録受付・公開・更新業務
大量データ登録での受付（massFTP を利用しない場合）
アクセッション番号発行
データ公開・更新業務 など
 DRA, DTA, Bioproject 受付・更新・公開業務, データ検索
 エントリ検索・キーワード検索
 相同性検索と系統解析
 その他の検索・解析
 国立遺伝学研究所　スーパーコンピュータシステム
 
休止中のサービス・業務（再開日程は決まり次第，当ホームページに掲載）
 検索・解析
DDBJ Read Annotation Pipeline
Web API
GIB・GIB-V
 塩基データ登録受付
massFTP を利用した大量データ登録
（大量登録は受け付けています。データは，メールの添付またはメディアにてお送りください）
 CIBEX 受付・更新・公開業務, データ検索
 
 
（参考）
 
]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp120420-j.html/feed 0 ClustalW サービス再開 http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp120419-j.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp120419-j.html#comments Thu, 19 Apr 2012 02:06:18 +0000 snagira http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=18498 Continue reading →]]>
新システムへの移行に伴い停止しておりました，ClustalW サービスを再開しました。

ユーザのみなさまには，大変長らくお待たせいたしました。
どうぞご利用下さい。

（参考）2012/3実施のコンピュータシステム移行に伴うお知らせ（タイトル一覧）

]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp120419-j.html/feed 0 (4/23-26) DRA, BioProject 関連システムの一部停止 http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn120418-j.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn120418-j.html#comments Wed, 18 Apr 2012 00:40:06 +0000 snagira http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=18389 Continue reading →]]>
DDBJ Sequence Read Archive (DRA) は Roche 454 GS System®，Illumina Genome Analyzer®，Applied Biosystems SOLiD® System などの次世代シークエンサからの出力データのためのデータベースです。
BioProject は研究プロジェクトとプロジェクトに由来するデータをまとめるためのデータベースです。
停止サービスは以下の通りです。

  • 停止期間： 2012年4月23日（月）17時30分～4月26日（木）13時　
    （作業が終了次第 サービスを再開し，HP にてお知らせいたします）
  • 停止サービス：
    ・D-way システム
    ・DRA, BioProject の登録受付
    ・DDBJ anonymous FTP の dra ディレクトリ（fastq を除く）
  • 停止理由：ディスクストレージ移設作業の為
  • 利用可能サービス：
    ・fastq ダウンロード（DDBJ anonymous FTP）
    ・DRASearch
    ・BPSearch

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（4月26日（木）12時10分）

]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn120418-j.html/feed 0 ミツバチ (Apis mellifera carnica) EST データの公開 http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn12041102-j.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn12041102-j.html#comments Wed, 11 Apr 2012 07:00:58 +0000 fhirata http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=17969 Continue reading →]]>
理化学研究所から登録されたミツバチ (Apis mellifera carnica) 由来の EST データが公開されました。　（getentry から検索可能です） 

アクセッション番号は以下の通りです。

・HX282115-HX327225 ( 45,111 entries) 5'-EST
・HX327226-HX373155 ( 45,930 entries) 3'-EST

              total： 91,041 entries
]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn12041102-j.html/feed 0 BLAST サービス再開 http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp120411-j.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp120411-j.html#comments Wed, 11 Apr 2012 05:21:50 +0000 snagira http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=17932 Continue reading →]]>
新システムへの移行に伴い停止しておりました，BLAST サービスを再開しました。

ユーザのみなさまには，大変長らくお待たせいたしました。
どうぞご利用下さい。

（参考）2012/3実施のコンピュータシステム移行に伴うお知らせ（タイトル一覧）

]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp120411-j.html/feed 0 コムギ (Triticum aestivum) EST データの公開 http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn120409-j.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn120409-j.html#comments Mon, 09 Apr 2012 01:02:02 +0000 snagira http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=17724 Continue reading →]]>
横浜市立大学から登録されたコムギ (Triticum aestivum) 由来の EST データが公開されました。　（getentry から検索可能です） 

アクセッション番号は以下の通りです。

・HX000001 - HX201765 ( 201,765 entries)
・HX247045 - HX257200 (  10,156 entries)

                total： 211,921 entries
]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/wn120409-j.html/feed 0 GTOP, PMD サービス再開 http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp12040302-j.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp12040302-j.html#comments Tue, 03 Apr 2012 07:19:27 +0000 snagira http://www.ddbj.nig.ac.jp/?p=17539 Continue reading →]]>
2012年2月15日(水)より停止しておりました，GTOP, PMD のサービスを4月2日(月)より再開しました。

ユーザのみなさまには，大変長らくお待たせいたしました。
どうぞご利用下さい。

（参考）2012/3実施のコンピュータシステム移行に伴うお知らせ（タイトル一覧）

]]> http://www.ddbj.nig.ac.jp/replace/rp12040302-j.html/feed 0